微生物非培养鉴定技术在临床标本检查中的应用研究

感染性疾病的病原学诊断仍以微生物的分离培养作为“金标准”,但能培养成功的仅为少数。绕过分离培养环节,以微生物rRNA／rDNA基因作为种属鉴别序列,设计通用引物（universal primer,up）,用PCR扩增标本中微生物的16SrRNA或16S～23SrRNA序列,通过毛细管电泳（CE）进行单链构象多态性（SSCP）和限制性片段长度多态性（RFLP）分析,筛选基因的点突变以达到快速鉴定微生物（到属和种）。用PCR—CE—SSCP和PCR—CE—RFLP分析系统检测了呼吸道、消化道、女性生殖道标本中感染的病原菌;用PCR-CE-SSCP系统检测了男性泌尿道溶脲脲原体两个生物群。建立PCR—CE—RFLP分析系统,用非培养法鉴定技术检测脓汁、肠道和泌尿生殖道标本,检测并鉴定了临床标本中的多种病原菌;对人体肠道菌群进行定性和定量分析,用该法可协助腹泻的病原学诊断;检测生殖道常见的致病菌;用PCR—CE—SSCP系统建立了检测溶脲脲原体两个生物群的方法。微生物的非培养鉴定技术比传统方法缩短20h,为临床感染症的诊断提供快速、准确的依据。结果可见,利用16S～23SrRNA间区基因PCR—CE—RFLP和PCR—CE—SSCP系统可以达到对临床常见病原菌的快速种属鉴定,比传统的细菌培养法具有快速、准确、灵敏的优点,可用于临床感染症的病原学诊断。微生物的非培养鉴定技术将替代培养法而成为病原学诊断新的金标准。     

荧光原位杂交技术在医学微生物学中的应用

以16S rRNA 为靶序列的寡核苷酸探针荧光原位杂交技术已广泛应用于分析复杂环境中的微生物群落构成,包括监测和鉴定病原微生物以及未被培养微生物．通过对临床样品中微生物细胞的检测能提供微生物在人体中的种类、数量和空间分布等信息．其结果快速准确,较之传统的病原微生物诊断方法具有明显的优越性,在临床应用中有广泛的前景．     

微生物测序分型系统——基于美国应用生物系统公司基因分析仪的MicroSeq微生物鉴定系统

当微生物危害人类健康时,需要依靠高效、快速、高精确性的微生物鉴定系统检测。为了获得可靠的结果,越来越多的制药公司、食品企业和公共卫生实验室、相关医院卫生系统依靠DNA测序法来进行微生物鉴定。DNA测序鉴定方法已经被证明比传统的生化分型和表型分型方法更加准确、快捷,尤其在其他方法分型失败时特别有价值。16SrRNA基因是伯杰方法（Bergey’Manual）细菌菌种分类的客观基础,也是DNA测序鉴定分型的基础。     

微生物测序分型系统——基于美国应用生物系统公司基因分析仪的MicroSeq(R)微生物鉴定系统

当微生物危害人类健康时,需要依靠高效、快速、高精确性的微生物鉴定系统检测.为了获得可靠的结果,越来越多的制药公司、食品企业和公共卫生实验室、相关医院卫生系统依靠DNA 测序法来进行微生物鉴定.     

基于核酸等温扩增的病原微生物微流控检测技术

病原微生物的快速检测对疫情的预防控制至关重要。基于PCR的病原微生物核酸检测方法克服了传统病原微生物培养方法耗时长、免疫学检测存在窗口期等问题,已成为目前最主要的病原微生物筛查方法。然而,对精确控温热循环仪的依赖却严重限制了其在资源匮乏地区的应用。虽然基于核酸等温扩增的病原微生物检测方法可摆脱对高精度温控设备的依赖,但仍需要进行样本核酸分离提取、扩增与检测等步骤。近年来,微流控技术与核酸等温扩增技术相结合,诞生了多种病原微生物等温扩增微流控检测技术。该技术通过设计芯片结构、优化进样模式及检测方式,实现了病原微生物核酸提取、扩增与检测一体化,并具备多重检测、定量检测等功能,具有对仪器依赖度小、对操作人员要求不高、样本量需求小和自动化程度高等优点,适合于在多种环境下的病原微生物快速检测。本文从核酸等温扩增原理、进样方式、检测方式等方面对核酸等温扩增病原微生物微流控检测技术进行了综述,以期为病原微生物的快速筛查提供更多的方案思路,提升公共卫生领域对传染性疾病的防控能力。     

重组酶介导扩增技术及其在病原微生物快速检测中的应用进展*

建立快速的病原学诊断方法对动物疫病的预防和控制、公共卫生安全等方面具有重要意义。重组酶介导扩增法(RAA)是一种新型恒温体外核酸扩增技术,在体外较低温度下就可以实现对DNA或RNA的快速扩增。RAA具有操作简便、快速、准确、节能、便捷等优点。重组酶、单链结合蛋白和DNA聚合酶是该技术的三大核心物质,利用这三种物质可替代传统PCR的热循环解链过程。该技术将会在病原微生物检测方面发挥重要作用。对RAA技术及其在病原检测方面的应用进行了综述,以期为相关领域的研究提供参考。     

水中病原微生物分子检测技术研究进展

基于PCR方法的多种分子检测技术已广泛的应用于水体病原微生物的检测中。而以DNA芯片为代表的微型化、快速化手段将是未来检测技术的发展方向,可实现对病原微生物实时和快速的检测。新检测技术的发展有利于建立水体污染早期预警机制,同时,可靠的病原微生物检测方法可降低有害微生物对人类健康的影响。对水体病原微生物分子检测方法及其在水污染相关疾病风险控制中所扮演的重要角色进行阐述。     

FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用

目的建立并评价FTA-DNA直接提取法在病原真菌分子鉴定中的应用。方法采用whatman FTA-DNA直接提取法从25个不同种属的45株培养的菌株和6例临床标本中提取病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。配制不同浓度的孢子悬液探索该方法的检测限和安全性。结果 45株菌株扩增后均能得到1条清晰的DNA扩增片段,并成功测序。应用该方法亦成功从腹水、胸水、口腔拭子、宫颈拭子来源的临床标本中直接提取DNA并成功鉴定病原真菌。该DNA提取方法联合降落PCR能检测到1.0×103个cell/mL的孢子悬液,1.0×104个cell/mL及以下浓度的孢子悬液可以被FTA卡完全灭活。结论 FTA-DNA直接提取法可快速有效地从培养的菌株及部分临床标本中提取并保存病原真菌DNA,用于病原真菌的测序鉴定。     

PCR法对鸡卵黄中Coxiella burnetii菌的测定

[目的]通过用定量PCR加巢式PCR方法,提高了对Coxiella burnetii (C.b)CoMl基因的检出率;通过对鸡卵中病原微生物Coxiella burnetii的基因检测,明确鸡卵的食品安全性;并对明确Coxiella burnetii的流行病学有重要意义.[方法]提取鸡卵DNA,用定量PCR加巢式PCR方法检测上述基因,并对PCR产物进行测序分析,通过间接免疫荧光法观察鸡血白细胞中的微生物.[结果]用定量PCR加巢式PCR方法可检出4个以上的Coxiella burnetii Coml基因,用此方法可测出鸡卵中Coxiella burnetii Coml基因达104-106个,阳性率为5％-22％;对阳性鸡卵Coml基因PCR产物的测序结果显示有变异菌株的存在;免疫荧光法可见鸡卵中含有该微生物.[结论]由此认为鸡卵中存在病原微生物Coxiella burnetii,可能是Q热传染源.     

浅析分子生物学技术在临床常见病原微生物快速检测中的应用

目的:分析与探讨分子生物学技术在常见病原微生物的快速检测中的应用与作用。方法:将2014年10月至2015年10月期间,我院在临床常见病原微生物的快速检测中所应用的分子生物学技术作为本篇论文的分析对象,回顾性分析相关资料。结果:我院所应用的分子生物学技术主要有三种,即聚合酶链反应(PCR)技术、基因(DNA)芯片技术以及生物传感器技术,上述三种新兴的分子生物学技术都具有自身独特的优点,均可以为临床常见病原微生物的快速检测提供一定的便利条件。结论:在临床常见病原微生物的快速检测中,分子生物学技术发挥着非常大的作用,合理、有效地应用分子生物学技术,具有重要的意义。     

24株产不同抗生素的放线菌质粒的分离和鉴定

分离鉴定了中国微生物菌种保藏管理委员会保藏的24株产不同抗生素的放线菌的质粒。按改进的Kado和Liu快速法提取质粒DNA,经电泳、电镜的检测,在24株检测菌中的7株菌里分离出10个质粒,携带质粒的菌株约占检测菌株的29％。质粒DNA的分子量约为1.8—61.6 kb。通过消除质粒试验和致死接合(Ltz)反应,研究了质粒和抗生素产生的关系。     

环介导等温扩增技术在病原微生物快速诊断中的应用

近年来出现的环介导等温扩增技术(LAMP)在等温条件下即可对目的基因高效扩增。因为操作简便、反应快速、特异性好、灵敏性高,尤其是因添加荧光染料而通过肉眼观察就能轻松判断扩增反应是否发生,该法已被广泛应用于细菌、病毒、真菌、寄生虫等病原微生物的检测研究。我们主要对LAMP技术的原理、优缺点,及其在病原微生物快速诊断中的应用做简要综述。     

真菌感染的实验室诊断研究进展

随着易感人群逐渐增多,对临床真菌感染标本的快速检测及真菌培养的分离鉴定日益重要。所幸目前有新的检测方法用来辅助早期诊断及指导经验性的抗真菌治疗。主要的进展集中在对标本的真菌抗原直接检测方面(如半乳甘露聚糖和β-葡聚糖);假丝酵母产色培养基等快速培养鉴定法;微生物生化自动分析系统(VITEK2)和显微扫描(MicroScan)等生化自动检测平板;多肽核苷酸原位杂交,特异性的大范围聚合酶链反应(PCR)检测以及针对临床标本或培养阳性标本直接DNA测序技术。     

几种分子生物学方法在菌种鉴定中的应用

REP-PCR指纹法、PCR-RFLP分析法、16S rDNA序列分析法在生物多样性研究、菌种鉴定、及微生物资源的开发应用中得到了广泛的应用,但最高分辩能力及适用性各不相同。该文采用上述方法对从厦门温泉分离刊的嗜热菌进行了鉴定分析,并对GeneBank数据库中的同源性较近的细菌16S rDNA序列进行比较,结果发现：在这三种鉴定方法中,REP-PCR法最简单,分辨能力最强,可鉴别16S rDNA序列同源性大于99.5％甚至完全相同的不同菌株;16S rDNA分析能快速准确地对微生物进行分类鉴定,它在分类学中的核心地位不可替代,但当16S rDNA序列同源性大干99.5％时难以获得准确的鉴定结果;PCR-RFLP法分辨力弱,可用于种到属水平的研究,16S rDNA序列相似性在96％以上,酶切图谱就难以区分了,但在不经过微生物分离培养的原位微生物多样性的研究中仍具有重要的作用。     

单克隆抗体在植物病理学中的应用及其研究进展

植物病理学家的特殊任务包括植物病害的诊断、病原物的鉴定和检测、病原物的特性研究以及寄主-病原物相互关系的研究。植物病理学家的根本目的在于保持植物健康,也就是防治病害。病害的准确诊断无疑是防治的前提条件。病原物被鉴定得越快速、越准确,就越能快速地实施正确的防治。病害诊断和病原检测的常规方法主要包括病害的症状学、显微镜技术、微生物学技术、生物鉴定技术和血清学技术。免疫化学技术对病害的快速准确的常规诊断极其有用,对植物病原的鉴定和定量分     

DNA环介导的恒温扩增法在快速鉴定病原微生物中的应用

DNA环介导的恒温扩增(LAMP)反应,是分子生物学领域中的一个新概念,它可以在恒温(60～65℃)条件下,30～60 min内将只有几个拷贝的靶核酸扩增到109水平。该方法的一大特色是,可以通过反应副产物——白色焦磷酸镁沉淀的产生与否判断靶基因的存在。因此,对于病原微生物的鉴定具有高效率、高特异性、高敏感性等特点。LAMP方法在食品安全检测、流行性病毒检测、临床诊断,以及水产养殖等领域的应用及研究已有文献报道。表明,该方法已具有成功应用的现实性,为快速基因检测提供了一种新的技术途径;比PCR方法更具推广性,可望作为常规检测工具。     

多重连接探针扩增技术在临床病原体检测中的应用

真菌等临床病原体的诊断、基因分型和耐药性检测对于临床诊治十分重要。多重连接探针扩增是一个可以同时定量检测多个基因序列的,简单、有效、快速的方法。其步骤包括待测DNA变性、半探针与待测DNA杂交,半探针的连接、PCR法扩增、凝胶电泳或者毛细管电泳鉴定扩增产物。MLPA已经在临床微生物诊断和研究中有了一定的应用,虽然尚处于起步阶段,但因其操作简便,反应快速,高通量,高敏感性和特异性的特点,拥有良好的应用前景。     

下生殖道病原微生物感染对孕妇妊娠结局的影响

目的了解本地区孕妇孕中期下生殖道病原微生物感染与不良妊娠结局的关系。方法真菌、滴虫、各种细菌、厌氧菌、支原体采用体外培养和生化反应的方法进行培养和鉴定,加德纳菌采用化学反应的方法检测唾液酸酶,沙眼衣原体采用金标法检测其抗原。结果有病原微生物感染所造成的不良妊娠结局明显高于无感染者（P〈0．01、P〈0．05）,其中多种病原微生物感染所造成的危害大于单一病原微生物感染。结论孕妇孕中期病原微生物感染会增加不良妊娠结局的发生率。     

PCR法快速鉴定眼源性蜡样芽胞杆菌

目的建立一种快速、灵敏、特异的眼源性蜡样芽胞杆菌PCR检测方法,为蜡样芽胞杆菌性眼内炎患者的快速诊断提供依据。方法选择编码蜡样芽胞杆菌细胞毒素的cytK为靶基因设计引物,建立检测眼源性蜡样芽胞杆菌PCR;PCR产物用琼脂糖凝胶电泳鉴定,基因序列与GenBank比对验证扩增产物;将计数过的5株蜡样芽胞杆菌菌悬液,梯度稀释后分别提取DNA进行PCR扩增,确定检测方法的灵敏度;分别用眼部常见感染菌金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、甲型溶血性链球菌、化脓性链球菌、藤黄微球菌、铜绿假单胞菌、大肠埃希菌、普通变形杆菌和白假丝酵母菌以及枯草芽胞杆菌DNA进行特异性试验;进一步将该方法应用到人工污染致病蜡样芽胞杆菌的房水标本中,并分析其灵敏度。结果5株分离自眼内炎患者标本中的蜡样芽胞杆菌均扩增出360bp左右的DNA片段,测序结果与GenBank比对一致;该法检测在5h内完成,方法灵敏度达7．5～15．0CFU／mL;其他菌株检测未出现非特异性扩增;对模拟感染房水标本的PCR鉴定结果与分离培养对比,二者符合率为100％,模拟标本的检测灵敏度与纯菌结果一致。结论cytK基因为靶基因的PCR用于眼源性蜡样芽胞杆菌的快速检测,具有简便、快速、敏感、特异等特点,为眼内炎患者的快速诊断提供依据,在实际检验工作中有良好的应用前景。     

应用xMAP液态芯片多重快速检测四种病原微生物的研究

目的：建立一种多重、快速、特异性好、灵敏度高的病原微生物检测方法。方法：根据GenBank数据库中的小肠结肠炎耶尔森氏菌、单核细胞增生性李斯特菌、产气荚膜梭菌、鼠疫耶尔森氏菌基因序列,分别针对ail、hly、cpe、3a基因设计4对引物和4条探针。通过重叠PCR扩增各目的基因并构建重组质粒,以该重组质粒DNA为模板,通过多重PCR同时扩增上述4个基因,建立xMAP液态芯片检测技术,在此基础上对标准菌株基因组DNA进行检测并验证该方法的特异性和敏感性。结果：xMAP液态芯片对质粒DNA和标准菌株基因组DNA的检测结果与多重PCR结果一致。该方法能在3.5 h内同时完成对4种病原菌的检测,特异性好,且敏感性要高于PCR方法,灵敏度最高可达200CFU/ml。结论：xMAP液态芯片技术是病原微生物的多重快速检测的新方法,具有很好的应用价值和前景。