五株人冠状病毒NL63的基因型鉴定及S1domain基因特征分析

为阐明我国部分地区人冠状病毒(Human coronavirus,HCoV)NL63基因特征,本研究对2013年陕西省、2018年河南省和湖南省送检的5株HCoV-NL63核酸检测阳性的呼吸道样本进行HCoV-NL63基因型别鉴定及S1 do-main基因特征分析。通过对HCoV-NL63棘突蛋白(Spike glycoprotein,S)基因的S1 domain区域进行基因扩增和序列测定,同时结合GenBank数据库下载的1983～2018年其他国家74条HCoV-NL63代表株序列和2007～2010年中国流行的12条HCoV-NL63代表株序列,构建基因亲缘性关系树,并对S蛋白的S1 domain区域进行核苷酸序列比对分析。结果提示全球HCoV-NL63流行株可划分为A和B两个基因型;A基因型可进一步划分为A0,A1,A2和A3四个基因亚型,其中本研究将GenBank中2008年中国流行的2株HCoV-NL63毒株划分为新基因亚型(A3);B基因型可进一步划分为B0,B1和B2三个基因亚型。A和B基因型的HCoV-NL63代表株序列在地域分布上无明显差异,但A基因型不同基因亚型的HCoV-NL63序列在年代分布上呈现出一定的时间进化趋势。在我国A和B基因型HCoV-NL63均已被检测到,但主要以A基因型流行为主,且主要集中在A1和A2基因亚型。不同基因型HCoV-NL63序列在S1 domain区域核苷酸和氨基酸序列上存在特征性差异。本研究通过对五株HCoV-NL63基因型鉴定及S1 domain基因特征分析,初步阐明了我国部分地区流行的HCoV-NL63基因型/基因亚型分布情况及基因特征,丰富了我国本土流行的HCoV-NL63基因数据库,为我国HCoV-NL63分子流行病学研究及分子检测和监测技术的改进和验证提供了基础基因数据。     

一株GⅠ.3[P13]型诺如病毒的全基因组序列分析

诺如病毒(Norovirus,NoV)是人类非菌性急性肠胃炎的主要病原,GⅠ和GⅡ基因群在人类中流行较广,但对GⅠ群少有研究。为分析西安市2018年一株GⅠ型诺如病毒CHN/Xian/18N239的全基因组基因特征,本研究对某幼儿园急性肠胃炎病例肛拭子检出的一株GⅠ型诺如病毒,使用下一代测序方法对其全基因组测序,用Blastn比对和诺如病毒在线定型工具分析CHN/Xian/18N239的基因型,用MEGA-X对其进化分析,用Bioedit对其同源性、氨基酸变异和熵值进行计算,并用SWⅠSS-MODEL和PyMOL2.3.2预测和可视化三维结构。CHN/Xian/18N239株全长7684 nt,开放阅读框(ORF)1~3分别长5316 nt(84~5399 nt)、1635 nt(5383~7017 nt)和648 nt(7017~7664nt),ORF1和ORF2的重叠区长17 nt。Blastn比对显示其与GⅠ.3[P13]型2019年中国台湾株(MN922738)核苷酸同源性最高(98.91%)。系统进化分析表明其为GⅠ.3[P13]型,与韩国2017-2018年、中国台湾2018-2019年流行株核苷酸同源性为98.7%~99.3%。与参考序列U04469比,变异位点共75个,主要在P2区,其中在人外周血抗原结合位点Ⅱ有1个,且在A-Loop、T-loop、U-loop和S-loop区的三维结构改变较大。VP2区熵值为0的位点最少,VP1区易突变位点最多。应加强对本地区诺如病毒分子型别监测,提高防控能力。     

2014年陕西省柯萨奇病毒A10型相关手足口病的流行特征和其VP1区基因特征研究

了解陕西省手足口病(Hand,foot and mouth disease,HFMD)的致病病原体柯萨奇病毒A10型(CV-A10)的流行特征及VP1区基因特征。对2014年收集的HFMD病例标本,通过荧光定量PCR检测确定肠道病毒型别,对CV-A10引起的HFMD流行特征进行描述性分析。使用RD细胞进行病毒分离,RT-PCR扩增CV-A10的VP1区基因片段并进行序列测定,使用Meg Align软件进行核苷酸及氨基酸的同源性分析,并使用MEGA5.0软件构建系统进化树。2014年CV-A10是陕西HFMD病原谱中的第三大病原,占其他肠道病毒的57.71%,13例重症HFMD病例的致病病原体鉴定为CV-A10,占重症病例的9.03%。CV-A10感染HFMD病例以≤3岁年龄组儿童为主(83.07%),男女性别比为1.15∶1。发病时间主要集中在4～7月。实验室分离出101株CV-A10,覆盖全省10市(区)。完成测序的18株CV-A10核苷酸和氨基酸同源性分别为94.0%～100.0%和97.3%～100.0%,与A型原型株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.2%～77.5%和91.9%～93.0%,与近年来河北、湖南和河南地区流行株具有较高的同源性。系统进化显示陕西CV-A10分离株属于C基因型。CV-A10是2014年陕西HFMD的优势病原,能引起重症HFMD,本次分离到的CV-A10毒株均属于C基因型。