使用林鹳微卫星引物对东方白鹳基因组DNA进行交叉扩增

利用林鹳11个微卫星位点的引物对东方白鹳进行交叉扩增。经过PCR体系的优化,在11个位点中有6个得到清晰的扩增条带,其余5位点得不到确切的扩增产物。对上述6个位点的扩增产物进行克隆测序分析,发现其中4个位点上的扩增产物含有微卫星重复序列,而另外两个位点中无重复单元。通过基因分型对上述4个微卫星位点进行多态性分析后发现其中的WSμ13,WSμ17位点分别为高度多态和中度多态位点,而另外两个位点则无多态性。同时还对影响交叉扩增结果成功率及微卫星位点多态性的因素进行了分析和总结。     

三个近交系C57BL/6J小鼠群体微卫星遗传变异分析(英文）

应用微卫星遗传标记对近交系C57BL/6J(B6)小鼠遗传稳定性进行分析。用FAM标记的引物PCR扩增了来自北京和上海三个实验动物生产单位提供的三个B6小鼠群体共15个微卫星位点并进行分型。结果显示,所有位点均处于纯合状态,其中7个位点为多态位点。研究表明各B6群体虽然为高度近交群体,但不同生产单位维持的B6群体之间存在遗传分化。     

荧光标记复合PCR扩增微卫星位点的构建与优化

本研究采用毛细管电泳技术,构建并优化了荧光标记复合PCR同时扩增多个微卫星位点。主要过程为：首先根据设计所扩增微卫星位点的期望长度,将9个微卫星位点分成两组,5个位点用FAM（蓝色）标记,4个位点用HEX（绿色）标记;两种荧光类型分组优化,用琼脂糖胶电泳检测。其次,荧光标记的复合PCR扩增8个中华绒螯蟹样品的9个微卫星位点,采用ABI3730xl毛细管电泳检测,以ROX500（红色）为长度标准物,结果经Genemapper3.5软件 分析,检测结果表明毛细管电泳检测荧光标记复合PCR产物不仅精确读取微卫星位点的长度（分辨率高达1bp）,还能区分微卫星位点复制时滑链所引起的“回声斑”;调整各微卫星位点引物比列使所有位点扩增强弱均匀。最后,逐一检测复合PCR基本参数（dNTP浓度、 PCR程序和模版DNA用量）对复合PCR产物的影响,优化PCR。结果表明通过毛细管电泳检测荧光标记复合PCR产物来读取微卫星位点的基因型具有精确性、高效性和稳定性。     

辽宁省6种常用近交系小鼠10个微卫星位点的遗传质量检测报告

目的利用微卫星技术对辽宁省6种近交系小鼠进行遗传质量分析。方法根据Mouse Genome Database和相关文献选取10个多态信息丰富的位点和引物,进行PCR扩增和PAGE电泳,对小鼠的遗传多态性进行研究。结果不同品系小鼠同一位点的扩增结果表现出多态性,同一品系同一位点表现单态性,所有小鼠的10个位点都处于纯合状态;遗传距离分析表明,C57BL/10与C57BL/6J小鼠之间的遗传距离最近,为0.1021,遗传距离最远的是BALB/c与C57BL/10、C57BL/6J,分别为0.1635和0.1614。结论运用所筛选的10个微卫星位点可以对近交系小鼠进行遗传质量检测,说明该方法具备可行性。     

微卫星DNA标记在近交系大鼠HFJ和MIJ遗传监测中的应用

目的 用24对引物对近交系HFJ和MIJ大鼠的微卫星位点进行多态性分析,并选用近交系Lewis和F344大鼠作为对照,进行比较分析.方法 用传统的酚-氯仿法分别提取4个近交系大鼠MIJ、HFJ、Lewis和F344 的基因组DNA,选取大鼠24个微卫星位点,通过PCR扩增,扩增产物经过非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染,根据电泳结果,比较分析4种品系近交系大鼠之间微卫星多态性.结果 4种品系及品系内不同个体的近交系大鼠在24个微卫星位点上的扩增产物均出现一个条带,MIJ和HFJ大鼠在品系间和品系内均表现为单态性,同Lewis 和F344的扩增结果比较,14个位点显示多态性,有10个位点显示单态性.结论 两个近交系大鼠品系MIJ和HFJ符合近交系要求,筛选出的14个多态性微卫星位点可用于有关近交系大鼠的遗传背景监测.     

勐养保护区亚洲象微卫星位点筛选及种群遗传多样性分析

本文以亚洲象肌肉样品提出的DNA为模板,从非洲象31个微卫星位点和5个已知亚洲象微卫星位点中筛选勐养亚洲象的微卫星位点,进而对在西双版纳勐养保护区3年采集到的191 份亚洲象粪便样品中提出的DNA进行特异性PCR扩增、基因分型、检测位点信息和遗传多样性分析.结果表明:36个位点中有14个位点能在亚洲象肌肉样品提出的DNA中成功扩增,且经测序证实为微卫星位点.其中9个多态位点能在185份粪便样品DNA中稳定扩增.勐养种群中,3个位点可能偏离Hardy Weubberg平衡,至少8个位点间无明显连锁存在,平均等位基因数3.78±1.72,平均期望杂和度0.32 ± 0.06,平均观察杂和度0.36±0.02,平均多态信息含量0.28 ,说明这9个位点适用于勐养亚洲象的遗传学研究.根据微卫星位点的杂合度和等位基因频率,相比于其他亚洲象种群,勐养亚洲象种群遗传多样性较低且等位基因频率具有特异性.     

中华鳖多态性微卫星标记跨物种扩增研究

微卫星是一种优秀的分子标记,并广泛应用于生物和医学的各个领域。但微卫星标记的开发成本较高,因而,利用近缘种已开发的微卫星标记已成趋势。利用本实验室已开发的21个中华鳖微卫星对鼋、斑鳖、山瑞鳖、刺鳖、佛罗里达鳖、两爪鳖、黄喉拟水龟和乌龟等8个物种进行跨物种检验。结果表明,4个微卫星位点(CST21、CST42、CST50和CST52)的引物能在所有8只个体中稳定扩增;而CST16在所有个体中都不能扩增出目的片段。跨物种扩增山瑞鳖结果最好,21个位点中有20个位点能稳定扩增;而乌龟扩增效果最差,只有6个位点能被扩增出目的产物。总之,中华鳖的21个微卫星位点多数可以在鳖科内各属间进行跨物种扩增,部分可以在跨科物种间扩增。     

鲤科鱼蓝黑鲮微卫星位点的种间扩增(英文)

本研究使用105对微卫星引物对7种鲤科鱼类进行跨越种间PCR扩增,共得到14个多态性微卫星位点.其中9个扩增效果较好的位点用于分析来自帕吉勒提河(Bhagirathi, n=20)和戈达瓦里河(Godavari, n=25)的蓝黑鲮(Labeo calbasu)样品的遗传多样性.结果显示,前者在每个位点的平均等位基因数为7.33,而后者为8 1,期望杂合度介于0.795(Bhagirathi)和0.801(Godavari)之间;4个位点MFW11* (Godavari)、R1*(Godavari)、R3* (Bhagirathi) 和 Lr38*(Bhagirathi和Godavari)都表现出明显的杂合子缺失和哈迪温伯格平衡偏离;而任意两位点间都未观测到连锁不平衡现象;位点R3*极可能存在无效等位基因.上述结果表明这些多态性微卫星位点作为共显性标记在蓝黑鲮群体遗传学研究中有着较好的应用前景.     

伊犁鲈微卫星位点的筛选及近缘物种通用性

为开发伊犁鲈(Perca schrenkii)分子标记用于鲈属鱼类种质资源保护,以伊犁鲈为材料,应用磁珠富集法进行了微卫星标记的筛选.从伊犁鲈尾鳍提取总DNA,进行酶切、接头连接、PCR扩增,再采用生物素标记(CA)15探针及生物素标记(TG)15探针对扩增产物进行杂交富集,经再次PCR扩增及T-A克隆,成功构建了伊犁鲈基因组微卫星富集文库.采用重复序列引物筛选获得阳性克隆,随机选取48个阳性克隆进行测序,测得序列46个,其中38个克隆含有微卫星序列,41个位点的微卫星重复数在8次以上.根据测得序列设计17对微卫星引物,均能在伊犁鲈群体中扩增获得目的条带.采用该17对引物对河鲈(P.fluviatilis)及黄金鲈(P.flavescens)群体样本进行扩增,10对引物具有通用性,其中6对在河鲈中具有高度多态性(PIC>0.5),5对在黄金鲈中具有高度多态性.     

花鲈微卫星标记分离及其多态性分析

该文利用FIASCO法(fast isolation by AFLP of sequences containing repeats)和GenBank数据库搜索法开发花鲈微卫星标记,并对筛选的标记进行多态性检测.两种方法共获得54条能够设计引物的序列,扩增结果显示15对引物具有多态性,多态性微卫星位点的等位基因数为2～10个.15个多态性位点中,4个位点偏离了Hardy-Weinberg平衡;各位点间没有连锁不平衡现象;仅位点SP52可能存在无效等位基因;除SP17和SP468外,其余引物的P1C值均在0.5以上,可用于花鲈群体遗传分析等研究.     

30个枣树种质资源遗传多样性的ISSR分析

取30个枣树品种进行ISSR分子标记分析,其扩增条带分别进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,以期获得不同产地品种之间的遗传多态性。从100条选择扩增的ISSR引物中筛选出17条扩增清晰、重复性和稳定性好的引物,选取其中8条扩增条带多态性强的引物进行遗传聚类分析。结果表明：（1）1％琼脂糖凝胶电泳和5％聚丙烯酰胺凝胶电泳检测扩增总条带数分别为72和127条,其中多态性条带分别为51条和113条,多态性条带比率（PPB）分别为70．8％和88．9％。（2）基于UPGMA软件对30个品种的遗传差异性分析表明,8个ISSR引物可以将枣树品种之间遗传差异明显区分开来。两种电泳检测方法相比较,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测可获得较为精细的枣树品种间遗传图谱。其遗传相似系数范围在0．56～1．00之间,以0．62为最低遗传相似系数,可将30个枣树品种分成3个大类,6个亚类,为进一步研究枣树品种间分类、起源进化关系和分子辅助育种奠定基础。     

微卫星标记对牙鲆有丝分裂雌核发育家系的亲子鉴定

利用18个微卫星标记,对6个家系的26尾有丝分裂雌核发育牙鲆进行亲子鉴定,PCR扩增产物经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,结果表明:1个座位在母本中表现为相同的基因型,视为单态座位,其他17个座位为多态;多态座位在亲子鉴定中的累计排除概率和累计个体识别概率分别为0.9985、0.9999;根据被测个体在17个微卫星座位的基因型,最后确认26尾子代的母本,其中7尾子代在某些座位表现出与其母本不完全匹配的基因型。利用微卫星标记可确定雌核发育后代的亲子关系,从而构建牙鲆雌核发育家系系谱,对牙鲆雌核发育的深入研究具有重要意义。     

微卫星DNA在吉戎兔亲子鉴定中的应用研究

选用Sat2、Sat3、Sat4、Sat5、Sat7、Sat8、Sat12、Sat13、Sat16、Sol08、Sol28、Sol30、Sol03 等13个微卫星位点PCR扩增30只吉戎兔的基因组DNA,然后在8%聚丙烯酰胺凝胶上电泳分型,检测结果为平均等位基因数为3.46个,平均杂合度（H）为0.578,平均多态信息含量（PIC）为0.531,双亲资料未知时13个位点的累计非父排除率（PE1）为0.935226,置信度低于80%,一亲本资料已知时13个位点的累计非父排除率（PE2）为0.999329,置信度为95%。由于所鉴定兔群的母本资料已知,因此基因型的分型结果能有效确认18只仔兔子的真父。     

Male-specific band in random amplified microsatellite polymorphism fingerprints of Holstein cattle

A total of 65 blood samples collected from Holstein cattle were employed for DNA extraction. Genomic DNA were amplified by means of random amplified polymorphic DNA (RAPD). One hundred and one random primers (Operon kits OPAA, OPAO, OPAV, OPC, OPE and OPA-06) were used for polymerase chain reactions (PCR). The PCR products were size fractionated by means of electrophoresis in agarose gel, transferred to a nylon membrane, and then hybridized with a alpha-32P-labeled microsatellite probe for random amplified microsatellite polymorphism (RAMPO) analysis. All the primers produced many amplification patterns in RAMPO fingerprints, but only OPE-01 (5'-CCCAAGGTCC-3') yielded a male-specific strong signal. Among the 65 cases, the specific band could be observed in the RAMPO fingerprints of the 24 male samples but not in the 41 female samples. Therefore, this specific band is peculiar to male cattle.     

介绍一个培养小麦花药的培养基

棉花雄性不育系洞A近二十年来一直彼认为受一对隐性核不育基因控制。最近黄观武等发现的临 时保持系MB及杂合不育系MA,其荃因型及遗传特征很难用原有假说解释。作者对此提出了两对核 基因互作的假说,可以较好地说明原假说难以说明的一些遗传现象。     

开口箭基因组中微卫星特征分析与分子标记开发

开口箭(Tupistra chinensis Baker)为百合科(Liliaceae)开口箭属(Tupistra Ker-Gawl)多年生草本植物,其野生资源稀少,为中国珍稀药用植物。该研究基于第二代测序技术首次建立了开口箭的基因组文库与微卫星文库,对开口箭的微卫星组成进行了特征分析,开发了开口箭SSR引物一套,并对开口箭及其近缘种进行了PCR扩增与聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。结果表明:(1)通过对开口箭基因组测序与拼接得到23 362条基因序列,检测出微卫星位点1 465个,其中单核苷酸重复最多,二核苷酸重复长度变异最大。(2)所设计的52对微卫星引物中有14对扩增出的条带清晰且多态性丰富,每个位点的复等位基因数(Na)在2~4之间,平均为3.00;多态性信息含量(PIC)在0.336 9~0.785 6,平均为0.546 3。(3)用筛选出13对多态性引物对6个开口箭近缘种,长柱开口箭(Tupistra grandistigma)、筒花开口箭(Tupistra delavayi)、弯蕊开口箭(Tupistra wattii)、剑叶开口箭(Tupistra ensifolia)、吉祥草(Reineckia carnea)和万年青(Rohdea japonica)进行通用性检测,结果大部分引物均能在开口箭的近缘种中成功扩增,通用率较高。该研究所开发的开口箭微卫星分子标记为开展开口箭的遗传多样性研究及种质资源鉴定奠定了基础。     

Sequence divergence of rice microsatellites in Oryza and other plant species

To determine the basis of genetic variation at microsatellite loci, eleven primer pairs, developed to amplify microsatellite markers in rice, were evaluated for their ability to amplify a PCR product and for both electromorphic and sequence-based polymorphism of the resulting products in 12 plant samples, including representatives from six different species within the genus Oryza and one genotype each from Zea (maize), Triticum (wheat) and Arabidopsis. PCR amplification was reliable in the four O. sativa samples as well as in the closely related Oryza relatives with AA genomes, while only 73% (8/11) of primers amplified in the BB/CC and CC genomes of Oryza, and 27% (3/11) amplified in the other genera. Three out of seven DNA fragments that were amplified from all genera were determined to be orthologous to their rice counterparts. A total of 115 amplicons were detected using polyacrylamide gel electrophoresis and these clustered into 74 distinct electromorphs. Sequencing of 108 amplicons revealed size homoplasy, exposing 13 new sequence-based variants. Allelic diversity within a species was predominantly due to changes in the number of repeats in the microsatellite region, but the frequency of insertions/deletions (indels) and base substitutions increased as the genetic distance between samples increased. This study suggests that electromorph size polymorphism is an adequate measure of genetic difference in studies involving closely-related individuals, but that when phylogenetic or evolutionary inferences are being made over longer time scales, evaluation of SSR variation at the sequence level is essential.     

A refined panel of 42 microsatellite loci to universally genotype catarrhine primates

1. Microsatellite genotyping is an important genetic method for a number of research questions in biology. Given that the traditional fragment length analysis using polyacrylamide gel or capillary electrophoresis has several drawbacks, microsatellite genotyping‐by‐sequencing (GBS) has arisen as a promising alternative. Although GBS mitigates many of the problems of fragment length analysis, issues with allelic dropout and null alleles often remain due to mismatches in primer binding sites and unnecessarily long PCR products. This is also true for GBS in catarrhine primates where cross‐species amplification of loci (often human derived) is common.
2. We therefore redesigned primers for 45 microsatellite loci based on 17 available catarrhine reference genomes. Next, we tested them in singleplex and different multiplex settings in a panel of species representing all major lineages of Catarrhini and further validated them in wild Guinea baboons (Papio papio) using fecal samples.
3. The final panel of 42 microsatellite loci can efficiently be amplified with primers distributed into three amplification pools.
4. With our microsatellite panel, we provide a tool to universally genotype catarrhine primates via GBS from different sample sources in a cost‐ and time‐efficient way, with higher resolution, and comparability among laboratories and species.

     

小尾寒羊微卫星与RAPD标记的研究

小尾寒羊是世界上具有非季节性发情和多胎特性的高繁殖率绵羊品种之一。选择4个位于绵羊6号染色体上且与FecB基因紧密连锁的微卫星标记,对小尾寒羊基因组进行PCR扩增后,采用最小二乘法估计各等位基因片段对产羔数的影响。分析结果表明,等位基因OarJIA-5、OarJIA-10、BM143-12和OarHH55-11可以作为小尾寒羊多胎位点的分子标记。从100条随机引物中筛选出18条引物,对小尾寒羊、大尾寒羊、洼地绵羊、滩羊等4个绵羊品种和鲁北山羊的基因组进行扩增,共扩增出146条带,其中94条表现出多态性,占64．60%,同时扩增出每个品种的特异性条带。采用Nei氏标准距离和NJ聚类分析对不同品种的遗传关系进行分析,结果表明,4个绵羊品种亲缘关系很近,提示它们可能起源于共同的原始祖先。