DNA芯片制作原理及其杂交信号检测方法

文章讨论了DNA芯片的制作原理和杂交信号的检测方法。依其结构,DNA芯片可分为两种形式,DNA阵列和寡核苷酸微芯片。DNA芯片的制作方法主要有光导原位合成法和自动化点样法。DNA芯片与标记的探针或DNA样品杂交,并通过探测杂交信号谱型来实现DNA序列或基因表达的分析。适应于DNA芯片的发展,同时出现了许多新型的杂交信号检测方法。主要有激光荧光扫描显微镜、激光扫描共焦显微镜、结合使用CCD相机的荧光显微镜、光纤生物传感器、化学发生法、光激发磷光物质存储屏法、光散射法等。     

献血员巨细胞病毒感染的研究

用ＰＣＲ法和ＤＮＡ杂交法检测同一献血员的白细胞及血清中的ＨＣＭＶ－ＤＮＡ,并用ＥＬＩＳＡ法检测血清中的ＨＣＭＶ－ＩｇＭ、ＩｇＧ（测四个不度）,连续两年共检测白细胞和血清样本各２００人份。ＰＣＲ法检测白细胞中的ＨＣＭＶ－ＤＮＡ阳性率分别为６３％和７０％,ＤＮＡ杂交法检测的阳性率为４２％和５０％。ＰＣＲ法检测血清中的ＨＣＭＶ－ＤＮＡ的阳性率为４９％和５３％,ＤＮＡ杂交法检测的阳性率为３３％和３９％。Ｈ     

DNA芯片技术

ＤＮＡ芯片技术利用固定化在固体表面的高密度ＤＮＡ分子微点阵来进行生化分析。从生物体中提取的样品ＤＮＡ或ＲＮＡ作为靶分子,荧光或其它方法标记后,与微点阵上互补的探刈杂交,从而产生异源双链。因为在微点阵上,某一特定位置年的核苷酸序列是已知的,所以通过对微点阵每一位点的荧光强度进行检测,便可能样品进行定性及定量分析,检测技术包括激光共聚焦扫描和电耦合设备（ＣＣＤ）成像等等。ＤＮＡ芯片根据控针成分的不同大     

DNA芯片的制作原理及其应用

综述了DNA芯片制作原理和杂交信号检测方法及发展趋势,对DNA芯片在研究基因结构和基因表达等方面的应用进行了分析。     

双色荧光杂交芯片在近交系小鼠遗传监测中的应用

应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术进行近交系小鼠遗传监测。应用双色荧光杂交芯片技术对4个品系近交系小鼠的多个基因组DNA样本进行SNP分型,整合6个SNP位点的芯片杂交信息,对样本所属品系进行判断。研究结果表明SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术能够对选定的6个SNP位点进行高准确率分型;双色荧光杂交芯片技术是一种高通量SNP检测的良好工具,适合于对少量近交系品系来源的大样本量小鼠进行遗传污染监测和品系鉴定,并具有扩大应用的潜力。     

双色荧光杂交芯片在检测 P 1A 1M P I 基C 因多态性中的应用

目的：应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术检测CYPIA1 MspI基因多态性。方法：收集江苏汉族人群原发性肺癌患者75例和相应对照77例,应用双色荧光杂交芯片技术检测了152例样本的CYPIAI基因MspI基因多态性,并应用PCR-RFLP技术验证双色荧光杂交芯片的特异性。结果：152例样本的CYPIAI基因双色荧光杂交芯片技术分型结果与PCR-RFLP结果完全相符,两种方法的基因型分型结果具有很好的一致性。结论：双色荧光杂交芯片技术是一个高通量SNP检测的良好工具,特异性高,在大规模人群SNP筛检中具有良好的发展前案。     

细小病毒B19诊断芯片的初步研究

初步探讨并制备细小病毒B19诊断芯片,进行实验室验证．用基因芯片点样仪将细小病毒B19诊断探针固定在特殊处理的玻片上,以细小病毒B19质粒重复检测．运用限制性显示(RD)技术,用Cy5标记的通用引物进行荧光标记,通过与基因芯片杂交,严谨洗涤,将非特异性的标记片段洗脱后,经扫描仪扫描,计算机解读．杂交结果显示,Cy5标记的探针均出现杂交信号,而阴性对照和空白对照的杂交信号均很弱：芯片检测具有高特异性、敏感性和可重复性．初步建立了较可靠的制备与检测细小病毒B19诊断芯片的方法,经验证诊断准确率高,假阳性率低．     

应用多重标记引物增强寡核苷酸芯片的荧光信号强度

寡核苷酸芯片技术是一种高通量发掘和采集生物信息的强大技术平台,目前已广泛应用于生物科学领域 . 为改善寡核苷酸芯片的分析性能,对影响芯片杂交结果的因素,如片基表面的化学处理、探针的长度、间隔臂的长度、杂交条件等,进行了深入的研究和优化 . 对寡核苷酸芯片而言,仍有待解决的问题是如何产生更强的荧光信号来改善其检测灵敏度 . 利用两种类型的多个荧光分子标记的引物,来增强二维寡核苷酸芯片平面上的荧光信号强度 . 两种引物分别命名为：多标记线性引物和多标记分支引物 . 通过增加标记在目标 DNA 片段上的荧光分子数,可以显著增强寡核苷酸芯片上相应捕获探针的信号强度 . 实验表明,使用多标记引物能将所用的寡核苷酸微阵列的检测限 ( 以能够检测的最低模板量计算 ) 降低至单荧光标记引物的 1/100 以下,多重标记技术是一种有效增强微型化探针矩阵检测灵敏度的信号放大方法 .     

三种寡核苷酸芯片片基的比较

将荧光标记的寡核苷酸打印在Corning、多聚赖氨酸包被的DAKO玻片和多聚赖氨酸处理的一种显微镜载玻片上,并按常规方法进行洗脱,通过GenePix4100A扫描并以Genepix6．0软件分析点的大小、荧光强度和背景荧光强度来衡量3种片基的均一性和固定效率,并通过不同浓度梯度的60bp寡核苷酸探针的杂交实验来衡量片基对杂交效率的影响．结果显示,3种片基的均一性都较好,而多聚赖氨酸包被的DAKO和Cornning芯片的固定效率和杂交效率优于国产芯片．     

双色荧光杂交芯片在近交系小鼠遗传监测中的应用

应用一种新的高通量SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术进行近交系小鼠遗传监测。应用双色荧光杂交芯片技术对4个品系近交系小鼠的多个基因组DNA 样本进行SNP分型,整合6个SNP位点的芯片杂交信息,对样本所属品系进行判断。研究结果表明SNP检测方法-双色荧光杂交芯片技术能够对选定的6个SNP位点进行高准确率分型;双色荧光杂交芯片技术是一种高通量SNP检测的良好工具,适合于对少量近交系品系来源的大样本量小鼠进行遗传污染监测和品系鉴定,并具有扩大应用的潜力。     

近交系小鼠双色荧光正相杂交芯片技术体系的建立和优化

目的探讨采用单核苷酸多态性（SNP）检测方法-双色荧光正相杂交芯片技术对近交系小鼠遗传质量监测及相关影响因素。方法运用基于芯片的双色荧光正相杂交检测SNP技术,进行芯片杂交动力学研究,考察信号值（Cy3,Cy5）和ratio值（Cy5/Cy3）与PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度之间的关系,研究PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度对SNP分型的影响。结果采用正反标记实验后,Ratio值随着PCR产物点样浓度的增加呈稳定趋势;PCR双链产物长度对信号值影响比较大,点样时其长度不宜太长,最好不超过450 bp;随荧光标记探针长度的增加,基因分型能力明显下降,长度为15 bp最佳,长度超过20 bp时,已基本没有区分能力。结论PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度是双色荧光正相杂交SNP分型系统的重要影响因素,采取适当的PCR产物点样浓度、PCR产物长度和荧光标记探针长度,并采用正反标记实验,可以取得稳定、准确的基因分型效果。为进一步进行近交系小鼠遗传质量监测的研究奠定基础。     

用基因表达谱芯片研究人正常肝和肝细胞癌中差异表达的基因

以基因表达谱芯片对人正常肝及肝癌组织基因表达的差异性进行了研究比较。奖４０９６条人ｃＤＮＡ用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片;利用肝和肝癌组织的ｍＲＮＡ通过逆转录方法,将Ｃｙ３和Ｃｙ５２种荧光分别标记到两种组织的ｃＤＮＡ上,制备成ｃＤＮＡ探针,并与表达谱芯片进行杂交及扫描,重复４次实验,通过计算机数据处理判定基因是否在上述２种组织中有表达差异,筛选出差异表达的基因共９０３条。基因芯片技术可同时     

基因芯片技术能发展和应用

基因芯片技术是以基因序列为分析对象的生物芯片．是技术最成熟、最早进入应用和实现商业化的生物芯片。基因芯片是把大量已知序列探针集成在同一个基片上,经过标记的靶核苷酸序列与芯片特定位点上的探针杂交,通过检测杂交信号,对细胞或组织中大量的基因信息进行检测与分析。1991年Affymetfix公司的Fodor等人应用光刻技术研发了世界上第一张基因芯片。     

HPV病毒检测分型芯片的研制和优化

研制和优化寡核苷酸芯片以初步实现对多种常见HPV(Human papillomavirus)病毒的分型检测.应用生物学软件对四型常见HPV病毒(6、11、16、18型)的全基因组序列进行分析,设计具有型特异性、熔解温度(Tm)相近的～60 mer寡核苷酸探针,对玻片片基进行优化处理后,点样制备成寡核苷酸基因芯片.将含HPV全长基因序列的质粒作为阳性标准品,利用梯度限制性荧光标记技术对其进行荧光标记,标记好的样品与芯片杂交.结果显示HPV样品与相应的型特异性探针杂交有明显的荧光信号,而与阴性对照探针和空白对照探针没有杂交信号.通过对芯片片基处理和样品荧光标记方法的优化,可以提高芯片检测的杂交特异性和荧光信号强度.     

DNA芯片技术及其应用

ＤＮＡ芯片技术及其应用安海谦卢圣栋（中国医学科学院基础医学研究所医学分子生物学国家重点实验室）ＤＮＡ芯片（ＤＮＡＣｈｉｐ）又被称为生物集成模片,ＤＮＡ阵列或寡核苷酸微芯片（Ｂｉｏ－Ｃｈｉｐ,ＤＮＡａｒｒａｙｓ,ａｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｍｉｃｒｏｃｈｉｐ）等。这项技术是由位于美国旧金山以南的ＳａｎｔａＣｌａｒａ的一个新兴生物技术公司Ａｆｙｍｅｔｒｉｘ首先发展起来的。它是受到在固相支持物上...     

梨自交不亲和基因cDNA芯片杂交条件优化及应用北大核心

[目的]优化梨自交不亲和基因(S-RNase或S基因)c DNA芯片杂交条件,利用芯片检测梨品种S基因型。[方法]提取梨品种雌蕊RNA,Cy3标记引物RT-PCR获得S基因荧光标记特异c DNA序列。设置不同杂交条件,用已知S基因型品种荧光标记的PCR产物在不同条件下分别与芯片杂交,杂交信号分析芯片杂交效果。用芯片优化杂交体系鉴定梨品种未知S基因型,DNA测序验证芯片鉴定结果。[结果]芯片杂交最佳条件:杂交温度42℃,杂交时间8~9 h,PCR纯化产物终浓度为200 ng·μl-1。优化杂交条件下芯片鉴定晚咸丰、秀水、丽江马占梨1、湘菊、木通梨、甘甜、弥渡小红梨、丽江大中古、金晶和弥渡火把等梨品种S基因型分别为:Pp S15Pp S52、Pp S4Pp S5、Pb S22Pp S37、Pp S1Pp S2、Pp S1Pp S3、Pp S13Pp S15、Pp S12Pb S42、Pb S21Pb S22、Pp S3Pp S60和Pp S5Pp S5。DNA测序验证各品种所含S基因与芯片鉴定结果一致。[结论]梨自交不亲和基因c DNA芯片优化杂交条件后可准确鉴定梨品种所含已鉴定的S基因资源。     

小鼠细胞因子相关基因表达检测寡核苷酸芯片的制备及分析

生物芯片技术用于基因表达谱研究是近年来发展起来的一项新技术 ,该方法本质上是基于对一玻璃片或膜表面上固定的ｃＤＮＡ或寡核苷酸的分子杂交 ,这一新技术可同时测定成千上万个基因的作用方式 ,几周获得的信息用其它方法可能要几年才能得到 ,是以定量方式同时监测大量基因相对表达的强有力的新方法[1 ,2 ] 。国内外目前主要采用ｃＤＮＡ芯片进行基因表达的检测 ,芯片制备所用的ＤＮＡ探针一般为已知基因ｃＤＮＡ克隆的ＰＣＲ扩增产物或ＥＳＴ的扩增产物[3～ 8] 。对基因的表达检测来说 ,ｃＤＮＡ芯片技术是一条非常适用的检测方法 ,但在有…     

一步法PCR检测大鼠肺支原体核酸的研究

一步法体外扩增结合Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交检测Ｍ５３鼠肺支原体标准株,设计一对特异寡核苷酸引物及探针,合成、纯化、建立了特异、敏感、快速的检测手段。扩增产物经琼脂糖凝胶电泳鉴定,结果显示鼠肺支原体Ｍ５３株基因组ＤＮＡ７１０ｂｐ特异谱带。对５０只ＳＤ大鼠进行检测,结果ＰＣＲ方法检出率高于分离培养法,扩增产物行Ｓｏｕｔｈｅｒｎｂｌｏｔ杂交验证,采用碱性磷酸酶标记寡核苷酸探针,可与膜上特异靶ＤＮＡ序列杂交,而阴性对照无杂交信号。特异性实验检出１０ｐｇ的ＤＮＡ。充分说明一步法ＰＣＲ,具有高度、特异、灵敏、快速等优势,适应与大、小鼠监测中应用。     

对果蝇S期细胞内组蛋白基因的原位定量分析

利用微型计算机控制的荧光显微镜、荧光强度检测仪和图像记录装置并结合荧光原位杂交法对果蝇细胞核内组蛋白基因的复制时期进行了研究,从而建立了一套细胞内直接定量分析的方法。根据果蝇胚胎原代培养细胞核的ＤＡＰＩＩ杂色强度确定处于Ｓ期的细胞。用杂交信号的荧光强度与细胞核荧光强度的相关关系来反映组蛋白基因的复制时期。结果表明果蝇组蛋白基因的复制是在ＤＮＡ合成早期进行的。这套方法至少可直接在细胞上对每套基因组１     

阿维链霉菌基因表达谱芯片的初步研究

用表达谱芯片分析阿维链霉菌在发酵过程中转录组表达情况,优化微生物转录组分析条件。提取RNA,进行荧光探针的合成,杂交,扫描对数据进行分析。RNA的提取要注意破壁方法的选择以及茵体量;合成cDNA时,RNA的加入量一般在10μg左右;当cDNA用逆转录的方法得到时,用专门的纯化试剂盒要比传统的异丙醇纯化效果好;杂交温度对于合成基因来说一般在42％,对于比较长的PCR产物来说,温度相比较要高点;对于杂交时间来说,杂交12h之上,效果要明显比6h的好,所以杂交时间一般选择12h之上。对芯片上的197个合成基因进行分析：大约有60个基因进行了表达,其中包括18个双组分或激酶基因;10个糖酵解或者三羧酸循环途径基因;3个阿维基因簇;7个调节基因;5个细胞分化或孢子形;4个运输或固定基因;两个伴侣分子;5个RNA聚合酶σ因子;3个转录基因;两个脂肪酸合成基因;1个RNA聚合酶β亚基。