吸虫类线粒体基因组的特征及系统发生分析

本研究分析了吸虫纲下单殖亚纲的13个物种和复殖亚纲的37个物种,共50个物种的线粒体全基因组序列,旨在揭示吸虫类线粒体基因组的主要基本特征,探究吸虫纲物种的系统发生关系。吸虫类的线粒体基因组具有明显的A+T含量偏向性。吸虫类的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的变异程度很大,其变异比例在48.8%到92.0%之间。根据线粒体基因组的12个蛋白质编码基因和两个核糖体RNA基因的差异位点分析,建议采用ND5、CYTB和ND4基因作为16S、12S和COⅠ基因的辅助分子标记。吸虫类各物种的线粒体基因组出现了大量的基因重排现象,除鸮形目裂体科和多后盘目外,其余物种均遵循类似的基因排列顺序。线粒体基因组的系统发育结果强烈支持将单殖亚纲提升到单殖纲,并支持将目前分类地位未定的腹盘科野牛平腹吸虫归入斜睾目同盘总科。本研究将为吸虫类线粒体基因组的研究、分子进化和分子诊断等方面提供诸多信息,并在今后的实践应用中起到一定的指导作用。     

桔小实蝇线粒体基因组全序列及其分析

桔小实蝇Bactrocera dorsalis线粒体基因组全序列对研究实蝇分子系统进化具有重要意义。本研究通过DNA测序和克隆技术,对桔小实蝇mtDNA全序列进行了测定和分析。结果表明：桔小实蝇线粒体基因组全长15 915 bp（GenBank序列号: DQ845759）。基因组碱基组成为39.3%A,16.2%C,10.2%G,34.3%T,由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因以及一个非编码的控制区域（A+T-rich区）组成。7个蛋白编码基因和13个tRNA基因从J链编码,其余6个蛋白编码基因和9个tRNA基因从N链编码。位于J链上的蛋白编码基因具有近似的A、T含量,而位于N链上的蛋白编码基因的A的含量明显高于T的含量。以mtDNA COⅠ基因为例,比较了桔小实蝇与其他14种实蝇的亲缘关系,结果显示其与同亚属（果实蝇亚属Bactrocera）内的其他近缘种相互间的同源性很高。     

植绥螨科线粒体基因组研究进展

植绥螨科属于囊螨总科,大部分植绥螨为害螨、害虫的重要天敌,在农业生产上具有重要的应用价值。其线粒体基因组具有独特特征,引起了生物学家的广泛关注。本文就植绥螨科线粒体基因组的结构、非编码区、碱基组成、基因重排和tRNA的特征进行综述,其特征有:(1)植绥螨科中发现了螯肢动物最大的线粒体基因组;(2)植绥螨科线粒体基因组非编码区的AT含量差异大,编码区的AT含量差异小;(3)植绥螨科线粒体基因组均发生了不同程度的的基因重排;(4)已测定的植绥螨科部分物种tRNA基因二级结构出现了截短和碱基错配的现象,部分物种的线粒体基因组出现反密码子突变的情况。在今后的研究中应进一步测定植绥螨科关键类群的线粒体基因组,深入分析植绥螨科出现大量基因重排的原因,以期能反映植绥螨科的真实进化历程。     

圆臀大黾蝽(昆虫纲,半翅目,黾蝽科)线粒体全基因组注释(英文)

昆虫纲半翅目异翅亚目黾蝽科圆臀大黾蝽 Aquarius paludum ( Fabricius,1794) 已成为生物学研究的理想生物材料之一,为更全面了解其分子生物学特征,本研究测定了圆臀大黾蝽 Aquarius paludum线粒体基因组全序列。该基因组全长15 380 bp,为双链环状 D N A 分子,包含 13 个蛋白编码基因、22 个 tRNA 基因、2 个 rRNA 基因及一个控制区。其基因排序与已报道的其它大部分异翅亚目类群排列方式相同。该基因组基因排列紧密,共观察到 64 bp 基因间隔 ( 除控制区 781 bp 外) 与 33 bp 基因重叠。全基因组 AT 含量为75. 7 % ,而控制区 AT 含量仅为 66. 2 % ,密码子使用也显示出 AT 使用偏好。13 个蛋白编码基因中,除 COⅠ、ND5 使用 TTG 作为起始密码子外,其余使用 ATV。此外,7 个蛋白编码基因使用常规三联终止密码子 TAA,TAG 作为终止密码子,其余以 T 作为终止密码子,下游为同链编码的tRN A 基因。在 tRN A-Ser ( G C T ) 二级结构中,D HU 臂缺失,未形成典型的三叶草结构。     

THE COMPLETE MITOCHONDRIAL GENOME OF AQUARIUS PALUDUM (FABRICIUS) (INSECTA, HEMIPTERA,GERRIDAE)

昆虫纲半翅目异翅亚目黾蝽科圆臀大黾蝽Aquarius paludum(Fabricius,1794)已成为生物学研究的理想生物材料之一,为更全面了解其分子生物学特征,本研究测定了圆臀大黾蝽Aquarius paludum线粒体基因组全序列.该基因组全长15380 bP,为双链环状DNA分子,包含13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因及一个控制区.其基因排序与已报道的其它大部分异翅亚目类群排列方式相同.该基因组基因排列紧密,共观察到64 bp基因间隔(除控制区781 bp外)与33 bp基因重叠.全基因组AT含量为75.7％,而控制区AT含量仅为66.2％,密码子使用也显示出AT使用偏好.13个蛋白编码基因中,除COⅠ、ND5使用TTG作为起始密码子外,其余使用ATV.此外,7个蛋白编码基因使用常规三联终止密码子TAA,TAG作为终止密码子,其余以T作为终止密码子,下游为同链编码的tRNA基因.在tRNA-Ser (GGT)二级结构中,DHU臂缺失,未形成典型的三叶草结构.     

大头隆胸长蝽线粒体基因组测序及分析(半翅目:地长蝽科)

地长蝽科隶属于半翅目异翅亚目蝽次目长蝽总科,该科包括15个族,缢胸族是其中包含属最多的族,而目前该族物种尚无线粒体基因组报道.该族中的隆胸长蝽属昆虫是一个仅在东洋界分布的类群,其中大头隆胸长蝽Eucosmetus incisus(Walker,1872)在中国水稻种植地区广泛发生,是重要的水稻害虫.因此,对大头隆胸长蝽开展线粒体基因组研究具有重要意义.本研究测定了大头隆胸长蝽线粒体基因组编码区域的全部基因序列,并分析了其主要特征,结果如下:(1)共测得大头隆胸长蝽线粒体基因序列长度为14 562 bp,由一部分控制区和典型的37个基因组成,包括22个转运RNA基因,13个蛋白编码基因和2个核糖体RNA基因.其线粒体基因排列顺序同果蝇Drosophila yakuba和大多数蝽次目昆虫排列顺序相同.(2)除tRNA-His缺少TΨC环、不能正常折叠外,其它21个tRNA均能折叠成经典三叶草结构.16SrRNA的结构域IV和V比结构域Ⅰ、Ⅱ、Ⅵ更保守,12S rRNA的结构域Ⅲ比结构域Ⅰ和Ⅱ更保守.在蝽次目昆虫中,存在两个较稳定的重叠区域,分别位于ATP8和ATP6,ND4和ND4L之间,并且这两段基因重叠区互为反向互补序列(ATGATAA).(3)核苷酸组成和密码子的使用都表现出了很高的AT偏向性,在13个蛋白编码基因和2个核糖体RNA中,由N链编码的基因都是TA偏移和GC偏移,而除C0I之外所有由J链编码的基因都刚好相反,都是AT偏移和CG偏移,COI为TA偏移和CG偏移.使用最频繁的密码子均由AT组成,且多数不与tRNA反密码子严格配对.本文为对缢胸族昆虫线粒体基因组序列的首次报道,为将来开展缢胸族昆虫相关的分子系统发育研究初步提供了基础数据.除对大头隆胸长蝽本身的分析外,我们还联合了蝽次目毛点类中其它物种的同源序列,针对红蝽总科、缘蝽总科和长蝽总科间的系统发育关系进行了研究,结果表明了长蝽总科的单系性,与其亲缘关系最近的是缘蝽总科.     

基于18S rRNA基因部分序列探讨四种蛙类多盘科吸虫分类地位

分析了寄生于蛙类膀胱的4种多盘虫科Polystomatidae吸虫:石林双睾吸虫Diplorchis shilinensis、锯腿树蛙多盘吸虫Polystoma carvirostris和分别寄生于昭觉林蛙Rana chaochiaoensis、华西雨蛙Hyla a.annectans的2未定种的分类地位,并利用18S rRNA基因部分序列进行了系统发育重建.结果表明:4种多盘科吸虫为多盘虫属Polystoma和双睾虫属Diplorchis的4个分类单元,其中2未定种为多盘虫属未记录种;肠管、生殖系统、后吸器、大钩和生殖棘等为多盘虫属属内种定种的可靠性状.基于18S rRNA基因序列,4种多盘科吸虫呈现以下进化关系:1)寄生于昭觉林蛙和华西雨蛙的多盘虫属2未定种进入欧非混合进化支;2)锯腿树蛙多盘吸虫位于多盘虫属进化支的最基部;3)石林双睾吸虫进入澳洲进化支.     

中国黑斑蛙种群的线粒体DNA多样性和生物地理演化过程的初探

本文通过对黑斑蛙 8个地方种群 2 5 7个标本的线粒体基因组Cytb基因片段的序列分析 ,探讨了其种群遗传多样性的现代分布格局及其生物地理演化过程。对所检测出的 79个单倍型的分析表明 :黑斑蛙在我国分布区内中部地区的种群遗传多样性高于南北边缘种群。种群间基因流同地理隔离距离呈显著负相关 ,种群遗传分化符合距离隔离或脚踏石模型。线粒体单倍型以广西和四川种群的个体的遗传分化为最深 ,反映出西部山区的屏障隔离效应。单倍型歧点分布分析表明 ,约 10 3- 2 2 6万年前 ,即在末次间冰期 ,黑斑蛙在其分布范围内经历过一次大规模的种群扩张事件。单倍型的分布格局和共享情况显示黑斑蛙种群在冰期后的重新扩张过程主要表现为由南往北的递进式扩散形式。第四纪冰期气候的反复波动导致了黑斑蛙适宜生境在纬度方向上的平移 ,进而导致黑斑蛙种群随生境变化而进行扩张或收缩 ,使黑斑蛙种群的遗传多样性能始终保持在分布区中间高而南北两端低 ,并形成了现代的分布格局     

绿眼赛茧蜂线粒体基因组全序列测定和分析

【目的】测定绿眼赛茧蜂Zele chlorophthalmus线粒体基因组全序列,分析其基因组结构及茧蜂科(Braconidae)部分类群的系统发育关系。【方法】利用Illumina MiSeq二代测序技术对绿眼赛茧蜂的线粒体基因组进行测序,对基因组序列进行拼装、注释,分析其结构特点和碱基组成;基于22种茧蜂科昆虫的COX1蛋白编码基因序列,应用最大似然法(ML)和邻接法(NJ)构建系统发育树,分析绿眼赛茧蜂与茧蜂科其他昆虫的系统发育关系。【结果】绿眼赛茧蜂线粒体基因组全长16 661 bp(GenBank登录号: MG822749),包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因,共37个基因,以及1个控制区。线粒体基因组有明显的核苷酸组成的偏倚,AT偏正,GC偏负,其A+T含量为82.83%。基因排列顺序与推测的昆虫祖先的序列不完全一致,tRNA基因7处发生重排。13个蛋白质编码基因均以ATN为起始密码子,以TAA为终止密码子。在22个tRNA基因二级结构中,除tRNA^His(H)缺失TΨC环和tRNA^Cys(C)仅剩二氢尿嘧啶(DHU)臂和反密码子臂外,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。基于COX1蛋白编码序列的系统发育分析结果显示,与绿眼赛茧蜂亲缘关系最近的是同属于赛茧蜂属的雪跗赛茧蜂Z. niveitarsis。【结论】本研究首次获得绿眼赛茧蜂线粒体基因组全序列。结果表明绿眼赛茧蜂隶属于优茧蜂亚科(Euphorinae)赛茧蜂属,并支持赛茧蜂属的单系性。     

斐豹蛱蝶线粒体基因组全序列的测定和分析(英文)

该研究对斐豹蛱蝶(Argyreus hyperbius)(鳞翅目:蛱蝶科)线粒体基因组全序列进行了测定和初步分析。结果表明:斐豹蛱蝶线粒体基因全序列全长为15156bp,包含13个蛋白质编码基因、22个tRNA和2个rRNA基因以及1个非编码的A+T富集区,基因排列顺序与其它鳞翅目种类一致;线粒体全序列核苷酸组成和密码子使用显示出明显的A+T偏好(80.8%)和轻微的AT偏移(AT skew,?0.019)。基因组中共存在11个2～52bp不等的基因间隔区,总长96bp;以及14个1～8bp不等的基因重叠区,总长34bp。除COI以CGA作为起始密码子外,13个蛋白质编码基因中的其余12个基因是以ATN作为起始密码子。除COI和COII基因是以单独的一个T为终止密码子,其余11个蛋白质编码基因都是以TAA结尾的。除了缺少DHU臂的tRNASer(AGN),其余的tRNA基因都显示典型的三叶草结构。tRNA(AGN)和ND1之间的基因间隔区包含一个ATACTAA结构域,这个结构域在鳞翅目中是保守的。A+T富集区没有较大的多拷贝重复序列,但是包含一些微小重复结构:ATAGA结构域下游的20bp poly-T结构,ATTTA结构域后的(AT)9重复,以及位于tRNAMet上游的5bp poly-A结构等。这项研究所揭示的斐豹蛱蝶的线粒体基因组特征,不仅为认识蛱蝶科的遗传多样性贡献数据,而且对于该物种的保护生物学、群体遗传学、谱系地理及演化研究等具有重要意义。     

变灰青霉线粒体基因组特征及系统发育分析

本研究对一株分离自细虫草上的变灰青霉SFY00C3菌株线粒体基因组进行测定,分析其组成特征,并探究其与青霉属真菌的系统发育关系。结果表明,SFY00C3的线粒体基因组是一条长度为28 301 bp的环状DNA分子,共编码42个基因(15个蛋白编码基因、2个rRNA基因和25个tRNA基因),其碱基组成有显著的A-T偏好性,25个tRNA基因均可形成典型三叶草结构,并存在32处G-U错配。通过青霉属物种间共线性分析发现其线粒体基因组发生了基因重排;共有的14个蛋白编码基因的Ka/Ks值均小于1,表明受到了纯化选择压力的影响;系统发育分析表明：SFY00C3在青霉属中是一个独立的分支,应该是6种青霉祖先的姊妹。本研究丰富了变灰青霉的线粒体基因组序列信息,为青霉属的系统发育、资源保护及遗传多样性研究提供基础数据。     

林氏按蚊线粒体全基因组序列的测定及基于线粒体基因组的按蚊属系统发育分析(英文)

【目的】对林氏按蚊Anopheles lindesayi完整的线粒体基因组进行测序及分析,依据已知的线粒体基因组构建并讨论按蚊属蚊虫的分子系统发育关系。【方法】对林氏按蚊线粒体基因组进行测序、注释,并对其基本特征和基本组成进行分析。基于串联的13个蛋白质编码基因的核苷酸序列和氨基酸序列,用ML法和贝叶斯法构建林氏按蚊和按蚊属其他32种蚊虫的系统发育树,据此探讨按蚊属蚊虫的系统发育关系和系统分类。【结果】林氏按蚊线粒体基因组全长为15 366 bp,包含13个蛋白质编码基因,22个tRNA基因,2个rRNA基因和一段控制区。林氏按蚊线粒体基因组呈现明显的AT偏斜和GC偏斜,AT偏斜为正,GC偏斜为负。除了COX1使用TCG和ND5使用GTG作为起始密码子以外,其他蛋白质编码基因的起始密码子均遵循ATN原则;终止密码子为TAA或者T。除了tRNA^Ser(AGN)以外,其他的tRNA基因均呈现典型的三叶草二级结构。控制区AT含量最高,为94.54%。滑窗分析显示蛋白质编码基因是用于构建亚属或属水平系统发育关系的最佳分子标记。系统发育树强烈支持塞蚊亚属Cellia、按蚊亚属Anopheles、徕蚊亚属Nyssorhynchus和柯特蚊亚属Kerteszia均为单系群。小五斑按蚊An. atroparvus和四斑按蚊An. quadrimaculatus A这两个种聚到一起,从传统的形态分类上讲,它们和林氏按蚊均属于按蚊亚属按蚊系蚊虫。但本研究构建的4个系统发育树均显示,(小五斑按蚊An. atroparvus+四斑按蚊An. quadrimaculatus A)和林氏按蚊被属于迈蚊系的中华按蚊分开,这为两个系的分类提供了新的论点。【结论】本研究获得了林氏按蚊的完整的线粒体基因组,探析了按蚊属的线粒体基因组特征和系统发育关系,为进一步研究蚊科线粒体基因组和系统发育关系提供了依据。     

绿环缘蝽(昆虫纲,半翅目,缘蝽科)线粒体基因组分析(英文)

本研究测定了昆虫纲半翅几姬缘蝽科Rhopalidae绿环缘蝽Stictopleurussubviridis Hsiao的完整线粒体基凶组.为异翅亚目蝽次目Penmtomomorha中的首例研究.该线粒体基因组为全长15 139 bp的双链环状DNA分子,含有后生动物线粒体基凶组中典型的37个基因,AT含量为75.7%.各基因的排列方式与六足动物假想祖先相同.该线粒体基因组结构紧凑,有基因重叠现象.在tRNA-Ⅱe与tRNA-GLn问发现一个罕见的79bp的非编码序列.tRNA-Ser的二级结构中DHU臂缺失,无法折叠成典型的三叶草结构.CO2和CO3终止密码子为T,其下游为同链编码的tRNA基因.基因组AT含量为75.7%,密码子使用频率也反映出AT偏好.两条链上蛋白质编码基凶的CG-skew趋势相反,密码子使用频率也反映出两链不同的CG偏好.蛋白编码序列并不总是使用与tRNA的反密码子相对应的密码子,密码子的使用并不随机.使用频率最高密码子为NNA,使用频率最低的密码子为NNG.与臭虫次目Cimicomomorpha中的锥猎蝽Triaatoma dimidiata线粒体基因组比较分析表明,ATP8为进化最快的蛋白质,CO1最慢,但tRNA和rRNA基因的进化速率比蛋白质基因低.     

蛙多盘吸虫精子发生的超微结构

利用透射电镜研究滇蛙多盘吸虫的精子发生.它属于典型的寄生扁形动物 Cercomeridea 类型.本吸虫的特点是精子形成的早期,两根鞭毛轴丝相互垂直成90°,中央间体由三根条带组成,不等长,中央带长于侧带;线粒体在融合前未观察到围核现象.文中分析比较了多盘科内不同亚科精子发生的特点.     

中国树花线粒体基因组特征及系统发育分析

中国树花是广布于北半球的一种地衣,具有抗病毒、抗菌、抗氧化、抗肿瘤、抗炎和治疗糖尿病等生物活性。本研究首次对中国树花Ramalina sinensis的线粒体基因组进行测序、组装和注释,结果表明其线粒体基因组是一个长度为38 265 bp的环状分子,共编码42个基因(15个蛋白质编码基因(PCGs)、2个rRNA基因和25个tRNA基因),碱基组成具有明显AT偏好性,其中24个tRNA被成功预测为典型三叶草结构。密码子偏好性分析显示该线粒体基因组对A/U结尾的密码子具有明显偏好性。树花科地衣共线性分析没有发现大面积的基因重排现象。与间枝树花R. intermedia的线粒体基因组比较分析显示这2个物种有着较为亲密的适应性进化关系。15个PCGs的Ka/Ks值各不相同,说明这些基因正在接受不同的选择压力。系统发育分析表明中国树花与间枝树花的亲缘关系很紧密。本研究为树花属的资源保护、系统进化以及遗传多样性研究提供基础数据。     

小长蝽线粒体基因组全序列测定与长蝽总科系统发育分析

为了解小长蝽Nysius ericae（Schilling）线粒体基因组结构及长蝽总科的分子系统发育关系。本试验采用Illumina MiSeq测序平台对小长蝽线粒体基因进行测序,对基因组序列进行拼装、注释和特征分析,利用最大似然法和贝叶斯法构建基于12种长蝽总科昆虫线粒体全基因组核苷酸序列的系统发育树。小长蝽线粒体基因组全长为16 330 bp（GenBank登录号：MW465654）,基因组包括13个蛋白编码基因（PCGs）,22个tRNA基因,2个rRNA基因和1段非编码控制区。11个蛋白质编码基因的起始密码子为典型的ATN;cox1,nad4l的起始密码子为TTG。cob的终止密码子为TAG,其余蛋白编码基因的终止密码子为TAA。只有trnS1缺少DHU臂,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。12种长蝽总科昆虫线粒体全基因组序列构建的昆虫系统发育树结果显示,小长蝽与Nysius plebeius具有更近的亲缘关系,且与传统形态学分类基本一致。小长蝽线粒体基因组符合长蝽总科线粒体基因组的一般特征。结果表明小长蝽与N. plebeius的亲缘关系更近。     

滇蛙多盘吸虫精子发生的超微结构

利用透射电镜研究滇蛙多盘吸虫的精子发生。它属于典型的寄生扁形动物Ｃｅｒｃｏｍｅｒｉｄｅａ类型。本吸虫的特点是精子形成的早期,两根鞭毛轴丝相互生趣成９０℃,中央间体由三根带条带组成,不等长,中央带长于侧带;线粒体在融合前未观察到围核现象。     

眼镜王蛇线粒体基因组全序列分析

参照近缘物种线粒体基因序列共设计和合成了8对引物, 结合Ex Taq-PCR、TA克隆和步移测序技术, 文章首次获得眼镜王蛇线粒体基因组全序列(GenBank登录号: EU_921899)。该基因组全长17 267 bp, 共编码13个蛋白、2个rRNA、23个tRNA-- 其中tRNA-Ile基因发生了复制, 属于一种新的蛇类物种线粒体基因排列模式, 另外还含有2个非编码的富含AT的控制区。除了8个tRNA基因和1个蛋白基因由L链编码外, 其余均由H链编码, 其中H链编码基因的A和T含量接近, 而L链上A的含量则明显高于T。基于21种蛇合并的“12S＋16S”rRNA基因序列的系统发育分析表明, 眼镜王蛇属与眼镜蛇属亲缘关系较近, 两者与环蛇属共同构成一个单系群。作为国内外眼镜王蛇线粒体基因组全序列的首次报道, 上述结果对于蛇类物种分子系统发育和进化研究具有重要意义。     

印度谷螟线粒体基因组测定及螟蛾总科系统发育分析

线粒体基因组广泛应用于昆虫系统进化、种群遗传学及谱系地理学等众多研究领域.印度谷螟(Plodia interpunctella)属鳞翅目螟蛾科,是世界性重要仓储害虫.为了深入了解螟蛾总科昆虫的系统进化关系,本研究测定并分析了印度谷螟的全线粒体基因组.印度谷螟线粒体基因组全长15264 bp,包括13个蛋白编码基因、22个转运RNA基因、2个核糖体RNA基因和一个大的非编码区(线粒体控制区).比较线粒体基因组学分析表明,线粒体基因组的基因排序、碱基组成、密码子使用、控制区的序列结构以及转运RNA基因的二级结构,在已测的25种螟蛾总科昆虫中高度保守.线粒体蛋白编码基因的进化模式分析表明,13个基因的进化速率在螟蛾科和草螟科间存在明显差异.基于13个蛋白编码基因对螟蛾总科的9个亚科的系统发育分析显示,贝叶斯树和最大似然树均高度支持螟蛾科和草螟科为2个单系群.在螟蛾科中,斑螟亚科与丛螟亚科具有更近的亲缘关系.草螟科包括2个分支,一支由野螟亚科和斑野螟亚科构成,另一支包括草螟亚科、水螟亚科、苔螟亚科和禾螟亚科等4个亚科.     

太湖新银鱼m tDNA COII和Cytb基因的克隆与序列分析

设计了5对特异性引物,扩增、拼接并测定出太湖新银鱼线粒体tRNAAsp-COII-tRNALys和tRNAGlu-Cytb-tRNAThr两段基因序列片段。基因定位和序列分析发现,太湖新银鱼线粒体COII基因全序列长度为691 bp,序列AT含量为52.80%,编码230个氨基酸;线粒体Cytb基因序列全长为1141 bp,AT含量为48.90%,它编码380个氨基酸。分别位于线粒体COII和Cytb基因两翼的4个tRNA基因(tRNAAsp、tRNALys、tRNAGlu和tRNAThr)同时被测定出来。将太湖新银鱼与有明银鱼、小齿日本银鱼的同源序列进行比对分析,并基于线粒体COII Cytb基因合并数据的核苷酸和氨基酸两种序列形式,以黑斑蛙为外群,对10种鱼类进行分子系统树的构建,结果一致表明:小齿日本银鱼与有明银鱼的亲缘关系近于太湖新银鱼;鲱科与鲑科的亲缘关系近于银鱼科鱼类;此外在本研究硬骨鱼类的4个科中,白鲟科作为原始而古老的类群,是在系统进化的过程中首先分化出来的一支。