中国蜥蜴类生活史和生态学特征数据集

截至2020年底, 中国共有226种蜥蜴类(不包括外来入侵种), 是世界上蜥蜴类多样性最丰富的国家之一。系统整理中国现有蜥蜴类的特征数据在物种起源与进化、形成与灭绝、保护生物学等研究中具有重要意义。但是, 目前还没有关于我国蜥蜴类生活史、生态学和地理分布等物种特征的完整数据库。本文通过系统查阅文献和数据资料, 共收集整理了中国现有226种本土蜥蜴类19个特征数据: 描述年份、中国受威胁等级、全球受威胁等级、是否中国特有种、是否岛屿特有种、平均体长、平均体重、食性、窝卵数、繁殖模式、四肢发育、活动时间、栖息生境、栖息地类型、栖息地宽度、海拔分布范围、地理分布范围、动物地理界和分布省份。在上述特征中, 除了四肢发育、描述年份、是否中国特有种、是否岛屿特有种和分布省份外, 其余特征数据均存在不同程度的缺失, 数据完整度为47.14%-100%。本数据集是目前关于中国蜥蜴类最新和最全的物种特征数据库, 可为我国蜥蜴类生态学、进化生物学、生物地理学和保护生物学等研究领域提供数据支持。     

中国鸟类的生活史和生态学特征数据集

中国现有1,445种鸟类, 是世界上鸟类物种数最多的国家之一。物种特征反映了生物有机体的功能和适合度, 在生态学、进化生物学和保护生物学研究中具有重要作用。但是, 目前还没有关于我国鸟类生活史、生态学和地理分布等物种特征的完整数据库。通过系统查阅文献和各种数据资料, 本文共收集整理出了中国1,445种鸟类17个功能特征数据: 体重、体长、嘴峰长、翅长、尾长、跗蹠长、食性、窝卵数、卵大小、卵体积、巢址、巢的类型、集群状况、迁徙状况、是否特有种、地理分布范围和分布省份等。在这些特征中, 除迁徙状况、是否特有种、地理分布范围和分布省份外, 其余特征数据均存在不同程度的缺失, 数据的完整度为60.83%‒100%。本数据库是目前关于中国鸟类最新和最全的物种特征数据库, 期望能为我国鸟类生态学、进化生物学、生物地理学、保护生物学等研究提供支持。     

中国两栖类生活史和生态学特征数据集

截至2021年底, 中国共记载591种两栖类(不包括外来入侵种), 是世界上两栖类物种数最多的国家之一。物种特征影响和决定了物种在环境中的生存能力, 在进化生物学、生态学和保护生物学研究中具有重要作用。目前, 中国两栖类在线数据库(https://www.amphibiachina.org)已经整理了我国两栖类的形态特征、生物学信息和地理分布等部分物种特征, 但仍缺乏一个完整的、可自由检索的数据集。通过系统查阅文献和数据检索, 本文收集整理了中国全部591种本土两栖类的22个特征数据, 包括物种发现时间(最早发现和描述新物种文章的发表时间)、模式产地、中国受威胁等级、全球受威胁等级、致危因子、是否中国特有种、是否岛屿特有种、雄性体长、雌性体长、窝卵数、卵径、产卵地点、幼体主要生境、成体微生境、活动模式、生殖周期、繁殖时间、是否有亲本照顾、受精方式、海拔范围、分布地区、分布省份数。除了物种发现时间、是否岛屿特有种、分布地区、分布省份数外, 其余特征数据都有不同程度的缺失, 数据完整度为27.92%-100%, 平均完整度为71.72%, 标准差为24%。本数据集是目前我国两栖类最新和最全的物种特征数据库, 希望可以为我国两栖类生态学、保护生物学、生物地理学等研究提供数据支持。     

中国哺乳动物多样性

中国哺乳动物区系有鲜明的特色:有青藏高原分布的特有种属,有第三纪孑遗动物——大熊猫科和白鱀豚科,世界一半以上的鼠兔科动物为中国特有种,中国还是世界有蹄类最丰富的国家。新世纪以来,世界哺乳动物分类体系发生了变化,中国也发现一批哺乳动物新种和新记录种。因此,有必要对中国哺乳动物多样性名录进行及时更新和完善。我们在《中国生物多样性红色名录·哺乳动物卷》的编研中,对中国哺乳动物的目级阶元采用在系统发育基因组学已经取得一致意见的方案;在科及以下阶元以《中国哺乳动物种与亚种分类名录与分布大全》和Mammal Species of the World:A Taxonomic and Geographic Reference(第3版)的分类系统为基础,有蹄类的分类采用Ungulate Taxonomy分类系统;收集整理了中国(包括台湾地区)所有哺乳动物资料,增加了截至2015年3月31日学术期刊发表的中国哺乳动物新种和新记录种,通过会议评审和通讯评审,调整了一些物种的名称和分类地位,确定了《中国哺乳动物名录(2015)》。该名录收录了中国现有哺乳动物12目55科245属673种,其中,新种18种(包括11种最近发现的或利用分子生物学方法确定的、尚有争议的新种)、新记录种18种、60个亚种提升为种。根据研究结果和专家意见,剔除了52种哺乳动物。此外,中国分类学家对新版名录中的20种啮类(Glires)的分类地位持不同意见,这些种类需要进一步研究。以《中国哺乳动物名录(2015)》收录的中国哺乳动物种数与其他国家比较,中国哺乳动物种数超过IUCN(2014)报道的世界哺乳动物排序第一的印度尼西亚(670种)。中国有150种特有哺乳动物,特有种比例为22.3%。兔形目特有种比例达43%,鼠兔科特有种比例更高达52%。劳亚食虫目的特有种比例为35%。中国灵长目、啮齿目和翼手目特有种比例约占各目总种数的1/5,翼手目特有种包括近十年发表、模式产地为中国的12个蝙蝠新种。《中国哺乳动物名录(2015)》为生物多样性研究与保护提供了最新的本底资料。     

生物多样性保护优先区对重庆苔藓植物多样性保护的重要性

生物多样性保护优先区的生物多样性十分丰富, 对于生物多样性保护具有重要意义。本文基于野外调查数据和文献资料, 整合大巴山和武陵山两个中国生物多样性保护优先区重庆境内的苔藓植物名录, 通过分析物种丰富度、中国特有种和受威胁物种, 比较了这两个地区的苔藓植物组成特点和相似性。结果显示, 两个保护优先区重庆境内共有苔藓植物77科221属722种, 其物种数分别占重庆市和中国苔藓植物总种数的76.0%和23.9%。两个区域分布有中国特有苔藓植物56种, 占中国苔藓植物总种数的1.9%; 分布有极危苔藓植物1种、濒危4种和易危3种。科、属、种的Jaccard相似性系数分别为0.7、0.6和0.3, 表明两个区域物种组成差异较大。大巴山和武陵山两个中国生物多样性保护优先区都具有较高的苔藓植物物种多样性, 其种类组成具有一定代表性, 对重庆市和中国苔藓植物多样性保护具有重要价值。     

基于物种分布的北京平原生态网络构建

高强度的城市化活动导致了生物栖息地破碎化、退化和消失,是生物多样性减少的主要原因。建立城市地区生态网络是保护生物多样性的重要途径。因其他物种数据可获得性差,以观测的典型鸟类群落为指示物种,探讨构建生态网络,可为城市生物多样性保护提供新思路。以北京市平原区为研究范围,重点基于86种鸟类分布大数据,通过Maxent模型掩膜生成栖息地源地并进行分级,在GIS技术的支撑下,以土地利用数据建立鸟类活动阻力面,采用最小累积阻力模型算法,模拟并形成了平原地区分级的生物多样性保护网络。研究结果表明,河湖湿地和城市公园组成了北京平原地区生态网络的优势景观类型,占平原区生态空间的81%。基于景观类型大小与物种数量的线性关系筛选出分级生物栖息地,其中一级生物栖息地58个,二级生物栖息地146个,通过模型模拟形成了平原地区生物多样性保护的一二级生态网络,共948条网络,长3760km。筛选出重要生态节点12处,关键生态廊道6条,是保护平原地区生物多样性的重要生态设施。该生态网络的实施对于提升首都平原区的生物多样性具有重要价值,研究结果可为国土生态空间优化提供重要科学依据和参考。     

中国吸虱昆虫区系及物种多样性研究

吸虱是寄生于真兽类哺乳动物体表的专性吸血寄生虫,广布于世界各地.我国已知吸虱11科22属96种.分别占世界已知科、属、种的64.71%、45.83%、17.14%.从分类阶元、特有物种、动物地理区划和宿主动物4个方面分析了我国吸虱的物种多样性.中国特有种吸虱27种.中国横跨古北和东洋两界,吸虱分布以东洋界和占北界共有属级分布型最丰富,有13属29种;其次为东洋界特有分布型,有6属41种,种类丰富;古北界特有分布型仅2属,但种类丰富,有24种.吸虱在7个地理区分布,以华中区、华南区、西南区3个地理区的吸虱物种多样性较高,其它4个区的物种多样性较低.我国吸虱物种多样性较为丰富,吸虱的物种分布受宿主动物地域分布的影响较大.吸虱的宿主动物种类丰富,但宿主动物体表吸虱的物种多样性低,一科(属)阶元的吸虱其宿主多为相对应的一科(亚科)动物阶元,反映了吸虱宿主特异性较高的事实,是吸虱与其宿主协同进化的生态学表现.     

江西省两栖类动物多样性与地理区划

本研究整合近年来江西省两栖类动物物种分布新纪录,对江西省两栖类动物多样性进行编目整理。结果表明,近年来江西省新增23种两栖类物种分布新纪录,两栖类动物累计达2目8科58种,包括2种国家Ⅱ级重点保护物种和40种中国特有种。江西省两栖动物区系组成以东洋界华中区和华南区共有种为主,无古北界种类。东洋界种类54种,占总种数的93.1%,广布种4种,占总种数的6.9%。生态类型以流水型最多,陆栖-静水型次之。对13个保护地两栖类动物物种组成的聚类分析将其分为4个聚类群：赣北、赣东北、赣南、赣西。聚类结果在一定程度上支持早期江西省两栖动物地理区划,我们建议将罗霄山脉划为单独的赣西（罗霄）山地省。     

中国鸟类特有种及其分布格局

在广泛搜集有关分布资料、对我国鸟类特有种的地理分布情况进行系统整理并建立数据库的基础上,运用GIS（地理信息系统）技术处理物种分布数据,研究了中国鸟类特有种的多样性及其分布格局。我们分析了我国现有鸟类特有种计100种,隶属于53属、16科、7目,约占我国现有鸟类总种数的8％。我国镳在特有种在水平分布上具有不均匀的特点,有3个分布中心,即：横断山中心、川北、秦岭及陇南山地中心和台湾岛屿中心。在垂直分布上则主要分布于从1800m到3400m的中、高海拔地区。     

宏生态尺度上景观破碎化对物种丰富度的影响

生物多样性的地理格局及其形成机制是宏生态学与生物地理学的研究热点。大量研究表明,景观尺度上的生境破碎化对物种多样性的分布格局具有重要作用,但目前尚不清楚这种作用是否足以在宏生态尺度上对生物多样性地理格局产生显著影响。利用中国大陆鸟类和哺乳动物的物种分布数据,在100 km×100 km网格的基础上生成了这两个类群生物的物种丰富度地理格局,进一步利用普通最小二乘法模型和空间自回归模型研究了物种丰富度与气候、生境异质性、景观破碎化的相关关系。结果表明,景观破碎化因子与鸟类和哺乳动物的物种丰富度都具有显著的关联关系,其方差贡献率可达约30%—50%(非空间模型)和60%—80%(空间模型),略低于或接近于气候和生境异质性因子。方差分解结果显示,景观破碎化因子与气候和生境异质性因子的方差贡献率的重叠部分达20%—40%。相对鸟类而言,景观破碎化对哺乳动物物种丰富度的地理格局具有更高的解释率。     

中国银口天竺鲷属鱼类的分类厘定

本研究检视了采自中国沿海的银口天竺鲷属标本314尾, 形态学鉴定为8种: 斑鳍银口天竺鲷(Jaydia carinata (Cuvier, 1828))、细条银口天竺鲷(J. lineata (Temminck & Schlege, 1842))、新几内亚银口天竺鲷(J. novaeguineae (Valenciennes, 1832))、黑鳃银口天竺鲷(J. poeciloptera (Cuvier, 1828))、史密斯氏银口天竺鲷(J. smithi Kotthaus 1970)、横带银口天竺鲷(J. striata (Smith & Radcliffe, 1912))、印度洋银口天竺鲷(J. striatodes (Gon, 1997))和黑边银口天竺鲷(J. truncata (Bleeker, 1854))。结合GenBank中的同种序列, 对史密斯氏银口天竺鲷进行DNA条形码分析, 发现中国群体和地中海群体分为两个组群, 两者平均组间遗传距离为0.044, 表明其中存在隐存种。因该种模式产地为亚丁湾, 推测中国种群为隐存种Jaydia sp.。结合标本和文献考证, 我们认为中国已知有银口天竺鲷属鱼类9种, 未采集到的烟台银口天竺鲷J. tchefouensis (Fang, 1942)可能为J. lineata次定同种异名。我们整理了各种的同种异名、形态特征和地理分布, 编制了检索表, 探讨了分类问题, 修订了错误。中国已记录物种J. ellioti、J. arafurae、J. albomarginata实际为J. truncata、J. poeciloptera和J. novaeguineae。     

Nucleosome assembly and epigenetic inheritance

In eukaryotic cells, histones are packaged into octameric core particles with DNA wrapping around to form nucleosomes, which are the basic units of chromatin (Kornberg and Thomas, 1974). Multicellular organisms utilise chromatin marks to translate one single genome into hundreds of epigenomes for their corresponding cell types. Inheritance of epigenetic status is critical for the maintenance of gene expression profile during mitotic cell divisions (Allis et al., 2006). During S phase, canonical histones are deposited onto DNA in a replication-coupled manner (Allis et al., 2006). To understand how dividing cells overcome the dilution of epigenetic marks after chromatin duplication, DNA replication coupled (RC) nucleosome assembly has been of great interest. In this review, we focus on the potential influence of RC nucleosome assembly processes on the maintenance of epigenetic status.     

木论喀斯特常绿落叶阔叶混交林群丛数量分类及稳定性

加深对喀斯特顶极群落植物组成、群落结构和群落分布的认识可以为该区域生物多样性保护和森林管理提供参考。本文基于广西木论喀斯特常绿落叶阔叶混交林25 ha森林动态监测样地地形、土壤和物种组成数据, 采用多元回归树对该群落进行群丛分类, 并分析各群丛多样性和稳定性。结果表明, 群落可分为6个群丛, 分别为群丛I: 长序厚壳桂+栀子皮+香叶树群丛(Ass. Cryptocarya microcarpa + Itoa orientalis + Lindera communis), 群丛II: 长序厚壳桂+灰岩棒柄花+罗伞群丛(Ass. Cryptocarya microcarpa + Cleidion bracteosum + Brassaiopsis glomerulata), 群丛III: 圆果化香树+密花树+齿叶黄皮群丛(Ass. Platycarya longipes + Rapanea neriifolia + Clausena dunniana), 群丛IV: 圆果化香树+滇丁香+齿叶黄皮群丛(Ass. Platycarya longipes + Luculia intermedia + Clausena dunniana), 群丛V: 长序厚壳桂+罗伞+伞花木群丛(Ass. Cryptocarya microcarpa + Brassaiopsis glomerulata + Eurycorymbus cavaleriei), 群丛VI: 小叶栾树+长管越南茜+圆果化香树群丛(Ass. Boniodendron minus + Rubovietnamia aristate + Platycarya longipes)。除群丛I外, 各群丛总体的多样性指数较高。Shannon-Wiener指数、Simpson指数以及Pielou均匀度指数表现出一致的变化趋势: 群丛VI > 群丛V > 群丛IV > 群丛III > 群丛II > 群丛I, 而丰富度则为群丛VI > 群丛IV > 群丛V > 群丛I > 群丛III > 群丛II, 物种多样性在中海拔群丛最高。中上坡部位群丛稳定性最高, 洼地群丛稳定性最低。海拔在群落结构及组成中起重要作用, 可能是影响群落分布的重要因素。     

通过红色名录评估研究中国哺乳动物受威胁现状及其原因

依据中国哺乳类野生种群与生境现状, 我们利用IUCN Red List Categories and Criteria (Version 3.1), Guidelines for Using the IUCN Red List Categories and Criteria和Guidelines for Application of IUCN Red List Criteria at Regional and National Levels (Version 4.0), 评价了中国所有已知的673种哺乳动物的濒危状况。本次评估了71种《IUCN濒危物种红色名录(2015)》没有评估的哺乳动物, 还评估了60种《IUCN濒危物种红色名录(2015)》误认为中国没有分布的哺乳动物。发现中国有3种哺乳动物“野外灭绝”, 3种“区域灭绝”。受威胁中国哺乳动物共计178种, 约占评估物种总数的26.4%, 高于IUCN濒危物种红色名录的物种平均受威胁率(21.8%)。中国哺乳动物1/4的特有种属于受威胁物种。受威胁比例最高的目是灵长目、食肉目与鲸偶蹄目。多数省区的受威胁哺乳动物物种占本省区哺乳动物总数的20-30%。中国哺乳动物种类多分布在中国第二级地理阶梯。生活在高海拔地区的哺乳动物虽然种类少, 但是受威胁哺乳动物的种类比例高。过度利用、生境丧失和人类干扰名列受威胁哺乳动物致危因子的前3位。自从1989年《中华人民共和国野生动物保护法》实施以来, 一些中国濒危哺乳动物的生存状况得到了改善。然而, 鉴于中国哺乳动物区系的独特性和多样性, 以及中国地形地貌的复杂性, 如何拯救这些濒危物种仍是中国生物多样性保护的一项艰巨任务。     

中国近海多毛纲底栖类群目与科水平的分类

多毛纲为环节动物重要类群, 具有重要的生态与经济意义。多毛纲的分类体系一直处于变化中。本文根据前人支序分类等研究成果, 综合《中国动物志》等资料, 整理了我国近海多毛纲底栖类群目与科的分类检索。根据Rouse和Fauchald (1997)的分类系统, 中国近海多毛纲的底栖类群可分为头节虫目(Scolecida)、海稚虫目(Spionida)、蛰龙介目(Terebellida)、缨鳃虫目(Sabellida)、叶须虫目(Phyllodocida)和矶沙蚕目(Eunicida)。基于头部、躯干部等附属物形态特征, 整理建立了中国近海多毛纲底栖类群上述六目至科的分类检索表, 考证了该分类方法, 总结了近年来我国近海多毛纲的研究和分子生物学对多毛纲系统演化的贡献。     

利用古蛋白技术分析巨猿演化地位的评述

巨猿是中国南方更新世特有的大型猿类,因其巨大的牙齿和颌骨被认为是迄今生活在地球上体型最大的猿类。迄今为止,年代学和生物地层学证据显示巨猿的生存年代2~0.3 MaBP。由于中新世晚期—上新世时期化石记录的缺失,有关巨猿的起源和演化一直存在诸多争论。2019年,《自然》杂志报道广西吹风洞早更新世早期(1.9 MaBP)巨猿牙齿化石的古蛋白质研究^[1]。结果显示,巨猿牙齿牙釉质中保存了较为丰富的古代蛋白质,这些古蛋白质由409个特有的肽组成,分属6个内源性蛋白。对这些古老蛋白质的研究表明,巨猿在系统发育上属于猩猩分支系统,大约从10~12 MaBP前分化出来并独立演化。这是在亚热带地区的化石中首次提取如此古老的分子证据,提示古蛋白质研究有望为探索早期物种(包括人类)起源与演化提供重要依据。本文将简要回顾巨猿系统演化研究的历史,并对利用古蛋白技术分析巨猿的演化地位进行评述。     

中国黄颡鱼的线粒体DNA多样性及其分子系统学

基于体侧色斑、背鳍前部形态、吻长及尾柄长的差异, Ng和Kottelat(2007)将分布于中国的黄颡鱼群体划为两个物种: 北方群体为Pseudobagrus sinensis, 南方群体为P. fulvidraco。本研究通过对70个黄颡鱼标本相关形态特征的测量及对线粒体cyt b基因序列的分析, 探讨了P. sinensis物种的有效性问题。结果表明: 依据体侧色斑和背鳍前部形态的差异, 可将黄颡鱼分为对应于P. sinensis和P. fulvidraco的两种形态类型, 但对尾柄长、吻长的测量发现二者没有差异。对70条cyt b基因序列的分析结果为: 两种鱼类有1个共同的单倍型; 两种鱼类的单系性在系统发育分析中都没有得到重现, 而二者聚在一起形成获得100%支持率的单系群; 两种鱼类群体之间存在持续的基因交流(Nm = 4.7); 两种鱼类在单倍型的巢式支系分析(nested clade analysis, NCA)中没有形成各自独立的进化谱系, 所有的单倍型以不超过5步的突变全部被纳入同一个进化网络中。因此我们认为P. sinensis不是有效物种, 而应被视为黄颡鱼的一种形态类型。基于cyt b基因的序列变异, 本研究对黄颡鱼群体的遗传多样性和种群结构作了初步分析。群体的核苷酸不配对分布及Tajima’sD中性检验表明, 约在10.1-14.1万年前, 黄颡鱼在其分布范围内经历过群体扩张, 推测这可能是导致黄颡鱼群体单倍型多样度高(h = 0.857 ± 0.0014)而核苷酸多样度低( π = 0.0023 ± 0.0003)的主要原因。此外, 分析结果显示黄颡鱼群体缺乏明显的地理结构, 推测原因可能是历史上水系的连通促进了不同地理群体之间的基因交流。     

中国淡水蟹分类与分布名录(十足目: 拟地蟹科, 溪蟹科)

中国是世界上淡水蟹物种多样性最高的国家。然而, 迄今为止还没有一个系统的、涵盖全国范围的淡水蟹分类和分布名录。本文收集了涉及中国淡水蟹分类和分布的文献, 采用国际上更新的短尾下目淡水蟹类高级阶元分类系统, 通过系统梳理, 汇编成中国淡水蟹分类与分布名录。该名录共收录了截至2018年1月记述的所有中国淡水蟹类, 共计2科45属311种。其中, 拟地蟹科(Gecarcinucidae Rathbun, 1904) 1属28种; 溪蟹科(Potamidae Ortmann, 1896) 44属283种及亚种; 中国特有属共计38属, 占总数的84%; 特有种共计302种, 占97%。对各省淡水蟹的分布分析发现, 云南是中国淡水蟹物种多样性最丰富的省份, 已记述16属50种; 其次为台湾(4属41种)。本名录首次全面概括了中国淡水蟹类的分类和分布, 可为深入开展全国范围的淡水蟹类生物多样性保护提供科学依据。