中国特有种四合木种群遗传多样性的ＲＡＰＤ

采用随机扩增多态性ＤＮＡ（ＲＡＰＤ）技术检测了西鄂尔多斯高原特有种四合木种群５个斑块的遗传多样性。２２个扩增引物产生ｌｌ６条带,Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数和Ｎｅｉ指数对ＲＡＰＤ数据的分析表明：四合木种群存在较高的遗传多样氓,其中千里山斑块的遗传多样性和多态位点比例较高,石嘴山斑块的最低。遗传多样性的８６．５％存在于斑块内,斑块间的遗传变异为１３．５％。遗传距离与地理距离无直接相关关系。这些结果说明,遗传多样性反映了四合木种群基因组ＤＮＡ存在较高的变异性;同时各斑块间存在一定的基因流,四合木各斑块可看成是处于同一种群的半隔离状态（ｍｅｔａ—种群）,对四合木应注意保护遗传多样性丰富的ｍｅｔａ—种群。     

基于ISSR分子标记的孑遗濒危植物四合木遗传结构分析

为阐明中国西北干旱区单属种孑遗濒危植物四合木(Tetraena mongolica)种群间的遗传分化和基因流。利用6个不同地理分布的四合木种群作为试验材料,从30条UBC引物中筛选出6条引物,并且对ISSR扩增反应体系和扩增程序进行了合理的优化,6个引物扩增出370个条带,多态性条带占71%。分析结果如下:①Nei’s基因多样性指数(He)为0. 316 8,Shannon’s多态性信息指数(I)为0. 458 6。表明四合木在不同种源间的遗传多样性水平差异较小;②群体多态性位点百分率在70. 00%~83. 33%,Nei’s基因多样性指数范围0. 286 5~0. 350 8,Shannon’s多态性信息指数在0. 423 6~0. 504 9。6个群体间的遗传分化系数Gst为0. 125 3,表明群体间具有一定程度的遗传分化;③6个种群的基因流(Nm)为3. 491 5>1,说明6个种群间存在一定的基因流,可以防止遗传漂变引起的遗传分化;④通过聚类分析,将6个不同地理种群的四合木分为3类,千里沟种群、伊克布拉格种群和巴拉贡种群先聚成第一大类,再与磴口—桃司兔种群聚成第二大类,而四合木自然保护区种群和甘德尔山种群则组成第大三类,这说明距离因素是影响四合木种群间遗传分化的主要原因,但不同生境条件也对四合木种群的遗传分化产生了影响。     

内蒙古中东部不同草原地带羊草种群遗传分化

运用 RAPD技术对内蒙古不同草原地带分布的 5个羊草种群 (共 10 0个个体 )的遗传多样性进行分析。 31个随机引物(10 nt)在 5个羊草种群中共检测到 4 96个扩增片断 ,其中多态性片断 4 89个 ,总的多态位点百分率达 98.6 %。利用 Nei指数和Shannon指数估算了 5个种群的遗传多样性 ,并计算种群相似系数和遗传距离运用 UPGMA法进行聚类分析。结果表明 :无论是种群内还是种群间 ,羊草均存在较高的遗传变异 ,大部分的遗传变异存在于种群内 (Nei指数和 Shannon指数估算结果分别为 85 .4 %和 72 .5 % ) ,只有少部分的遗传变异存在于种群间 ;不同种群的遗传多样性存在差异 ,各种群的遗传多样性与其所处的地理位置具有显著的相关性 ;5个种群的平均遗传距离为 0 .5 0 95 ,变异范围为 0 .4 6 84～ 0 .5 4 76 ;聚类分析结果显示地理距离较近的种群遗传距离较小 ,首先聚在一起 ,而地理距离较远的种群遗传距离较大 ,说明羊草种群间的遗传分化与地理距离存在一定相关性 ;但地理距离最近的两个种群并未最先聚集 ,说明羊草种群间的分化还与其生境的异质性有关     

内蒙古地区亚洲小车蝗不同地理种群的RAPD分析

采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对内蒙古地区亚洲小车蝗Oedaleus asiaticus(B.-bienko)9个不同地理种群90个个体进行扩增,8条随机引物扩增共产生了78条带,多态性片段为62条。对Nei′s基因多样性指数和遗传距离进行分析,结果表明:种群间的遗传分化系数为0.2343,即23.43%的遗传变异存在于种群间,种群内的遗传分化系数为0.7657,即76.57%的遗传多样性存在于种群内,群体内遗传多样性大于群体间遗传多样性。用NJ法对这3个种群的Nei′s遗传距离作聚类分析,结果表明亚洲小车蝗不同种群的遗传分化程度与地理距离具有正相关关系。     

基于ISSR与RAPD标记分析内蒙古赤芍的遗传多样性

采用ISSR和RAPD分子标记技术对28个赤芍种群进行遗传变异和亲缘关系分析,为准确地评价赤芍种质的遗传特征、资源保护及新品种选育提供理论依据。结果显示:(1)利用分别筛选的14条ISSR和RAPD引物扩增出257条和215条条带,其中多态性条带分别为251条和209条,多态性条带百分率分别为97.8%和97.2%;同时证实野生赤芍种群的遗传多样性高于栽培种群。(2)根据Shannon’s信息指数(I)和Nei’s基因多样性指数(H_e)值,发现内蒙古多伦种群(DL)的遗传多样性水平最高,建议在此地建立野生赤芍资源保护区。(3)根据遗传分化系数(G_(st)),发现野生赤芍种群的遗传分化主要发生在种群内,可能由遗传漂变引起;而栽培赤芍种群的遗传分化主要在种群间,说明栽培赤芍种群间的基因交流较少。(4)两种分子标记的聚类分析结果均将28个赤芍种群聚为5大类,遗传距离变化范围分别为0.115 1～0.343 8和0.095 5～0.286 2。研究表明,互相印证的ISSR和RAPD方法可以在DNA水平上更准确有效地分析赤芍种质资源的遗传结构和遗传多样性。     

濒危灌木长叶红砂遗传多样性的RAPD分析

应用RAPD分子标记对濒危灌木长叶红砂(Reaumuria trigyna)种群遗传多样性进行了分析.应用18条随机引物对长叶红砂5个种群的95个个体进行扩增,检测到118个位点,其中多态位点105个.结果表明:长叶红砂种群的多态位点比率(P)为88.98%,显示出长叶红砂种群存在较高的遗传多样性.Shannon多样性指数(0.4966)、Nei基因多样性指数(0.3303)和基因分化系数(Gst=0.1425)的分析结果显示,长叶红砂种群遗传变异大多存在于种群内,种群间的遗传分化占14.25%.聚类分析表明,长叶红砂种群遗传距离与地理距离之间无直接相关关系.遗传多样性水平与物种特性和所处不同群落有关,濒危植物并不一定表现为遗传变异水平的降低.     

冷蒿种群在放牧干扰下遗传多样性的变化

通过随机扩增多态性 DNA(RAPD)方法检测了放牧干扰下冷蒿种群遗传多样性的变化。 17条 (组 )引物进行 RAPD分析 ,扩增共产生 2 5 4条带 ,其中 2 4 0条为多态性带 ,多态位点百分率达 94 .4 9%。随着放牧强度的增加 ,冷蒿种群多态位点百分数 ,Nei遗传多样性指数、Shannon信息指数均下降 ,种群内个体平均遗传一致度增加。放牧梯度上 4个冷蒿种群 H t=0 .2 116 ,Hs=0 .170 0 ,Dst=0 .0 4 16 ,种群间基因分化系数 Gst=0 .196 5 ,基因流 N*m=2 .0 4 5 1;同时随着放牧强度的增加 ,种群间的 Dst、Gst增加 ,N*m 降低。说明放牧限制了种群间的基因交流 ,使种群发生遗传分化。放牧梯度上的 4个冷蒿种群的遗传距离很小 ,但是随着放牧强度的增加 ,遗传距离在缓慢的增加 ,种群间的遗传一致度降低。根据遗传距离所构建的 U PGMA聚类图中冷蒿 4个种群随着牧压的增加 ,逐级聚在一起。这表明冷蒿种群的遗传分化与放牧强度的关系     

采用RAPD和ISSR标记研究古尔班通古特沙漠东南缘梭梭种群的遗传结构

梭梭(Haloxylon ammodendron (CA Mey.) Bunge)是一种沙漠旱生优势树种,具有重要的生态和经济价值,然而,我们对梭梭种群的遗传多样性和遗传结构所知甚少。本文采用RAPD和ISSR标记对来自古尔班通古特沙漠东南缘的4个天然梭梭种群的遗传多样性和遗传结构进行了检测。5个RAPD引物和8个ISSR引物分别扩增出61和195条带,多态性位点比率分别为83.6%和89.7%,Shannon 信息指数分别为0.333和0.367,RAPD和ISSR分析均表明梭梭种群的遗传多样性水平较高。利用分子方差分析(AMOVA)研究梭梭种群的遗传结构,结果表明,大部分遗传变异存在于种群内,通过RAPD分析发现138.2%的遗传变异发生在种群内;通过ISSR分析发现89.4%的遗传变异发生在种群内;而种群间的遗传分化很小。通过RAPD标记没有检测到种群间的遗传分化, ISSR分析表明10.6%的遗传变异发生在种群内。我们推测梭梭种群较高的遗传多样性水平可能源于对异质、高胁迫环境的长期适应,但还需要进一步的研究加以证实。种群间遗传分异低的主要原因是种群间存在强大的基因流。     

采用RAPD和ISSR标记研究古尔班通古特沙漠东南缘梭梭种群的遗传结构

梭梭(Haloxylon ammodendron(CA Mey.)Bunge)是一种沙漠旱生优势树种,具有重要的生态和经济价值,然而,我们对梭梭种群的遗传多样性和遗传结构所知甚少.本文采用RAPD和ISSR标记对来自古尔班通古特沙漠东南缘的4个天然梭梭种群的遗传多样性和遗传结构进行了检测.5个RAPD引物和8个ISSR引物分别扩增出61和195条带,多态性位点比率分别为83.6%和89.7%,Shannon信息指数分别为0.333和0.367,RAPD和ISSR分析均表明梭梭种群的遗传多样性水平较高.利用分子方差分析(AMOVA)研究梭梭种群的遗传结构,结果表明,大部分遗传变异存在于种群内,通过RAPD分析发现138.2%的遗传变异发生在种群内;通过ISSR分析发现89.4%的遗传变异发生在种群内;而种群间的遗传分化很小.通过RAPD标记没有检测到种群间的遗传分化,ISSR分析表明10.6%的遗传变异发生在种群内.我们推测梭梭种群较高的遗传多样性水平可能源于对异质、高胁迫环境的长期适应,但还需要进一步的研究加以证实.种群间遗传分异低的主要原因是种群间存在强大的基因流.     

内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytropis aciphylla Ledeb.)种群遗传多样性分析

用ISSR分子标记对内蒙古地区刺叶柄棘豆(Oxytorpis aciphylla Ledeb.) 5个地理种群进行了种群遗传多样性分析。结果表明：刺叶柄棘豆种群具有较高的遗传多样性,11个ISSR引物扩增出215条带,总的多态位点百分率为98.14%,Shannon多样性指数I=0.2108,Nei基因多样性指数 H=0.341 6,种内总基因多样性(H_t) 为0.2108,种群内基因多样性(H_s)为0.160 4, 大部分遗传变异(76.11%)的遗传变异存在于种群内, 23.89%的遗传变异存在于种群间。遗传分化系数(Gst)为0.238 9,基因流(Nm)为1.592 9。5个居群间已有遗传分化趋势,遗传漂变不会引起遗传分化。UPGMA遗传距离聚类结果表明, 5个地理种群中,植被类型为荒漠草原的4个种群之间遗传距离较近,与1个荒漠种群距离较远。     

山核桃种质资源遗传多样性的RAPD分析

运用RAPD分子标记技术对山核桃种质资源的五处天然居群遗传多样性进行了初步研究。20条10bp随机引物共检测出252个扩增位点,其中多态性位点168个,多态性位点比率为66.7%。依据Shannon’s表型多样性指数,山核桃种质资源的遗传多样性水平相对较高,群体内变异占总变异的60.32%,居群间变异率为39.68%。五处天然居群中,岛石居群遗传多样性水平最高,为0.2800,临目居群最低,为0.1992。群体内平均遗传距离为0.0914,居群间平均遗传距离为0.1188。丰富的遗传多样性可保证山核桃种质群体能够持续生存和发育,也为山核桃选优、品种改良及遗传育种工作奠定了遗传学基础。     

Genetic diversity of the tropical tree Terminalia amazonia (Combretaceae) in naturally fragmented populations

The effect of long-term fragmentation on the genetic diversity of populations of the neotropical tree species, Terminalia amazonia, was studied using random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis. Leaf material from 104 trees was collected from three naturally fragmented gallery forest patches and three plots in nearby continuous forest in the Mountain Pine Ridge, Belize. In total, 30 RAPD bands generated by five decamer primers were used to compare the genetic diversity of the six populations in the two groups. Genetic variation within the populations (H0), as estimated by the Shannon diversity index, ranged from 0.32 to 0.38, with an overall diversity of 0.38 (Hspecies). Analysis of molecular variation revealed that most (94.4%, P<0.001) of the variation was attributable to differences among individuals within populations. Population differentiation was significantly (P=0.038) lower among the fragmented populations than among continuous forest populations. On average, the fragmented populations also had slightly, but statistically significant (P=0.046) lower levels of genetic diversity. However, one gallery forest site had a higher level of genetic diversity than two of the continuous forest sites. We suggest that the long-term effect of fragmentation on the genetic diversity of tropical trees will depend upon the amount of local forest cover in proximity to the fragmented populations.     

天然红松群体遗传多样性的RAPD分析

用RAPD技术分析了分布于中国东北的3个红松（Pinus koraiensis Seib.et Zucc.）天然群体的遗传多样性及群体间的遗传分化。38个随机引物共检测到241个可重复的位点,其中多态位点139个,占总位点的57.68%。Shannon信息指数和Nei指数的统计结果都表明,红松种内的遗传变异主要存在于群体内,凉水群体的遗传多样性水平高于黑河、虎林群体。群体内遗传相似度为0.927,群体间为0.845。红松现阶段对偏低的遗传多样性水平与第四纪冰期所遭受的严重打击和人类近期的干扰有较大关系。     

RAPD analysis of genetic diversity and population structure of Elymus sibiricus (Poaceae) native to the southeastern Qinghai-Tibet Plateau, China

Genetic diversity of Elymus sibiricus (Poaceae) was examined in eight populations from the southeast Qinghai-Tibet Plateau. We detected 291 RAPD polymorphic loci in 93 samples. The percentage of polymorphic bands (PPB) was 79%. Genetic diversity (H(E)) was 0.264, effective number of alleles (N(E)) was 1.444, Shannon's information index (H(O)) was 0.398, and expected Bayesian heterozygosity (H(B)) was 0.371. At the population level, PPB = 51%, N(E) = 1.306, H(E) = 0.176, I = 0.263, and H(B) = 0.247. A high level of genetic differentiation was detected based on Nei's genetic diversity analysis (G(ST) = 32.0%), Shannon's index analysis (33.7%), and the Bayesian method (θ(B) = 33.5%). The partitioning of molecular variance by AMOVA demonstrated significant genetic differentiation within populations (60%) and among populations (40%). The average number of individuals exchanged between populations per generation (N(m)) was 1.06. The populations were found to share high levels of genetic identity. No significant correlation was found between geographic distance and pairwise genetic distance (r = 0.7539, P = 0.9996). Correlation analysis revealed a significant correlation (r = 0.762) between RAPD H(E) found in this study and ISSR H(E) values from a previous study.     

栲树天然群体遗传结构的RAPD分析

利用RAPD分子标记对 5个栲树 (CastanopsisfargesiiFranch .)天然群体共计 188个个体的遗传多样性和群体遗传结构进行了分析。 4 1个随机寡核苷酸引物共检测到 385个位点 ,其中多态位点 15 7个 ,占 4 0 .78%。物种水平的Shannon多样性指数I=0 .4 5 97,Nei基因多样度h =0 .2 96。遗传变异分析表明 ,栲树群体的遗传变异主要存在于群体内 ,利用Shannon多样性指数估算的分化 (Hsp_Hpop) /Hsp=0 .0 4 76 ,遗传分化系数Gst =0 .0 4 2 9,分子方差分析 (AMOVA)也证实了这一结论 ,群体内的变异组分占了 94 .97% ,群体间变异只占 5 .0 3%。AMOVA分析结果的显著性检验也表明 ,群体间及群体内个体间均呈现出显著分化 (P <0 .0 0 1)。     

大别山山核桃天然群体遗传结构的初步分析

利用RAPD分子标记技术检测了大别山山核桃3个天然居群的遗传多样性和遗传结构。20条10 bp随机引物共检测到238个扩增位点,其中多态性位点162个,多态位点百分率(PPB)为68.1%。居群水平Shannon’s多态性信息指数(I)介于0.2651~0.2801之间;居群水平Ne i’s基因多样性指数(H)介于0.1789~0.1890之间。遗传变异计算显示大别山山核桃居群间基因分化系数(Gst)为0.4063,分子方差分析(AMOVA)表明居群间基因分化水平为0.4177,居群间基因流(Nm)为0.7306,说明大别山山核桃大部分变异存在于居群内,居群间基因交流相对较少。这一结果符合大别山山核桃风媒、异交的繁育系统特点,但其居群间基因分化程度明显高于异交植物的平均水平(Gst=0.1930)。地理隔离、居群内近交及居群间基因流受阻可能是形成目前大别山山核桃天然群体遗传结构的主要因素。     

用ISSR标记分析不同地区紫茎泽兰种群的遗传变异

利用ISSR标记技术分析了我国32个紫茎泽兰地理种群的遗传多样性,结果表明入侵我国的紫茎泽兰具有较大的遗传多样性,物种水平上的Nei's基因多样性为0．235,shannon's指数为0．372。种群间的遗传分化研究表明,大部分变异存在于种群内,总体遗传多样性中仅34．5%来源于种群之间。紫茎泽兰种群间的遗传距离矩阵和空间距离矩阵之间呈轻度正相关(r=0．542,P＜0．001),说明地理隔离可能是阻碍紫茎泽兰种群间基因交流的原因之一。不同海拔高度紫茎泽兰种群的遗传多样性水平呈现随海拔升高而降低的趋势(r=0．368,P＜0．001),各海拔区域种群的平均ISSR标记Nei's基因多样性和Shannon's指数均随海拔升高而有所降低。     

毛乌素沙地柠条群体分子生态学初步研究:RAPD证据

毛乌素沙地柠条群体是一个杂种带,为了进一步阐明分子变异和基因流与生境或生态过渡带的联系,应用ＲＡＰＤ标记开展了柠条群体的分子生态学研究。根据ＲＡＰＤ数据利用Ｓｈａｎｎｏｎ信息指数估计了６个柠条群体的遗传多样性,发现大部分的分子变异存在于柠条群体之内（８２．４％）,只有少部分的分子变异存在于群体之间（１７．６％）,又利用ｅｉ指数统计了ＲＡＰＤ数据,也证实了大部分的遗传变异存在于群体之间,柠条锦鸡儿群     

黄海和东海小黄鱼遗传多样性的RAPD分析

小黄鱼（Pseudosciaena polyactis）是我国近海重要经济鱼类之一。本文分析了采自黄海和东海5个海区共计48个个体小黄鱼的随机扩增DNA多态性（RAPD）。从40个10 bp引物中选取20个用于群体遗传多样性分析,共检测出145个位点,其中132个（91.03%） 显多态性。用Shannon多样性指数量化的平均遗传多态度为1.93（1.50～2.44）,群体内和群体间的遗传变异比例分别为69%和31%;群体间的平均遗传相似度和遗传距离分别为0.9139和0.0861。用非加权配对算数平均法（UPGMA）聚类分析的结果表明,所分析的5个群体可分为3个地理群系,从分子水平上支持了过去有关学者把黄海和东海的小黄鱼划分为北、中、南3个地理群系的观点。     

Genetic diversity in Hemileia vastatrix based on RAPD markers

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) was used to assess the genetic structure of Hemileia vastatrix populations. Forty-five rust isolates with different virulence spectra and from different hosts and geographical regions were analyzed. Out of 45 bands, generated with three RAPD primers, 35 (78%) were polymorphic and scored as molecular markers. Cluster analysis exhibits unstructured variability of this pathogen with regard to physiological race, geographical origin or host. The genotypic diversity (H') inferred from Shannon's index was higher than gene diversity (Ht), suggesting that diversity is distributed among clonal lineages. Estimates of gene diversity in Africa and Asia populations were higher in total (Ht) as compared to within population diversity (Hs). Genetic differentiation was considerable among coffee rust isolates from Africa (Gst = 0.865) and Asia (Gst = 0.768) but not among isolates from South America (Gst = 0.266). We concluded that genetic diversity in H. vastatrix was moderately low and that the genetic differentiation among populations shows that asexual reproduction is likely to play an important role in the population biology of this fungus. This should be taken into account for the development of breeding programs.