川金丝猴mtDNA D-loop序列遗传多态性分析

采用非损伤性DNA分析技术,分析了甘肃白水江保护区、陕西长青保护区、湖北神农架保护区3个川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)种群中的20份粪便样品和2份肌肉样品,成功扩增了mtDNA D-loop区部分片段。经过GenBank数据库的BLAST比对,确定了22份样品均来自川金丝猴,经过Clustal W和DNASP软件分析,在22份川金丝猴mtDNA D-loop区393bp中,共检测出54个多态性位点,分为17个单倍型,单倍型多态性(h)为0.965,核苷酸多态性(π)为3.10%。3个种群之间的遗传距离为0.003～0.098,核苷酸差异为0.08%～2.80%,表明所得到的川金丝猴样品中存在着较丰富的遗传多态性,种群间存在一定的遗传差异。     

基于微卫星DNA的神农架川金丝猴遗传结构研究

川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)是我国特有珍稀濒危物种,了解其种群遗传结构和关键影响因素,对该物种的保护具有重要意义。以我国分布最东端的湖北神农架川金丝猴种群为研究对象,基于非损伤性DNA技术和微卫星DNA遗传标记等分子生物学方法及景观遗传参数,探讨了神农架川金丝猴的遗传多样性和遗传结构,旨在为川金丝猴的研究及川金丝猴种群的可持续发展提供理论基础。利用12个多态性微卫星位点,在455份川金丝猴粪便样品中,共检测到62个微卫星等位基因;共鉴定出316个不同川金丝猴个体;种群的平均期望杂合度、平均观察杂合度和多态性信息含量分别为0.626、0.559和0.650;群体间的Nei's遗传距离为0.046—0.139,分化系数为0.015—0.046。结果表明与其他地区川金丝猴种群相比,神农架川金丝猴种群具有较低的遗传多样性水平,种群内部存在遗传分化趋势;结合景观参数分析表明地理距离不是影响神农架川金丝猴群体间遗传距离的主要因素,而生境中的灌丛和草地以及人类活动干扰可能是影响川金丝猴遗传交流的主要因素。     

滇金丝猴线粒体D-loop 片段SNPs 位点的鉴别及初步分析

本文利用已测序的157 个滇金丝猴控制区(D-loop)片段,通过与参考序列比对,鉴别了线粒体D-loop 片段中的52 个SNP (Single Nucleotide Polymorphisms)位点,定义了30 种滇金丝猴单倍型,排除概率为0. 938。谱系及种群遗传结构分析结果与以前利用D-loop 片段的研究结果相似。同时表明基于粪便样品进行保护遗传学、谱系生物地理学、种群遗传学等研究时,与线粒体标记和微卫星标记相比,SNP 标记可能具有一定的优越性,并建议进一步分析滇金丝猴线粒体D-loop 全序列甚至线粒体全基因组上的SNPs 位点的信息,以促进滇金丝猴保护遗传学等研究的开展。     

尾斑瘰螈种群的D-loop区遗传多样性分析

以线粒体DNA D-loop序列为分子标记,研究了采自雷公山和武陵山的尾斑瘰螈(Paramesotriton caudopunclatus)5个种群的遗传多样性.获得42个个体mtDNA D-loop区序列,长度为690 bp,其中有30个变异位点,由此定义了13个单倍型.5个种群中未出现共享单倍型的现象.尾斑瘰螈种群...     

基于粪便DNA的青藏高原雪豹种群调查和遗传多样性分析

基于非损伤性取样,利用mtDNA和微卫星DNA遗传标记,对来自青藏高原三江源国家级自然保护区、羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区等地的277 份疑似雪豹粪便样品进行了物种鉴定、个体识别和遗传多样性研究。结果显示：在190份成功扩增的mtDNA cyt b基因片段中,确定有89份属于雪豹;微卫星分析确定其属于48个不同的个体。在48个雪豹mtDNA cyt b基因片段中,共检测出13个多态性位点,定义了9个单倍型,单倍型多态性为0.776,核苷酸多态性为 1.50%, 9个单倍型的遗传距离为 0.009-0.058。研究表明在研究区域均存在雪豹分布,并具有一定的遗传多态性,地理距离分布较远的羌塘国家级自然保护区和甘肃党河南山地区的雪豹样品具有一定的遗传差异。     

广西三黄鸡的遗传多样性及保种效果分析

广西三黄鸡肉嫩味美,是中国应用广泛、开发利用最好的著名地方品种。为了准确评价广西三黄鸡的遗传多样性和保种效果,以广西自治区内4个保种场314个样品为研究材料,用18个微卫星标记和线粒体DNA D-loop区(mtDNA)联合分析广西三黄鸡群体的遗传多样性。微卫星标记结果表明:共检测到144个等位基因,平均等位基因数为8个,期望杂合度(HE)为0.679 8,观察杂合度(HO)为0.560 5,多态信息含量(PIC)为0.639 3。线粒体DNA D-loop区结果表明:在检测序列中,共发现31个变异位点,17种单倍型,群体平均核苷酸多态性和单倍型多态性分别为0.0137 9,0.644;网络中介图表明广西三黄鸡具有5个血统来源,主要起源是东亚和云南或云南周边地区地方鸡血统,但在存在少量外来商业鸡种血统。本研究结果表明,广西三黄鸡具有较为丰富的遗传多样性,个别保种场需进一步提纯保种。     

不同保存方法对川金丝猴粪便DNA提取效果的影响

目的:川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)是我国特有珍稀物种,其粪便作为一种非损伤性样品,为珍稀濒危动物的种群数量调查、遗传多样性评价、亲缘关系、系统进化等研究带来了很大便利,本研究试图建立高效、简便的粪便样品保存方法。方法:在现有珍稀濒危动物粪便样品保存方法的基础上,分别使用干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法保存川金丝猴的粪便样品,比较了不同保存方法的DNA提取效果,以及对mtDNA控制区片段的PCR扩增成功率和微卫星基因的PCR扩增效率。结果:干燥法、冷冻法和干燥-冷冻法三种不同保存方法保存粪便1周时间后,提取的粪便DNA样本扩增mtDNA片段的成功率均为92%,微卫星基因的扩增成功率分别为79%、78%、80%;保存2个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为80%、76%和80%,微卫星基因扩增成功率分别为65%、61%、67%;保存6个月后,mtDNA片段扩增成功率分别为56%、52%和64%,微卫星基因扩增成功率分别40%、34%、46%。因此,随着保存时间的增长,三种方法的保存效率都将明显降低,但干燥-冷冻法得到的DNA样本扩增成功率相对较高。结论:粪便样品能够为川金丝猴的遗传多样性评价等相关研究提供有效信息,干燥-冷冻法保存能够更为有效的保证DNA的提取和基因扩增效率。     

三江源和祁连山国家公园雪豹种群的遗传结构分析

掌握遗传信息对濒危物种的保护和管理具有重要意义。本研究在我国雪豹重要分布区祁连山和三江源国家公园分别采集粪便样品,利用mtDNA的cyt b基因、微卫星多态性位点进行了雪豹的物种鉴定、个体识别和种群遗传结构评估。在采集286份疑似雪豹粪便样品中,成功的对86份雪豹样品进行了扩增鉴定,利用微卫星位点进行个体识别获得41只雪豹个体,其中祁连山国家公园26只,三江源国家公园15只。通过等位基因数、有效等位基因数、观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量等指标进行种群遗传多样性评估,认为雪豹种群遗传多样性相对较低,但祁连山国家公园雪豹种群遗传多样性相对较高。STRUCTURE进行群体遗传结构分析表明,4个种群可以划分为3个遗传类群,祁连山国家公园的种群（YCW和QLS）与三江源国家种群(DC和SJ)的遗传差异,可能与种群间的地理隔离存在明显的相似性。     

基于粪便DNA的雪豹种群调查和遗传多样性

雪豹 (Panthera uncia) 是仅分布于亚洲高海拔山区的珍稀濒危猫科动物.本研究在印度西南部(Ladakh)、中国青海和蒙古国的南部(南Gobi)3个独立的雪豹分布区共采集109份粪便样品.应用线粒体DNA(mtDNA) cyt b基因特异性引物对109份粪便样品进行鉴定,发现有31份粪便来自雪豹,其中印度Ladakh、我国青海和蒙古国南Gobi的雪豹样品分别为17份、3份和11份.利用重新筛选设计的7对家猫(Felis catus)微卫星引物,对雪豹粪便样品进行了基因分型分析,结果发现在Ladakh和南Gobi检测到的雪豹粪便样品分别来自4只和5只不同的雪豹个体,而青海的样品则来自同一只雪豹;遗传多样性统计分析表明,蒙古国南Gobi的雪豹微卫星遗传多样性水平低于印度的Ladakh.研究结果表明了粪便DNA在雪豹种群监测和遗传多样性研究中的可行性.     

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析

本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.     

气候变化和人为干扰对中国三种金丝猴地理分布的未来影响

气候变化和人为干扰正成为物种多样性丧失的重要驱动力。本文基于MaxEnt模型,探讨气候变化和人为干扰对中国3种金丝猴（川金丝猴Rhinopithecus roxellana、滇金丝猴R.bieti和黔金丝猴R.brelichi）地理分布变迁的影响：（1）气候变化和人为干扰导致3种金丝猴在2000年和未来（2050年）的适宜栖息地面积减少,分布海拔升高,其中黔金丝猴适宜栖息地面积减少最大,川金丝猴在四川东北部、陕西西南部和湖北西北部的适宜栖息地,滇金丝猴在云南西部的适宜栖息地面积收缩;（2）人为干扰指数是导致金丝猴适宜栖息地面积减少的重要因素,最暖季度平均温度、降水量变异系数、最冷季度平均温度是分别影响川金丝猴、滇金丝猴、黔金丝猴适宜栖息地的最重要气候因子;（3）川金丝猴栖息地的西南部,滇金丝猴栖息地的中部具备高连通性,适合亚群之间的交流。基于上述结果,我们建议减少低海拔地区的人类活动,并加强在受气候变化和人类干扰影响严重的栖息地进行预见性保护,比如提前规划、扩大保护地范围,在栖息地连通性低的地区修建生态廊道。我们的结果为濒危动物的保护和生态廊道的修建提供了理论依据和技术支持。     

唐家河国家级自然保护区川金丝猴生境适宜性评价

生境适宜性评价是濒危物种保护的重要基础。川金丝猴（Rhinopithecus roxellana）是栖息于温带森林的、中国特有的珍稀灵长类动物。位于岷山山系的四川唐家河国家级自然保护区是川金丝猴的重要分布地之一,但涉及该地区川金丝猴的生境信息却较缺乏。运用最大熵（Maximum entropy,MaxEnt）模型对四川唐家河国家级自然保护区川金丝猴不同季节的生境适宜性进行了研究,发现四个季节的训练集和验证集的受试者工作特征曲线下面积（Area under the receiver operator characteristic curve,AUC）值均超过0.8,说明模型预测结果较好。结果显示：（1）影响不同季节川金丝猴分布的主要因子是海拔、河流和道路。（2）川金丝猴的适宜生境面积存在季节性变化。其中,春季的适宜生境面积最大,为233.94 km²,占全区面积的58.48%;夏季的次之,为192.75 km²,占48.19%;秋冬季的适宜生境面积相对较低,分别为145.54 km²（占36.39%）和142.63 km²（占35.66%）。（3）川金丝猴的适宜生境分布具有明显的季节性垂直变化。研究揭示保护好完整的森林植被带对川金丝猴的生存具有重要意义,尤其要重视对人为干扰较强的低海拔生境的保护。     

川金丝猴食谱的地域性差异比较

对不同地区川金丝猴食物组成的比较有助于了解其对不同生境食物供应的适应性。本研究通过对陕西川金丝猴猴群食谱的长期记录,并汇集了国内对四川-甘肃和湖北的川金丝猴食性研究结果,集成了这三个地理种群川金丝猴各自的地域性食谱,共计有136 种植物(隶属35 科)被该物种作为采食对象。对来自这三个不同区域(陕西、四川-甘肃、湖北)的川金丝猴食谱组成的比较,发现有近半数的植物是三个地理种群共同的采食对象,但其食谱组成差异明显。这可能源于各地植物本身的多样性差异,及不同地理种群对各种食物采食偏好的不同所致。对其相关聚类分析结果显示,陕西和湖北的猴群在食谱组成上相近,但四川-甘肃的猴群与前两个地区猴群的食谱组成差异极大。然而湖北和四川-甘肃种群在食物的选择上采用了近乎相同的偏好倾向,而陕西的猴群与它们明显不同。我们初步分析认为造成食谱组成和采食偏好差异的原因可能是各地理种群活动地海拔带重叠度不同、森林类型不同、它们在不同林型中活动的时间分配不一。很明显,就我们目前所掌握的有关川金丝猴食谱组成来看,该物种不应该仅仅被认为是一个叶食性灵长类动物,而应该是一个泛化采食者。     

神农架川金丝猴栖息地森林群落的数量分类与排序

在神农架川金丝猴生境典型地段设立样方58块,根据样方资料对神农架川金丝猴栖息地的森林群落用组平均法分类和DCA排序.用组平均法将58块样地分为9个群系,依据《中国植被》的分类原则和系统将研究区植物群落划归为7个植被型.样地的DCA排序较好地揭示了该区森林群落的分布格局与环境梯度的关系;DCA第二轴明显地反映出森林群落的海拔梯度变化,沿DCA第二轴从右到左,海拔逐渐升高;第一轴表现了各植物群落或植物种所在环境的坡度、坡向,即水分和光照因素,沿第一轴从下到上,坡度渐缓、坡向渐向阳.其中海拔梯度是环境因子中对森林群落起决定性作用的因子.研究表明,巴山冷杉+糙皮桦-大齿槭+尾萼蔷薇-高原露珠草+星果草群系发育较好,高大树木占有较大的比例,是神农架川金丝猴最适宜栖息地.7个植被型物种丰富度指数在群落梯度上呈规律性波动.其中针叶林和针叶-阔叶混交林中,物种丰富度指数在群落梯度上的总体趋势表现为灌木层＞草木层＞乔木层;在常绿阔叶林和常绿-落叶阔叶混交林中,该趋势为灌木层＞乔木层＞草本层;在落叶阔叶林中,其丰富度指数的趋势为灌木层＞草本层和乔木层.不同植被类型川金丝猴食源植物种类在群落梯度上的变化趋势与物种丰富度指数相同,但地衣类植物作为川金丝猴冬季的重要食物只在针叶林和针叶-阔叶混交林中生长.本研究为制定栖息地保护计划,更好地保护神农架川金丝猴提供了科学理论依据.     

人为干扰对神农架川金丝猴连通性及遗传多样性的影响

川金丝猴湖北种群是川金丝猴分布的最东缘,现主要分布于神农架国家公园和巴东自然保护区,其作为单独的管理单元,相对较低的遗传多样性、孤立的遗传状态和较小的种群数量,使得该种群面对环境变化脆弱性高。以神农架为研究区域,首先基于物种分布模型获得川金丝猴移动的阻力图层,利用电路理论分析适宜生境连接度;其次,设置道路和旅游两个人为干扰情景,运用最小费用距离模型与电路理论模型,分析道路和旅游活动对川金丝猴移动路径以及对不同亚群内和亚群间连通性的影响;最后,利用CDPOP软件模拟道路对川金丝猴遗传多样性的影响。结果表明:(1)神农架川金丝猴适宜生境分布较集中,生境斑块间存在多个潜在扩散区域;(2)道路改变了川金丝猴往来于南北生境间的最优路径,旅游干扰对川金丝猴移动路径无明显影响,其干扰主要在于川金丝猴对其具有回避性,回避距离为100 m;(3)道路显著降低金猴岭亚群内的连通性,并显著增加了所有亚群间的移动阻力,旅游活动对亚群内和亚群间的连通性无显著影响;(4)川金丝猴种群在150年内的遗传多样性呈下降趋势,道路的影响将加剧遗传多样性下降的程度。基于以上结果本文提出了针对性的保护建议,对于该物种的保护和其他濒危物种的类似研究具有较强的参考价值和借鉴意义。     

神农架自然保护区川金丝猴食源植物的分布和丰富度

温带地区分布的灵长类动物在食物匮乏的时候容易受到食物不足的胁迫。川金丝猴就是分布于温带区域的灵长类动物之一,因此在不同的季节,食物对其有不同程度的影响。神农架自然保护区是川金丝猴分布的最东缘,该地区的研究对川金丝猴的保护有着非常重要的影响。本文通过对神农架川金丝猴食源植物和栖息环境 的植被调查,来探讨食物的分布和丰富程度对川金丝猴的影响。在神农架川金丝猴分布的核心地区,选择具有代表性的植被类型,按照海拔梯度设置88个样方,基于优势树种和数据分析,我们把川金丝猴的栖息地划分为12 个类型。阔叶林的食源植物种类要高于针阔混交林;而低海拔的类型中提供食源植物的种类要高于高海拔类型。尽管川金丝猴的食谱范围很广,但是它喜食的食物种类分布极不均匀,而且在其不同类型的栖息地内,食源植物的种类和数量随着季节的变化而变化。因此,季节的变化和食源植物的分布不均衡都会影响川金丝猴的取食行为和时间分配。我们建议借助人为改造森林结构,增加食源植物的数量,进而达到保护和扩大川金丝猴种群的目的。     

川金丝猴社会行为节目及其动作模式

正确区分和定义川金丝猴各项社会行为节目及其动作模式是研究川金丝猴社会行为的重要基础。本文的目的是按照现代习性学的基本观点,探讨川金丝猴在演化过程中所形成的物种典型行为以及它们的固定动作模式。数据收集时间为1988～2005 年,采用焦点动物取样法和随意取样法,对川金丝猴笼养条件下的繁殖群、半笼养条件下的繁殖群和全雄群、以及其自然栖息地神农架林区的野生猴群进行观察,总计观察约3 000 h。初步确定了川金丝猴54 项物种典型行为节目及其动作模式,其中45 项是群内个体之间用以进行社会交往的社会行为节目,包括8 种在其他灵长类物种中目前还没有报道或比较少见的。     

40年岷山地区白河自然保护区川金丝猴的生境格局动态

好的生境质量是野生动物生存和繁衍的必备条件,生境质量的变化将对动物的生存产生深远影响,定量客观的评估生境变迁过程显得尤为必要。川金丝猴作为我国一级保护动物,评定其生境质量变化过程有利于制定有效的保护措施。3S技术的不断发展与广泛应用为研究川金丝猴生境格局的动态变化提供了有利的工具。以岷山白河自然保护区为例,利用陆地资源卫星的MSS/TM/OLI遥感影像,并基于专家知识的决策树分类方法对遥感影像进行分类,获取了5个时期的覆被类型空间分布图;根据NDVI与郁闭度的相关性获取了研究区郁闭度的时空变化信息。然后,通过对野外观测数据的数理统计与空间分析,获取了川金丝猴的生活习性特征,并结合AHP方法构建了川金丝猴生境质量的评价体系,对5个时期的生境质量进行了评价,最后定量分析了40年来川金丝猴的生境格局的动态变化趋势。研究表明,近40年来白河自然保护区内及周边的生境经历了由良好到不断恶化,再到逐渐恢复的过程,其中最适宜和适宜生境呈现先降低后逐渐升高的趋势,而不适宜和勉强适宜则表现为先增加后减小的趋势。1975—1982年时段内,各生境等级变化剧烈,尤以最适宜和不适宜等级变化显著,生境质量整体呈恶化趋势;1982—1994年,各生境等级变化剧烈程度较前一时期有所缓和,生境质量得到较大改善,呈良性发展趋势;1994—2003年时段内,研究区内生境质量进一步改善,环境恶化状况得到了缓解;2003—2014年时间段内整体质量改善的速度明显减缓,生境质量达到平衡状态。除1975—2014时段外,前4个时段的各综合变化指标呈现递减趋势,前期生境等级变化剧烈,后期趋缓。气候变化和人为干扰为导致生境变化的主要因素,其中20世纪80年代生境变化与气候变化关系密切,而20世纪90年代之后人为干扰因素明显增加。研究有助于理解气候变化与人为干扰背景下,川金丝猴生境格局时空变化特征,为野生濒危动物生境保护管理和政策制定提供科学依据。     

基于斑块尺度的神农架川金丝猴生境适宜性评价

基于斑块尺度的生境适宜性研究,可以通过物种分布的景观格局特征,推导出研究区的景观适宜性,有利于景观规划决策。研究首先分析农业用地对神农架川金丝干扰的阈值,其次采用泊松回归构建基于斑块尺度的包含植被类型、斑块特征和人为干扰特征的猴群分布模型,依据模型结果叠加道路适宜性分级图对川金丝猴适宜生境进行评价。结果显示:(1)农业用地干扰阈值为2000 m;(2)最优模型显示猴群偏好面积大、形状简单的寒温性针叶林、寒温性针叶-落叶阔叶混交林、温性针叶-落叶阔叶混交林斑块,对农业用地具有回避性;(3)道路干扰已成为川金丝猴迁移的主要障碍,川金丝猴分布区受到的农业干扰较小,但其成为阻碍川金丝猴扩张分布区的屏障。建议神农架保护区全面开展道路与旅游景点对野生动物干扰的监测。     

Seasonal home range changes of the Sichuan snub-nosed monkey (Rhinopithecus roxellana) in the Qinling Mountains of China

The seasonal changes in home range and habitat use of the Sichuan snub-nosed monkey, Rhinopithecus roxellana, have been studied by radio tracking and direct observation in the Qinling Mountains of China. The home range size was 14.1 km(2) in spring, 9.5 km(2) in summer, 12.1 km(2) in autumn and 12.3 km(2) in winter; the total area used was 22.5 km(2). The area of the home range is closely correlated with the distribution and abundance of food resources. Seasonal change in the home range area is correlated with the phenology of the vegetation. An unusually large home range is a unique characteristic of this monkey.