用于Illumina测序平台不同试剂盒制备RNA-seq文库的方法比较

RNA-seq是利用深度测序进行转录组分析的技术,并且在新一代测序的主流平台Illumina上运用广泛。针对Illumina平台的RNA-Seq建库,目前有多个不同类型的建库方法支持该技术,但是在操作步骤和成本上有很大差距。本研究分别试验了Tru Seq RNA文库制备、NEBNext RNA文库制备以及KAPA RNA文库制备3种方法,首次系统地对这3种建库方法得到的片段长度,浓度和建库流程进行了比较分析。研究显示,3种文库的片段长度都集中在300~1 000 bp之间,KAPA RNA文库制备得到的文库浓度最高,该制备方法只需要进行一次磁珠纯化,操作简便,成本低,所需要的起始量低,适用于进行大规模的建库实验。     

丝状噬菌体表面呈现技术的进展

本文围绕建库和扩库、筛选和检测，探讨了噬菌体表面呈现技术的发展。一些新的设计是对经典方法的有益补充。相似的表面呈现系统正在被开发。     

血浆游离DNA全基因组甲基化测序的实用稳定性评估

随着液体活检技术的发展,血浆游离DNA成为当前的研究热点之一。血浆游离DNA的全基因组甲基化测序被认为在癌症检测等医学应用拥有巨大潜力,但目前尚缺乏针对该实验流程的实用稳定性评估。文中利用两名志愿者在不同时间采样的血浆游离DNA,在不同实验平台分别进行DNA甲基化的重亚硫酸盐转化前建库(Pre-BS)、转化后建库(Post-BS)和常规DNA建库,获取多因素影响下的测序数据样本。在此基础上,建立了一套血浆游离DNA测序数据分析的质量控制参考流程,综合评估了血液采集提取、游离DNA建库测序过程的实用稳定性,为血浆游离DNA全基因组甲基化测序应用于临床液体活检提供实用性的基础参考。     

基于模板转换的微量RNA测序建库方案探索

目的:建立一套简便、对RNA样本起始量要求很低的RNA测序建库方法,在此基础上引入分子条形码技术,从而使RNA-seq的数据所反映的表达丰度更加客观真实。方法:将微量RNA用RNaseⅢ片段化后,利用反转录酶的反转录活性、模板转换活性以及DNA依赖的DNA聚合酶活性,一步实现从RNA到cDNA文库的反应,再通过PCR扩增获得适合测序仪的测序文库,通过测序分析验证建库效果,最后采用荧光定量PCR法测定部分基因的表达量以验证测序结果,同时比较分子条形码的引入对表达量分析的影响。结果:通过电泳观察和测序结果分析,选择Clontech公司的SMARTscribe,反转录和模板转换反应温度设为50℃,反转录完成后经AMPure Beads纯化再经PCR扩增得到测序文库,电泳检测文库DNA长度和浓度符合测序要求。比较发现,用分子条形码建库的测序结果能够更加真实地反应基因的实际表达量。结论:初步建立了针对10 ng RNA样品的RNA-seq建库技术,并在建库方案中加入分子条形码使其测序结果更加真实地反映基因表达量。该技术未来可适用于微量RNA样品的高通量测序。     

水体粪便污染的微生物溯源方法研究进展

畜禽粪便和生活污水是造成水体污染的主要因素之一,明确和区分水体污染的来源对污染控制和治理尤为重要.因此,利用微生物进行水体污染的溯源近年来成为国际上的研究热点.本文对两种类型微生物溯源方法的研究现状、优缺点以及应用中存在的问题进行了综述和展望.认为在培养建库微生物溯源方法中重复序列分型应用性最强,而在非培养建库方法中基于大肠杆菌特异性基因的PCR-DGGE具有广阔的应用前景.非培养建库微生物溯源是今后主要的研究方向,培养建库和非培养建库溯源方法相结合才能使溯源结果更加可信.     

噬菌体抗体库技术及其在医学微生物学中应用

９０年代发展起来的噬菌体抗体库技术,可以不经过杂交瘤,甚至不经过免疫而直接用个体细胞从功能水平均建抗体库,并从同一库中筛选多种特异性抗体。这项技术在医学微生物学领域得到了应用,已在抗病毒等病原微生物人单克隆抗体的制备上表现出较大的优越性。     

宁夏野生经济植物信息系统的结构和功能

本文简介了宁夏野生经济植物数据库信息系统的建库目标,系统结构和功能。本库对宁夏野生经济植物按基本信息和经济利用信息设计了方便的检索查询和编辑系统,并且利用Internet/Intranet技术实现植物信息资源的共享。     

宁夏野生经济植物信息系统的结构和功能

本文简介了宁夏野生经济植物数据库信息系统的建库目标 ,系统结构和功能。本库对宁夏野生经济植物按基本信息和经济利用信息设计了方便的检索查询和编辑系统 ,并且利用Internet/Intranet技术实现植物信息资源的共享。     

冷冻动物园：野生动物细胞库的建立和应用

从事细胞的培养、冻存、特征化以及质量和污染的控制的机构叫细胞库。通过细胞培养或核移植等一类技术,我们的后代可以从冷冻动物园的细胞中,再建当时地球上已绝灭的动物。本文介绍了细胞库的研究内容、以及我国和世界各国对这个领域的研究状况。     

Fact Sheet Fusion:生物多样性自动化建库工具

随着全球对生物多样性保护和持续利用的重视,在现代信息技术支撑下,生物多样性数据库和信息系统不断趋向多媒体、超链接和分布式等特点.Fact Stleet Fusion (FSF)是一款顺应该发展趋势的生物多样性自动化建库工具,生物分类专家无须设计编辑数据库和网页,就可快速设计与创建规范标准、风格统一、维护简便的生物信息系统.文章介绍它的建库框架和功能特色,并以膜翅目茧蜂科滑茧蜂属Homolobus昆虫为例简要说明如何应用FSF建立昆虫多样性信息系统.     

大片段DNA插入文库的研究进展

基因组DNA大片段插入文库作为基因组学和基因克隆的技术平台,它的发展主要经历了Cosmid文加,YACs文库,BACs文库三个阶段,文中对几种文库作了简单的比较和评价,对大片段文库的应用人了比较详实的介绍。作者根据自己的建库经验,重点介绍了BAC文库的构建。     

微生物代谢产物库研究进展

微生物代谢物具有极大的化学结构多样性和复杂性,建立微生物代谢物库对发现新药有重要意义。对几种重要的微生物代谢物库及建库方法作一综述。     

产业动向

<正>长沙生物产业基地化合物库建设项目获国家发改委1000万元资助长沙国家生物产业基地生物活性化合物库公共服务平台建设项目实施方案近日获得国家发展和改革委员会的批准及1000万元的补助资金。该项目主要采用高通量筛选、杂质库建     

RAD-seq技术及其在昆虫学研究中的应用

限制性酶切位点关联DNA测序技术(restriction-site-associated DNA sequencing,RAD-seq)是在二代测序技术基础上发展起来的一种简化基因组技术(reduced-representation genome sequencing,RRGS)。RAD-seq利用限性核酸内切酶使基因组片段化,经过修饰后连接含标记的接头构建文库并进行测序。因其具有操作简单、实验成本低、通量高等优点,在分子生态学、进化基因组学、保护遗传学等领域得到应用。目前发展起来的RAD-seq技术主要包括利用稀有酶和物理打断方式进行基因组片段化的mbRAD、利用稀有酶和常见酶组合酶切的方式进行基因组片段化的ddRAD、利用IIB型限制性内切酶得到短片段文库的2bRAD、利用同裂酶和Illumina试剂盒建库的ezRAD和完全利用Nextera试剂盒建库的nextRAD。本文对每种RAD-seq技术的特点及其在昆虫种群遗传学、群落生态学、物种界定、系统发育和遗传连锁图谱构建等研究领域的应用进行了综述。     

NEB全球首推甲基化领域的颠覆性技术革新:一种高效替代重亚硫酸盐转化的酶学转化法!

虽然重亚硫酸盐测序是研究DNA甲基化的金标准,但这种转化方式会对DNA造成损伤,导致DNA断裂、丢失和GC偏嗜。NEBNext酶学转化法甲基化建库试剂盒(EM-seq■)提供了一种酶学方法代替全基因组重亚硫酸盐处理DNA(WGBS)的方法,并结合高效流程化的建库步骤,适用于Nlumina平台测序。     

高通量分析技术在资源微生物及功能基因发掘中的应用

随着新的微生物资源不断被发现以及微生物基因组测序数据的积累和完善,目前研究重点和难点是如何从大量数据中快速发现和鉴定与微生物重要表型相关的功能基因,这就需要高通量的分析研究手段,主要涉及建库和筛选两个主要技术单元。其中,建库是指构建能够覆盖微生物全基因组的突变或干扰文库,所涉及的技术包括宏基因组、转座子插入突变、RNA干扰(RNA interference,RNAi)、反转录子文库重组工程(retron library recombineering,RLR)、CRISPR抑制(CRISPRi)和CRISPR激活(CRISPRa)等。筛选则是通过某种胁迫压力来促使文库菌群的差异化生长,并结合高通量测序全面发掘与特定表型相关的功能基因,从而为后续研究提供有效信息。本文对功能基因组学研究中现有的高通量分析技术进行了梳理、总结和展望,以期为这类技术方法的拓展、优化以及应用提供参考。     

MADLI-TOF MS自建库在马尔尼菲篮状菌快速鉴定中的应用

目的评价基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MADLI-TOF MS)自建库对临床分离马尔尼菲篮状菌快速鉴定的能力。方法收集广州、玉林、防城港3个地区临床分离的马尔尼菲篮状菌,通过ITS区扩增测序进行菌种准确鉴定。菌株通过微型玻璃珠研磨结合甲酸/乙腈提取法预处理。通过采集建库菌株不同时间点、不同平板上菌丝相和酵母相菌落的质谱数据,建立包含马尔尼菲篮状菌超级图谱的自建库;并用非建库的马尔尼菲篮状菌及临床常见的真菌评估建立的自建库。结果建立了包含具有39个特征峰的马尔尼菲篮状菌超级图谱的自建库;用于评估的菌株均被鉴定到种,准确率为100%。结论 MADLI-TOF MS建立的马尔尼菲篮状菌自建库能够对于临床马尔尼菲篮状菌进行快速、准确的鉴定。     

修建黑麋峰水电站对库区底栖动物影响的研究

2003年10月、2004年4月对黑麋峰水电站建库前底栖动物资源进行了系统调查,结果表明,黑麋峰库区及其周边水域计有底栖动物41种,隶属于3门6纲27科33属.介绍了黑糜峰的自然环境,对该地区底栖动物的群落组成、种群数量、区系及生态分布特点等进行了分析,预测和评价了建库后对底栖动物群落的影响.     

超大容量人源性抗体库的构建

构建大容量抗体库是获得高亲和力抗体的重要基础和保障,如何构建大容量抗体库一直是被关注的热点。本对比分析了天然库、半合成库及全合成库基因多样性的特点,指出获得多样的功能性抗体基因是建库的关键。构建大容量抗体库要从提高连接和转化效率、利用体内重组系统提高抗体基因组合多样性以及提高包装和呈现的效率等多个环节进行条件优化,提高库容量和多样性。     

修建黑麇峰水电站对库区底栖动物影响的研究

2003年10月、2004年4月对黑麋峰水电站建库前底栖动物资源进行了系统调查,结果表明,黑麋峰库区及其周边水域计有底栖动物41种,隶属于3门6纲27科33属．介绍了黑麋峰的自然环境,对该地区底栖动物的群落组成、种群数量、区系及生态分布特点等进行了分析,预测和评价了建库后对底栖动物群落的影响．