一株赛鸽源鸽圆环病毒全基因克隆与序列分析

鸽圆环病毒(Pigeon circovirus,PiCV)是圆环病毒科的一个成员,是一种免疫抑制性病原。为了研究PiCV中国流行毒株的基因特征和遗传进化关系,本研究应用PCR方法对江苏省某赛鸽公棚的22份样品进行了PiCV检测,结果有6份样品为阳性。采用重叠PCR技术得到一株鸽圆环病毒全基因序列,命名为JS15-1(GenBank登录号:KX431143)。基因序列分析表明,JS15-1全长为2 034bp,包含3个主要开放阅读框。核苷酸同源性比较结果显示JS15-1与GenBank上登录的其他鸽圆环病毒分离株的全基因核苷酸同源性为85.3%~97.1%,与比利时分离的Bel20株同源性最高。不同鸽圆环病毒Rep基因同源性为92.1%~96.6%,Cap基因同源性为72.2%~99.4%。全基因遗传进化树显示JS15-1与之前的中国分离株处于不同的分支,而与Bel20的亲缘关系最近,Rep基因进化树显示JS15-1与Bel20、PiCV/Japan/2010、Ita4B位于同一分支,Cap基因进化树显示JS15-1与Bel20处于同一分支,亲缘关系最近。氨基酸序列比较发现,JS15-1与Bel20在Rep蛋白存在6个氨基酸残基的差异,而Cap蛋白存在1个氨基酸残基的差异和1个氨基酸残基的插入。研究结果表明,JS15-1极可能来源于比利时,而且发生了变异。     

22株猪圆环病毒2型安徽分离株全基因组遗传进化分析

为了解安徽地区猪圆环病毒2型(PCV2)的分子流行病学及流行毒株遗传变异情况,本研究应用DNA Star软件,针对22株PCV2安徽分离株和26株GenBank登录的PCV2参考毒株,进行全基因组核苷酸序列、ORF1和ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列的同源性分析,并运用MEGA 6.0软件构建系统进化树.结果显示,22株PCV2安徽分离株基因组全长均为1 767 bp,相互之间的核苷酸序列相似度为94.6％～99.8％,与GenBank登录的26株PCV2参考毒株之间的核苷酸序列相似度为92.4％～99.8％.PCV2安徽分离株的ORF1核苷酸序列及其推导的氨基酸序列与参考毒株之间的相似度分别为94.3％～100％和85.4％～100％,ORF2核苷酸序列及其推导的氨基酸序列相似度分别为85.9％～99.9％和76.9％～100％.ORF2编码的Cap蛋白氨基酸序列在8～30、44～91、121～140及190～224几个区域存在突变,且有部分变异位点位于抗原表位区.22株PCV2安徽分离株分布于两个基因亚型,8株属于PCV2b,14株属于PCV2d.结果表明,PCV2安徽分离株的全基因组核苷酸序列较稳定且彼此间亲缘关系密切.ORF2的变异程度远高于ORF1,PCV2d基因亚型己经逐渐过渡成为安徽地区的主要流行毒株.Cap蛋白氨基酸序列在免疫反应区域内的变异可能影响PCV2的免疫原性.本研究结果丰富了安徽地区猪圆环病毒病的分子流行病学资料,同时也为有效防控该病提供了一定的参考依据.     

2010–2015年华东地区猪圆环病毒2型的分子流行病学分析

[目的] 猪圆环病毒2型（PCV2）是严重危害世界养猪业的重要传染病,即猪圆环病毒相关疾病（PCVAD）的重要病原,其致病机制及流行规律尚未阐明。本研究对2010-2015年间采集自中国华东地区的病料进行PCV2检测,以探讨中国华东地区PCV2的分子流行病学特征,分析PCV2的遗传演化规律。[方法] 本研究利用PCR方法对384份断奶仔猪多系统衰竭综合征疑似发病猪样本进行检测,并对随机选取的42份阳性样品进行PCV2全基因组的测定和分析。[结果] 华东地区普遍存在PCV2的感染,阳性率为41.15%。序列扩增获得42株PCV2全长基因组,同源性和系统进化树分析表明,基于PCV2 ORF2和全长核苷酸序列构建的系统进化树结构是基本一致的。从病料中测得的42株PCV2与11株参考毒株序列的ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为87.0%-100.0%和82.5%-100.0%。遗传进化分析显示,53株PCV2毒株可分为4个基因型,即PCV2a、PCV2b、PCV2c和PCV2d。本文获得的42株序列ORF2基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.6%-100.0%和86.8%-100%,可分为3个基因型,即PCV2a、PCV2b和PCV2d,其中69.05%（29/42）属于PCV2d基因型,为优势基因型;PCV2b未在安徽和浙江出现。Cap蛋白的氨基酸序列分析表明,42株PCV2毒株总体多样性较低,存在4个主要的高变区,且不同基因型具有代表性突变位点。本研究获得的42株Cap序列在抗体识别的关键位点存在一定程度变异,这是否导致PCV2抗原结构、致病性以及疫苗效果的改变,还有待深入分析。[结论] 2010-2015年间,PCV2在华东地区猪群中存在较高的感染率,遗传演化相对稳定,基因型无明显地域差异,且PCV2d为优势基因型。42株PCV2 Cap序列有明显差异,但同一基因型具有代表性突变位点。本研究为探讨华东地区PCV2的遗传进化和致病机理提供了参考依据。     

猪Ⅱ型圆环病毒全基因组的克隆及感染性鉴定

设计合成一对扩增猪Ⅱ型圆环病毒（PCV2）全基因组的特异性引物,从3份患断奶后仔猪多系统衰弱综合征（PMWS）的死亡仔猪病料中,PCR扩增和克隆了3株PCV2全基因组序列。将所测序列与已公布的PCV毒株序列进行同源性比较,并绘制系统发育进化树。结果显示,所测毒株间的核苷酸同源性为957%～994%,与其它毒株的同源性较高,达951%以上;ORF1的核苷酸同源性高达978%以上,氨基酸同源性大于98%;ORF2的核苷酸同源性较低,为90%～98%不等,推导的氨基酸序列同源性介于87%～991%。进化树分析表明各分离毒株在进化上存在地域上的相关性。将克隆到的PCV2基因组环化后,脂质体介导转染PK15细胞,盲传3代。间接免疫荧光检测表明,克隆到的基因组具有感染性。     

猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组克隆与序列分析

参照国外发表的猪Ⅱ型圆环病毒(porcine circovirus type 2,PCV-2)全基因组序列,设计一对PCV-2特异性引物,用该室分离的PCV-2豫A株感染PK-15细胞,从中提取PCV-2复制型基因组DNA,并以之为模板进行PCR扩增.回收PCR产物,构建重组测序质粒T-PCV-2.测序结果表明,猪Ⅱ型圆环病毒豫A株的全基因组为1767bp,与GenBank收录的PCV-2国外分离株核苷酸的同源性可高达97%.序列分析表明,复制型豫A株的基因组包含10个读码框架,其中ORF1、ORF2是其两个最主要的读码框架,分别编码314、234个氨基酸.豫A株和PCV-1间的ORF1、ORF2的氨基酸序列同源性分别为85%、66%,与其它PCV-2毒株间的ORF1氨基酸同源性均在98%以上,而ORF2的氨基酸同源性为92%～97%.     

致胰腺泛黄鸭1型甲肝病毒全基因组分子特征

【目的】揭示致胰腺泛黄鸭1型甲肝病毒(duck hepatitis A virus 1,DHAV-1)全基因组的分子特征。【方法】运用RT-PCR技术,扩增出致胰腺泛黄DHAV-1 MPZJ1206株全基因组序列,并与鸭甲肝病毒参考毒株基因组序列进行比对分析。【结果】致胰腺泛黄DHAV-1 MPZJ1206株基因组全长为7703 nt,(G+C)%为43.05%,包含一个大的开放阅读框,编码2249个氨基酸残基的多聚蛋白,基因组结构与其他DHAV-1参考毒株一致。序列比对结果显示,MPZJ1206株全基因组序列与GenBank数据库中DHAV-1参考毒株核苷酸序列同源性在93.5%-99.6%之间,氨基酸同源性在97.9%-99.6%之间,遗传距离均低于7%;分子系统进化分析显示与2011年分离的2株DHAV-1(Du/CH/LGD/111238和Du/CH/LGD/111239)亲缘关系最近。【结论】尽管MPZJ1206毒株感染雏番鸭引起的临床病变与传统DHAV-1差异明显,但其基因组分子特征与传统的DHAV-1毒株相似,病毒致病型的改变可能与其组织嗜性改变相关。     

阿卡斑病毒云南分离株全基因组序列特征研究

为阐明分离自云南省的蚊媒阿卡斑病毒(Akabane virus,AKV)DHL10M110株(简称云南株)的分子生物学特征,采用RT-PCR和核苷酸序列测定方法,对云南株进行全基因组序列测定和分析。结果获得了云南株全基因组核苷酸序列,该病毒株的L、M和S基因核苷酸序列全长分别为6 869bp、4 309bp和856bp,其中开放读码框(Open reading frame,ORF)核苷酸序列依次为6 756bp、4 206bp和702bp,并分别编码2252、1402和234个氨基酸。这三个基因片段ORF的系统进化分析表明,云南株L基因与AKV标准株OBE-1(日本)和AKVS-7/SKR/2010株(韩国)处于同一进化分支;在M和S基因进化树中,云南株与日本、韩国和台湾地区的AKV流行株亲缘关系较近,但云南株单独处于一个小的进化分支。同源性分析表明,云南株L、M和S片段ORF与OBE-1株的核苷酸(氨基酸)同源性分别为92.6%(98%)、88.5%(94%)和96.4%(99.1%)。云南株与OBE-1株的L、M和S片段分别有45、84和2个氨基酸位点的差异。此外,无论L、M和S基因核苷酸序列的同源性或系统进化分析均表明,云南株与肯尼亚和澳大利亚AKV分离株进化关系较远,同源性较低。本研究进一步通过病毒全基因组序列分析证实DHL10M110病毒株为AKV,属亚洲进化群,但与日本和韩国株相比仍有一定差异,云南株地域特征明显。这是首次在中国大陆地区测定到该病毒的全基因组序列。     

猪圆环病毒2型福建株的全基因组克隆与序列分析

根据GenBank上公布的猪圆环病毒2型全基因序列设计一对扩增PCV-2全基因的引物,建立扩增PCV-2全序列的PCR方法,并应用此方法从福建省不同地区采集的疑似断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的仔猪肺组织病料中扩增出PCV-2全基因组(1 767 bp),将此基因片段克隆入pMD 18-T载体,筛选获得重组质粒pMD-PCV-2,并对其进行序列测定,然后对全基因组进行同源性和遗传进化分析。结果表明,福建省不同地区采集的猪肺组织扩增出的PCV-2全序列与GenBank上公布的的全基因组同源性介于94.9%-99.8%之间,ORF1的同源性介于97.2%-99.9%,ORF2的同源性也很高,介于97.7%-99.8%之间。其中福州株、福清株和漳州株与中国农大报道的12株、郑州株5株、杭州4株、武汉株3株、上海株2株、扬州2株、南京1株和兰州1株共30株在一个进化分支上,同源性也高达99.3%。本研究有助于监测PCV-2的疫源和进化关系,为进一步深入研究福建省生猪猪圆环病毒来源奠定一定基础。     

安徽省部分地区2016–2018年猪圆环病毒2型遗传进化分析

【背景】猪圆环病毒(Porcinecircovirus,PCV)可以引起断奶仔猪多系统衰竭综合症(Postweaningmultisystemicwastingsyndrome,PMWS)。【目的】了解安徽省部分地区猪圆环病毒2型(PCV2)的遗传变异情况。【方法】采用PCR技术,对2016-2018年间安徽省部分地区猪场疑似PMWS感染的组织样品共计31份进行PCV2检测和全基因扩增,并通过DNAStar等生物信息学软件对所得到的PCV2毒株基因序列进行遗传进化分析。【结果】所得的8株PCV2安徽株与GenBank上已发表的国内外参考毒株相比较,核苷酸相似性为92.8%-99.0%,ORF2及其推导的氨基酸序列相似性分别为85.8%-99.6%和82.5%-100%。遗传进化树分析结果显示8株安徽株中有1株PCV2a,2株PCV2b,5株PCV2d,未发现PCV2c、PCV2e和PCV2f基因型。此外,通过对ORF2基因编码的氨基酸序列分析,发现各基因型Cap蛋白氨基酸序列上的位点具有其独特性。【结论】近年来PCV2在安徽地区的猪群中感染较为普遍,其中PCV2d基因型的感染病例增多,逐渐成为安徽地区的优势流行株。本研究为安徽地区的PCV2防控提供了一定的参考依据。     

PMWS病猪猪圆环病毒2型全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法直接从5省病料中分别扩增出5个PCV2毒株的全基因组,分别命名为FujianPCV、GuangxiPCV、HainanPCV、HunanPCV和ShandongPCV。将扩增片段克隆于pMD18一T载体,进行序列测定,结果表明,除FujianPCV株核苷酸长度为1768bp,其余四株均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件分析表明,本实验的5个PCV2分离株与世界上其它地区的PCV2分离株密切相关,核苷酸序列同源性达93％-98．8％,与PCVl毒株的序列同源性只有68．4％～70％。其中ORFl和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为98．1％499．4％和88％99．1％。     

2010年云南省1株ECHO-9病毒全基因序列的遗传特性分析

为了解云南省手足口病患者标本中分离到的一株ECHO-9病毒基因组特征,对2010年云南省ECHO-9病毒分离株MSH-KM812-2010全基因组序列测序,并与GenBank中其它ECHO-9病毒株基因组序列比对和分析。MSH-KM812-2010基因组长为7 424bp,编码2 203个氨基酸,其结构基因区与其它ECHO-9病毒核苷酸和氨基酸的同源性高于其它型别肠道病毒;而在非结构区,与其它肠道病毒血清型的同源性高于ECHO-9病毒株。VP1系统进化分析显示ECHO-9病毒株可形成A、B和C三个进化分支,MSH-KM812-2010株以及其它中国分离株属于C簇。三个分支之间核苷酸序列的差异大于15.0%可将ECHO-9病毒分为三个基因型。通过重组检测软件3(RDP3)和基本局部比对搜索工具(BLAST)比对分析,发现在非结构区可能存在重组。本文首次对我国分离的ECHO-9病毒全基因组序列的测定和分析,对了解ECHO-9病毒遗传特性具有重要意义。     

PMWS病猪猪圆环病毒2型全基因组序列分析

根据GenBank中发表的猪圆环病毒2型(PCV2)全基因序列,设计一对特异性引物,用PCR方法直接从5省病料中分别扩增出5个PCV2毒株的全基因组,分别命名为FujianPCV、GuangxiPCV、HainanPCV、HunanPCV和ShandongPCV.将扩增片段克隆于pMD 18-T载体,进行序列测定,结果表明,除FujianPCV株核苷酸长度为1768bp,其余四株均为1767 bp.应用DNAstar序列分析软件分析表明,本实验的5个PCV2分离株与世界上其它地区的PCV2分离株密切相关,核苷酸序列同源性达93%～98.8%,与PCV1毒株的序列同源性只有68.4%～70%.其中ORF1和ORF2所编码的氨基酸序列与国内外PCV2毒株比较,同源性也很高,分别为98.1%～99.4%和88%～99.1%.     

中国广东省18株柯萨奇病毒A6型分离株全基因组特征分析

为了解2013年广东省引起手足口病的CVA6全基因组特征,探索研究暴发流行期与非流行期CVA6毒株间的基因异同,本研究选取18株广东省CVA6毒株进行全基因组序列扩增及测序,采用DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot3.5.1等软件对获取全基因组序列进行遗传进化、比对及重组分析。序列比对显示,18株广东省CVA6毒株基因组长度在7 390~7 392bp之间,与原型株Gdula比较,在编码区无碱基插入或缺失,在非编码区存在个别碱基的插入或缺失。遗传进化分析显示,18株广东省CVA6毒株全基因组序列核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~99.6%和97.5%~99.9%。2013年广东省CVA6流行期毒株在全基因组进化树中处于Ⅲ、Ⅳ两个分支,2011年非流行期毒株只存在于Ⅳ分支。基因重组分析显示,广东省GD870/2013株在P2和P3区存在基因重组现象,GD839/2013株未发现明显的重组来源。结果表明,2013年广东省引起手足口病的CVA6在暴发流行期存在Ⅲ、Ⅳ两条病毒传播链的共同流行,其中Ⅲ传播链在非结构蛋白编码区存在基因重组现象,与Ⅳ传播链相比具有较大基因差异,然而2011年CVA6非流行期间只存在Ⅳ病毒传播链。     

F基因型腮腺炎病毒全基因组基因特征分析

为了解我国现流行的F基因型腮腺炎病毒全基因组的基因特征,本研究选择对腮腺炎病毒F基因型参考株MuVi/Shandong.CHN/4.05[F]进行全基因组测序,结合其它来自于GenBank的腮腺炎病毒全基因组序列,共同分析我国流行的F基因型腮腺炎病毒的全基因组特征及其与现有疫苗株的遗传差异及抗原位点变异情况。通过研究发现,和腮腺炎病毒其它基因型相比,腮腺炎毒株MuVi/Shandong.CHN/4.05[F]全基因组核苷酸差异在3.8%~6.5%之间,其中与A基因型(疫苗株)差异最大,与B和N基因型差异最小。腮腺炎毒株MuVi/Shandong.CHN/4.05[F]和疫苗株在全基因组序列上分别存在26个和25个N-糖基化位点,和疫苗株相比,腮腺炎毒株MuVi/Shandong.CHN/4.05[F]在HN蛋白上第464~466氨基酸位点上增加了一个N-糖基化位点,而其它基因型的腮腺炎病毒在这个位点上也均为N-糖基化位点。另外,腮腺炎毒株MuVi/Shandong.CHN/4.05[F]和疫苗株在其它已知的抗原相关位点上也存在着氨基酸变异。我国现流行的腮腺炎流行株与腮腺炎病毒其它基因型及疫苗株之间在全基因组上已存在较大的差异,提示需进一步加强对国内现有腮腺炎流行株与疫苗株之间的遗传变异分析,系统评价当前疫苗的免疫保护效果。     

中国牛病毒性腹泻病毒JZ05-1分离株全基因测序及分析

牛病毒性腹泻病毒为瘟病毒属成员,呈世界性分布并在乳/肉牛业中造成严重经济损失。本研究利用MD-BK细胞增殖一株分离于我国吉林地区的牛源牛病毒性腹泻病毒JZ05-1毒株,观察发现其具有典型的致细胞病变效应。使用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分别扩增覆盖基因组全长的八个片段并测序,拼接获得该病毒的全基因组序列长12285核苷酸(nt),GenBank登录号:GQ888686。该病毒基因组具有编码多聚蛋白的一个11694nt可读框,5'非翻译区(UTR)长387nt,3'非翻译区长204nt。分别分析BVDVJZ05-1的5'-UTR序列和全基因组序列,发现该病毒属于BVDV-2a亚型。BVDV-2型多数毒株之间的相似性约为96%,与JZ05-1全基因组序列相似性最高的加拿大p11Q毒株和中国XJ-04毒株的相似性为90%和91%。因此,JZ05-1全基因组序列与BVDV-2型其他毒株的全基因组序列具有较大差异。     

我国2009年新分离乙脑病毒全基因组序列特征研究

本研究对我国2009年新分离的两株乙脑病毒进行全基因组序列测定和分析,以了解病毒全基因组分子特征。通过RT-PCR和核苷酸序列测定方法获得病毒全基因组序列,采用ClustalX、DNASTAR、MEGA等生物学软件完成核苷酸序列及氨基酸序列分析和系统进化分析等。研究结果显示,新分离两株乙脑病毒YN0911和YN0967株基因组全长均为10 965个核苷酸,编码3 432个氨基酸。这2株乙脑病毒之间核苷酸同源性为98.7%,氨基酸同源性为99.8%。与国际乙脑病毒流行株相比,核苷酸同源性为83.5%～98.9%,氨基酸同源性为94.8%～99.7%。与乙脑病毒疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白有13个氨基酸差异位点,但都位于抗原关键位点之外。这2株病毒在3′UTR区域存在11nt缺失。基于C/PrM区段、E基因、全基因组系统进化分析结果均显示新分离2株乙脑病毒为G I乙脑病毒,并且和越南、四川、贵州、广西以往的分离株遗传进化关系较近。本研究提示我国新分离的2株乙脑病毒均为G I乙脑病毒,决定病毒毒力的关键氨基酸位点未见明显变化。     

山东省猪圆环病毒2型的分离鉴定及其ORF2基因遗传进化分析

该研究对山东省某猪场疑似患有断奶仔猪多系统衰竭综合征(postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的病猪进行了临床病理学检测和病理组织切片观察。PCR检测阳性的病料处理后接种PK-15细胞,通过连续传代培养分离到一株猪圆环2型病毒(porcine circovirus type 2,PCV2)(SDWF20107),并对其进行ORF2基因扩增、遗传进化分析以及氨基酸突变位点分析。序列分析表明,该毒株与其他参考毒株的核苷酸相似性介于77.2%~99.6%之间,氨基酸相似性介于82.1%~99.6%之间;分离株与2.1d亚型的毒株位于同一分支,表明分离毒株属于2.1d亚型。根据流行毒株的特征,该猪场改用高效圆环2型病毒疫苗并调整了免疫程序,使该猪场患病猪群症状很快消失,恢复正常生产水平。该研究结果为猪场中PCV2的基因分型及其变异情况提供了参考资料,也为今后PMWS的流行病学研究和防控提供理论依据。     

猪瘟弱毒C81株全基因组测序及分子结构预测

参照已发表的猪瘟病毒弱毒株的序列,设计7对覆盖全长基因组的引物,通过RT-PCR从感染猪瘟病毒弱毒株的PK-15细胞中扩增得到7个cDNA片段,分别克隆到pMD18-T载体并测序,利用DNASIS软件获得猪瘟病毒C81株全基因组序列(GenBankAY663656).C81株基因组全长12310nt,只有一个大的开放阅读框,编码3898个氨基酸的聚蛋白.序列分析表明,C81株开放阅读框与其它各毒株核苷酸和氨基酸序列的同源性变化较大,分别为84.4%～99.6%和91.6%～99.4%.同时,我们绘制了26株CSFV ORF的进化树,比较了CSFV 5'非翻译区核苷酸序列并推测其二级结构,发现不同毒株之间存在较大的差异,另外对C81株聚蛋白的功能域和三维结构进行了预测.     

鸭圆环病毒全基因组克隆与序列分析

为研究鸭圆环病毒全基因组的分子生物学特性,运用重叠PCR技术从鸭组织脏器提取的DNA中扩增出2条核苷酸序列,拼接后对其核酸组成、基因组结构及病毒的遗传变异进行分析.结果表明所获病毒核酸为大小1 995nt的环型DNA,包含6个ORF,与登录在GenBank中克隆株MuDCV(AY228555)的同源性高达97.4%,可见所扩增的核酸序列为鸭圆环病毒基因组序列.     

黑蜂王台病毒中国BQCV-JL1株的分离鉴定及全基因组序列分析

收集吉林蜂场的蜜蜂蜂蛹病料的RNA作为扩增模板,依据GenBank公布的黑蜂王台病毒(Black queen cell virus,BQCV)的全基因组序列,自行设计了10对引物,运用RT-PCR首次获得中国BQCV毒株的全基因组序列,命名为中国BQCV-JL1株。其全基因组序列由8 358个碱基组成,与GenBank公布的其他6株BQCV毒株的全基因组序列相比,同源性为86%~93%。中国BQCV-JL1株ORF 1的位置为546nt~4 676nt(4 131nt),ORF 2位于5 750nt~8 203nt,两个ORFs之间存在一段长为543nt(4 891nt~5 433nt)的ORF3。中国BQCV-JL1株第一个基因功能区ORF1′的位置为546nt~5 429nt,包含ORF 1和ORF 3。在ORF2之前存在内部核糖体进入位点(IRES),其末尾3碱基为CCU(5 642nt~5 644nt),为促进ORF 2翻译的起始密码子,中国BQCV-JL1株第二个基因功能区ORF2′的位置为5 642nt~8 203nt。中国BQCV-JL1株与Hungary 10(EF517515)同源性最高(93%),且分析核苷酸序列和氨基酸序列,与South Korea(JX149531)株最接近,表明中国BQCV-JL1株与South Korea(JX149531)株均有可能来自欧洲。中国BQCV-JL1株与其他6株全基因组序列在ORF位置划分上存在差异,其原因是部分位置发生基因突变。