用简并寡核苷酸探针筛选对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因片段

根据一些病毒的DNA多聚酶氨基酸序列中特有的保守序列VYGDTD设计的简并寡核苷酸 ,经地高辛标记后与对虾白斑综合征病毒基因库克隆杂交 ,筛选出一段长度为 70 7bp的EcoRI基因片段 ,该片段在一个开放阅读框内。并含DNA多聚酶B家族特有的保守序列YGDTDS。经与基因库比较 ,其氨基酸序列与藻类DNA病毒科 (Phycodnaviridae)的几株藻类病毒的DNA多聚酶片段有部分相似 ,因此推测该核苷酸片段为对虾白斑综合征病毒DNA多聚酶基因的部分序列。     

用简并寡核苷酸探针筛选对虾白斑综合征病毒DNA多聚酸基因片段

根据一些病毒的ＤＮＡ多聚酶氨基酸序列中特有的保守序列ＶＹＧＤＴＤ设计的简并寡核苷酸,经地高辛标记后与对虾白斑综合征病毒基因库克隆杂交,筛选出一段长度为７０７ｂｐ的ＥｃｏＲＩ基因片段,该片段在一个开放阅读框内。并含ＤＮＡ多聚酶Ｂ家族特有的保守序列ＹＧＤＴＤＳ。经与基因库比较,其氨基酸序列与藻类ＤＮＡ病毒科（Ｐｈｙｃｏｄｎａｖｉｒｉｄａｅ）的几株藻类病毒的ＤＮＡ多聚酶片段有部分相似,因此推测该核苷酸片     

对虾白斑综合症病毒一个基因的序列分析

对虾白斑综合症病毒)White Spot Syndrome Virus,WSSV)是一种无包含体、具囊膜、杆状的双链DNA病毒 ,其全基因组序列为 300kb左右 ,是目前已知的基因组最大的动物病毒之一1,2.该病毒的基因组结构非常特殊 ,与已知的病毒的基因组相差很远 ,拥有许多该病毒特有的基因 ,很可能为一种新的病毒科成员 ,其分类地位待于进一步研究。从已经登记到GenBank1的对虾白斑综合症病毒全序列知道 ,该病毒存在着至少两种不同的分离株 ,但基因组序列非常保守。本文报道该病毒的一个基因序列的分析结果以及三个不同的白斑综合症病毒分离株的同源基因片段序列的比较结果。       

对虾白斑综合征杆状病毒同源性比较的研究

比较我国沿海不同海域对虾白斑综合征杆状病毒三个分离株即唐海分离株（渤海湾）,宁波分离株（东海）,深圳分离株（南海）的同源性。三个WSSV分离株基因组的限制性内切酶(Sac I,Hind III,Pst I)酶切多态（RFLP）以及病毒结构蛋白图谱完全一致,证实造成我国从南至北对虾爆发性流行病的对虾白斑杆状病毒为同一种病毒。利用高保真Taq酶,分别以报道的日本对虾杆状病毒（RV-PJ＝PRDV）,斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV＝PmNOBIII）基因组核酸片段特异性引物进行PCR扩增,结果均能从中国对虾白斑杆状病毒（WSSV）基因组中扩增得到相应大小的PCR产物,扩增产物序列分析表明中国对虾白斑杆状病毒（WSSV）与斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV＝PmNOBIII）,日本对虾杆状病毒（RV－PJ＝PRDV）同源率分别为100％与97％,其结果为证实亚洲及太平洋地区对虾白斑综合征杆状病毒为同一种病毒或同一种病毒的不同株系提供了证据。     

对虾白斑综合征杆状病毒同源性比较的研究

比较我国沿海不同海域对虾白斑综合征杆状病毒三个分离株：即唐海分离株（渤海湾）、宁波分离株（东海）,深圳分离株（南海）的同源性。三个WSSV分离株基因组的限制笥内切酶（Sac Ⅰ,HindⅢ,PstⅠ）酶切多态（RFLP）以及病毒结构蛋白图谱完全一致,证实造成我国从南对北对虾爆发性流行病的对虾白斑杆状病毒为同一种病毒。利用高保真Taq酶,分别以报道的日本对虾杆状病毒（RV－PJ－PRDV）,斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV－PmNOBⅢ）基因组核酸片段特异性引物进行PCR扩增,结果均能从中国一杆状病毒（WSSV）基因组中扩增得到相应大小的PCR产物,扩增产物序列分析表明中国对虾白斑杆状病毒（WSSV）与斑节对虾白斑综合征杆状病毒（WSBV－PmNOBⅢ）,日本对虾相状RV-PJ=PRDV)同源率分别为100％与97％,其结果为证实亚洲及太平洋地区对虾白斑综合征杆状病毒为同一种病毒或同一种病毒的不同株系提供了依据。     

对虾白斑综合征病毒的细胞因子受体基因的分析与表达

在对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的基因组中发现一个具有细胞因子受体特征的开放阅读框,该阅读框全长2022个核苷酸,编码674个氨基酸,蛋白质理论分子量为76kDa.该基因含有真核生物细胞因子gpl30受体特征序列.为了研究该基因的功能,采用PCR方法从病毒基因组中扩增出基因片段,克隆到pGEM-T Easy载体中,经BamH I和Sal I双酶切后插入pET28b表达载体中.重组质粒转化到大肠杆菌BL21中,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳表明在76kDa处有目的蛋白表达.用冰浴超声波对诱导后的菌液进行处理以获得初步纯化的蛋白,作为抗原人工免疫实验兔子以获得含特异性抗体的抗血清.该基因的表达成功,为其功能的进一步深入研究奠定了基础.     

斜纹夜蛾核型多角体病毒BamHI—J片段序列分析

报道了斜纹夜蛾核型多角体病毒（SpltMNPV)BamHI-J片段的序列结构。该片段定位于SpltMNPV基因组25.8-29.9图单位（msp unit）,包括4个完整的开放读码框,几丁质酶基因（chiA）的3′端部分序列和一个同源区（hr）的部分序列。4个完整的读码框包括lef-8基因,杆状病毒J结构域蛋白基因（baculovirus J domain protein gene,bjdp),ORF570和ORF165。序列分离表明：ORF570与毒蛾核型多角体病毒（Lymantria dispar MNPV）的解旋酶－2基因有31％的氨基酸同源性。ORF165为SpltMNPV特有。J结构域蛋白在其他杆状病毒基因组中尚未见报道,其氨基酸序列N端存在J结构域,推断该蛋白质具有与DnaJ蛋白类似特征。lef-8基因编码的氨基酸与已报道的杆状病毒基因组中的lef-8基因编码的氨基酸具有高的同源性,且其C端具有与其他杆状病毒LEF－8类似的保守序列CIKICGIHGQKG。     

杜氏盐藻叶绿体atpA基因片段的克隆及序列分析

根据莱因衣藻、卵形肾藻、普通小球藻等10种藻类的atpA全基因氨基酸高度保守序列,设计简并引物,利用PCR方法从盐藻叶绿体DNA中扩增出约400bp的片段,将该片段连接到T-vector上进行序列测定。结果表明,核苷酸长度为405bp,编码135个氨基酸。推导的氨基酸序列与莱因衣藻的同源性为92%,普通小球藻88%,Mesostigmaviride87%,卵形肾藻86%,Cyanidioschyzonmerolae85%。以所克隆的DNA片段为探针,与盐藻叶绿体基因组进行SouthernBlot杂交结果有明显的杂交信号。据此可推断本实验中所克隆的序列为杜氏盐藻叶绿体atpA基因片段。该基因序列已被GenBank收录,接受号为AY435096。     

对虾白斑综合征病毒中国地方株变异区基因的比较

对虾白斑综合征病毒(White spot syndromevirus,WSSV)是对虾养殖的主要病原之一,它是目前发现的基因组最大的动物病毒,为环状双链DNA病毒[1,2],全基因组序列分析结果显示,对虾白斑综合征病毒和其他杆状病毒相差甚远,最新病毒分类报告已将该病毒划归新建立的线头病毒科(Nima-viridae)白斑病毒属(Whispovirus)[3,4]。目前Gen-Bank公布有3个版本的WSSV全序列[1,2],其基因组大小的测定结果相差较大。不同的WSSV毒株可能在形态结构、理化性质上无法区分,但病毒基因组限制酶切片段长度多态性(RFLP)可以将之区分开来,Marks等[6,7]通过计…     

对虾白斑综合征病毒的细胞因子受体基因的分析与表达

在对虾白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV)的基因组中发现一个具有细胞因子受体特征的开放阅读框,该阅读框全长2022个核苷酸,编码674个氨基酸,蛋白质理论分子量为76kDa。该基因含有真核生物细胞因子gp130受体特征序列。为了研究该基因的功能,采用PCR方法从病毒基因组中扩增出基因片段,克隆到pGEM-T Easy载体中,经BamH I和Sal I双酶切后插入pET28b表达载体中。重组质粒转化到大肠杆菌BL21中,IPTG诱导后,经SDS-PAGE电泳表明在。76kDa处有目的蛋白表达。用冰浴超声波对诱导后的菌液进行处理以获得初步纯化的蛋白,作为抗原人工免疫实验兔子以获得含特异性抗体的抗血清。该基因的表达成功,为其功能的进一步深入研究奠定了基础。