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1.
高鳍带鱼遗传变异及与近缘种间的系统进化关系   总被引:2,自引:1,他引:1  
高鳍带鱼Trichiurus lepturusLinnaeus,1758分布广泛、形态多变,与近缘种间辨别困难,在其种群鉴别、物种分类及系统进化上争议较大。本项研究通过测定采自海南三亚外海高鳍带鱼疑似种11个个体的线粒体16S rRNA基因部分序列,结合已报道的该物种其它地理种群及其近缘种的同源序列,采用生物软件对碱基组成和序列变异进行分析,计算Kimura双参数净遗传距离和分歧时间,进行分子变异分析(AMOVA)和分化固定指数(FST)计算,并以小带鱼Eupleurogrammus muticus为外群构建NJ、ML系统树,综合探讨世界范围内高鳍带鱼的遗传变异及与近缘种间的系统进化关系。根据所得分子数据并结合形态学研究结果得出如下结论:1)采自海南三亚外海的带鱼是高鳍带鱼T.lepturusLinnaeus,1758,该物种在中国南海和东海南部有分布;2)海南三亚外海、非洲西岸和大西洋西岸的高鳍带鱼是同一个物种的3个地理种群,彼此间遗传分化显著;3)高鳍带鱼是带鱼属中最新演化的种类,与日本带鱼T.japonicus、带鱼未定种Trichiurussp.2具有较近的亲缘关系;短带鱼T.brevis则是比它们原...  相似文献   

2.
带鱼(Trichiurus japonicus)是广泛分布于东亚大陆架海域的暖温性近底层鱼类,长期位居我国单鱼种渔获量第一位。自上世纪70年代以来,持续过度捕捞和海洋环境变化导致中国近海带鱼资源基础和遗传多样性受到严重影响,但有关带鱼种群的微卫星DNA标记研究却较为缺乏,不利于该物种遗传资源评估和保护。为此,本研究采用基于高通量测序平台的SLAF-seq技术,从带鱼的195 308个SLAF标签中识别出25 704个二至六碱基重复微卫星位点。经过引物扩增验证,最终筛选出36个具有多态性的微卫星标记。各位点等位基因数4~35,均值14.47。观测杂合度0.214~1.000,期望杂合度0.456~0.979,均值分别为0.620和0.803。所有位点的多态信息含量值均大于0.25。经Bonferroni校正,21个位点符合哈迪-温伯格平衡,且各位点间不存在连锁不平衡。这21个多态性微卫星标记可为带鱼的种群遗传资源研究提供新的有效分子标记和技术支撑。Bottleneck分析结果表明,宁波近海带鱼群体未检测到近期的遗传瓶颈效应,这可能与目前东海区带鱼野生群体数量还比较庞大、遗传变异仍然较为丰富有关。跨物种扩增结果显示,分别有12、16、4和3个带鱼微卫星标记在带鱼属(Trichiurus)、沙带鱼(Lepturacanthus savala)、窄颅带鱼(Tentoriceps cristatus)及小带鱼(Eupleurogrammus muticus)中具有较好的通用性,这些微卫星标记为今后带鱼科相应属、种的系统进化关系研究提供新的分析手段和契机。  相似文献   

3.
作者在1989-1991年共检查福建沿海录属于31科的843尾鱼,只在带鱼科的带鱼(Trichiurus haumela)、毒鲤科的鬼鲤(Inimicus japonicus)、鳍科的鲈鱼(Lateolabrax jiponicus)、鲤科的驼背拟鲤(Scorpaenopsis gibbosa)和石首鱼科的叫姑鱼(Johnius belengerii)找到5种牛首科吸虫,经鉴定,其中1种是新种,1种为我国新记录,3种为宿主新记录。现将各虫种描述于后。模式标本保存在汕头大学生物系。  相似文献   

4.
为明确浙江近海鲵属鱼类物种组成, 对采自舟山和温州近海共计411尾鲵鱼样品进行形态学测定, 并基于线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因片段探讨其序列差异及系统发育关系。结果显示: 浙江近海的鲵属鱼类为少鳞鲵和中国鲵, 两种鲵鱼形态特征鲜明, 鱼鳔形态差异明显。所测得的少鳞鲵和中国鲵COⅠ基因片段长度均为600 bp, 平均GC含量分别为46.6%和49.9%。依据Kimura-2-parameter模型(K2P), 少鳞鲵和中国鲵的种内平均遗传距离分别为0.002和0.000, 两种间平均遗传距离为0.211。采用邻接法构建的系统发育树显示, 中国鲵先和邵氏鲵聚为一支, 然后与少鳞鲵聚为一支, 再与其他鲵属鱼类聚类。研究结果明确了浙江沿海鲵属鱼类的物种组成, 并为探讨少鳞鲵和中国鲵的系统发育关系及基于COⅠ基因的鲵属鱼类物种鉴定提供了参考。  相似文献   

5.
为探讨髭鲷属鱼类的分类地位,克隆了两种髭鲷属鱼类(横带髭鲷和斜带髭鲷)的线粒体Cyt 6基因全长序列,并利用线粒体Cyt b基因序列分析了鲈总科6个科29种的分子系统进化关系.结果表明:髭鲷属与石鲈科的其他5个属的遗传距离超过了科问水平的遗传距离,存在较远的遗传分化.29种鲈总科鱼类分成了两大类群,石鲈科的矶鲈属、仿石鲈属、厚唇椒鲷属、异孔石鲈属和石鲈属的物种聚为一起形成石鲈科的一个独立分支,与亲缘关系较近的鲷科、梅鲷科和笛鲷科形成一个类群;而隶属于石鲈科的髭鲷属与石鲷科及雀鲷科形成另一个类群.髭鲷属与其他石鲈科鱼类的亲缘关系已经超过了科问的遗传分化水平,而在遗传距离及系统进化分析上髭鲷属仍然隶属于鲈总科.本研究支持将髭鲷属提升为髭鲷科的观点.  相似文献   

6.
研究测定了分布于西太平洋沿海的35种石斑鱼属鱼类共142个个体线粒体基因COⅠ及核基因TMO-4C4标记序列, 基于最大似然法与贝叶斯法构建分析了石斑鱼类分子系统进化关系。同时, 探讨了COⅠ基因作为DNA条形码在石斑鱼属鱼类物种鉴定中的有效性问题。结果显示: 35种石斑鱼属鱼类COⅠ同源序列为636 bp, 编码212个氨基酸, TMO-4C4同源序列为486 bp, 编码162个氨基酸, 在COⅠ基因中, 种间遗传距离在0.030—0.202, 平均遗传距离为0.143, 物种间遗传距离均大于Hebert 推荐的物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)。种内遗传距离0.000—0.008, 平均遗传距离为0.003, 种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的48倍, 显著大于种内平均遗传距离, 表明COⅠ基因可作为石斑鱼属物种鉴定的有效条形码基因。基于COⅠ及TMO-4C4构建的系统进化树上, 35种石斑鱼主要形成2个主要类群, 类群Ⅰ由细点石斑鱼(Epinephelus cyanopodus)和蓝棕石斑鱼(Epinephelus multinotatus)等22种石斑鱼聚成, 类群Ⅱ由吊桥石斑鱼(Epinephelus morrhua)和小点石斑鱼(Epinephelus epistictus)等13种石斑鱼组成。部分存在同种异名争议的种类如云纹石斑鱼(Epinephelus moara)/褐石斑鱼(Epinephelus bruneus)和斜带石斑鱼(Epinephelus coioides)/马拉巴石斑鱼(Epinephelus malabaricus)经COⅠ及TMO-4C4序列差异及进化分析, 均存在较大的遗传分化。结果支持近期的分类研究, 云纹石斑鱼/褐石斑鱼和斜带石斑鱼/马拉巴石斑鱼均为独立的物种, 并非同种异名的分类。  相似文献   

7.
鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌的群体分化研究   总被引:3,自引:0,他引:3  
结合形态和线粒体Cyt b数据, 研究了鄱阳湖及洞庭湖定居性鱼类红鳍原鲌的6个地理群体(湖口群体、星子群体、都昌群体、鄱阳群体、余干群体和洞庭湖群体)共186尾样本的群体分化情况. 形态分析结果显示地理群体间形态差异较小. 遗传分析结果中, 群体间遗传分化指数(Fst) 为-0.00567-0.33429, 显示群体间存在较大遗传差异, 而单倍型分布和分子变异分析(AMOVA)也得到相似的结果. 根据群体遗传距离构建的系统树, 6个群体分为两大支: 洞庭湖群体与其他群体距离最远, 单独聚为一支; 星子、都昌、鄱阳和余干4群体聚成另一支, 而湖口群体处于两支的过渡位置. 因此, 群体间已产生显著遗传分化, 且主要体现在洞庭湖和鄱阳湖各群体间. 综合上述分析结果及红鳍原鲌的生活习性认为, 鄱阳湖及洞庭湖红鳍原鲌群体间的遗传分化是红鳍原鲌定居性的生活习性导致不同地理群体间长期的群体隔离、缺乏基因交流的结果.    相似文献   

8.
沙带鱼是带鱼科中一种重要的海洋经济鱼类,广泛分布于印度-西太平洋海域。近年来,过度捕捞和渔业生态环境变化使沙带鱼的自然资源和种群结构受到了严重影响。因此,为了制定出科学合理的资源保护和管理措施,急需开发出大量多态的沙带鱼微卫星位点以促进其种群遗传学研究。本研究采用SLAF-seq技术,首次在沙带鱼基因组DNA中筛选出28个多态性微卫星位点。每个位点的等位基因数为2~18,平均值9.11;观测杂合度和期望杂合度分别为0.077~0.871(平均值0.634)和0.151~0.942(平均值0.711);各位点多态信息含量为0.137~0.919,平均值0.670。经过Bonferroni校正后,有3个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡(HWE),并显示出较高的近交系数和无效等位基因频率,其余25个位点均符合HWE。这些多态性微卫星DNA标记可为沙带鱼的种群遗传资源研究提供有效的分子标记和技术支撑。此外,跨物种扩增结果表明,有19个微卫星标记在4种带鱼属鱼类中具有较好的通用性,这些标记可为阐明带鱼科属间或种间的系统进化关系提供新的研究手段和视角。  相似文献   

9.
对采自海陵岛的6种鲷科鱼类(Sparidae)86个个体的线粒体COⅠ基因进行测序,结合Gen Bank上的17条同源序列,共7属11种103个个体进行系统进化分析。海陵岛11种鲷科鱼类COⅠ基因序列的T、C、A、G的平均含量分别为31.9%、27.6%、23.4%和17.1%,有保守位点359个,变异位点165个,简约信息位点162个,序列中转换大于颠换。Kimura 2-parameter种间遗传距离显示,真赤鲷和二长棘犁齿鲷的遗传距离小于前者与蓝点赤鲷的遗传距离。应用邻接法(NJ法)和最大似然法(ML法)对103条序列分别构建了鲷科鱼类的分子系统进化树。结果显示,鲷科鱼类分为两大类群,一类包括犁齿鲷属、赤鲷属、牙鲷属和四长棘鲷属,另一类包括平鲷属、棘鲷属和拟牛眼鲷属。根据种间遗传距离与系统发育树的结构特征推测,真赤鲷与二长棘犁齿鲷可能属于同一属,这与传统的形态分类学观点不完全相符。  相似文献   

10.
扩增并测定了我国蝽科4亚科8属11种昆虫线粒体COⅡ基因585 bp的序列,对序列的碱基组成、转换颠换、遗传距离等进行分析,探讨了COⅡ基因在该科的分子进化机制.并基于COⅡ基因序列数据,分别采用邻接法(NI)、最大简约法(MP)和贝叶斯推论法(BI)建立蝽科分子系统发育关系.研究结果表明,蝽科昆虫COⅡ基因A T含量平均为71.7%,存在较强的A T含量偏向性,氨基酸的变异率为27.2%;亚科间的遗传距离介于0.168~0.242之间,大于亚科内属种间的遗传距离,蝽科与盾蝽科2外群之间遗传距离最大,两科之间存在明显的间断.分子系统发育树表明,短喙蝽亚科为蝽科中较为原始的类群,分化较早,益蝽亚科与舌盾蝽亚科关系较近,形成一对姐妹群,蝽科中捕食性种类--益蝽亚科是较为特化的类群,它是由植食性种类分化而来.蝽科4亚科间的分子系统发育关系为Phyllocephalinae (Pentatominae (Asopinae Podopinae).  相似文献   

11.
马鞍列岛海域小黄鱼的食性   总被引:4,自引:0,他引:4  
小黄鱼(Larimichthys polyactis)为暖温性近底层鱼类,分布于我国东海、黄海和渤海以及朝鲜西部水域,历史上曾与大黄鱼(Pseudosciaena crocea)、墨鱼(Sepiella maindronide)和带鱼(Trichiurus japonicus)并称为"四大渔业",是我国海洋渔业史上最重要的经济鱼类之一。由于其在我国海洋渔业上的重要地位,国内已有较多小黄鱼摄食习性的报道。  相似文献   

12.
对我国东南沿海日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)的4个地理群体广东群体(GD)、台湾群体(TW)、福建群体(FJ)和浙江群体(ZJ)的线粒体16S rRNA基因片段进行PCR扩增,对产物进行测序后分析。经比对获得470bp的核苷酸分析序列,发现了16个变异位点,得到了10种单倍型。广东、台湾、福建和浙江群体的核苷酸多样性依次分别为0.0008、0.0010、0.0051、0.0015,各群体均存在独有的单倍型和共有单倍型。群体遗传距离分析表明各群体间保持着一定的遗传差异,其中福建群体与其他群体之间存在着较远的遗传距离并保持了较高的遗传多样性。另外,利用其423bp的16S rRNA同源序列探讨了对虾科6个属共12种对虾的系统进化关系,囊对虾属与沟对虾属亲缘关系较近聚为一支,其他4个属的10种对虾聚为一支。  相似文献   

13.
测定了东海带鱼(Trichiurus lepturus Linnaeus)三个群体(命名为A: 122°32′E 29°55′N、B: 123°30′E 26°75N; C: 124°24′E 27°26′N)72个个体的线粒体DNA16S rRNA和COⅠ基因序列,通过单基因序列和联合序列分析, 研究了东海带鱼群体的遗传变异情况。分别得到1130 bp的COⅠ基因序列片段和554 bp的16S rRNA序列片段, 其中COⅠ基因片段的T、C、A、G含量分别为29.0%、28.9%、24.4%和17.7%; 16S rRNA基因片段的T、C、A、G含量分别为22.7%、27.6%、28.0%和21.7%。基于线粒体16S rRNA、COⅠ和16S+COⅠ基因序列分析, 72个个体中分别确定43个, 8个和49个单倍型, 存在单倍型共享现象。群体的单倍型多样性指数为0.9766—0.9992, 显示了群体内的单倍型较为丰富。3个群体间各序列平均核苷酸差异数(K)在5.111—9.024和0.0045—0.0076, 核苷酸多样性指数(π)为0.0048—0.0084, 显示不同带鱼群体遗传多态性丰富。使用邻接法构建的分子进化树揭示同一群体内大部分个体聚在一起。分析结果表明, 群体A遗传背景比群体B、群体C较为丰富, 群体内部个体差异大于群体间差异, 群体间基因交流频率较高, 遗传分化不明显, 初步判定东海带鱼3个群体的遗传多样性偏低。  相似文献   

14.
&#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &#  &# 《水生生物学报》2015,39(4):766-773
为探讨COⅠ基因作为条形码在胡椒鲷亚科鱼类物种鉴定的可行性, 研究测定了胡椒鲷亚科8种鱼类51个个体线粒体COⅠ基因长度为651 bp的序列, 利用MEGA 5.0计算胡椒鲷亚科种内与种间的遗传距离, 基于最大似然法与贝叶斯法构建了系统进化树。结果显示: 胡椒鲷亚科鱼类种间平均遗传距离(0.142)显著大于种内平均遗传距离(0.003), 物种间遗传距离均大于Hebert推荐的物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)。系统进化树上, 同一物种不同个体间均能形成独立的单系分支, 表明COⅠ基因可作为胡椒鲷亚科物种鉴定的有效条形码基因。研究同时揭示, 在形态分类上被认为是同种异名的两种胡椒鲷(条纹胡椒鲷与东方胡椒鲷)的COⅠ基因序列差异达到0.070, 有可能是两个独立的物种。此外, 在属级水平, 少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属种类之间的平均遗传距离小于胡椒鲷属内部种间的遗传距离, 支持少棘胡椒鲷归属于胡椒鲷属的观点。    相似文献   

15.
黑鳍鳈(Sarcocheilichthys nigripinnis)为广泛分布于东亚地区的小型淡水鱼类,是生物地理学研究的良好材料。该研究以线粒体细胞色素b(Cyt b)基因序列为分子标记,对中国8个水系20个采样点的黑鳍鳈共142尾个体进行遗传变异及生物地理学过程分析。遗传多样性分析结果表明,142条Cyt b基因序列共检测出56个单倍型,总体单倍型多样性较高(h=0.971),而核苷酸多样性较低(π=0.0212),平均遗传距离较小(2.2%)。分子系统发育树结果表明,黑鳍鳈种群分为7个谱系,以秦岭为界可分为南、北两大支系,北方支系分化时间较早(谱系Ⅰ)而南方支系分化程度较高(谱系Ⅱ~Ⅶ)。该研究结果进一步揭示了克氏鳈(S.czerskii)的物种形成过程,估算其祖先在较晚近时期(~1.03 Ma)由黄河水系的黑鳍鳈分化而来。谱系生物地理学分析显示,黑鳍鳈的各地理种群表现为由北向南逐渐演化的趋势,地理隔离可能是限制该物种扩散和基因交流的主要原因。分子钟分析显示,分化时间发生于0.95~3.92 Ma。种群历史动态结果则推测黑鳍鳈经历过种群扩张,且该过程可能与更新世冰期与间冰期的更迭相关。  相似文献   

16.
利用DNA条形码技术对中国沿海分布的6种棱鳀属(Thryssa)鱼类样品进行了物种鉴定, 并每种取5尾用于探讨该属系统发育关系。结果显示: 棱鳀属鱼类的主要形态鉴别特征为上颌骨伸达位置和第一鳃耙的下鳃耙数量。在525 bp的目的片段上有175个变异位点, 其中简约信息位点172个, 单一信息位点3个, 无插入缺失现象, 转换数为182, 颠换数为57。A+T含量明显高于G+C含量, 并且表现出明显的反G偏倚。结合GenBank中相关的同源序列进行比较发现, 所有序列明显分为10个组群, 表明已提交的棱鳀属鱼类COI基因序列中仍存在一定的问题。从各组群间的遗传距离和氨基酸遗传差异水平可以看出, 10个组群应为不同的有效种, 但是否存在隐存种还有待于进一步确定。从NJ树上可以看出, 长颌棱鳀(T. setirostris)是最先分化出的物种, 保持着最原始的特征, 而中颌棱鳀(T. mystax)与黄吻棱鳀(T. vitrirostris)聚类到一起, 二者间存在共享单倍型。棱鳀属鱼类最早分化于中新世早期。在今后的研究中仍需要结合更多的分子标记对中颌棱鳀和黄吻棱鳀的分类地位作进一步的探讨。  相似文献   

17.
利用Cyt b基因序列探讨柴达木裸裂尻鱼的分类学地位   总被引:2,自引:0,他引:2  
长期以来,柴达木裸裂尻鱼(Schizopygopsis kessleri)的分类学地位存在争议。为此,测定了柴达木裸裂尻鱼格尔木河及托素湖种群24个个体及黄河裸裂尻鱼(S.pylzovi)黄河及大通北川河种群12个个体的Cytb基因全序列。通过遗传距离和系统发育分析,探讨了柴达木裸裂尻鱼的分类学地位。结果显示,柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼在系统进化树上并未形成相应的单系群;柴达木裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼种间平均遗传距离为0.54%,明显低于裂腹鱼亚科其他属鱼类的种间遗传距离及本属其他种间遗传距离,表明来自柴达木盆地格尔木河和托素湖的裸裂尻鱼与黄河裸裂尻鱼之间没有达到种级水平的显著分化。综合地质学资料和柴达木水系与黄河水系现今的隔离格局,建议将柴达木裸裂尻鱼作为黄河裸裂尻鱼的一个亚种,即S.pylzovi kessleri。  相似文献   

18.
以线粒体mtDNA中的COI、COII及Cyt b基因序列为分子标记,对蚁属13种进行分析研究。结果表明,蚁属线粒体基因组成具有昆虫基因的普遍特征,如有明显的A+T偏向性,A、T密码子使用频率高等特点。基于蚁属线粒体基因进行遗传距离分析,并结合构建系统发育树,结果表明蚁属内各物种间遗传距离相差较小,遗传距离值基本在0.1以内,遗传距离较远的种发生在北京凹头蚁和掘穴蚁之间,蚁属内各种间分化与形态学研究结果基本一致。  相似文献   

19.
有关对虾属(Penaeus)的设置及其相互亲缘关系一直是分类学争论的焦点,利用线粒体16S rRNA基因片段及COI基因片段序列分析的方法,以长臂虾科的脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)为外群,对对虾属的6亚属23种对虾进行了分子系统学研究。经ClustalX多重比对和MEGA4.0软件分析,得到种间序列的遗传距离并构建了最大简约(MP)系统树。结果表明:分子系统学数据支持Perez F等将对虾属的6个亚属提升为属级阶元的观点。囊对虾属的日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)和沟对虾属(Melicertus)的深沟对虾(Melicertus canaliculatus)之间的16S遗传距离只有0.007,而且COI遗传距离仅有0.065,比深沟对虾与同为沟对虾属的其他虾类遗传距离还小,说明囊对虾亚属(Marsupenaeus)和沟对虾亚属之间亲缘关系较近。另外美对虾亚属的褐美对虾(Farfantepenaeus aztec-us)和巴西美对虾(Farfantepenaeus brasiliensis)之间的16S rRNA基因序列遗传距离仅为0.012,但是与其他同亚属的虾类遗传距离相对较大,推测美对虾亚属(Farfantepenaeus)中的虾类根据亲缘关系远近和地理分布可以分为2大类群:墨西哥湾类群和南美洲类群。可以为对虾属的6个亚属的分类问题及演化提供一定的分子生物学依据。  相似文献   

20.
黄海鱼类组成、区系特征及历史变迁   总被引:9,自引:0,他引:9  
本文根据中国科学院海洋研究所标本馆馆藏标本、采集记录及相关文献资料,分析了黄海鱼类的种类组成、区系特征和历史变迁.结果表明:黄海海域共出现鱼类113科321种.从适温类型来看,暖温性种类最多,有139种;暖水性种类次之-107种;冷温性种类70种;冷水性种类5种.从栖所类型来看,绝大多数为大陆架浅水底层鱼类,有193种,大陆架岩礁性、大陆架浅水中上层、大陆架浅水中底层、大陆架大洋洞游性中上层和大洋深水底层鱼类分别为41、34、29、15和9种.纵观历史文献资料,发现黄海鱼类群落结构和数量发生了很大变化,目前以鳀鱼占绝对优势,传统经济鱼类如小黄鱼(Larimichthys polyactis)、太平洋鳕(Gadus macrocephalus)、太平洋鲱(Clupea pallasii)、蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)、鲐(Scomber japonicus)、带鱼(Trichiurus lepturus)、镰鲳(ampus echinogaster)、鲆鲽类等在渔获物中所占的比例降低,昔日占优势的大型经济鱼类,逐渐被小黄鱼幼鱼、皮氏叫姑鱼(Johnius belangerii)、六丝钝尾虾虎鱼(Amblychaeturichthys hexanema)、细纹狮子鱼(Liparis tanakae)、方氏云鳚(Pholis fangi)、玉筋鱼(Ammodytes personatus)等经济价值较低的种类所取代,鱼类物种多样性和资源量呈下降趋势.因此,加强黄海渔业资源管理和多样性保护工作显得尤为重要.  相似文献   

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