基于蛋白组学的脓毒症补体凝血级联通路及标志物KLKB1研究

摘要 目的：通过蛋白质组学方法鉴定脓毒症关键通路及诊断标志物。方法：选取2019年1月至12月西南医科大学附属医院急诊科收治的56例脓毒症患者（脓毒症组）,另取同期50名健康体检志愿者（对照组）。采用随机抽样法分别选取两组中12名脓毒症患者和8名健康体检志愿者,利用非数据依赖模式（DIA）进行血清蛋白数据采集,将数据上传至iDEP在线平台分析脓毒症患者外周血中差异表达蛋白,进一步对这些差异蛋白进行生物信息学分析,包括主成分分析（PCA）、基因本体富集分析（GO）、通路富集分析和蛋白-蛋白相互作用网络（PPI）分析,进而筛选出脓毒症关键蛋白。采用酶联免疫吸附试验（ELISA）对脓毒症组、对照组进行关键蛋白表达验证分析。采用受试者工作特征（ROC）曲线分析关键蛋白对脓毒症的诊断效能。结果：蛋白质组学分析共鉴定出690个蛋白,筛选出171个差异表达蛋白（DEPs）,其中39个蛋白显著下调,132个蛋白显著上调。DEPs富集的核心通路为补体和凝血级联通路。该条通路中的血清激肽释放酶 1（KLKB1）在脓毒症组的表达水平为（121.80±55.63 ng/mL）,显著高于对照组的（68.30±57.11 ng/mL）,差异具有统计学意义（t=4.881,P=0.000）。根据ELISA结果进行脓毒症诊断ROC曲线分析得出,KLKB1蛋白诊断脓毒症的 AUC（95%CI）为0.759（0.594～0.923）。结论：补体和凝血级联通路为脓毒症免疫途径的重要通路,KLKB1具有较好的脓毒症诊断特性,可能是脓毒症潜在的诊断生物标志物。     

不同微生物大鼠腹腔注射模型尿液蛋白组学的比较

不同的微生物都可以引起腹腔感染,文中尝试利用尿液来区分不同的微生物感染。通过在大鼠腹腔内分别注射大肠杆菌、金黄色葡萄球菌和白色念球菌建立3种模型,收集感染后0、12、36、72 h的尿液,并使用液相色谱串联质谱技术 (LC-MS/MS) 对尿蛋白进行分析。与感染前相比,在大肠杆菌腹腔注射模型中共鉴定到69个差异蛋白,在金黄色葡萄球菌腹腔注射模型中共鉴定到31个差异蛋白,在白色念球菌腹腔注射模型中共鉴定到38个差异蛋白。结果表明,腹腔注射不同的微生物时尿蛋白质组不同,提示尿液可能对不同的腹腔感染有鉴别诊断的潜能。     

双向凝胶电泳在先天性肛门直肠畸形中的初步应用

目的：寻找先天性肛门直肠畸形患儿直肠末端组织中异常表达的蛋白质。方法：通过二维凝胶电泳分离先天性肛门直肠畸形患儿直肠末端组织及正常新生儿直肠末端组织,用Image Master2D Platium6．0软件比较电泳图谱中的异常蛋白质点。结果：筛选出19个表达差异的蛋白质点,其中有12个蛋白质点表达上调,7个蛋白质点表达下调,差异具有统计学意义。结论：先天性肛门直肠畸形可以导致血清中多种蛋白的异常表达。这些差异表达的蛋白可以为先天性肛门直肠畸形的进一步研究提供了依据。     

水包油佐剂对小鼠骨髓来源树突状细胞蛋白表达的影响

目的 探索未成熟的小鼠骨髓来源树突状细胞(bone marrow derived dendritic cells,BMDCs)的分离诱导培养方法,并研究水包油佐剂对BMDCs蛋白表达的影响.方法 解剖小鼠获得小鼠骨髓细胞,分析在骨髓细胞诱导培养获得未成熟的BMDCs的过程中,红细胞裂解液(red blood cell ...     

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《微生物学通报》创刊于1974年,是中国科学院微生物研究所和中国微生物学会主办,国内外公开发行,以微生物学应用基础研究及技术创新与应用为主的综合性学术期刊。刊登内容包括:基础微生物学研究,农业微生物学研究,工业微生物学研究,医学微生物学研究,食品微生物学研究,环境微生物学研究,微生物功能基因组研究,微生物蛋白组学研究,微生物模式菌株研究,微生物工程与药物研究,微生物技术成果产     

桶形芋螺毒液蛋白质组分析及二硫键异构酶的鉴定

蛋白质二硫键异构酶(PDI)是内质网新生肽链折叠中一个重要的折叠酶。在热带药用海洋生物芋螺的毒液中,富含PDI酶,该酶对于毒液中芋螺毒素神经肽的体内氧化折叠至关重要。研究上样量、水化方式与时间、除盐步骤、聚焦电压和时间、平衡时间、凝胶电泳方法和染色方法等方面,优化并建立了较为理想的芋螺毒液蛋白样品双向电泳的实验条件与方法;通过双向电泳和MALDI-TOF-MS质谱分析技术,从海南产桶形芋螺(Conus betulinus Linnaeus)毒液蛋白中成功分离鉴定出PDI等9种蛋白;通过双向电泳和PDQuest软件分析了并比较了三种不同大小桶形芋螺毒液总蛋白的差异性,并质谱鉴定出5个明显的差异蛋白点。研究建立了桶形芋螺毒液蛋白双向电泳分析及质谱鉴定的技术方法,为后续大量分离纯化出天然的芋螺PDI酶以及利用蛋白质组学技术方法深入研究芋螺毒液特征提供了重要的基础。     

快速老化小鼠额叶皮质的蛋白组学研究

目的:探讨快速老化过程中差异蛋白质及其与学习记忆的关系.方法:以13月龄和8月龄快速老化小鼠模型的快速老化亚系SAMP8和抗快速老化亚系SAMR1的额叶为研究对象,经双向电泳技术和考马斯亮兰G250染色,分别获取13月龄和8月龄SAMP8和同龄SAMR1额叶的2-DE考染图谱,用PDQuest 7.40图像分析软件,建立不同月龄蛋白质组的匹配差异图谱,分析图谱中SAMP8与SAMR1蛋白质的表达变化.结果:8月龄SAMP8额叶检测到579个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到612个蛋白点;13月龄SAMP8额叶检测到705个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到621个蛋白点.PDQuest7.40软件匹配差异分析显示,8月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMP8表达缺失33个蛋白,两者共有显著差异表达蛋白35个.13月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMR1中表达缺失84个蛋白,两者均有但表达有显著变化的蛋白质36个.13月龄和8月龄的SAMP8互相比较,13月龄组新增蛋白126个,二者共有差异表达蛋白58个.13月龄和8月龄的SAMR1比较,13月龄组新增9个蛋白,二者共有差异表达蛋白33个.结论:两组不同月龄小鼠额叶SAMP8和SAMR1存在差异表达蛋白质,进一步研究有助于了解衰老的发生机制,并为研发调节学习记忆蛋白的新药提供依据.     

糖蛋白组学研究技术进展及其应用

蛋白质的糖基化修饰与蛋白质功能密切相关,糖蛋白组学的相关研究已成为蛋白质组学研究的一个重要分支.本文在综述目前常用的糖蛋白组学技术方法的基础上,重点介绍了近两年出现的新技术策略及其应用.     

大鼠骨髓基质细胞向Schwann细胞分化后蛋白表达变化的研究

近年来很多研究报道大鼠骨髓基质细胞（bone marrow stromal cells,MSCs）可以向神经细胞或神经胶质细胞分化,其中多数研究观察了细胞形态以及几种神经相关蛋白的免疫反应,也有报道用基因组学方法分析MSCs诱导过程中基因谱的表达变化.尚未见报道用蛋白质组学方法分析MSCs在诱导过程中蛋白谱的表达变化.本研究利用蛋白质组学技术分析MSCs向Schwann细胞样细胞诱导分化过程中蛋白谱的表达变化.从成年SD大鼠的股骨和胫骨中分离培养MSCs,应用复合诱导因子体外连续诱导MSCs向Schwann细胞样细胞分化.采用2-DE技术分离未诱导和诱导分化后MSCs总蛋白,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱得到相应的肽质量指纹图谱,搜索数据库分析差异蛋白质点.所得到的MSCs蛋白谱有792个蛋白点,通过PDQuest软件分析诱导前后MSCs的蛋白谱,初步分析发现有74个蛋白质的表达发生了明显的变化,其中43个蛋白表达上调,31个蛋白表达下调.本研究通过质谱分析并进行网上数据库搜索匹配,初步分析发现这些蛋白主要包括骨架和结构蛋白、生长因子类的蛋白、代谢相关蛋白及酶类、伴侣蛋白、受体类蛋白、细胞周期蛋白、钙结合蛋白以及其他蛋白等.研究表明,MSCs体外条件诱导分化过程中有较多蛋白表达发生变化;其中与神经细胞和神经胶质细胞相关蛋白：BDNF,CNTF,GFAP等在MSCs体外条件诱导分化后中表达明显上调;本研究从蛋白质水平为MSCs体外向Schwann细胞样细胞条件诱导提供了新的研究资料。