中国角蟾科动物系统发育研究中的几个问题

根据外部形态、核型以技精子形态等特征,角蟾科分布于中国的角蟾属（Megophrys）较之拟髭蟾属（Leptobrachium）是更为原始的类群,角蟾科动物中拟角蟾属（Ophryophryne）与角蟾属亲缘关系较近,短腿蟾属（Brachytarsophrys）是较为原始的类群,且应为一无效属,无耳蟾属（Atympanophrys）应为一有效属。角蟾属可以分为两个种组,其是峨嵋角蟾种组比较进化,白颌大角蟾种组比较原始。     

角蟾亚科3物种皮肤的组织学观察

应用石蜡切片和H.E染色技术,对角蟾亚科3个属的代表物种:短肢异角蟾(Xenophrys brachykolos)、宽头短腿蟾(Brachytarsophrys carinense)和小口拟角蟾(Ophryophryne microstoma)的皮肤进行了组织学观察及参数测量比较。分别取头背、体背和体腹3个部位的皮肤进行观察。结果表明,3物种的皮肤基本结构相似,均由表皮和真皮组成,真皮包括疏松层和致密层,疏松层中有大量腺体分布,包括黏液腺和颗粒腺2种。皮肤厚度、各组织层相对厚度以及腺体密度之间存在种间差异和部位差异。在宽头短腿蟾背部皮肤中,发现了与尖吻山角蟾(Megophrys nasuta)皮肤中一种片层状、H.E染色呈蓝色的皮肤真皮骨化结构(osteoderms)很相似的结构;短肢异角蟾皮肤中有明显的钙化层结构,小口拟角蟾皮肤钙化程度较弱。皮肤的骨化和钙化可能具有防止水分流失,抵御干燥的功能。2种内骨骼在角蟾亚科中同时存在,为探讨两栖动物皮肤内骨骼的进化提供了重要的研究基础。     

湖北省两栖类新纪录——淡肩角蟾、短肢角蟾

1983年和2006年分别在湖北省通山县老鸭尖和后河国家级自然保护区采集到两批标本,经鉴定其中包含有淡肩角蟾Megophrys boettgeri和短肢角蟾Megophrys brachykolos.这两种两栖类未见有在湖北省的分布报道,为湖北省新纪录.淡肩角蟾、短肢角蟾在分类上隶属两栖纲、无尾目、角蟾科、角蟾属.标本保存于华中师范大学动物学研究室.     

中国角蟾亚科精子形态比较及分类学讨论(两栖纲：锄足蟾科)

应用光镜和电镜对角蟾亚科短腿蟾属,拟角蟾属和角蟾属3属18种精子的形态结构进行观察和比较。并通过计算机对其各部位长度进行了测量和计算,结果表明角蟾亚科精子的共同特征是：精子主要由头和尾两部分组成,头部呈螺旋状,尾部为波状或弯曲状,但精子的量度和头部形状在属间和种间存在明显差别,角蟾亚科的精子可分为3类,该亚科精子形态的差异与成体形态学研究结果基本相吻合,精子形态的差异可为该亚科属,种的划分,亲缘关系研究提供新依据。     

中国角蟾属一新种(两栖纲:锄足蟾科)

采自贵州省水城县凤凰乡的一种大形角蟾,因其外部形态与角蟾属Ｍｅｇｏｐｈｒｙｓ已知种有一些特异之处,尤其是鼓膜显露;上颌内缘无栉齿状突;头后部有由痣粒组成的“Ｖ”形棕褐色斑;背部痣纹呈“＊”形;有犁骨棱;雄性无声囊等特征与大花角蟾Ｍ．ｇｉｇａｎｔｉｃａ明显不同。据此认为该角蟾为一新种,定名水城角蟾Ｍｅｇｏｐｈｒｙｓ ｓｈｕｉｃｈｅｎｇｅｎｓｉｓ Ｔｉａｎ,Ｇｕ ｅｔ Ｓｕｎ,ｓｐ．ｎｏｖ．。     

角蟾科一新亚种——炳灵角蟾梵净山亚种

报道了角蟾科一新亚种,该亚种具角蟾属特征,与峨眉角蟾种组中的炳灵角蟾(Megophrysbinlingensis)形态特征最为相近,但与该组成员又有明显区别,被命名为炳灵角蟾梵净山亚种(M.b.fanjingmontis subsp.nov.)。本亚种主要鉴别特征为犁骨棱较弱,后端无犁骨齿,上颌有细齿;第一、二指上婚刺细密,趾侧缘膜窄;体腹面斑少,两侧黑褐色长形斑明显;体型较大,雄性头体长大于60.00 mm;趾间具1/3蹼。     

基于16S rRNA序列的角蟾科部分属间系统关系

采用最大似然法(ML法)、最大简约法(MP法)、邻接法(NJ法)对来自角蟾科Megophryidae(Anura)8属17种及外群2种共25条400bp左右的线粒体16S rRNA序列进行系统发育关系分析。结果表明,用于分析的所有角蟾科物种形成两大支,第一支包括Megophrys,Brachytarsophrys和Atympanophrys,第二支包括Leptobrachium,Leptolalax,Scutiger,Oreolalax和Vibrissaphora。支持将角蟾科划分为两大类群,即第一支属于Megophryini族．第二支属于Leptobrachiini族。根据分子钟模型初步推测两类群问的分歧时间大致为14．2～18．7百万年前。在Megophryini族中,基因树的拓扑结构不支持Atympanophrys建立后的Megophrys为单系;而在Leptobrachiini族中,Leptolalax为一有效属,其系统发生较早。     

中国锄足蟾科角蟾属二新种的描述：（两栖纲：无尾目）

1975年和1987年分别在湖南宜章和云南景东采到角蟾属Megophrys标本2种。经与角蟾属已知种对比,特别是与相近种白颌大角蟾M.lateralis(Anderson)在外部形态和头骨特征方面的深入研究,其差异明显,被确定为2新种,即莽山角螗M.mangshanensis和腺角蟾M.glandulosa。本文对2新种的形态和生态资料作了记述。     

瓦屋山国家森林公园锄足蟾科6种的繁殖鸣声特性

在地处四川省洪雅县的瓦屋山国家森林公园录取了锄足蟾科 6种的繁殖期求偶鸣叫声。它们分隶 4属 ,即角蟾属 (Megophrys)、齿蟾属 (Oreolalax)、齿突蟾属 (Scutiger)和掌突蟾属 (Leptolalax)。在IBMPC上用“SIGNAL”软件 (EngineeringDesign ,USA)对获取的鸣声资料进行分析 ,分析的频率范围设置为 0～ 10kHz。声学分析结果表明 :峨山掌突蟾 (L oshanensi) ,小角蟾 (M minorr) ,角蟾 1种 (M sp) ,金顶齿突蟾[S (S )chintingensis],峨眉齿蟾 (O omeimontis)和无蹼齿蟾 (O schmidti)的主能峰频率平均值分别是45 2 1 9、 34 5 6 4、 2 2 93 8、 10 76 5、 10 71 0和 1849 4Hz ,每声持续时间的平均值分别是 46 2、 90 8、 99 6、72 2、 78 8和 110 3ms ,声距的平均值分别是 140 4、 2 5 3 0、 6 81 4、 15 17 7、 46 1 3和 6 19 5ms。单因子方差分析结果表明主能峰频率、每声持续时间和各声距在 6个种间差异极显著 (P <0 0 1)。LSD法多重比较的结果指出金顶齿突蟾和峨眉齿蟾间的主能峰频率无显著差异 (P =0 917>0 0 5 ) ;在每声持续时间上 ,只有峨山掌突蟾与小角蟾、角蟾 1种、峨眉齿蟾、无蹼齿蟾间差异极显著 (P <0 0 1) ;在声距上 ,峨山掌突蟾与小角蟾间无显著差异 ,角蟾 1种与无蹼齿蟾之间、峨     

基于12S和16S rRNA序列的湍蛙属部分物种的系统发育关系

测定了湍蛙属 6个种共 10个种群 ,以及 4个外群种的线粒体 12S和 16SrRNA基因片段 ,比对后有94 0bp序列 ,发现 35 2个变异位点、 186个简约性位点。运用NJ法、MP法、ML法构建了系统关系树 ,各系统树一致表明内群为一单系群 ,分为两组 :第一组中 ,四川湍蛙两种群先聚合 ,再和棕点湍蛙聚为一支 ;第二组中 ,香港湍蛙和戴云湍蛙聚为一支 ,而香港大屿山离岛湍蛙种群首先与华南湍蛙相聚 ,再与武夷湍蛙构成姐妹支。研究结果表明 :香港地区增加 1种湍蛙分布 ;戴云湍蛙是一有效种 ;四川湍蛙的石棉和洪雅种群间遗传差异达到或超过其他种间的分歧水平。     

九种蟋蟀mtDNA-16S rRNA基因序列及其系统进化(直翅目:蟋蟀科)

蟋蟀科5属9个种的线粒体16S rRNA基因部分序列被测定或从Gen Bank获得,比较其同源性,计算核苷酸使用频率,并构建NJ和MP分子系统树。在获得的449bp的序列中A、T、C和G碱基含量分别为31．8％、36．9％、9．9％和21．4％,A T平均含量为68．7％。研究结果表明：所研究的5属9种蟋蟀聚成3个聚类簇,斗蟋属先与灶蟋属汇合,再与棺头蟋属构成聚类簇Ⅰ;油葫芦属黑脸油葫芦和北京油葫芦与蟋蟀属的家蟋相聚构成聚类簇Ⅱ;蟋蟀属的田蟋单独构成聚类簇Ⅲ。     

从线粒体基因探讨中国大头蛙群的分类及其属内地位

Partial sequences of the mitochondrial 12S rRNA and 16S rRNA gene were determined for 8 populations of three species of Chinese Limnonectes, and aligned with the published sequences of Limnonectes from other parts of the world. When Nanorana parker, Paa boulengeri, Fejervarya limnocharis and Hoplobatrachus rugulosus was used as outgroup taxa (Accession Nos. AY158705, AY313685, AF206111, AF206491, AY322311). The sequences of the 12S rRNA and 16S rRNA genes totaled 950 nueleotide positions with gaps including 510 variable sites. We reconstructed phylogenetie trees using Clustal X 1.8, Mega 2.1 and PHYLIP 3.5e software, and using the maximum parsimony and maximum likelihood methods, respectively. Our analyses suggest that these fanged frogs from China are another monophyletie group in addition to the four monophyletie groups identified by previous studies. The Chinese Limnonectes were grouped into three elades (BCL 55% ). The first elade contains one species (BCL 100% ), from a population of Limnoneetes fragilis from Hainan Province. The second contains four individuals (BCL 100% ), i. e. two populations of Limnonectes kuhlii from Yunnan Province. The third contains one species (BCL 100% ), i. e. five populations of Limnonectes fujianensis from Fujian Province and 1 from Taiwan Province. The resulted phylogenetie trees indicate L. fragilis is basal to L. kuhlii L. fujianensis 。     

日本沼虾三群体线粒体16S rRNA基因片段序列的差异与系统进化

通过对日本沼虾(Macrobrachium nipponense)3个群体线粒体DNA 16S rRNA基因片段进行扩增和测定,得到长度为495bp的片段,其碱基A、T、G和C的平均含量分别为28.6%、36.1%、22.7%和12.5%,AT含量明显高于GC含量。通过对日本沼虾16SrRNA基因片段遗传特征的研究发现其种内变异很小,在3个群体中只有5个位点发生转换。另外,利用其454bp的同源序列,以中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)为外群探讨了沼虾属日本沼虾、罗氏沼虾(M.rosenbergii)等8种沼虾的系统进化关系。用MEGA3.1软件中的NJ法构建的分子进化树,日本沼虾3个群体先聚在一起后与海南沼虾聚在一起;另外,罗氏沼虾与马氏沼虾、短腕沼虾与贪食沼虾亲缘关系较近先聚在一起,然后再与大臂沼虾和等齿沼虾聚在一起,最后才与外群中国明对虾聚在一起。     

基于16S rRNA和HSP60基因序列分析粘细菌孢囊杆菌亚目形态分类的种属之间的亲缘关系

[目的]利用16S rRNA和HSP60基因分子标记分析鉴定形态分类特征不稳定的粘细菌种属.[方法]利用粘细菌的传统分离纯化方法从土壤中分离粘细菌,根据菌株的形态特征进行分类,PCR方法扩增菌株的16S rRNA和HSP60基因序列并进行系统发育关系分析.[结果]根据形态特征,分离得到的15株粘细菌菌株归入孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)的2个科3个属.其中11株粘细菌具有典型的所在种属的子实体结构,而菌株0085-4、0121-3、NM03和Myx9736的子实体结构发生了不同程度退化.15株粘细菌的16S rRNA基因序列的相似性在95.4%到99.5%之间.而HSP60基因序列差异较大.[结论]在属水平上,粘细菌形态分类特征和16S rRNA基因系统进化关系具有很好的一致性;在揭示粘细菌种间系统发育关系中,HSP60基因序列更为适用.     

Phylogenetic analysis of the family Rhizobiaceae and related bacteria by sequencing of 16S rRNA gene using PCR and DNA sequencer

Abstract The 16S rRNA gene sequences of 19 strains covering 97% of the molecules were determined for the members of the family Rhizobiaceae and related bacteria by PCR and DNA sequencer. The three biovars of Agrobacterium were located separately, whereas Agrobacterium rubi clustered with A. tumefaciens . Phylogenetic locations for the species of the genera Rhizobium, Sinorhizobium, Agrobacterium, Phylobacterium, Mycoplana (M. dimorpha), Ochrobactrum, Brucella and Rochalimaea (a rickettsia) were intermingled with each other with the similarity values higher than 92%. The family Rhizobiaceae should be redefined including the above-mentioned genera despite the ability for plant association and nitrogen fixation. Bradyrhizobium japonicum and Mycoplana bullata were far remote from the other species and should be excluded from this family.     

六种灵猫科动物的分子系统关系研究

对六种灵猫科物种线粒体12 S rRNA基因及其中四种的Cytb基因部分序列进行了测定,并从Gen-Bank获得斑林狸(Prionodon pardicolor)、熊狸(Arctictis binturong)的Cytb基因同源序列。两基因整合序列比对后长755 bp,12 S rRNA基因序列中有70个变异位点,31个简约信息位点,在Cytb基因序列中,共有120个位点呈现变异,60个简约信息位点,Cytb基因的碱基变异百分比高于12 S rRNA基因的碱基变异百分比。使用邻接法(NJ)、最大似然法(ML)重建的分子系统树显示:斑林狸从灵猫亚科中分离出来,支持灵猫亚科的多系起源,而且斑林狸可能是中国起源最早且最特化的灵猫科动物。另外,同属于灵猫亚科的大灵猫(Viverra zibe-tha)、小灵猫(Viverricula indica)聚为一支,同属于棕榈狸亚科的果子狸(Viverricula indica)、熊狸聚为姐妹群,这些与传统形态学分类观点一致。     

基于12S rRNA基因的鹳形目系统发生关系

采用分子系统学的方法探讨鹳形目5个科之间的系统发生关系.文中测出鹳形目鸟类7种mtDNA 12SrRNA基因全序列,并结合来自Genbank的鹳形目另外7个物种及原鸡的同源区序列,经Clustal W软件对位排列后共1 009位点,包含405个变异位点,其中多态性位点381个,260个简约信息位点.基于上述序列数据,以原鸡为外群,使用距离邻接法、最大简约法、最大似然法及贝叶斯法分别重建了鹳形目5科14种的系统发生树.重建的系统发生树显示,内群中的14个种聚合为4支:鹮科构成第一支,聚在系统树的基部;锤头鹳科与鲸头鹳科聚为一支;鹭科和鹳科各自聚成一支.在比较不同建树方法的结果并进行合意树分析后认为:在鹳形目的系统发生中,鹮科可能是最早分化出的一支;锤头鹳科与鲸头鹳科之间的亲缘关系最近,它们祖先与鹭科、鹳科之间的分歧在时间上可能非常接近.鹳形目5个科之间的系统关系可以表示为:(鹮科,(鹭科,鹳科,(锤头鹳科,鲸头鹳科))).     

基于线粒体12S和16S rRNA基因部分序列探讨蚱科12种的系统发育关系

用ABI377自动测序仪测定了蚱科5属11个种的12s和16S rRNA基因部分序列,并从GenBank获得1属1种的同源序列;用Clustal X1．81比较其同源性,用Mega2．1计算序列变异性和遗传距离。在获得的736bp序列中,A T含量为71．2％～77．5％,平均为73．9％;G C含量为22．5％～28．8％,平均为26．1％。经Clustal X1．81软件比对,共得到755个位点,其中简约信息位点185个。以Cylindraustralia kochii为外群,构建NJ、MP和ML分子系统树,结果表明：(1)蚱属并非一个单系群,而是一个并系群;(2)环江柯蚱Coptltettix huanjiangensis和贡山柯蚱C.gongshanensis为同一个种,即贡山柯蚱,而环江柯蚱是贡山柯蚱的同物异名。     

双壳纲贝类18S rRNA基因序列变异及系统发生

双壳纲贝类栖息于环境多变的海域,是一个形态学和生态学都具有多样性的类群,清晰而可靠的进化关系对于养殖与相关种类的管理具重要意义。然而,目前对双壳类宏观分子系统学研究的报道较少。研究用18S rRNA基因(18S)分析了双壳类3个亚纲贝类的系统发育关系。从GenBank下载帘蛤目、海螂目、贻贝目、胡桃蛤目、蚶目、珍珠贝目6个目94个种类的18S全/部分序列107个,通过ClustalX软件进行序列比对, 用MEGA4.1软件和PHyML软件计算遗传距离, 构建系统发育树, 研究了双壳类18S变异规律及其在系统发生研究中的应用。结果显示18S有插入/缺失序列, 存在长度多态性。序列比对显示有5段约30 70bp的保守区, 4段约130 550bp的高变区。碱基组成平均为T:24.4%, C:23.6%, A:24.5%, G:27.5%。G+C含量为51.1%。在1796个比对位点中, 变异位点占31.7%, 简约信息位点占24.0%。目内科间遗传距离为0.003 0.043, 目间遗传距离为0.026 0.093。NJ树和ML树显示贻贝目、珍珠贝目、胡桃蛤目、蚶目和海螂目的缝栖蛤科先分别聚为支持率很高(BPN=94 100)的单系支, 后聚为一大支(BPN=100)。蛤蜊科与帘蛤目的其他科分离形成一置信度很高的单系支(BPN=93)。帘蛤科种类聚为置信度较低(BPN=60)的一支。海螂目、帘蛤目的种类没能完全聚到所属支系, 彼此嵌套,缝栖蛤科的种类从海螂目中分离出来。18S资料揭示帘蛤目的蛤蜊科、海螂目的缝栖蛤科已经进化为独立的支系。     

基于线粒体16S rRNA基因对中国狼蛛科(Lycosidae)系统发育研究

将自测的中国狼蛛科Lycosidae4亚科6属26种和从GenBank中检索到的北美2种豹蛛的mtD-NA-16S rRNA序列进行比较;以漏斗蛛科1种蜘蛛作为外群,对碱基序列的组成和遗传距离进行了分析,采用Bayesian方法和最大简约法(MP)构建分子系统树。研究结果表明:16SrRNA基因的部分序列为340bp到360bp,A T含量平均为75%,存在较强的A T含量偏向性;序列共有157个碱基存在变异,其中79个简约信息位点。狼蛛科各属间的遗传距离介于0.026￣0.200之间。2种建树方法均表明:科内的属及属内的种优先聚在一起;水狼蛛属相对马蛛属是狼蛛科中较为原始的类群,分化较早;獾蛛属作为1个单系群与熊蛛属合为1个并系,属于狼蛛亚科。狼蛛科6属间的分子系统关系为(Pirata(Hippasa(Trochsa Arctosa(Pardosa Wadicosa))))。