细菌性阴道病肠道菌群与阴道菌群16S rDNA测序分析

目的通过对细菌性阴道病(BV)患者肠道菌群及阴道菌群16S rDNA扩增子测序,分析其结构、多样性、相关性以及BV对肠道菌群的影响,为今后治疗BV提供新的思路。方法选取符合纳入标准的BV患者11例(BV组),健康者9例(C组),留存阴道分泌物及新鲜粪便进行16S rDNA基因检测分析。结果C组阴道菌群以乳杆菌属为主,BV与加德纳菌属、普雷沃菌属、Sneathia、窄食单胞菌属(Stenotrophomonas)、阿托波菌属、Shuttleworthia、巨型球菌属密切相关。BV组肠道、阴道菌群丰富度均高于C组。Alpha多样性分析中C组和BV组肠道菌群、阴道菌群的Shannon指数组间比较,χ²值为29.137, P=0.000<0.05,两组阴道菌群Shannon指数组间比较差异具有统计学意义(P<0.05),BV组高于C组。物种多样性曲线反映本研究样本测序数据量的合理性,表明BV组的肠道菌群多样性、丰富度均高于C组,主坐标分析表明C组肠道与阴道的菌群结构差距较大,BV组肠道与阴道的菌群结构有相似之处,且两组肠道菌群结构接近。BV组阴道菌群中厚壁菌门丰度较C组低,放线菌门、拟杆菌门较C组高;BV组肠道菌群中拟杆菌门丰度较C组低;C组肠道中拟杆菌门明显高于阴道,厚壁菌门明显低于阴道; BV组阴道菌群中放线菌门丰度高于C组,差异均具有统计学意义(P<0.05)。结论BV阴道菌群与肠道菌群具有相关性,BV可能引起肠道菌群结构比例和多样性的改变。     

中国深圳和芬兰艾斯堡地区 健康婴幼儿肠道菌群的比较

目的探索中国与欧洲沿海发达地区婴幼儿肠道菌群的结构差异及随年龄增长的变化趋势。方法招募深圳地区健康婴幼儿35名并收集其粪便样本,采用Illumina的MiSeq平台对肠道菌群的16S rRNA V4序列进行测序。同时,结合40名芬兰艾斯堡地区健康婴幼儿肠道菌群数据,进行两地儿童菌群结构比较。结果中国与芬兰地区幼儿肠道菌群结构较为一致,在物种多样性及均匀度方面差异无统计学意义。菌属水平分析中,两组幼儿肠道内均呈现以拟杆菌属、双歧杆菌属为主导的菌群结构。回归分析表明,幼儿肠道内菌群多样性随年龄的增长明显增加(R~2=0.174,P0.05),0～1岁与1～3岁幼儿的菌群结构差异有统计学意义(R~2=0.079,P0.05)。韦荣球菌、肠球菌和布劳特菌等菌属随年龄增长丰度明显降低,而粪杆菌、瘤胃球菌、罗斯菌等菌属显著增加。结论生命早期肠道菌群的发育主要与年龄因素密切相关,地区因素为次要因素。     

肝硬化自发性腹膜炎患者肠道优势菌群分析初探

目的 探讨肝硬化自发性腹膜炎(SBP)患者肠道优势菌群多样性变化的规律.方法 采集肝硬化SBP初始诊治患者和健康受试者各30例,收集粪便样本,进行PCR-DGGE优势菌群结构分析,并应用定量PCR技术检测肠道内乳杆菌属、双歧杆菌属和肠杆菌科细菌的含量.结果 肝硬化SBP患者肠道优势菌群结构复杂程度明显增多,SBP组和健康对照组患者分别能够聚类到不同的簇中,提示两组受试者肠道优势菌群结构明显不同.定量PCR检测结果发现,肠道优势细菌中双歧杆菌的含量明显下降(7.90±0.96 vs.9.15±1.21),而肠杆菌科细菌的数量明显增多(8.95 ±0.88 vs.7.31±0.40),两组间比较差异具有统计学意义(P＜0.05),这与SBP常见的病原菌有一定的相关性.结论 肝硬化SBP患者肠道优势菌群结构明显变化,双歧杆菌属细菌明显减少,肠杆菌科细菌明显增加,肠道微生态失衡可能是SBP发生的内在原因.     

哈尔滨城市和乡村青年居民肠道菌群多样性研究

【目的】分析居住于哈尔滨城市和乡村的青年居民肠道菌群多样性的异同。【方法】采用PCR和DGGE技术相结合的方法对生活于哈尔滨城市和乡村的青年志愿者肠道菌群多样性进行研究。基于DGGE指纹图谱,分别使用聚类和PCA分析对志愿者肠道微生物相似性进行分析,使用Shannon-Weine多样性指数(H′)、丰度(S)和均匀度(EH)对志愿者肠道微生物多样性进行分析,对图谱中具有代表性的共性和特异性条带进行胶回收和克隆测序以分析志愿者肠道微生物组成。基于PCR技术在种水平上对城乡志愿者肠道内乳杆菌属和双歧杆菌属多样性进行定性分析。【结果】相似性分析显示,城乡青年居民间肠道微生物群落结构存在分开趋势,相似性小于城市或乡村青年居民内部;多样性分析显示,城乡青年居民肠道微生物多样性差异不显著;测序结果表明,城乡居民肠道微生物组成在门水平上相同,但是在种属水平上存在差异。PCR定性分析显示Lactobacillus plantarum、L.casei和L.salivarius在哈尔滨城乡青年居民肠道内检出率接近100%,Bifidobacterium longum和B.breve的检测率约90%,在哈尔滨城乡青年居民肠道内普遍存在;乳杆菌属和双歧杆菌属各细菌种在城乡居民肠道中的检出频率差异不显著。【结论】哈尔滨城市和乡村青年居民肠道微生物多样性差异不显著。     

维吾尔族与汉族儿童肠道细菌群落分析

【背景】肠道菌群是人体的重要组成部分,在人体的多种生命活动中发挥着重要作用。【目的】探究维吾尔族和汉族儿童肠道细菌群落特征,为儿童营养健康状况监测和营养改善工作提供更有效精准的营养干预策略。【方法】从新疆维吾尔自治区泽普县维吾尔族和河南省民权县汉族人群中分别随机选取10?12岁学龄期儿童各20名,同一时间段收集其新鲜粪便,提取细菌总DNA,通过高通量测序和生物信息学分析,研究两地区健康维吾尔族儿童与汉族儿童肠道细菌群落的差异。【结果】获得测序序列2 007 100条,归类于994个OTU;所有样本共含15个细菌门139属。α多样性和β多样性分析表明,调查地区的2个民族儿童肠道细菌的丰富度和多样性均有统计学意义上的差异,维吾尔族儿童肠道细菌群落丰富度高于汉族儿童,而物种多样性不如汉族儿童。其中,维吾尔族儿童肠道细菌丰度相对占优势的门和属及其丰度值为：拟杆菌门(Bacteroidetes,63%)、厚壁菌门(Firmicutes,22%)、普氏菌属(Prevotella,61%)、琥珀酸弧菌属(Succinivibrio,9%)和粪杆菌属(Faecalibacterium,5%);汉族儿童肠道细菌丰度占优势的门和属及其丰度值为：厚壁菌门(57%)、拟杆菌门(23%)、粪杆菌属(16%)、普氏菌属(11%)和拟杆菌属(Bacteroides,11%)。【结论】调查地区维吾尔族与汉族儿童肠道细菌群落差异较大,这为进一步研究肠道菌群与膳食因素及人体营养健康状况之间的关系提供了依据。     

复方大黄灌肠液对尿毒症患者的作用

目的探讨复方大黄灌肠液对尿毒症患者肠道菌群、血清内毒素及炎症因子的影响。方法选取2019年6月至2020年4月我院收治的90例尿毒症患者为研究对象,入选患者随机分为常规组与观察组,各45例。所有患者均采用常规治疗(血液透析,降压、降糖、调节饮食,改善贫血),观察组患者在此基础上给予复方大黄灌肠液进行灌肠。对比治疗前后2组患者肠道菌群、血清内毒素及炎症因子水平变化,同时对比两组患者营养不良和多脏器功能障碍综合征(MODS)发生率。结果治疗前,两组患者肠道菌群OTUs数量、门水平和属水平相对丰度差异均无统计学意义(均P>0.05)。治疗后常规组患者肠道菌群OTUs数量、门水平和属水平相对丰度无明显改变(均P>0.05);而观察组患者肠道菌群OTUs数量、肠道厚壁菌门、放线菌门、双歧杆菌属、芽胞杆菌属、乳杆菌属、假单胞杆菌属相对丰度均升高,且观察组高于常规组(均P<0.05)。观察组患者治疗后肠道变形菌门、梭杆菌门、衣原体门、志贺菌属、埃希菌属、沙门菌属、梭杆菌属、衣原体属相对丰度均下降,且观察组低于常规组(均P<0.05)。LEfSe分析发现治疗后观察组患者肠道biomarker主要为互养菌目、理研菌科、普雷沃菌科、毛螺旋菌科,而对照组患者肠道biomarker主要为嗜胆菌属、耶尔森菌属、葡萄球菌属。治疗前两组患者血清内毒素、炎症因子水平对比差异无统计学意义(均P>0.05),治疗后两组患者血清内毒素、炎症因子水平均下降,且治疗后观察组血清内毒素、炎症因子水平均低于常规组(均P<0.05)。观察组患者营养不良(15.56% vs 35.56%)、MODS(4.44% vs 22.22%)发生率均低于常规组(均P<0.05)。结论复方大黄灌肠液可改善尿毒症患者肠道菌群,降低血清内毒素及炎症因子水平,减少患者营养不良和MODS发生率,值得临床推广。     

山西省健康人群的肠道菌群组成特征

目的探索山西省健康人群的肠道菌群组成特征及性别和年龄对肠道菌群组成的影响。方法应用16S rRNA基因测序技术,对山西省99名健康个体的粪便细菌DNA进行测序分析。结果山西省健康人群的肠道菌群在属水平分为两个集群,相对丰度最高的分别是拟杆菌属和普氏菌属;在区分这两个集群中,拟杆菌属与普氏菌属的曲线下面积（AUC）分别是0.97、1.00。男性组与女性组的物种丰富度（richness）和多样性（diversity）差异都无统计学意义（均P>0.05）,基于Bray-Curtis距离的主坐标分析（PCoA）图显示两组人群的样本分布没有明显分离（相似性分析：r=-0.0296,P>0.05）,LEfSe分析显示与性别分组有关的细菌很少。30-39岁、40-49岁和50-59岁三组人群的物种丰富度和多样性差异都无统计学意义（均P>0.05）,基于Bray-Curtis距离的PCoA图显示三组人群的样本分布没有明显分离（相似性分析：r=0.0109,P>0.05）,LEfSe分析显示几乎没有与年龄分组有关的细菌。结论山西省健康人群的肠道菌群更倾向分为两种肠型（拟杆菌型和普氏菌型）。性别对肠道菌群组成可能没有显著影响,30-59岁人群的肠道菌群组成比较稳定     

白族成年人肠道菌群多样性研究

【目的】通过研究云南白族成年人肠道菌群群落结构,探索肠道菌群结构与云南白族人健康长寿的相互关系。【方法】以43份采自云南省昆明市(Urban)和大理白族自治州洱源县农村(Rural)成年白族志愿者的粪便样品为研究对象,通过种属特异性聚合酶链式反应(定性PCR)和基于聚合酶链式反应的变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)对其中的优势菌群进行了分析,并测定样品中短链脂肪酸(SCFAs)含量。【结果】短链脂肪酸(SCFAs)含量测定结果显示,Rural和Urban志愿者的短链脂肪酸含量差异不显著;定性PCR结果显示Rural志愿者肠道内的乳杆菌属和双歧杆菌属的多样性明显区别于Urban志愿者;依据泳道轨迹光密度的不同对16S rRNA基因V3区PCR-DGGE图谱进行基于非加权平均距离聚类分析(Unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA),显示两组样品按照组别明显地聚为两簇,多样性指数分析也呈现Rural志愿者肠道菌群多样性大于Urban的趋势;进一步对Rural谱带回收克隆测序,并构建系统发育树图,结果显示样品中双歧杆菌属、肠杆菌属和肠球菌属具有较高的多样性,是Rural健康成年志愿者肠道中的优势菌群。【结论】综合上述分析,昆明城市志愿者和大理白族自治州洱源县农村志愿者肠道菌群群落结构呈现区分趋势,多样性差异不显著。该研究为后续探索宿主肠道菌群与健康长寿的相互关系提供了数据基础。     

胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征

目的研究胃癌患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群的变化特征,为该类患者的治疗提供参考。方法选取2017年2月至2020年2月于我院接受治疗的96例胃癌患者为观察组,另外选取同期我院健康体检者90例为对照组,收集两组对象唾液样本和粪便样本,其中观察组患者需收集化疗前及化疗后两个时间点的样本。采用16S rRNA基因高通量测序法检测菌群构成,分析两组对象组间及观察组患者化疗前后口腔菌群与肠道菌群变化特征。结果化疗前,观察组患者唾液样本、粪便样本菌群Simpson指数、Shannon指数、厚壁菌门、拟杆菌门丰富度与对照组比较差异均无统计学意义(均P>0.05)。化疗前,观察组患者唾液样本及粪便样本中放线菌门丰富度显著高于对照组,变形菌门丰富度显著低于对照组(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中厚壁菌门、放线菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著下降,拟杆菌门丰富度显著上升(均P<0.05);同时粪便样本中厚壁菌门、变形菌门丰富度较化疗前显著上升,拟杆菌门、放线菌门丰富度显著下降(均P<0.05)。化疗后,观察组患者唾液样本中韦荣球菌属、罗氏菌属、普氏菌属丰富度较化疗前显著增加,放线菌属、链球菌属、奈瑟菌属、粪梭杆菌属丰度显著下降(均P<0.05);同时粪便样本中链球菌属、肠志贺菌属、乳杆菌属丰富度较化疗前显著增加,粪梭杆菌属、双歧杆菌属、拟杆菌属丰富度显著下降(均P<0.05)。结论化疗对胃癌患者口腔菌群及肠道菌群构成有一定程度影响,患者口腔菌群中韦荣球菌属丰度上升,而肠道中正常菌群的生长受抑制。     

头低位卧床期间人体肠道益生菌多样性变化

目的观察了解头低位卧床期间人体肠道益生菌双歧杆菌属、乳酸杆菌属的数量及多样性的变化趋势。方法采集受试者-6°头低位连续卧床30d期间肠道便样,通过平板可培养技术、浓度梯度凝胶电泳技术和Ion Torrent基因组测序技术平台等实验方法,检测分析肠道粪便益生菌。结果卧床期间,可培养肠道菌群中的双歧杆菌、乳杆菌数量显著减少,益生菌中双歧杆菌出现不规律的缺失与恢复,肠道菌群多样性指数下降。结论头低位卧床期间肠道益生菌多样性发生了改变。益生菌数量减少,多样性指数下降,头低位卧床对肠道菌群有不利的影响。     

Recent advances in the study of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus replication and pathogenesis

It has now been over twenty years since a novel herpesviral genome was identified in Kaposi's sarcoma biopsies. Since then, the cumulative research effort by molecular biologists, virologists, clinicians, and epidemiologists alike has led to the extensive characterization of this tumor virus, Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus(KSHV; also known as human herpesvirus 8(HHV-8)), and its associated diseases. Here we review the current knowledge of KSHV biology and pathogenesis, with a particular emphasis on new and exciting advances in the field of epigenetics. We also discuss the development and practicality of various cell culture and animal model systems to study KSHV replication and pathogenesis.     

A Unique Protease Cleavage Site Predicted in the Spike Protein of the Novel Pneumonia Coronavirus (2019-nCoV) Potentially Related to Viral Transmissibility

正Dear Editor,In December 2019, a novel human coronavirus caused an epidemic of severe pneumonia(Coronavirus Disease 2019,COVID-19) in Wuhan, Hubei, China(Wu et al. 2020; Zhu et al. 2020). So far, this virus has spread to all areas of China and even to other countries. The epidemic has caused 67,102 confirmed infections with 1526 fatal cases     

Curcuminoids as inhibitors of thioredoxin reductase: A receptor based pharmacophore study with distance mapping of the active site

Curcumin is the yellow pigment of turmeric that interacts irreversibly forming an adduct with thioredoxin reductase (TrxR), an enzyme responsible for redox control of cell and defence against oxidative stress. Docking at both the active sites of TrxR was performed to compare the potency of three naturally occurring curcuminoids, namely curcumin, demethoxy curcumin and bis-demethoxy curcumin. Results show that active sites of TrxR occur at the junction of E and F chains. Volume and area of both cavities is predicted. It has been concluded by distance mapping of the most active conformations that Se atom of catalytic residue SeCYS498, is at a distance of 3.56 from C13 of demethoxy curcumin at the E chain active site, whereas C13 carbon atom forms adduct with Se atom of SeCys 498. We report that at least one methoxy group in curcuminoids is necessary for interation with catalytic residues of thioredoxin. Pharmacophore of both active sites of the TrxR receptor for curcumin and demethoxy curcumin molecules has been drawn and proposed for design and synthesis of most probable potent antiproliferative synthetic drugs.     

Synthesis and antimicrobial studies of hydrazone derivatives of 4-[3-(2,4-difluorophenyl)-4-formyl-1H-pyrazol-1-yl]benzoic acid and 4-[3-(3,4-difluorophenyl)-4-formyl-1H-pyrazol-1-yl]benzoic acid

Microbial resistance to antibiotics is an unresolved global concern, which needs urgent and coordinated action. One of the guidelines of the Centers for Disease Control and Preventions (CDC) to combat antibiotic resistance is the development of new antibiotics to treat drug-resistant bacteria. In our effort to find new antibiotics, we report the synthesis and antimicrobial studies of 30 new pyrazole derivatives. These novel molecules have been synthesized by using readily available starting materials and benign reaction conditions. Some of these molecules have shown activity with MIC values as low as 0.78?µg/mL against four bacterial strains; Staphylococcus aureus, methicillin-resistant S. aureus, Bacillus subtilis, and Acinetobacter baumannii. Furthermore, active molecules are non-toxic to mammalian cell line.

     

Comparative morphology of the carpel in the Liliaceae: Hewardieae, Petrosavieae, and Tricyrteae

The young pistils in the melanthioid tribes, Hewardieae, Petrosavieae and Tricyrteae, are uniformly tricarpellate and syncarpous. They lack raphide idioblasts. All are multiovulate, with bitegmic ovules. The Petrosavieae are marked by the presence of septal glands and incomplete syncarpy. Tepals and stamens adhere to the ovary in the Hewardieae and the Petrosavieae but not in the Tricyrteae. Two vascular bundles occur in the stamens of the Hewartlieae and Tricyrtis latifolia. Ventral bundles in the upper part of the ovary of the Hewardieae are continuous with compound septal bundles and placental bundles in the lower part. Putative ventral bundles occur in the alternate position in the Tricyrteae and putative placental bundles in the opposite. position in the Petrosavieae. The dichtomously branched stigma in each carpel of the Tricyrteae is supplied by a bifurcated dorsal bundle.