逆转录-聚合酶螺旋反应检测结核分枝杆菌的应用

目的:建立并应用逆转录-聚合酶螺旋反应(RT-PSR)快速检测结核分枝杆菌(MTB)。方法:针对结核分枝杆菌16S rRNA基因设计特异性引物,通过反应条件的优化初步建立结核分枝杆菌的RT-PSR扩增方法;随后,用2株结核分枝杆菌和11株其他致病菌进行RT-PSR、RT-LAMP和荧光定量PCR法的特异性与敏感性试验;利用RT-PSR法、罗氏培养法、RT-LAMP法和荧光定量PCR法对83名结核病患者的痰液标本进行诊断对比。结果:成功建立并优化了MTB的RT-PSR检测方法,与RT-LAMP法相比,两者特异性均为100%;RT-PSR法的检测灵敏性为1 CFU/mL,为荧光定量PCR法的10倍,且检测下限可达0.1 pg/μL;临床患者痰液样本检测结果表明,与罗氏培养法相比,RT-PSR法和RT-LAMP法的阳性率分别为98.80%(P0.05)和96.39%(P0.05),差异均具有统计学意义。结论:与传统检测法相比,RT-PSR法对于诊断临床样本中的MTB具有良好的特异性和敏感性,适合基层医疗单位防治MTB的推广和应用。     

应用PCR扩增对分枝杆菌分类鉴定及标本检测的研究

用对结核分枝杆菌特异性很强的引物 b对 2 1种分枝杆菌和 13种非分枝杆菌进行 PCR扩增 ,并对扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳。结果表明 :受试菌种用引物 b在退火温度 6 1℃时 ,扩增的敏感性为 50 fg,且只能扩出结核分枝杆菌、胃分枝杆菌 ,且他们扩增片段的分子量也不相同。可见 ,用引物 b,必要时辅以引物a,对分枝杆菌 16 S～ 2 3S r DNA间隔区序列进行扩增 ,可以快速有效地鉴定分枝杆菌临床分离株 ,是分枝杆菌鉴定的一种新方法。     

应用多重PCR方法检测石蜡包埋组织标本中的分枝杆菌DNA

应用多重PCR方法检测并鉴别石蜡包埋组织中的结核分枝杆菌复合体与非结核分枝杆菌DNA扩增片段类型 ,为结核分枝杆菌复合体感染与非结核分枝杆菌感染的病理学诊断提供一种补充的鉴别诊断方法。应用三对具有特异性的寡核苷酸引物 ,进行多重PCR扩增。这三对引物分别对应于分枝杆菌 6 5kD表面抗原、结核分枝杆菌插入序列IS6 1 1 0及人类β 珠蛋白基因的部分序列 ,其扩增产物分别为 3 83bp、1 2 3bp和 2 6 8bp。此种多重PCR方法检测的灵敏度为 0 6pg。经多重PCR扩增后进行凝胶电泳 ,结核分枝杆菌复合体 (结核分枝杆菌、牛型结核分枝杆菌、BCG)均可见 3 83bp、1 2 3bp片段 ,而非结核分枝杆菌 (鸟、龟、瘰疬、蟾蜍、堪萨斯、胞内、耻垢分枝杆菌 )仅见 3 83bp片段 (猿猴分枝杆菌与结核分枝杆菌复合体相同 )。与上述相比 ,分枝杆菌感染的临床标本分别增加了一条 2 6 8bp片段。对 2 0 9例临床初步诊断为淋巴结结核病人的石蜡包埋组织标本进行了多重PCR检测 ,1 93例病理诊断为淋巴结结核、结核性肉芽组织、结核性肉芽肿性炎症病人的标本 ,检测结果符合结核分枝杆菌复合体感…     

不同牛分枝杆菌特异性基因PCR方法的比较

【背景】牛结核病是我国二类动物疫病,世界动物卫生组织将其列为法定报告的动物疫病。牛主要通过患病牛呼吸道分泌物和咳嗽所产生的气溶胶感染;人则主要通过食用未经高温处理的病牛的肉或奶感染。因此,经过病原学PCR检测对疑似患病牛牛奶或屠宰组织样品进行快速检验确诊,能够最大限度地减少奶牛养殖中乳品生产业的经济损失。【目的】研究并确定适宜的牛分枝杆菌PCR扩增引物及参数,为临床快速准确诊断牛结核病提供参考。【方法】对已报道的5对PCR引物,运用降落(touch down) PCR法确定适宜退火温度(Tm);运用梯度稀释的牛分枝杆菌C68001株(国内牛结核菌素生产用菌株)基因组DNA以及不同菌液含量的人工模拟临床样本(淋巴结、肺脏和牛奶),确定不同引物PCR方法的敏感性;同时以6种常见牛感染菌(牛种布鲁氏菌2308、羊种布鲁氏菌Rev.1、牛分枝杆菌C68001和AN5、禽分枝杆菌C68202、副结核分枝杆菌C68681和胞内分枝杆菌C68226)核酸样本,确定不同引物PCR方法的特异性。【结果】所有引物在53-63℃均含有目的条带,确定引物的最佳退火温度是60℃。在细菌核酸敏感性检验中,1号和3号引物的检测敏感性最高,达10-10 ng/μL;其次是2号和5号,达10-5 ng/μL。对于人工模拟感染样本,1号、3号和4号引物在淋巴结和肺脏中检测敏感性最高,其次是2号;而2号、3号、4号和5号引物对奶样检测敏感性最高。对于特异性检验,2号和5号引物特异性较好,可检测到明显的牛分枝杆菌特异性条带,对通常不引起牛结核病而只干扰免疫学诊断的禽分枝杆菌检测条带较微弱,而布鲁氏菌、副结核分枝杆菌和胞内分枝杆菌均无检测条带。【结论】2号引物及其反应参数的PCR方法敏感性、特异性良好,适合用于牛结核病的快速准确诊断。     

CO1在侧耳属物种快速鉴定中的应用

以侧耳属Pleurotus15个种的15个菌株为材料,根据GenBank上侧耳属细胞色素c氧化酶亚基Ⅰ基因（cytochrome c oxidase subunit 1 gene,CO1）序列信息,设计引物CO332F、CO332R,进行第一轮PCR扩增,结果显示所有菌株都能得到单一条带,根据条带大小,15个菌株可分为4组。随后针对每个种设计特异性引物,进行第二轮PCR扩增,结果显示每个菌株只有在自己特异的引物中出现目的条带。通过两轮扩增,根据扩增条带的大小和有无,即可对15个种进行快速鉴定。     

热带小奥德蘑的序列特异性扩增标记开发

[目的]为了快速、准确地对热带小奥德蘑JZB2115055进行鉴定和保护,该研究开发了该菌的序列特异性扩增(SCAR)标记。[方法]采用26个ISSR引物对19个小奥德蘑属菌株进行PCR扩增,以引物P826扩增时,JZB2115055在700 bp～1 000 bp之间出现了一条特异条带,获得此条带的DNA序列并设计特异性引物对P826-1-2XF/R。[结果]以19个小奥德蘑DNA为模板,P826-1-2XF/R为引物在JZB2115055中能够特异性地扩增出2条条带,长度分别为431 bp、537 bp;该引物在2～19号菌株中扩增不出目的条带或者扩增条带在2 000～5 000 bp之间。[结论]开发了热带小奥德蘑JZB2115055的SCAR标记,能够在该菌中特异性地扩增出431 bp和537 bp大小的条带,而其他18株菌株不能扩增出特异条带,此标记能够快速、准确地进行该菌的鉴定和保护。     

油茶白绢病原菌齐整小核菌分子检测的研究

目的：设计特异性引物建立油茶白绢病齐整小核菌的快速分子检测体系。方法：扩增齐整小核菌核糖体DNA ITS区并测定其序列,比较该序列与GenBank中近似种的ITS序列差异,设计了特异性引物BF1和BR2。结果：该引物可以从齐整小核菌中扩增得到约540bp特异性条带,而扩增其它近似或相关菌株时没有相应的特异性条带。在25μL PCR反应体系中,引物BF1和BR2检测灵敏度为1pg浓度DNA。结论：利用设计的BF1和BR2特异性引物结合PCR方法可快速的扩增出齐整小核菌DNA,检测灵敏度为1pg.但在生产实践中诊断油茶白绢病发病前组织中的齐整小核菌还需要进一步研究。     

鸡毒支原体强毒株与F疫苗株双重PCR检测方法的建立

目的建立能同时检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR技术。方法根据鸡毒支原体(MG)R株的PvpA基因序列和F疫苗株假定的α磷酸海藻糖酶基因序列,设计2对引物R1、R2和F1、F2,在单一PCR的基础上,建立检测MG强毒株和F疫苗株的双重PCR方法,并运用该双重PCR方法对临床样品进行检测。结果在330 bp和444 bp处分别出现预期的特异性DNA扩增条带,敏感性试验显示该体系能检测出0.45 ng的MG R株DNA和0.25 ng的MG F疫苗株DNA。临床样品MG强毒株阳性检出率为79.69%,高于常规分离培养鉴定法。结论成功建立检测两种毒株的双重PCR技术,为根除鸡群中MG野毒株、建立无MG的阴性鸡群提供新的技术手段。     

食源性致病菌多重PCR快速检测方法建立与应用

利用PCR技术,建立多组多重食源性致病菌PCR快速检测方法。设计受试菌特异性引物,反应体系中加入多对引物和多种DNA模板,采用正交试验优化PCR反应条件,进行特异性引物的PCR扩增。建立了多组多重食源性致病菌PCR快速检测方法,方法中所检测受试菌株和模拟样品均出现特异性扩增条带,结果与实际相符。所建立多组多重PCR快速检测体系符合设计要求,可以应用于食源性突发公共卫生事件的应急检测和日常样品检测工作。     

基于虫菌双重PCR快速鉴别冬虫夏草

为了快速准确的鉴别冬虫夏草(Chinese cordyceps)及其混淆品,基于冬虫夏草虫体部分含有寄主昆虫和寄生菌基因组DNA,以寄主昆虫细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COⅠ)基因及冬虫夏草菌rDNA ITS区设计特异引物(CC-2F/CC-2R,DCF4/R4),通过对双重特异性聚合酶链式反应(PCR)进行优化,结果成功从冬虫夏草虫体部分扩增出220 bp和146 bp 2条特异性条带,而其混淆品无目标条带或部分条带缺失。不同模板稀释倍数考察结果表明该方法灵敏度较高,对冬虫夏草样品检测具有稳定的特异性,且能够快速鉴别冬虫夏草真伪,为冬虫夏草产品质量评价的提升提供了支持。     

细胞质雄性不育花椰菜保持系特异分子标记的鉴定及序列分析

以花椰菜细胞质雄性不育系NK-6和相应保持系NK-6B为材料进行RAPD分析,筛选了406条RAPD引物,共获得了2160条清晰可辨的条带,平均每个引物产生5-10条。其中引物S2121在两系的扩增中表现出多态性,在保持系中特异扩增出一条934bp的片段。克隆、测序,根据测序结果设计特异性引物,将RAPD标记转化成特异PCR标记,命名为S2121900。经Southern点杂交分析及对单株和多份候选材料的检测证实该标记为花椰菜保持系所特有,可用于候选保持系的早期筛查。序列分析表明该片段与油菜、拟南芥线粒体上的序列有较高相似性,因此推测该片段亦可能来源于线粒体基因组。本研究为从另一角度解释花椰菜细胞质雄性不育的分子机制提供了新线索。     

随机扩增多态性技术联合荧光定量高敏检测三种疱疹病毒方法的建立

目的:建立一种随机扩增多态性技术(RAPD)联合荧光定量聚合酶链式反应(q PCR)高敏定量检测单纯疱疹病毒(HSV)、人类巨细胞病毒(HCMV)、水痘带状疱疹病毒(VZV)的新方法。方法:根据文献筛选出数十条随机引物,分别对三种疱疹病毒进行随机扩增,产物经2%琼脂糖凝胶电泳,选取稳定清晰条带进行分离、纯化及克隆测序,应用blast-nr比对genebank现有病毒序列,选取高于99%匹配度的基因序列作为目的片段,并在其内部用primer3.0设计特异性内引物。经过引物筛选及条件优化后建立RAPD联合q PCR检测新方法,分别检测三种疱疹病毒。结果:经过筛选,确定了HSV、HCMV、VZV扩增灵敏性及特异性最好一组引物,建立的RAPD-q PCR可分别检测出1:10~6 HSV、1:10~5 HCMV和1:10~5 VZVDNA,而单一q PCR仅能检测1:10~3 HSV、1:10~2HCMV和1:103 VZVDNA。RAPD-q PCR相比于单一q PCR灵敏性提高100-1000倍,RAPD-q PCR扩增大于1:10~5病毒DNA得到的CT值均小于22.96±0.81,与10~2 copies/μL的标准线相距远,易于区分阴性和阳性。此外,用乙型肝炎病毒及疱疹病毒互为对照未见非特异扩增,特异性好。结论:随机扩增多态性技术联合荧光定量是一种检测三种病毒高度灵敏及特异的检测方法。     

Search for retroviral related DNA polymorphisms using RAPD PCR in schizophrenia

Random amplification of polymorphic DNA (RAPD) is widely used to detect polymorphisms in many organisms. Individual (or strain) specific amplified bands are generated with single or pairs of primers in PCR reactions and can serve as genetic markers. We have used this method to generate a large number of reproducible bands with single primers, random and retroviral related, on 92 human DNA samples. Theoretically, RAPD PCR presents a logical approach for assessing variability among individuals. We used ten retroviral related primers (12, 20 and 22 bp) and eight random primers (10 bp) to assess individual differences in the context of testing the retroviral hypothesis for schizophrenia. Three pairs of discordant monozygotic twins, four pairs of discordant full sibs and 53 schizophrenic individuals with 25 of their unrelated matched controls were analyzed. Ten of these primers resulted in a total of approx. 850 amplified bands (65-110 bands per primer). Almost all of these bands were identical among each individual analyzed. However, the results are inconclusive with respect to the retroviral hypothesis for schizophrenia. The general lack of RAPD polymorphism in this study may argue for mechanisms other than rearrangements such as inversions, associated with the evolution of the human genome.     

R-ISSR marker as a useful tool for detection of new genomic loci in <Emphasis Type="Italic">Arthrocnemum macrostachyum</Emphasis>

Arthrocnemum macrostachyum, is a perennial halophytic shrub typical of Mediterranean salt marshes. The present study aims to investigate some combinations of inter simple sequence repeat (ISSR) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) primers applied in real PCR. Thereby, the potential of R-ISSR markers to detect new genomic loci in 3 genotypes of A. macrostachyum grown in the Western coast of Syria was examined. Different combinations of RAPD and ISSR primers produced bands that were absent when single ISSR or RAPD primers were used. The results have demonstrated that ISSR primer (AG)₈TC gave more informative pattern when combined with different RAPD primers comparing to other tested primers. In contrast, the tested ISSR primer (GACA)₄ gave less informative pattern when used alone. These combinations were successfully applied in real PCR to detect new genomic variability in A. macrostachyum genotypes.     

随机引物在分子生物学研究中的应用

随机引物指非特异序列的寡聚核苷酸作为DNA合成过程中的引物, 是相对于特异引物的概念.90年代它与PCR技术结合衍生了几项新技术:采用不同长度随机引物进行DNA指纹分析而衍生出的RAPD、AP-PCR及DAF方法; 进行mRNA多态分析的“差异显示”; 以及rPCR, T-PCR等技术. 以RAPD为例介绍了随机引物PCR的技术特点及其在分子生物学研究中的应用.     

满天星试管苗与其玻璃化苗的RAPD指纹图谱分析

采用分离群体分组分析法(BSA),用100个随机引物对满天星的正常苗和玻璃化苗进行RAPD分析的结果表明,7个随机引物扩增出多态性差异条带。再用上述7个引物分别对试管苗及其玻璃化苗个体进行DNA的PCR扩增的结果显示,引物J20在2种苗中出现差异条带。     

Development of reliable PCR-based markers linked to downy mildew resistance genes in lettuce

Summary Sequence characterized amplified regions (SCARs) were derived from eight random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers linked to disease resistance genes in lettuce. SCARs are PCR-based markers that represent single, genetically defined loci that are identified by PCR amplification of genomic DNA with pairs of specific oligonucleotide primers; they may contain high-copy, dispersed genomic sequences within the amplified region. Amplified RAPD products were cloned and sequenced. The sequence was used to design 24-mer oligonucleotide primers for each end. All pairs of SCAR primers resulted in the amplification of single major bands the same size as the RAPD fragment cloned. Polymorphism was either retained as the presence or absence of amplification of the band or appeared as length polymorphisms that converted dominant RAPD loci into codominant SCAR markers. This study provided information on the molecular basis of RAPD markers. The amplified fragment contained no obvious repeated sequences beyond the primer sequence. Five out of eight pairs of SCAR primers amplified an alternate allele from both parents of the mapping population; therefore, the original RAPD polymorphism was likely due to mismatch at the primer sites.     

Sexing birds using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers

We used random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers to sex birds from small tissue (usually blood) samples. Arbitrarily chosen 10-mer PCR primers were screened with DNA from known-sex individuals for the production of a bright female-specific band. Suitable primers were found for seven bird species after screening about 30 primers (range 2–63), and no primer was found for three other species after screening about 50 primers for each species. Investigations into the reliability of RAPD markers for sexing great tits Parus major and oystercatchers Haematopus ostralegus show that: (i) when PCR reaction conditions for great tit DNA are varied, either the presence of the female-specific band correctly predicts the individual's sex or no DNA amplification occurs; (ii) the female-specific band in great tits can be sequenced, and subsequently amplified using specific PCR primers; (iii) null alleles of the female-specific fragment occur at an estimated frequency of 0% ( n = 241 females) in great tits and 0.6% ( n > 290 females) in oystercatchers; (iv) the female-specific fragment in great tits occurs in individuals from a wide geographical range encompassing two subspecies; and (v) the relative intensity of bands in great tit RAPD banding profiles is consistent across individual birds and scorers. The RAPD primers that we have identified are generally species specific, and the consequent time cost of screening for primers is the chief disadvantage of using RAPD markers to sex birds. However, with large sample sizes this disadvantage is outweighed by the relative technical simplicity and low cost of the technique.     

与苹果Co基因紧密连锁的RAPD标记的筛选及其SCAR标记转换

以短枝富士(Spur Fuji)X舞姿(Telamon)的105株F1群体为试材,利用RAPD技术,结合集群分类分析法(BSA)进行了苹果柱型基因(Co)分子标记的研究。通过对300条随机引物的筛选,获得一个与Co基因紧密连锁的RAPD标记S1142682,连锁距离为2．86cM。对该标记片段进行序列测定,然后根据序列特点设计了4条特异引物(其中正向引物与反向引物各两条)。PCR结果显示,这4条引物的4种组合都可以扩增出柱型性状的特征带。选其中之一进行群体上的分析,结果表明该SCAR标记特征带与柱型性状的共分离行为与原RAPD标记表现一致。可见,此组合的引物可以作为该SCAR标记的特异引物。通过对S1142682标记片段序列分析发现,在 45～ 251区域含有一个可编码68个氨基酸残基的ORF。     

粘类小麦细胞质雄性不育系的RAPD分析

利用250条10-聚寡核苷酸随机引物对具粘果山羊草(Aegilops kotschyi)、易变山羊草(Ae.variabilis)、偏凸山羊草(Ae.ventricosa)和二角山羊草(Ae．bicornis)细胞质不育系及其保持系5-1的总DNA进行了RAPD多态性分析,其中31条引物对4种不育系及其保持系总DNA均无扩增,217条引物扩增条带完全相同。有2条随机引物在2种不育系之间有特异的扩增片段,其中引物S22在偏凸山羊草细胞质雄性不育系基因组DNA中扩增出分子量约为1600bp的特异带,引物S202在粘果山羊草细胞质雄性不育系基因组DNA中扩增出约1300bp特异带。线粒体基因组DNA的RAPD分析表明,4种不育系及其保持系mtDNA存在明显的差异。证明了S22—1600为偏凸山羊草细胞质不育系及其mtDNA基因组DNA的RAPD特异片段．S202—1300可能为粘果山羊草细胞质不育系及其ctDNA基因组DNA的RAPD特异片段。