定量测定黑鲷生长激素受体mRNA的液相杂交/RNase保护法

目的　建立液相杂交 核糖核酸酶保护测定 (RibonucleaseProtectionAssay,RPA)技术定量检测黑鲷(Sparusmacrocephalus)生长激素受体mRNA水平。方法　将黑鲷生长激素受体cDNA片断亚克隆至pGEM T载体 ,制备特异性的放射性反义RNA探针及正义RNA ,将反义RNA探针与正义RNA及样品总RNA进行液相杂交 ,用RNaseA和RNaseT1 降解杂交产物的单链RNA ,双链杂交体得到保护 ,然后检测杂交体的分子大小及放射强度。结果　检测出了黑鲷生长激素受体反义RNA探针与正义RNA及样品总RNA的特异性杂交片断 ,由此建立了定量测定黑鲷生长激素受体mRNA的液相杂交 RNase保护法 ,并采用该方法在黑鲷的多种组织中检测出了生长激素受体基因的表达 ,表达水平在肝脏中最高。该结果与我们曾采用生长激素放射受体分析法对黑鲷生长激素受体所研究的结果相吻合。结论　为进一步深入研究鱼类生长激素受体分子内分泌的调控理论提供了有力手段。     

促甲状腺激素释放激素受体mRNA在大鼠睾丸中的表达(英文)

本应用原位杂交技术在大鼠睾丸恒冷箱切片上研究了促甲状腺激素释放激素受体（TRH－R）RNA的表达和定位。由DNA合成仪合成两个含48个碱基的寡核苷酸探针,两个探针分别与小鼠垂体TRH－R1005－1052和1332－1379区段的cDNA互补,生物素在5′末端标记寡核苷酸探针。结果显示TRH－R寡核苷酸探针与其互补的mRNA杂交信号集中在大鼠睾丸的间质细胞中,生精细胞地交信号,杂交信号的强度依探针浓度而增加,该结果表明RTH可能通过自分泌调节生殖功能和发育,TRH－R作用途径可能与在垂体的作用类似。     

总RNA和mRNA来源的探针与cDNA芯片杂交的差异研究

提取BEP2D细胞的总RNA并按两种方式进行cDNA芯片探针的标记,一种是将100μg BEP2D细胞的总RNA利用逆转录法直接标记成荧光探针,另一种是先从100μg BEP2D细胞的总RNA中分离出mRNA,然后再标记成荧光探针。将两份标记好的探针同时与含有230个基因的cDNA芯片杂交。杂交后的芯片经Axon4100B扫描仪扫描,发现两种方式标记探针的一致性为93．04％,并且mRNA来源探针杂交后的荧光信号值较总RNA的弱。探讨了这两种方法标记探针在基因芯片表达谱研究中的差异性,目的是为利用这两种方法标记探针进行基因表达谱研究提供一些依据。     

一种从RNA Blot杂交膜上脱除探针的改进方法

目的：探讨脱除RNA Blot膜上的杂交探针的方法,解决杂交中RNA Blot膜重复使用的问题。方法：经NBT／BCIP化学显色的RNA Blot杂交膜先用二甲基甲酰胺在60℃处理90min,然后用脱探针溶液(50％去离子甲酰胺、50mmol/L Tris—HCl pH7．5、5％SDS)在80℃处理90min,经过处理的膜再次用于下一轮的杂交。结果：用这一改进的方法,可以完全脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针,RNA Blot膜可以重复杂交5轮以上,杂交带仍然保持清晰锐利。结论：该改进方法操作简便,能有效地脱除杂交膜上的地高辛标记的cDNA探针。     

糖皮质激素受体mRNA的检测

用盐酸胍法和苯酚法从大鼠肝脏分离出了完整的RNA,通过oligo(dT)纤维素亲和层析从中纯化mRNA。然后用GRcDNA探针和mRNA进行Northern印迹杂交和斑点印迹杂交,放射自显影后用光密度计对糖皮质激素受体mRNA进行定量,获得了重复性较好的结果,本方法为从基因转录水平上研究GR的变化打下了必要的基础。     

检测烟草中烟草花叶病毒的RNA斑点杂交法

用普通烟草花叶病毒OM株3′-端约2kb的cDNA为探针,探索了用RNA斑点杂交法对烟草组织中烟草花叶病毒RNA进行检测的条件。这些条件包括用分子杂交法观察云南烟区和上海烟草上分到的烟草花叶病毒与OM株的同源性,从烟草组织中提取烟草花叶病毒的几种方法的比较,使RNA有效地固定在硝酸纤维素滤膜上的方法,烟草组织中是否有干扰RNA固定和杂交的物质,斑点杂交方法检测烟草花叶病毒的特异性、灵敏度等。     

cDNA芯片阳性对照的制备及在芯片敏感性分析中的应用

cDNA芯片是一种高通量基因表达谱分析技术,在生理病理条件下细胞基因表达谱分析,新基因发现和功能研究等方面具有广阔应用前景。CDNA芯片阳性对照的选取以及CDNA芯片检测敏感性是芯片成功应用的关键问题之一。以在系统发育上与人类基因同源性小的荧火虫荧光素酶基因材料,制备了用于人类和其他动物基因表达谱CDNA芯片的通用型阳性对照探针和相应的mRNA参照物,经反转录对mRNA参照物进行Cy3荧光标记并与DNA芯片杂交后发现,mRNA参照物能特异性地与荧光酶基因cDNA片断杂交,而与人β-肌动蛋白基因,人G3PDH基因以及λDNA/HINDⅢ无杂交反应。把mRNA参照物以不同比例加入HepG2总RNA中,以反转录荧光标记后与CDNA芯片杂交,结果发现当总RNA中的MRNA含量为1/10^4稀释（即mRNA分子个数约为10^8个）时,CDNA芯片基本检测不出mRNA标记产物的杂交信号。而且,cDNA芯片检测的信号强度与芯片上固定的探针浓度密切相关,当探针浓度为2g/L时,杂交信号最强,随着探针浓度下降芯片的杂交信号趋于减弱。CDNA芯片通用型阳性参照物的制备以及应用于CDNA芯片检测敏感性研究为CDNA芯片应用于人和其他动物基因表达谱高通量分析和新基因功能研究提供了技术基础和理论依据。     

利用定量杂交法检测绵羊瘤胃纤维细菌的研究*

实验利用通用细菌探针和3株纤维分解菌的特异性探针,初步建立起对瘤胃细菌进行检测的16S rRNA定量杂交的方法。试验将提取的总RNA按浓度系列稀释后与通用细菌探针进行杂交,检测结果所做的回归分析表明,杂交信号与尼龙膜上的所点RNA的量具有明显线性关系。同时对几份瘤胃样品进行3种纤维分解菌的初步定量检测,结果显示3种纤维分解菌的相对丰度与前人报道相似,表明该方法能够对瘤胃细菌进行定量分析,可在后续相关研究中使用。     

一种标记cDNA芯片探针的新方法

探讨mRNA长片段反转录PCR技术(RT-LDPCR)在cDNA芯片微量探针标记和信号放大中的应用.首先提取BEP2D细胞的总RNA,然后用两种不同的方法进行标记,一种为RT-LDPCR,用荧光素Cy3-dCTP进行标记;另一种为传统的RNA反转录,用荧光素Cy5-dCTP进行标记.将两种方法标记好的探针等量混合后与含有440个点(44个基因)的cDNA芯片同时杂交,发现二者具有很高的一致性(0.5＜Cy3/Cy5＞2.0).由于RNA反转录法为cDNA芯片探针标记的传统方法,从而验证了RT-LDPCR用于cDNA芯片探针标记的可行性.RT-LDPCR具有对样品总RNA的需要量少和可对样品中信号进行放大的优点,特别适合于对材料来源受到限制的RNA进行标记.     

烟草花叶病毒辽宁分离物Northern杂交检测体系的建立

为了建立烟草花叶病毒辽宁分离物(TMV-LN)的高特异性、高灵敏度的分子杂交检测体系,从粗提纯的TMV-LN粒子中提取RNA,设计特异性引物通过RT-PCR扩增TMV-LN的CP和3'端非翻译区域,将片段连至p UC119载体获得重组质粒p UCTMV-PP,体外转录获得地高辛(DIG)标记的TMV-LN正义链RNA杂交检测探针,同时构建DNA检测探针作为对照。采用点印迹(Dot-blot)杂交和Northern杂交对比RNA探针和DNA探针对TMV-LN的检测特异性和灵敏性。检测结果表明,RNA探针和DNA探针在点印记杂交和Northern杂交中均表现出良好的检测特异性,RNA探针在检测灵敏度方面要略好于DNA探针,且点印迹杂交体系在病毒定性方面较为快捷,Northern杂交体系在病毒基因组RNA的定量方面具有明显优势。     

利用定量杂交法检测绵羊瘤胃纤维细菌的研究

实验利用通用细菌探针和3株纤维分解菌的特异性探针,初步建立起对瘤胃细菌进行检测的16SrRNA定量杂交的方法。试验将提取的总RNA按浓度系列稀释后与通用细菌探针进行杂交,检测结果所做的回归分析表明,杂交信号与尼龙膜上的所点RNA的量具有明显线性关系。同时对几份瘤胃样品进行3种纤维分解菌的初步定量检测,结果显示3种纤维分解菌的相对丰度与前人报道相似,表明该方法能够对瘤胃细菌进行定量分析,可在后续相关研究中使用。     

农业其他

描述了利用辣根过氧化物酶标记的DNA探针检侧马铃薯块茎组织提取液中的马铃薯病毒-X和病毒-M的方法.将马铃薯病毒RNA克隆到M13噬菌体系统中,以产生探针.尽管灵敏性比放射性探针低100倍,过氧化物酶修饰的DNA探针在硝酸纤维素滤膜上与有关病毒样品进行杂交反应时具有高度专一性.利用这一非放射性探针,有可能从1 ^- 2川样品中测     

基因芯片分析技术(二)

(续 2 0 0 0年第 7期第 7页 )3　基因芯片的使用基因芯片块制作好后 ,关键就是用它来完成特殊的实验。其基本原理就是将研究的细胞或组织 RNA加以标记 ,与基因芯片块上所点印的基因片段进行杂交 ,从而探测特定基因的表达。3 .1　准备探针　与传统的 Northern Blot正好相反 ,这里我们将所有表达的 RNA作为探针来源。所以探针的准备工作要包括 RNA的提取和标记。3 .1 .1　 RNA的提取　提取 RNA的方法很多。现在市场上有很多提取 RNA的试剂盒 ,用起来十分方便。不管用什么方法 ,提取 RNA的质量和产量是问题的关键。对于研究基因表达…     

CD151在垂体腺瘤中的表达及意义

目的:探讨CD151在垂体腺瘤中的表达及意义。方法:收集36例垂体腺瘤标本,5例正常垂体组织,通过Real time-PCR、Western blot及免疫组化方法,从mRNA和蛋白水平检测CD151在36例垂体腺瘤、5例正常垂体组织的表达。结果:Real time-PCR及Western blot、免疫组化发现CD151在垂体肿瘤组织中表达显著高于正常垂体组织(P0.01),在非侵袭性腺瘤和侵袭性腺瘤中的蛋白及mRNA表达量两者之间有显著差异(P0.01)。结论:CD151的表达与肿瘤大小及侵袭程度相关,表明CD151的表达与肿瘤的发生、发展密切相关,检测CD151有可能预测垂体腺瘤预后的重要指标。     

增强原位杂交探针敏感性的研究

原位杂交(ISHH)属于固相分子杂交范畴,它是用标记的DNA或RNA为探针在原位检测组织细胞内特定核酸序列的方法.     

卵巢中存在免疫活性的促肾上腺皮质激素

阿黑皮素原(POMC)相关肽存在于几种垂体外组织中;如胎盘,肠道,胰腺,睾丸和卵巢。已证明大鼠卵巢中POMC相关肽是由卵巢产生的。然而人们对POMC的一重要产物促肾上腺皮质激素在哺乳动物卵巢中的分布研究较少。作者用免疫组织化学的方法观察ACTH在羊(正常,妊娠和胚胎),牛、猪、猫、大鼠(正     

地高辛标记Ucp2基因RNA探针的制备和应用

目的:制备用于检测小鼠胚胎早期Ucp2基因表达的地高辛标记的特异性RNA探针。方法:提取小鼠胚胎脑组织总RNA,设计引物,通过RT-PCR方法获取Ucp2基因片段,将其克隆到pGEM-T载体。分别利用Sp6、T7和Ucp2特异性引物,PCR扩增获得转录模板,通过Sp6及T7 RNA聚合酶,获得地高辛标记的正义、反义Ucp2 RNA原位杂交探针。检测标记探针的效价后,通过全胚胎原位杂交分析制备探针的特异性和杂交效果。结果:成功获得Ucp2基因正义、反义探针,反义探针能高效灵敏检测到Ucp2基因在小鼠胚胎Ed9.5、Ed10.5神经系统呈现高表达,而正义探针未能检测到表达信号。结论:成功制备了特异高效的地高辛标记Ucp2 RNA原位杂交探针,为进一步研究Ucp2基因在小鼠胚胎组织中的表达,尤其在神经组织的定位奠定基础。     

RNA—RNA原位杂交实验条件探讨

将Vigilin和qroal(Ⅰ)cDNA亚克隆到pGEM3Z和pGEM4Z载体,体外转录合成35s标记的cRNA探针。经RNA凝胶电泳,Southern Northern,杂交检查探针长度,杂交特性和特异性,通过系列实验探讨了RNA-RNA原位杂交实验中固定、杂交前处理、杂交温度,探针量、探针长度,洗脱严格性和RNA酶处理等对杂交结果的影响,建立了简化的RNA-RNA原位杂交方法。     

生物素标记的6种cDNA探针检测S180及其克隆细胞株mRNA的表达

目的检测S180及其克隆细胞株S1B11及S2D9mRNA的表达,对这些细胞株进行识别和质量控制.方法用生物素标记的6种cDNA探针,细胞玻片原位杂交的方法检测细胞中mRNA的表达.结果北京市肿瘤研究所(肿瘤所)保存的S180与生物素标记的P16、c-fos、c-myc及c-jun探针杂交阳性,克隆细胞株S1B11与c-fos及c-jun探针杂交阳性,克隆细胞株S2D9与c-fos、c-myc及c-jun探针杂交阳性.结论肿瘤所S180及其2株克隆细胞中mRNA的表达不同,c-myc基因的表达与否可以把S1B11及S2D9克隆细胞区别开;细胞株致瘤性与癌基因表达有关.     

J Clin Cancer Res：研究识别早期乳腺癌免疫治疗的新靶标

近日,耶鲁大学癌症中心研究人员利用一种新的分子分析工具RNAScope。准确地检测出针对早期乳腺癌的免疫治疗的一个重要靶标的水平。诊断测试使用RNAScope,测量福尔马林固定的癌组织中PD—LI（细胞程序性死亡配体PDL1）mRNA的量。RNAscope是一种新型RNA原位杂交技术。基于其独特的探针设计与背景抑制技术,并且融合传统RNA原住杂交技术与FISH技术的优点,使单个RNA的转录变得可视化,是目前最精准的RNA检测技术。PD—L1是目前几种新型免疫刺激疗法的靶标。这项研究结果发表在Clinical Cancer Research杂志上。