基于线粒体COI基因探讨鹟亚科部分属和种的分类地位

采用PCR扩增、测序的方法,对鹟亚科(Muscicapinae)6属16种鸟类的线粒体COI基因序列1176bp进行测定,并以荒漠伯劳和发冠卷尾作为外群构建Bayes、ML、MP3棵系统发育树。结果支持:寿带属(Terpsiphone)、扇尾鹟属(Rhipidura)、方尾鹟属(Culicicapa)3属与鹟亚科其他鸟类亲缘关系较远,扇尾鹟属与方尾鹟属亲缘关系较近;鹟属(Muscicapa)为单系发生,本研究结果未能确定它与仙鹟属、姬鹟属的进化关系;铜蓝鹟(Muscicapa thalassina)从鹟属中移出,归入仙鹟属。上述结论解决了鹟亚科部分属间的进化关系,为鹟亚科分类系统的研究提供了分子水平证据。     

基于线粒体基因cyt b的鹟亚科部分鸟类系统发育

采用分子系统学方法对鹟亚科(Muscicapinae)6属31种鸟类的cytb基因序列992bp进行系统发生分析。以荒漠伯劳(Lanius isabellinus)和发冠卷尾(Dicrurus hottentottus)为外群,采用贝叶斯法(Bayesian,BI)、最大似然法(Maximum-likelihood,ML)和最大简约法(Maximumparsimony,MP)分别构建鹟亚科的系统发育树。结果支持:寿带属(Terpsiphone)、扇尾鹟属(Rhipidura)与方尾鹟属(Culicicapa)可从鹟亚科中移出,其中寿带属归入王鹟科(Monarchidae),扇尾鹟属与方尾属归入扇尾鹟科(Rhipiduridae);鹟属(Muscicapa)、仙鹟属(Niltava)为单系发生,并聚为姐妹群,亲缘关系较近;姬鹟属(Ficedula)并非单系发生,白眉姬鹟(Ficedulazanthopygia)在3种系统发生树中的位置差别较大,研究结果未能确定其分类地位;铜蓝(Muscicapa thalassina)与白腹蓝(Cyanoptila cyanomelana)亲缘关系较近,前者应从属中移出,后者应从姬属移出,共同归入仙属或列为仙属的姐妹属。上述结论解决了亚科部分有争议属、种间的进化关系,为亚科分类系统提供了DNA水平证据。     

黑龙江省蹄盖蕨科(Athyriaceae)植物的RAPD分析及其系统学意义

在形态分类研究的基础上,利用RAPD技术,对黑龙江省蹄盖蕨科植物6属9种共15个种群进行了遗传多样性分析,分析结果表明：（1）假冷蕨属应包括在蹄盖蕨属中（2）角蕨属与蹄盖蕨属,羽节蕨属与冷蕨属亲源关系较近（3）短肠蕨属为独立一属,与其它属亲源关系较远。根据黑龙江省蹄盖蕨科植物的DNA水平的研究结果,再结合其形态学特征,建议将黑龙江省蹄盖蕨科划分为3个亚科：冷蕨亚科(Cystopterioideae)包括2个属：冷蕨属(Cystopteris)和羽节蕨属(Gymnocarpium)。蹄盖蕨亚科(Athyrioideae)包括3个属：蹄盖蕨属(Athyrium)、假冷蕨属(Pseudocystopteris)和角蕨属(Cornopteris)。双盖蕨亚科(Diplazioideae)包括短肠蕨属(Allantodia)。     

水蛇亚科形态学特征的支序分析

水蛇亚科属于游蛇科，包含10个属。其中7个属为单型属。选取水蛇亚科14个形态学特征进行支序分析，并利用计算机软件Hennig 86对水蛇亚科中8个属之间的系统发育关系进行初步探讨，结果显示水蛇亚科分为两支：Gerarda和Fordonia两个属构成姊妹群，Cerberus、Erpeton和Homalopsis三个属也构成单系群，与Voris et al(2002)的分子系统树相同，但Cantoria属的地位则与Voris et al(2002)的明显不同。     

栉角雪萤的荧光酶基因结构及其系统发育分析

短角窗萤属是萤科第四大属，但未见有该属物种荧光酶基因的研究报道。通过对总基因组的PCR扩增，对该属的栉角雪萤荧光酶基因进行了测序分析。基因序列长1 958 bp。与已知荧光酶基因进行同源性比较后推断，栉角雪萤的荧光酶基因由7个外显子和6个内含子组成，编码547个氨基酸残基；由推导的氨基酸序列进行同源性比较后发现，栉角雪萤的荧光酶基因与同一亚科中Lampyrini族和Cratomorphini族分别具有93—94%和92%相似性，而与北美萤火虫Photinus pyralis(Photinini族)的相似性较低(83%)。系统发育分析进一步表明栉角雪萤与Pyrocoelia、Lampyris、Cratomorphus和Photinus同属于萤亚科，且与前3个属的亲缘关系较近。这在一定程度上与形态(Branham & Wenzel, 2003)及线粒体DNA(Li et al, 2006)系统发育分析所得结果一致。     

小苍兰ACC合成酶FhACS1基因的克隆与序列分析

以小苍兰品种“上农金皇后”为研究对象,利用PCR技术和染色体步移技术首次克隆到了ACC合成酶FhACS1基因的全长序列和编码序列。结果表明：FhACS1基因全长为2 576 bp,包含长为433 bp的5′端非编码区序列（5′-UTR）以及长为373 bp的3′端非编码区序列（3′-UTR）;开放读码框（ORF）长度为1 371 bp,推定编码457个氨基酸。分析表明,该基因包含3个内含子和4个外显子。序列分析结果显示,FhACS1推导蛋白具备ACS蛋白的7个保守结构域;在氨基酸水平上,FhACS1与小果芭蕉的同源性最高（85%）;系统进化分析表明,FhACS1与孟宗竹BaACS（BAC56949.1）、水稻OsACS1（AAA33888.1）、小果芭蕉MaACS1（AAQ13435）的亲缘关系最近。在其已知启动子区域,发现有多个对脱落酸、赤霉素、细胞分裂素等激素响应的顺式元件,以及对干旱和低温等逆境胁迫响应的顺式元件。     

3属4种罂粟科植物幼苗初生维管系统的结构

罂粟科属间演化关系一直存在争议。本文以罂粟科罂粟属的虞美人（Papaver rhoeas）和东方罂粟（Papaver orientale）、白屈菜属的白屈菜（Chelidonium majus）以及紫堇属的地丁草（Corydalis bungeana）为材料,应用整体透明和石蜡连续切片的方法,在明场显微镜和偏光显微镜下对其幼苗期的结构及发育进行了观察。结果表明,3属植物幼苗子叶节区下部存在的单中柱类型各异：罂粟属为外始式二原型圆形单中柱,白屈菜属为外始式二原型近圆形单中柱,紫堇属为外始式二原型“S”形单中柱。3属植物的子叶脉序也存在区别：虞美人和东方罂粟具单一叶脉,无叶隙;白屈菜为环结曲行羽状脉;地丁草为基出完全顶聚脉。根据上述幼苗初生维管系统的结构,认为3属中罂粟属较为原始,白屈菜属较为进化,紫堇属更为进化。     

岩蕨科、球盖蕨科的系统位置：叶绿体DNAtrnL-F区序列证据

岩蕨科(Woodsiaceae)和球盖蕨科(Peranemaceae)历来被多数学者认为是亲缘关系密切的两个科,它们的系统位置一直存在争议,两科曾被放入三叉蕨科(Aspidiaceae)、碗蕨科(Dennstaedtiaceae)、鳞毛蕨亚科(Dryopteridoidaae)及鳞毛蕨科(Dryopteriaceae)蹄盖蕨亚科(Athyrioideae)中。根据岩蕨科1种、球盖蕨科3种、蹄盖蕨科8种、鳞毛蕨科2种及1种外类群假大羽铁角蕨(Asplenium pseudolaserpitiifolium)的cpDNA基因trnL-F区序列建立的系统树,结果显示,岩蕨科和球盖蕨科的亲缘关系较远,岩蕨科与蹄盖蕨科有密切的亲缘关系,球盖蕨科与鳞毛蕨科亲缘关系较近,岩蕨科和球盖蕨科是处于不同进化线上的植物。秦仁昌（1978）和Pichi-Sermolii（1977）的系统将二者分别作为独立的科是合适的。     

指数方法

评价物种多样性是目前生物多样性研究中的一项紧迫任务。我们提出一种基于信息测度的G-F指数公式,利用生物普查得到的鸟类和兽类名录计算一个地区的物种多样性。首先计算属间的多样性（G指数）和科间的多样性（F指数）,然后,再利用G指数和F指数的比值进行标准化,得出G-F指数。在这一指数体系中,F指数包括科中和科间的多样性。如果G-F指数趋近1,则代表科间多样性的F指数下降,或者代表属多样性的G指数上升;否则G-F指数趋近零或为负数。信息测度通常也用于生物群落的生态多样性。然而,G-F指数与生态多样性不同。G-F指数测定的一个地区一个生物类群中科属间的物种多样性,而生态多样性指数研究生物群落中物种组成及种间个体的多寡。利用G-F指数研究评估生物多样性保护有如下优点：（1）G-F指数提供了一种简捷有效的生物多样性保护评估方法,因为在许多地点已经进行过生物普查,编写了动物、植物名录;（2）G-F指数是一种标准化指数,可以进行不同地区间生物多样性比较。在动物界,特别是无脊椎动物中,尚未鉴定的物种占多数,而鸟类和兽类中尚未鉴定的物种很少。我们应用鸟类和兽类名录计算了G-F指数,选择了梵净山、大瑶山、伏牛山、凉水、北京—天津、海北、白音锡勒、青海湖和帕米尔高原等9个地区,进行了物种多样性的比较研究。结果表明：在上述地区,鸟类的G指数高于兽类的G指数,但差异并不显著（p=0.11）。鸟类的F指数显著地高于兽类的F指数（p<0.05）。鸟类G-F指数与兽类G-F指数相关(r=0.68, p<0.05)。     

南极长城站地区土壤微生物生态作用的初步探讨

从南极长城站附近联合采样13个,并进行了土壤微生物的数量统计与种类鉴定。氨化细菌的菌量为10⁴～10⁶cells／g,共7个属：微球菌属（Micrococcus）,葡萄球菌属（Staphylococcus）,假单胞菌属（Pseudomonas）,芽孢杆菌属（Bacillus）,产碱菌属（Alcaligenes）,黄杆菌属（Flavobacterium）,节杆菌属（Arthrobacter）;固氮细菌菌量为10⁵～10⁷cells／g,仅一个固氮菌属（Azotobacter）;硝化细菌一般为10⁴cells／g,分属两个属：硝化杆菌属（Nitrobacter）,硝化球菌属（Nitrococcus）;真菌为10³cells／g,分属5个属：青霉菌属（Penicillium）,金孢霉菌属（Chrysosporium）,枝孢霉菌属（Cladosporium）,曲霉菌属（As-pergillus）,散囊菌属（Eurotium）,反硝化菌为 10²～10⁴cells／g,分属 3个属：假单胞菌属（Pseudomonas）,微球菌属（Micrococcus）,芽孢杆菌属（Bacillus）;放线菌分属3个属：链霉菌属（Streptomyces）,小单孢菌属（Micromonospora）,和诺卡氏菌属（Nocardia）。联采样品12℃培养的出现率主要类群是：假单胞菌属（42％）,芽孢杆菌属（35％）,微球菌属（31％）,节杆菌属（27％）,青霉菌属（58％）,枝孢霉菌属（54％）,硝化杆菌属（81％）,固氮菌属（88％）,反硝化细菌中主要是假单胞菌属（58％）,芽孢杆菌属（38％）。文中还讨论了微生物菌量与土壤总碳、总氮的相关性及其在该地区氮循环中的生态学作用。     

基于nrDNA GapC基因内含子序列的资源冷杉遗传多样性研究

通过nrDNA GapC基因内含子序列的测序和分析,揭示资源冷杉遗传多样性水平和种群分化的强弱并推断其进化历史。资源冷杉3个种群的34个个体共获得70条GapC基因内含子序列,有8个核苷酸变异位点,鉴别出12种单倍型。银竹老山、大院和舜黄山种群分别有10种、6种和7种单倍型;有7个个体得到了2种以上的单倍型。资源冷杉物种水平的单倍型多样性（h）为0.817 0,种群的在0.683 3～0.883 1之间;物种水平的核苷酸多样性（π）为0.003 90,种群的在0.002 63～0.003 82之间。种群遗传分化研究结果（G_st=0.103,p<0.05）说明种群间存在显著的遗传分化,分子方差分析（AMOVA）结果也证明虽然大多数的核苷酸多态性（88.64％,p<0.001）来源于种群内个体间的变异,但是仍有显著性比例存在种群间（11.36%,p<0.05）。Tajima’s D、Fu &; Li’s D、Fu &; Li’s Fs中性检验结果都表明资源冷杉在物种和种群水平上都不拒绝中性进化。资源冷杉单倍型的谱系没有出现地区特异性谱系分支,核苷酸不配对分析（mismatch analysis）结果表明没有发生近期的群体扩张,资源冷杉的N_st（0.131）与G_st（0.103）没有显著性差异（p>0.05）,表明种群没有明显的地理结构。推测现存资源冷杉是相对较近的时间内片断化的产物。     

五节芒定居对尾矿砂重金属形态与微生物的影响

在浙江三门尾矿砂堆积地上按定居程度选择4个五节芒（Miscanthus floridulus）定居样地,同时以尾矿砂裸地为对照样地,分别研究了五节芒定居对尾矿砂重金属（铅、锌、铜和镉）形态转化、尾矿砂微生物参数以及二者之间关系的影响。结果表明：五节芒自然定居显著地提高了尾矿砂碳酸盐结合态和硫化物-有机物结合态重金属的含量（P<0.05）,降低了尾矿砂阳离子交换态、铁-锰氧化物结合态和残渣态重金属含量（P<0.05）;除了微生物呼吸熵显著下降（P<0.05）、生物量碳熵不规则变化以外,其他尾矿砂微生物参数均随着五节芒自然定居而显著提高（P<0.05）;典范相关分析表明,尾矿砂微生物参数的总体变化与尾矿砂碳酸盐结合态和硫化物-有机物结合态重金属的含量呈显著正相关（R²=0.9874,0.9939）,而与尾矿砂阳离子交换态、铁-锰氧化物结合态和残渣态重金属含量呈显著负相关（R²=0.9972,0.9964,0.9949）。     

南五味子属（五味子科）植物叶表皮形态特征

在光学显微镜和扫描电镜下,观察了南五味子属（Kadsura Kaempf. ex. Juss.）全属11种,八角属（Illicium Linn.）2种,共108个样品的叶表皮特征。在南五味子属中,叶表皮细胞的形状、叶表皮表面的纹饰、气孔器的形状、气孔极区的形状、表皮毛的有无等性状能用于研究南五味子属种间关系,以及与五味子属（Schisandra Michaux）和八角属之间的关系。在八角目（Illiciales）中发现的一个新分类学性状（叶表皮表面具角质网纹）,支持将南五味子属分为离蕊南五味子亚属（Subg. Cosbaea）和南五味子亚属（Subg. Kadsura）。根据叶表皮形态特征,支持将南五味子亚属分为南五味子组（Sect. Kadsura）和肉蕊组（Sect. Sarcocarpon）,支持R. M. K. Saunders和林祁对某些种的归并处理。根据与五味子属和八角属叶表皮形态特征的比较,认为这3个属的叶表皮形态特征相似,但南五味子属叶表皮形态比五味子属和八角属的叶表皮形态复杂,不支持将五味子科（Schisandraceae）从八角目（Illiciales）中分出而成立五味子目（Schisandrales）的观点。     

基于线粒体Cyt b基因的线蛱蝶亚科的系统发育

基于线粒体Cyt b基因部分序列，以波蛱蝶为外群，采用邻接法、最大简约法和贝叶斯法分别构建了中国线蛱蝶亚科10属25种蝶类的系统发育树，探讨了各主要类群间的系统发育关系。其结果表明，所有线蛱蝶亚科聚为两大枝：第一枝包括环蛱蝶属、菲蛱蝶属、蟠蛱蝶属和缕蛱蝶属，其中缕蛱蝶属与环蛱蝶族亲缘关系较近；第二枝包括丽蛱蝶属、穆蛱蝶属、线蛱蝶属、带蛱蝶属、律蛱蝶属和翠蛱蝶属，其中线蛱蝶属为非单系群，翠蛱蝶属和律蛱蝶属则为单系发生，并构成姐妹群。     

人工巢箱对次级洞巢鸟类多样性及繁殖鸟类群落稳定性的作用

人工巢箱在鸟类研究与保护中的使用越来越广泛, 但是人工巢箱对鸟类群落的影响并不清楚, 人工巢箱在鸟类群落保护过程中所扮演的角色仍然值得商榷。我们于2007年3–8月, 在北京门头沟区小龙门国家森林公园选择两块海拔及植被情况相似的样地, 一块悬挂50个人工巢箱, 另一块作为对照。我们调查了巢箱利用情况、巢箱内鸟类的繁殖情况及两样地的植被群落和鸟类群落。50个巢箱中有20个分别被褐头山雀(Parus songarus)、白眉姬鹟(Ficedula zanthopygia)、普通鳾(Sitta europaea)及大山雀(Parus major)占用。通过比较分析得知, 人工巢箱使实验样地白眉姬鹟的种群密度显著增加, 使实验样地次级洞巢鸟类群落的多样性指数(H’)和群落种间相遇率(PIE)显著高于对照样地, 而优势度指数(λ)显著低于对照样地。同时, 繁殖鸟类群落的相应指数也呈现出相同变化。这种变化更多地应该归因于人工巢箱的调节作用。通过这次研究, 我们认为人工巢箱影响了一部分次级洞巢鸟的分布模式, 并通过影响鸟类多度影响了次级洞巢鸟的多样性, 增加了一部分利用巢箱鸟类的种群密度, 进而使得实验样地繁殖鸟类多样性增加, 个体数量差异降低, 而群落均匀性增加。巢箱的悬挂对次生林鸟类群落保护产生了积极的影响。     

基于核核糖体DNA ITS序列的真藓科系统发育新证据

主要是利用核基因组的核糖体DNA内转录间隔区（nrDNA ITS）序列数据探讨了Buck和Goffinet（2000）限定的真藓科内各属间及属内种间的系统发育关系。ITS序列的最大简约法（MP）及贝叶斯推论（BI）分析结果显示：不支持Cox（1999）利用rps4/trnL-trnF数据分析将丝瓜藓属移至提灯藓科的结论。ITS数据分析与Holyoak（2007）利用trnL-F,trnG和atpB-rbcL序列数据分析将Bryum algovicum、B.caespiticium、B.capillare、B.pseudotriquetrum和Plagiobryum zierii划归Ptychostomum的结论一致,同时,为Spence(2005)依据形态学特征将B.pallescen、B.pallens、B.uliginosum、B.amblyodon和B.lonchocaulon划归Ptychostomum提供ITS分子证据支持。基于以上研究,建议将以上提到的真藓属种和平蒴藓移至Ptychostomum。     

四角果科（Carlemanniaceae）的系统位置评述

四角果科（Carlemanniaceae）科下有四角果属Carlemannia（3种）和蜘蛛花属Silvianthus（1种1亚种）。这两属建立之初均置于茜草科,此后又被多个分类及系统学家将它们移至忍冬科;1965年由Airy Shaw将它们从忍冬科独立成四角果科,得到了部分学者的赞同,但其系统位置仍存在争议,认为与与苦苣苔科、虎耳草科、马鞭草科和绣球花科等科的关系错综复杂;科下两属间的关系也仍然值得探讨。APGII认为四角果科与木樨科素馨属或女贞属近缘,但支持率不高。本文对四角果属和蜘蛛花属系统位置的研究和现状进行了评述;将Silvianthus bracteatus ssp. tonkinensis (Gagnep.) H. W. Li作为线萼蜘蛛花Silvianthus bracteatus ssp. clerodendroides (Airy Shaw) H.W.Li的异名归并;并对今后的研究提出了建议。     

中国安氏长舌果蝠的分类记述

1992年3月和1999年12月，分别从云南南部西双版纳勐腊补崩和麻木树采到6号长舌果蝠，经与我国已记载过的翼手目（Chiroptera)狐蝠科（Pteropodidae)长舌果蝠亚科（Macroglossinae)的种类比较：其舌甚长，舌尖具刷状突起，舌面中央有三尖形乳突（tridentate papillae）、前臂长47.31～51.01 mm与长舌果蝠（Eonycteris spelaea）相似，但第二指具爪，翼膜止于第三趾趾基，上唇前缘无沟槽，鼻孔不突出，尾极短、隐于毛被中；头骨后部明显向后下方倾斜，齿槽后延线明显超过人字嵴上缘达及顶间骨上缘水平，牙齿非常长而细弱，与长舌果蝠明显有别，这些特征与印度东北部和东南亚一带的安氏长舌果蝠（Macroglossus sobrinus）一致，为我国翼手目狐蝠科长舌果蝠亚科的属、种新纪录，本文对这一属、种作比较详细的记述；另对已记录的长舌果蝠（Eonycteris spelaea），根据新的资料作补充记述。     

福建苦竹属一新种

描述了中国福建苦竹属（竹亚科）一新种,即罗公竹(Pleioblastus guilongshanensis M. M. Lin)。本新种与宜兴苦竹（P. yixingensis）相近似,区别在于前者节间较长（15~30 cm）,幼时被微柔毛,仅节下有一圈白粉;竿箨上部无焦边;叶鞘被开展的刚毛等特征,易于区别。     

从线粒体Cyt b基因探讨红瘰疣螈物种地位的有效性

疣螈属的红瘰疣螈（Tylototriton shanjing）和棕黑疣螈(T. verrucosus) 的物种界限一直不清楚。测定了来自中国西南地区14个地点的T. shanjing和T. verrucosus共40只标本的线粒体DNA Cyt b基因(753 bp)。结果表明：（1）用邻接法、最大简约法和贝叶斯法等3种系统发育分析法分别重建棕黑疣螈种组系统发育树的拓扑结构不支持T. shanjing是单系群；（2） T. shanjing与T. verrucsus的mtDNA Cyt b序列差异平均值仅为1. 2％, 未达到种级水平。因此, 全部T. shanjing样品都属于同一个物种, 即T. verrucosus, 不支持T. shanjing的物种地位, T. shanjing为T. verrucosus的同物异名，并建议恢复T. verrucosus的中文名红瘰疣螈。根据基于40个样品Cyt b基因序列的系统发育树和遗传变异以及地理分布, 这些红瘰疣螈（T. verrucosus）样品聚为3 支, 即中国西南地区的红瘰疣螈可分为片马、滇中滇西和滇东南3个地理居群。