SEMA3B基因在鼻咽癌组织中的表达、杂合性丢失和甲基化分析

SEMA3B基因定位于鼻咽癌高频缺失区域3p21.3上,最近被证明具有抑瘤基因的功能.分析了鼻咽癌组织中SEMA3B基因的表达、杂合性丢失(LOH)和甲基化情况.首先应用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法检测了33例鼻咽癌组织和15例慢性鼻咽炎组织中SEMA3B基因的表达,结果显示75.8%(25/33)鼻咽癌组织中SEMA3B基因表达缺失或下调,显著低于慢性鼻咽炎组织中的表达(P=0.001).进一步选取3个微卫星位点D3S1568、D3S1621和D3S4597分析了20例鼻咽癌组织中SEMA3B基因LOH的情况,结果表明3个位点的丢失率分别为10%、20%和15%,总的丢失率为45%,统计分析发现LOH与基因表达之间存在明显相关(P=0.023).最后,采用甲基化特异性PCR方法分析了SEMA3B基因启动子区甲基化,结果发现在100%的鼻咽癌组织和73.3%的慢性鼻咽炎组织中检测到SEMA3B基因启动子区高甲基化.由此得出结论,SEMA3B基因在鼻咽癌组织中表达缺失或下调,LOH是引起其表达异常的原因之一.     

定位于染色体9p21-22的一个新基因UBAP1的克隆测序及在鼻咽癌中的表达分析

 在染色体 9p2 1 2 2鼻咽癌杂合性丢失 (lossofheterozygosity,LOH)高频区 ,应用EST介导的定位 侯选克隆策略 ,用RT PCR及Northern杂交检测了 2 2个表达序列标记 (expressedsequencetag ,EST)在鼻咽癌细胞株HNE1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达差异 ,并对其中一个在鼻咽癌细胞株HNE1中表达下调的EST检测了在鼻咽癌活检组织中的表达 .用生物信息学方法获得其全长cDNA序列 ,GenBank登录号AF2 2 2 0 4 3.该基因cDNA全长 2 70 1bp ,其开放阅读框 (openreadingframe ,ORF)编码一个含 50 2个氨基酸、分子量为 55kD的碱性蛋白质 ,在蛋白羧基端含有 2个连续的重要UBA功能域 (ubiquitinassociateddomain) ,属于遍在蛋白相关蛋白家族的一个新成员 ,经国际人类基因命名委员会同意 ,将其命名为UBAP1 (ubiquitinassociatedprotein 1 ) .Northern表达分析显示UBAP1在所检测的人组织中广泛表达 ,但在人的心脏、骨骼肌及肝脏中的表达较强 .UBAP1基因在63 2 % ( 1 2 1 9)的鼻咽癌活检组织中表达下调 .UBAP1基因作为一个遍在蛋白相关蛋白家族的新成员 ,结合其在 9p的重要定位信息 ,有必要进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制 .     

基因甲基化导致鼻咽癌组织14-3-3σ表达下调

为探讨14-3-3σ基因甲基化在鼻咽癌发病中的作用,以75例鼻咽癌活检组织和25例正常鼻咽黏膜活检组织作为研究对象,采用甲基化特异性聚合酶链式反应 (MSP)检测14-3-3σ基因甲基化状态,逆转录聚合酶链式反应 (RT-PCR)检测　14-3-3σ mRNA表达,免疫组织化学染色检测14-3-3σ蛋白质表达．结果发现,鼻咽癌组织14-3-3σ基因完全甲基化、不完全甲基化和未甲基化的例数分别为4例、59例和12例,正常鼻咽黏膜组织不完全甲基化和未甲基化的例数分别为7例和18例,鼻咽癌14-3-3σ基因甲基化频率显著高于正常鼻咽黏膜组织(84% vs 28%,χ2=28,P < 0.05)．RT-PCR和免疫组织化学染色结果显示：14-3-3σ基因完全甲基化的组织样本无14-3-3σ表达,不完全甲基化的组织样本14-3-3σ表达显著降低,14-3-3σ基因甲基化与鼻咽癌淋巴结转移及鼻咽癌临床分期正相关． 研究结果表明,鼻咽癌组织14-3-3σ基因存在高频甲基化,14-3-3σ基因甲基化导致14-3-3σ表达降低或缺失,14-3-3σ表达水平与鼻咽癌淋巴结转移及其临床分期相关．     

Fibulin3基因在非小细胞肺癌中的蛋白表达及甲基化检测

目的:检测Fibulin3基因在非小细胞肺癌患者(non-small cell hung cancer,NSCLC)组织中的表达和甲基化状态,并分析其临床病理意义.方法:收集59例NSCLC患者术后病理蜡块,进行免疫组化染色;提取癌组织及相应癌旁组织DNA,甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)检测Fibulin3基因启动子区甲基化情况.结果:59例NSCLC标本中,25例(42.4%)Fibulin3表达水平比相应癌旁组织下调(P＜0.05);癌组织和相应癌旁组织甲基化22例和5例检出Fibulin3基因启动子区高甲基化,其阳性率分别为37.3%和8.5%,差异具有统计学意义(P＜0.001);Fibulin3启动子甲基化导致蛋白表达下调或缺失(P＜0.001),并与临床分期(P=0.035)及淋巴结转移(P=0.011)相关.结论:启动子甲基化引起的Fibulin3基因失活在NSCLC发生发展中起重要作用,Fibulin3启动子甲基化可能成为NSCLC早期诊断和预后评估的潜在标记物.     

与泛肽途径可能相关的新基因UBAP1的克隆和表达分析

在先前确定了鼻咽癌9p21-22区域的一个最小共同缺失区内的基础上,为了筛选和克隆鼻咽癌相关的修选抑瘤基因,应用EST介导的定位候选克隆策略,用RT－PCR及Northern杂交检测了22个表达序列标签(expressed sequence tag,EST）在鼻咽癌细胞株HNE－1和原代培养的正常鼻咽上皮细胞中的表达水平,发现其中一个EST w56112在鼻咽癌细胞株HNE－1中的表达显著下调,RNA印迹显示其代表一转录本为2.7kb的基因。进一步运用cDNA测序和RACE方法克隆了该EST代表的基因全长cDNA,Genbank登录呈AF222043,同时结合生物信息学方法克了该基因在小鼠中的同源基因,Genbank登录AF275549。该基因cDNA全长2.7kb,编码由502个氨基酸组成的、分子质量为55kD的蛋白质。数据库分析显示该基因编码的蛋白质羧基段含有两个重要的泛肽相关结构域（UBA domain）,属于泛肽相关蛋白家族的一个新成员,因此征得国际人类基因组命名委员会同意,将其命名为UBAP1基因。运用Northern杂交和 RT-PCR方法检测发现UBAP1基因在所检测的人和小鼠的组织中广泛表达。采用RT－PCR和直接测序的方法,未能发现UBAP1基因编码区在鼻咽癌细胞株HNE－1和10例鼻咽癌活检标本中存在突变。UBAP1基因作为一个泛肽相关蛋白家族的新成员,有可能参与泛肽信号途径;结合其在9p的定位信息及在鼻咽癌中的表达下调。有等对UBAP1基因进行为精细的突变分析,以进一步研究其表达下调参与鼻咽癌发生发展的可能机制。     

EB病毒阳性和阴性胃癌中视网膜母细胞瘤基因甲基化状态及其表达

目的:了解EB病毒(Epstein-Barr virus,EBV)相关胃癌(EBVaGC)和阴性胃癌(EBVnGC)组织中视网膜母细胞瘤(Rb)基因甲基化状态及蛋白表达,探讨EBV感染与Rb基因甲基化的关系.方法:采用甲基化特异性PCR(MSP)对各种临床病理指标匹配的23例EBVaGC和25例EBVnGC组织及相应癌旁组织中Rb基因启动子区域的甲基化状态进行检测,并采用免疫组化技术检测两种胃癌组织中Rb蛋白的表达.结果:胃癌与相应癌旁组织中Rb基因启动子区的甲基化率分别为64.6%(31/48)和39.6%(19/48),差异有显著性(P<0.05);EBVaGC组织中Rb基因启动子区的甲基化率为82.6%(19/23),高于EBVnGC中的检出率(48.0%,12/25),差异有显著性(P<0.05);EBVaGC和EBVnGC组织中Rb蛋白的表达率分别为52.2%(12/23)和72.0%(18/25),差异无显著性(P□0.05);胃癌组织中Rb启动子基因甲基化与蛋白表达无明显负相关.结论:Rb异常甲基化在胃癌细胞中较常见,EBV可以诱导Rb基因甲基化,影响其基因表达而参与EBVaGC的发生.     

人脑胶质瘤细胞中GDNF 基因启动子1 区甲基化状态的研究

目的:观察GDNF启动子1区在人脑胶质瘤细胞中的甲基化修饰状态,以期探讨其对于GDNF在胶质瘤中高表达的影响。方法:基因测序检测10例胶质瘤与5例正常脑组织中GDNF基因序列,比较其基因是否有突变发生;重亚硫酸盐修饰后基因测序检测20例胶质瘤(10例低级别和10例高级别)与5例正常脑组织中GDNF启动子1区甲基化修饰状态。结果:GDNF启动子1区基因在胶质瘤中没有发生突变;GDNF启动子1区甲基化修饰在正常脑组织、低级别、高级别中发生率分别为72.25%、86.25%、86.75%。在胶质瘤中的甲基化修饰水平比正常脑组织明显增高(P<0.05),而高低级别之间无显著性差异。结论:在胶质瘤细胞中,GDNF启动子1区发生了高甲基化修饰,这种修饰很可能会影响GDNF基因的表达。     

DNA甲基化抑制鼻咽癌细胞系膜联蛋白A1基因表达

为了研究不同分化程度和转移潜能鼻咽癌(NPC)细胞系膜联蛋白A1(ANXA1)mRNA和蛋白质表达情况及其与基因甲基化的关系．培养NPC细胞系CNE1、CNE2、5-8F、6-10B和永生化非癌性人鼻咽黏膜上皮细胞NP69细胞用于实验,用甲基化特异性聚合酶链反应(MSP)方法检测ANXA1基因甲基化状态,同时利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法检测ANXA1基因的mRNA表达水平．然后用不同浓度的5-杂氮-2′-脱氧胞苷(5-aza-2dC)对NPC细胞进行去甲基化处理,MSP和RT-PCR方法检测处理组和对照组细胞ANXA1基因甲基化状况和mRNA表达水平,并用Western-blotting方法检测ANXA1基因蛋白质表达水平．结果发现,NP69细胞ANXA1基因无甲基化,4株NPC细胞系ANXA1基因都存在不同程度的甲基化,甲基化程度与细胞的分化程度和转移潜能相关．NPC细胞ANXA1基因mRNA表达水平降低,低于NP69细胞,其降低的程度与基因的甲基化程度相关．5-aza-2dC能够剂量依赖性地引起ANXA1基因去甲基化,经去甲基化处理后,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质的表达水平相应提高．研究证明,NPC细胞系ANXA1基因的mRNA和蛋白质表达水平出现下调,甲基化是导致表达下调的主要原因,5-aza-2dC去甲基化处理能够恢复ANXA1基因的表达水平．     

利用组织微阵列研究ACVRL1在鼻咽癌中的表达及临床意义

ACVRL1基因又名活化素受体样激酶l(activin receptor-like kinase-1, ALK1),与2型遗传性出血性毛细血管扩张性疾病(HHT2)密切相关.通过制作含896个组织点阵的鼻咽癌组织微阵列.结合原位杂交法检测ACVRL1在鼻咽癌组织中的mRNA表达,建立ACVRL1基因在鼻咽癌组织中的原位表达谱,分析ACVRL1mRNA的表达与鼻咽癌临床病理特征关系,并分析其与鼻咽癌颈部淋巴结转移的关系.结果发现ACVRL1mRNA在鼻咽癌组织中的表达与相应非癌组织相比,有显著性差异(P<0.05);ACVRL1mRNA的表达与临床分期无显著相关性(P>0.05);与颈部淋巴结有无转移存在显著性差异(P<0.05);但与EBV VCA-IgA血清滴度没有显著相关性(P>0.05).灵敏度、特异度、阳性预测值和阴性预测值等指标综合评估ACVRL1基因作为鼻咽癌颈部淋巴结转移分子标志物的有效性.这些结果表明ACVRL1基因在鼻咽癌组织中表达下调,与颈部淋巴结转移密切相关,可作为鼻咽癌颈部淋巴结是否转移的候选分子标志物.     

非小细胞性肺癌患者Runx3基因启动子区甲基化状态研究

目的:分析非小细胞性肺癌(NSCLC)中Runx3基因启动子区甲基化状态.方法:运用甲基化特异性PCR技术检测62例NSCLC组织和癌旁正常肺组织中Runx3基因启动子甲基化,并分析该基因启动子甲基化Runx3基因mRNA和蛋白表达的影响及其与临床特征之间的关系.结果:NSCLC组织中Runx3基因异常甲基化率(48.4%)显著高于癌旁正常肺组织中Runx3基因的异常甲基化率(17.7%,P＝0.000);发生完全或者不完全甲基化的NSCLC组织或者正常肺组织中Runx3基因mRNA和蛋白表达显著降低.Runx3基因启动子区高甲基化和肿瘤分化程度及临床分期有相关性(P＝0.041和0.009),而与NSCLC患者性别、年龄、有无吸烟史及肿瘤类型等临床特征无关(P=0.400,0.301,0.290和0.965).结论:Runx3基因启动子区异常甲基化是导致Runx3基因在NSCLC中表达下调的重要因素,有望成为NSCLC早期辅助诊断的分子标志物之一.     

bcl-2癌基因蛋白在鼻咽癌以及单克隆癌细胞裸鼠体内连续传代中的表达

用免疫组织化学Ｓ－Ｐ方法,检测了４０例低分化鼻咽癌、３０例鼻咽癌克隆细胞裸鼠移植瘤、１０例慢性鼻咽炎及８例人胚鼻咽上皮组织石蜡包埋切片中抗凋亡基因ｂｃｌ－２癌蛋白的表达;并进一步检测了鼻咽癌克隆株在裸鼠体内演进中ｂｃｌ－２癌蛋白的表达以及与淋巴结转移之间的关系。结果表明：鼻咽癌及其裸鼠移植瘤组织中ｂｃｌ－２癌蛋白的表达率分别为６２．５％和７０％,慢性鼻咽炎中ｂｃｌ－２癌蛋白的表达率为１０％,人胚鼻咽上皮组织中不表达ｂｃｌ－２癌蛋白,鼻咽癌及其裸鼠移植瘤组织中ｂｃｌ－２癌蛋白的表达率明显高于慢性鼻咽炎组织中（Ｐ＜０．０１）;鼻咽癌克隆株演进中癌细胞ｂｃｌ－２癌蛋白的表达不断升高,其淋巴结转移率亦不断升高。提示：抗凋亡基因ｂｃｌ－２癌蛋白的表达可能和鼻咽癌的发生、演进及转移能力密切相关     

肝细胞生长因子和其受体c—Met在鼻咽癌组织中的表达及其意义

目的：探讨肝细胞生长因子（HGF）和其受体c—Met在鼻咽癌（NPC）中的表达及其意义。方法：采用免疫组织化学S-P法检测55例NPC,15例慢性鼻咽炎症中HGF／c—Met蛋白的表达,并结合临床病理进行分析。结果：HGF、C—Met在慢性鼻咽粘膜炎症中,主要表达于柱状上皮细胞胞膜或细胞浆;在NPC中HGF主要表达于肿瘤间质、癌细胞有少量表达;c-Met表达于癌细胞,间质不袁达。HGF、C—Met蛋白在NPC中的阳性表达率分别为90．9％（39／55）、70．9％（50／55）,与对照组相比,差异有显著性（P〈0．05）;HGF,c-Met的阳性表达与临床分期呈正相关（P〈0．05）,而与年龄、性别、组织分型无相关性;有淋巴结转移的c-Met蛋白阳性表达率分别显著高于无淋巴结转移,差异有显著性（P〈0．01）。结论：HGF／c—Met过度表达可能在鼻咽癌癌细胞的侵袭转移过程中起调节作用,c-Met基因的异常表达与NPC侵袭转移生物学行为密切相关,c-Met对于判断NPC预后具有一定价值。     

Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening in nasopharyngeal carcinoma for radiosensitive and radioresistant genes

BackgroundGenome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening may provide new insights into the mechanism underlying clinical radioresistance in nasopharyngeal carcinoma (NPC), which is remain largely unknown. Our objective was to screen the functional genes associated with radiosensitivity and radioresistance in NPC, laying a foundation for further research on its functional mechanismand.MethodsCRISPR-Cas9 library lentivirus screening in radiation-treated NPC cells was combined with second-generation sequence technology to identify functional genes, which were further validated in radioresistant NPC cells and patient tissues.ResultsEleven radiosensitive and radioresistant genes were screened. Among these genes, the expression of FBLN5, FAM3C, MUS81, and DNAJC17 were significantly lower and TOMM20, CDKN2AIP, SNX22, and SP1 were higher in the radioresistant NPC cells (C666-1R, 5-8FR) (p < 0.05). CALD1 was highly expressed in C666-1R. Furthermore, we found knockout of FBLN5, FAM3C, MUS81 and DNAJC17 promoted the proliferation of NPC cells, while CDKN2AIP and SP1 had the opposed results (p < 0.05). This result was verified in NPC patient tissues. Meanwhile, KEGG analysis showed that the Fanconi anemia pathway and the TGF-β signaling pathway possibly contributed to radiosensitivity or radioresistance in NPC.ConclusionsNine genes involved in the radiosensitivity or radioresistance of NPC: four genes for radiosensitivity (FBLN5, FAM3C, MUS81, and DNAJC17), two genes for radioresistance (CDKN2AIP, SP1), two potential radioresistant genes (TOMM20, SNX22), and a potential radiosensitive gene (CALD1). Genome-scale CRISPR-Cas9 knockout screening for radiosensitive and radioresistant genes in NPC may provide new insights into the mechanisms underlying clinical radioresistance to improve the efficacy of radiotherapy for NPC.     

一个鼻咽癌相关EST的鉴定及其全长cDNA序列分析

鼻咽癌是我国南方及东南亚地区常见的恶性肿瘤之一.通过对鼻咽癌染色体高频率杂合性丢失区域3p21的表达序列标签(expressedsequencetag,EST)进行同源性比较分析,运用逆转录聚合酶链式反应的方法,筛选到一个在41.18%(14/34)的鼻咽癌活检组织及20.0%(1/5)的鼻咽癌细胞系中表达下调的ESTBG772301;并用Northern杂交方法,检测了该EST在多种正常成人组织中的表达状况及其所代表基因的转录本大小.在此基础上,对该EST来源的cDNA克隆(IMAGE:4839190)进行直接测序,获得了一个全长为2377bp的新cDNA序列;经生物信息学分析,发现它与已知基因序列无明显同源性,属于一个新基因,定位于染色体3p21.3,被命名为鼻咽癌表达下调基因(NPCEDRG,GenBank登录号:AF538150).其编码的蛋白质含169个氨基酸,与一个已报道的在进化上相对保守、功能未知的人类蛋白Nicolin1(简称NICN1)N端170个氨基酸残基的序列同源性为97%,但缺少NICN1蛋白C端43个氨基酸残基,可能是nicolin1基因不同剪接本的编码产物.     

一个定位在7q32染色体区域的鼻咽癌负相关EST

为了分离和克隆定位于７ｑ３２染色体区域的与鼻咽癌发病有关的抑瘤基因,检测了鼻咽癌活检组织及配对外周血标本中７ｑ３２微卫星ＤＮＡ多态性位点的基因型,发现在７ｑ３２区域存在３０％左右的杂合性丢失,从Ｉｎｔｅｒｎｅｔ中查询到定位于７ｑ３２区域的所有不同ＥＳＴ,对其中２０个ＥＳＴ进行分析,ＲＴ－ＰＣＲ和Ｎｏｒｔｈｅｒｎ杂交发现,ＡＡ０７０４３７,ＥＳＴ在鼻咽癌细胞株ＨＮＥ１中表达微弱,而在正常鼻咽上皮原代     

EB病毒白介素-10基因在广东地区人群中的变异特征及与鼻咽癌的相关性

EB病毒（Epstein-Barr virus,EBV）基因变异与EBV相关疾病发生的关系尚无明确结论,本研究旨在了解广东地区人群中EBV白介素-10基因（viral interleukin-10,vIL-10）基因变异特征,探讨其变异与鼻咽癌（nasopharyngeal carcinoma,NPC）发生的关系。采用PCR和DNA测序检测NPC组织和健康成年人咽漱液中vIL-10序列。50例NPC和70例健康人群完成序列测定,其中42例（84.0%）NPC和60例（85.7%）健康人群与EBV标准株B95-8氨基酸序列一致,被分类为B95-8型;剩余8例（16.0%）NPC和10例（14.3%）健康人群在信号肽区域出现氨基酸突变,被分类为SPM变异型。2种型别及4处共有突变在2种人群中的分布无统计学意义（P>0.05）。结果表明,广东地区NPC和健康人群中EBV vIL-10高度保守,均以B95-8型为主,而SPM变异型的地域性分布及与鼻咽癌的确切关系有待进一步研究。     

Cloning and expression of a novel retinoblastoma binding protein cDNA,RBBP10

A 2860-bp cDNA was isolated from a human fetal brain cDNA library by high throughput cDNA sequencing, which encodes a putative protein with 186 amino acids. The putative protein shares 90.7% identity with rat pBOG (3403163) and shares 93.4% identity with human RBBP9 (NPA conserved RB binding domain, L × C × E, located between residue 63 and 68 was recognized. Therefore, it was named RBBP10. Mapviewer analysis locates it on human chromosome 20q11.22. RBBP10 spans about 9.6 kb of the genome and consists of six exons and five introns. RT-PCR revealed that the gene was expressed widely in various human tissues, and the expression level is somewhat higher in tumor tissues than in normal tissues. But subsequent sequencing analysis did not found any mutation of this in tumor tissues. The COS 7 cell transfected with the ORF of RBBP10 showed that the protein was distributed both in the cytoplasm and in the nucleus. Our results suggest that RBBP10 is the orthologue of the rat BOG gene (AF025819) and a paralogue of human RBBP9 (AF039564).