基于单细胞靶向测序探究基因碱基突变的方法

分析基因碱基突变是探究肿瘤细胞克隆演化的研究方法之一。目前,常取组织不同区域的群体细胞测序,基于群体水平的基因碱基突变频率等信息绘制出肿瘤的克隆演化过程。但是,该方法易遗失低频突变,并且组织群体细胞类型不单一,不能代表特定细胞群体的克隆演化过程。本研究以前列腺基底细胞癌(prostate basal cell carcinoma, BCC)为例,建立了一种探究肿瘤单细胞的基因碱基突变方法,实现了基于单细胞基因碱基突变分析肿瘤细胞的克隆演化过程。首先通过HepG2细胞优化了单细胞全基因组扩增方法,其次用Fluidigm公司的微流控芯片捕获BCC单细胞进行全基因组扩增,然后通过外显子组测序获得SCUBE3和MST1L基因碱基突变信息。通过单细胞靶向扩增和Sanger测序,成功在BCC单细胞中检测到SCUBE3和MST1L基因碱基突变信息。本研究建立的方法为肿瘤细胞的克隆演化研究提供了一种可靠的技术方案。     

DAB2IP与肿瘤的发生发展

基因DAB2IP（disabled homolog 2-interacting protein,DAB2 interacting protein）,也被称为AIP1（ASK1-interacting protein 1）,其编码的蛋白是Ras GTPase活化蛋白家族[Ras GTPase-activating protein（GAP）]的新成员之一.作为一个肿瘤抑制基因,DAB2IP常在前列腺癌、乳腺癌、肺癌、肝癌等肿瘤中表达下调,其机制与启动子甲基化及Ezh2相关.DAB2IP不仅参与肿瘤的增殖、存活和凋亡过程,还与肿瘤转移密切相关.     

FUBPs与肿瘤研究进展

远端上游元件结合蛋白[far-upstream element(FUSE)binding proteins,FUBPs]属于单链DNA结合家族,它包括FUBP1、FUBP2、FUBP3三个家族成员。它们通过与原癌基因c-myc的远端上游元件相结合起到调节c-myc表达的作用。原癌基因c-myc调节约10%-15%基因的表达,调控细胞增殖、生长、分化、凋亡及死亡多个细胞过程,与多种人类肿瘤的形成有关。在多种肿瘤中,存在FUBPs与原癌基因c-myc表达改变,因此探讨FUBPs与肿瘤的关系对于研究肿瘤的发病机制、诊断及基因的靶向治疗有重要意义。本文就FUBPs的基因定位、结构特点、生物学特点、作用机制及其与肿瘤的发生发展的关系作一综述。     

脆性组氨酸三联体（FHIT）基因

人类第３号染色体上的基因座在不同的肿瘤组织中出现高频率的杂合性丢失（ＬＯＨ），提示该部位可能是抑癌基因潜伏的位点。最近克隆的脆性组氨酸三联体基因（ＦＨＩＴ）可能是定位于染色体３ｐ１４．２的一个抑癌基因，该基因在肿瘤组织中广泛地缺失为研究肿瘤发生机制提供了新线索。     

基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成中多位点缺失突变的校正方法

目的:建立一种PCR方法,以快速校正基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成过程中发生的多位点缺失突变。方法:用PCR方法合成基孔肯雅病毒非结构蛋白基因;对测序的克隆进行序列比对,分析不同克隆上缺失突变发生的位置,以保守区域互相重叠的寡核苷酸为上下游引物、以该区域测序正确的克隆为模板进行PCR扩增,得到所需片段,再将这些片段用PCR方法进一步组装成完整的基因序列并进行测序。结果:测序结果表明,经过2次PCR扩增,校正了基孔肯雅病毒非结构蛋白基因合成过程中发生的5个位点缺失突变。结论:得到序列正确的基孔肯雅病毒非结构蛋白基因。在进行基因合成过程中如发生多位点缺失突变,可利用该方法同时对以上突变进行校正,无须再合成引物,降低了实验操作难度,并提高了实验效率。     

CRISPR/Cas9介导的LATS1/2敲除抑制卵巢癌细胞ES-2增殖

Hippo信号通路在哺乳动物肝脏发育、动态平衡、再生和疾病中发挥非常重要的作用。大肿瘤抑制基因1/2（large tumor suppressor 1/2, LATS1/2）激酶是Hippo信号通路的关键激酶,可以磷酸化YES相关蛋白（yes-associated protein,YAP）,从而调节YAP的核质定位和降解。本文采用CRISPR/Cas9方法构建慢病毒介导的Last1/2基因敲除的载体,通过包装、感染和嘌呤霉素筛选,获得LATS1/2部分敲除的人卵巢癌ES-2和H08910细胞,免疫印迹方法检测LATS1/2表达明显减少。细胞增殖实验检测LATS1/2缺失明显抑制ES-2和HO8910细胞增殖。软琼脂克隆形成实验表明,LATS1/2缺失抑制卵巢癌ES-2细胞的克隆形成能力。细胞划痕和Transwell实验证明,LATS1/2缺失明显抑制卵巢癌ES-2细胞迁移。流式细胞检测发现,LATS1/2敲除促进卵巢癌ES-2细胞凋亡并影响细胞周期。裸鼠成瘤实验表明,LATS1/2缺失明显抑制体内肿瘤组织增殖。分子机制研究表明, LATS1/2敲除促进卵巢癌ES-2细胞中胶原I型α1（collagen type I α1,ColIα1）基因表达量增加,在卵巢癌ES-2细胞中同时敲除LATS1/2和COL1A1,可以促进细胞克隆形成。综上结果,人卵巢癌ES-2细胞中LATS1/2缺失能促进COL1A1表达增加, 从而抑制细胞增殖、转移和克隆形成,并影响细胞周期和促进细胞凋亡。     

肿瘤抑制基因APCmRNA在豚鼠脑中的分布

ＡＰＤ基因是１９９１年被发现的一类肿瘤抑制基因,它被定位于人第５号染色体５ｑ２１处。ＡＰＣ基因如发生缺失或突变,则易患直肠肿瘤,并伴有部分先天痴呆的病例。本工作在孟帆已获得的ＡＰＣ基因在豚鼠中的同源ｃＤＮＡ的基础上,完成了对它的亚克隆,并利用原位杂交和ＲＮＡ酶保护分析的方法,对它在脑中的分布进行了研究。发现ＡＰＣｍＲＮＡ主要在海马、大脑和小脑中表达;嗅球中杂交信号稍弱,脑干中最弱。海马中阳性细胞主     

文摘

010 0 93人可溶性肿瘤坏死因子受体Ｉ型基因在黑曲霉中的表达[中 ]/李敏… / /科学通报 .- 2 0 0 1,4 6( 1) .- 5 7～ 60将人可溶性肿瘤坏死因子受体Ⅰ型 (ｓＴＮＦＲＩ)基因插入黑曲霉 (Ａ .ｎｉｇｅｒ)融合蛋白基因的表达质粒 ｐＩＧＦ中 ,融合之处设计类胰蛋白酶 (ＫＥＸ2 )加工位点 ,构建融合表达载体ｐＨＢＣ。以 ｐＨＢＣ转化黑曲霉胞外蛋白酶缺失株Ａ .ｎｉｇｅｒ3 .795 - 1- 2 3 ,通过Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交鉴定阳性克隆Ａ .ｎｉｇｅｒ3 .795 - 1- 2 3重组菌株的蛋白电泳显示有特异表达带 ,Ｗｅｓｔｅｒｎｂｌｏｔｔｉｎｇ证实该分泌…     

p16^INK4失活与肿瘤的发生

p16~(INK4)位于人类染色体9p2.1,其编码的蛋白为细胞周期蛋白依赖激酶4(CDK4)的抑制因子,直接调控细胞增殖周期。至今已在许多肿瘤发现有p16~(INK4)的缺失或失活,p16~(INK4)是一种多肿瘤抑制基因(Munltiple Tumor Sup-pressor Ⅰ,MTS_1),在不少肿瘤中其缺失或失活高达80％,是一种可以与p53基因相匹敌的肿瘤抑制基因。     

Carboxin抗性基因(Cbx~R)原核表达及多克隆抗体的制备

[目的]克隆CbxR基因,进行原核表达,纯化CbxR基因蛋白并制备其多克隆抗体。[方法]CbxR基因克隆至原核表达载体p ET-28a(+),转化大肠杆菌BL21(DE3)诱导表达并纯化,Western blot鉴定分析。制备CbxR蛋白的兔源多克隆抗体,运用间接ELISA方法检测多抗效价,利用Western blot印记检测抗体特异性。[结果]成功获得CbxR基因,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导可大量表达,成功制备CbxR蛋白兔源多克隆抗体,效价为1∶64 000,经Western blot检测表明多克隆抗体特异性良好。[结论]多克隆抗体为CbxR检测及进一步研究CbxR基因功能奠定了基础。