湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区Thisfindingwasalsoconfirmedbythephylogenetictreeanalysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(DuckhepatitisBvirus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBVDNA,对其中一份DHBVDNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析。结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%~93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型。     

湖北麻鸭乙型肝炎病毒全基因组的克隆和序列分析

为了解湖北地区This finding was also Confirmed by the phylogenetic tree analysis.麻鸭中鸭乙型肝炎病毒(Duck hepatitis B virus,DHBV)自然感染状况以及湖北麻鸭所携带DHBV的基因结构特征,采集了70份成年麻鸭血清并应用PCR技术检测DHBV DNA,对其中一份DHBV DNA阳性血清进行DHBV全基因扩增,并进行克隆与序列测定分析.结果表明,湖北麻鸭DHBV自然携带率为10%;湖北DHBV分离株(GenBank登录号DQ276978)基因组的全长为3024bp,有编码P,S和C蛋白的三个开放阅读框;与GenBank中17株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.85%～93.29%之间;S蛋白、C蛋白和P蛋白结构功能区序列均高度保守;而对P蛋白标志性氨基酸和全基因进化树的分析表明,该分离株属于DHBV中国基因型中的一个亚型.     

广东麻鸭DHBV全基因克隆及新读码框的发现

选取3份DHBV阳性广东麻鸭血清提取DHBV DNA,设计一对扩增DHBV全基因序列引物Q1和Q2,扩增并克隆DHBV全基因序列,测序并运用相关计算机软件及方法分析获得的全基因序列.结果表明,广东麻鸭DH-BV全长为3027bp.提交GenBank后获得的收录号分别为AY433937、AY521226、AY521227(来自1号血清);AY392760、AY536371(分别来自2、3号血清).AY521227的PreS/S ORF出现了单碱基突变,在PreC/CORF之前发现一个新的ORF,暂命名为HORF,HORF也同时存在于GenBank中储存的另外8个DHBV全基因序列中.系统发育分析表明,广东麻鸭DHBV在分化程度上是目前储存于GenBank中的DHBV全序列中最高的.成功克隆了广东麻鸭DHBV全基因序列,序列分析为进一步研究广东麻鸭DHBV提供了有益的信息.     

广东麻鸭DHBV全基因克隆及新读码框的发现

选取3份DHBV阳性广东麻鸭血清提取DHBVDNA,设计一对扩增DHBV全基因序列引物Q1和Q2,扩增并克隆DHBV全基因序列,测序并运用相关计算机软件及方法分析获得的全基因序列。结果表明,广东麻鸭DH-BV全长为3027bp。提交GenBank后获得的收录号分别为:AY433937、AY521226、AY521227(来自1号血清);AY392760、AY536371(分别来自2、3号血清)。AY521227的PreS/SORF出现了单碱基突变,在PreC/CORF之前发现一个新的ORF,暂命名为HORF,HORF也同时存在于GenBank中储存的另外8个DHBV全基因序列中。系统发育分析表明,广东麻鸭DHBV在分化程度上是目前储存于GenBank中的DHBV全序列中最高的。成功克隆了广东麻鸭DHBV全基因序列,序列分析为进一步研究广东麻鸭DHBV提供了有益的信息。     

鸭乙型肝炎病毒基因组结构及其编码蛋白的研究进展

鸭乙型肝炎病毒(DHBV)属于禽嗜肝病毒属、嗜肝DNA病毒科病毒,与人乙型肝炎病毒(HBV)具有相同的复制方式及相似的基因结构、抗原结构。DHBV基因组是闭合环状不完全双链DNA,3个主要ORF-PreS/S、ORF-PreC/C、ORF-P位于负链,编码L蛋白、S蛋白、C蛋白和P蛋白。本文通过对DHBV基因组结构特征及其编码病毒重要蛋白的基本特性、结构特点与功能进行全面阐释,旨在对DHBV的深入研究提供重要参考和以DHBV人工感染建立的动物模型研究HBV提供重要理论依据。     

基于滚环扩增的鸭乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA检测方法的建立

滚环扩增(RCA)是新近发展起来的一种能特异性扩增环形DNA的实验技术,自2008年以来被广泛用于HBV基因全长扩增及共价闭合环状DNA(cccDNA)耐药突变分析等研究。为了便于鸭乙型肝炎病毒(DHBV)cccDNA的分析,本研究建立了基于RCA的DHBV cccDNA的检测方法。通过针对DHBV高度保守序列设计的4对RCA硫化修饰引物,以血清DHBV DNA为阴性对照,从肝组织DHBV DNA标本中扩增得到DHBV cccDNA。然后用跨缺口引物扩增RCA产物测序替代限制性内切酶切分析进行DHBV cccDNA鉴定。应用该方法检测39份携带DHBV麻鸭肝组织与血清标本结果显示:全部肝组织标本均检出DHBV cccDNA,而全部血清标本则均无DHBV cccDNA检出,表明本研究建立的基于RCA的DHBV cccDNA检测法具有良好的特异性和灵敏性。该方法的建立为应用鸭乙型肝炎病毒动物模型研究cccDNA在病毒致病机制中的作用以及评价抗病毒疗效奠定了实验基础。     

痘苗病毒天坛株全基因组结构特点的分析

通过我国痘苗病毒天坛株(疫苗株)全基因组核苷酸序列的测定,对痘苗病毒基因组的一级结构进行了详细的分析,发现天坛株全基因组由189274个碱基对和碱基组成,与其它痘苗病毒株相比,在病毒基因组旁侧区限制性内切酶Hind Ⅲ-C,B及中央区Hind Ⅲ-A片段出现多个DNA片段的缺失和新的DNA片段的插入,这些片段中编码的某些多肽目前已知与病毒的生物学性状有关,对阐明痘苗病毒疫苗株与非疫苗株毒力上的差别及正痘病毒属成员的致病机理等方面的研究提供了线索.除此之外,有关病毒启动子、开放读码框架的分布特点、G+C含量及密码子使用频率等基因组结构特点的分析,也为研究基因表达的调控机制和利用该病毒作为载体进行基因工程重组疫苗的开发奠定了基础.     

变色栓菌漆酶基因的克隆与序列分析

本研究以PCR扩增的方法,从变色栓(菌Trametes versicolor)的基因组DNA中扩增出了一预期大小的DNA片断,并将其克隆到了pUCM-T载体上。经筛选、酶切、PCR鉴定,序列分析,证明该片断为变色栓菌漆酶基因的克隆。该基因的开放阅读框由1560个核苷酸组成,编码一个由519个氨基酸组成的多肽。与GeneBank中发表的Laccase基因(AY081188)序列比较发现,编码的氨基酸序列同源性为96%,而核苷酸序列的同源性为92%。     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析。结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%。RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定。利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp prote-ase proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性。     

水稻瘤矮病毒基因组S9片段的基因结构特征

应用RT-PCR技术克隆了水稻瘤矮病毒(RGDV)中国广东信宜分离物(RGDV-C)的基因组S9片段,测定了全序列并进行了生物信息学分析.结果表明,RGDV-C S9片段全长共有1202bp(登录号AY556483),含有一个长的开放阅读框,这一开放阅读框编码一个由323个氨基酸残基组成的多肽,推测分子量约35.6kDa,与泰国分离物(RGDV-T)的全序列相比,它们的核苷酸长度相等,核苷酸同源性为98.1%,氨基酸同源性为98.5%.RGDV S9片段编码的Pns9蛋白在植物呼肠孤病毒属内未发现同源蛋白,其功能尚待确定.利用NCBI的BLAST查找与比较,发现Pns9与伯氏疏螺旋体(Borrelia burgdorferi)ATP依赖的Clp蛋白水解酶组分[ATP-dependent Clp protease proteolytic component(clpP-1)]有21.8%的氨基酸序列同源性.