球形红假单胞菌反应中心中蛋白的量子化学研究

采用重叠二体近似方法和建立在从算水平上的扩展负本征值因数计算方法（extended negative factor counter method）研究了球形红假单胞菌（Rhodobacter sphaeroides(Van Niel)Imhoff,Truper et Pfennin）中兴合反应中心中蛋白链L及M的电子结构。结果表明：（1）对组成蛋白链L（M）的前线轨道有重要贡献的氨基酸残基分布在L链的自由螺旋区（M链的α螺旋区）。由于自由螺旋是有柔曲性的,它易于在电子转移的过程中改变其构象并降低体系的能量,而α螺旋结构却相对稳定,这种差别有可能是光合反庆中心中电子转移只沿L支进行的原因之一。（2）与特殊对分子及辅助叶绿素分子形成轴向配位的组氨酸残基对于特殊对P和辅助叶绿素分子的ELUMO有重要影响,但此组氨酸的相应分子轨道的贡献并没有出现在蛋白链的前线轨道组成中。这意味着色素分子与蛋白链之间的相互作用对蛋白链前线轨道的贡献没有影响,但却能影响相应色素分子的ELUMO能级。     

胃癌螺旋CT表现与Cath-D蛋白和MMP-9 表达的关系分析

目的:观察分析胃癌螺旋CT表现与组织蛋白酶D(Cath-D)蛋白和基质金属蛋白酶-9(MMP-9)表达的关系。方法:采集自2014年9月至2015年9月在医院经过胃癌手术治疗的54例患者自身胃癌组织标本进行本次研究。再选同期在医院就诊并经过手术治疗的54例胃溃疡患者自身胃黏膜组织进行对照。分别检测MMP-9以及Cath-D蛋白的表达,对所有胃癌患者给予螺旋CT诊断。结果:MMP-9及Cath-D蛋白在胃癌组织内的阳性表达率为74.07%及77.79%,显著高于在正常胃黏膜内的5.56%及9.26%,差异均有统计学意义(P0.05)。MMP-9及Cath-D表达存在明显正相关(r=0.693,P0.05)。胃癌组织内有淋巴结转移及Lauren分型为弥漫型的MMP-9及Cath-D阳性表达率均显著高于无淋巴结转移及Lauren分型为肠型者,差异有统计学意义(P0.05)。根据Logistic回归分析可知,有淋巴结转移以及Lauren分型为弥漫型是胃癌组织内MMP-9及Cath-D表达的螺旋CT表现相关因素。结论:胃癌患者组织内的MMP-9及Cath-D表达比正常胃黏膜组织更高,MMP-9及Cath-D二者的表达呈现正相关,且有淋巴结转移以及Lauren分型为弥漫型是胃癌组织内MMP-9及Cath-D表达的螺旋CT表现相关因素。     

cDNA芯片表面核酸固定化的优化

cDNA芯片技术表面核酸固定化影响因素众多,其中涉及选择载体、固定于玻片的DNA片段浓度、玻片DNA片段的固定方法、玻片预处理方法、DNA片段的变性、溶解DNA片段的点样液等等.针对这些因素进行了优化筛选实验,以便于提高cDNA芯片技术检测基因表达的效率.     

Rhodopseudomena viridis细菌光合作用反应中心质体醌QA与泛醌QB间电子转移耦合质子转移机理的理论研究

用量子化学B3LYP/ 6 - 31G(d)方法 ,对Rhodopseudomenaviridis细菌光合反应中心质体醌QA(MQ1)与泛醌QB(UQ1)间的电子转移耦合质子转移 (PT_ET)机理进行了研究。对反应 (1)之后的Gibbs自由能变化进行了计算。结果表明 ,(1)按照各反应的数值 ,在无耦合质子转移的情况下 ,UQ1不可能由MQ-1连续接受两个电子。由于ΔG02b 0 ,ΔG03b 0和ΔG04b 0 ,相应的PT ET反应将依序沿 (2b)、(3b)及 (4b)进行。 (2 )在气相情况下 ,由于周围的氨基酸残基或水分子转移到UQ1的第一个及第二个质子 (H (1)和H (2 ) )将先后分别与UQ1的No.7和No .8氧原子结合 ;在蛋白环境情况下 (SCRF方法 ,ε =4 .0 ) ,质子耦合的顺序正相反 ,但H (1)和H (2 )与UQ-1结合的能量传递差很小。在气相及SCRF模拟环境中 ,相同反应间的ΔG0 无显著差别。 (3)MQ-1间UQ-1的PT ET反应如下 :　　MQ1- UQ1→MQ1 UQ1-(1)　　UQ1-(O( 7) ) H (HisL190 )→UQ1H (2b) (Gas)or　UQ1-(O( 8) ) H (H2 O)→UQ1H (2b’) (SCRF)or　UQ1-(O( 8) ) H (ArgL2 17)→UQ1H (2b’) (SCRF)　　MQ1- UQ1H→MQ1 UQ1H-(3b) (Gas)　　MQ1- UQ1H→MQ1 UQ1H-(3b’) (SCRF)　　UQ1H- H (H2 O)→UQ1H2 (4b) (Gas)or　UQ1H- H (ArgL2 17)→UQ1H2 (4b) (Gas)or　UQ1H- H (Hi     

Rhodopseudomena viridis细菌光合作用反应中心质体醌QA与泛醌QB间电子转移耦合质子转移机理的理论研究

用量子化学B3LYP/6-31G(d)方法, 对Rhodopseudomena viridis细菌光合反应中心质体醌QA(MQ1)与泛醌QB(UQ1)间的电子转移耦合质子转移(PT-ET)机理进行了研究. 对反应(1)之后的Gibbs自由能变化进行了计算. 结果表明,(1) 按照各反应的数值, 在无耦合质子转移的情况下,UQ1不可能由MQ-1连续接受两个电子.由于ΔG02b0, ΔG03b0和ΔG04b0, 相应的PT-ET反应将依序沿(2b)、(3b)及(4b)进行.(2) 在气相情况下, 由于周围的氨基酸残基或水分子转移到UQ1的第一个及第二个质子(H+(1)和H+(2))将先后分别与UQ1的No.7和No.8氧原子结合;在蛋白环境情况下(SCRF方法,ε=4.0),质子耦合的顺序正相反, 但H+(1)和H+(2)与UQ-1结合的能量传递差很小.在气相及SCRF模拟环境中, 相同反应间的ΔG0无显著差别.(3)MQ-1间UQ-1的PT-ET反应如下:MQ1-+UQ1→MQ1+UQ1-(1)UQ1- (O(7))+H+(HisL190)→UQ1H(2b) (Gas)or UQ1- (O(8))+H+(H2O)→UQ1H(2b') (SCRF)or UQ1- (O(8))+H+ (ArgL217)→UQ1H(2b') (SCRF)MQ1-+UQ1H→MQ1+UQ1H-(3b) (Gas)MQ1-+UQ1H→MQ1+UQ1H-(3b') (SCRF)UQ1H-+H+(H2O)→UQ1H2(4b) (Gas)or UQ1H-+H+ (ArgL217)→UQ1H2(4b) (Gas)or UQ1H-+H+ (HisL190)→UQ1H2(4b') (SCRF)     

新的红细胞分化相关因子反义RNA特异抑制K562细胞中的GATA-1转录因子活性

以往报道了通过基因转染技术观察新的红细胞分化相关因子(EDRF1)反义RNA表达和EDRF1过表达对细胞增殖和分化的影响,结果表明,反义EDRF1表达载体转染后的K562细胞α-globin,γ-globin mRNA表达水平下降.本文利用基因芯片和真核基因转染技术观察了EDRF1对60种细胞因子及其受体表达水平的影响,发现EDRF1明显调节IL-6受体,GM-CSF受体,c-Jun/c-Fos,c-myc及c-kit(SCF受体)等基因的表达水平,并通过RNA点杂交进行验证,EDRF1对几个重要的细胞因子受体表达的调节可能是其执行功能的一个重要途径.Northern blot实验结果表明,GATA-1 mRNA在转染EDRF1反义表达载体后表达水平有所下调,随后的凝胶阻滞电泳实验(gel shift assay,EMSA)证明,与对照相比,EDRF1反义表达载体转染的K562细胞中,红系特异的转录因子GATA-1的活性受到明显的抑制,而另一个红系特异的转录因子NF-E2则没有明显的活性改变,对照NF-κB的转录活性也基本保持恒定.因此推测,K562细胞增殖和分化的调节很可能是通过直接影响红系特异的转录因子GATA-1与顺式序列相互作用的转录活性来实现的.     

影响荧光终止法PCR循环测序反应的因素

比较了一些影响荧光终止法ＰＣＲ循环测序反应的因素。实验结果显示在Ｂｅｃｋｍａｎ ＣＥＱ２０００自动测序仪上,可读序列长度随着ｐＵＣ１８模板量增加而逐渐增多,当模板量达到１２５ｎｇ时ＤＮＡ可读序列最长,以后随着ｐＵＣ１８量增加测序长度逐渐下降。当引物量是１μｌ时,其测序结果比用０．５μｌ引物时好。在同样模板量情况下,１０μｌ反应体积比５μｌ反应体积可读序列长。     

Antisense EDRF1 gene inhibited GATA-1 transcription factor DNA-binding activity in K562 cells

Our previous studies showed that EDRF1 influenced expression of α-globin mRNA and synthesis of hemoglobin in K562 cells and modulated self-renewal of K562 cells. To illuminate the function of EDRF1 in K562 cells, sense and antisense EDRF1 constructs were prepared and transfected into K562 cells. By using microarray and dot blot assay, 60 cytokine receptors and some oncogenes sharing important functions in cell proliferation and differentiation were investigated. The results of this study demonstrated that IL-6 receptor, GM-CSF receptor, c-Jun/c-Fos, c-Myc and c-kit genes were regulated by antisense EDRF1 expression. The regulation was confirmed by RNA blot assay. GATA-1 mRNA expression was modulated by EDRF1 gene transfection. Electrophoretic mobility shift assay suggested that the DNA-binding activity of GATA-1 was remarkably inhibited in K562 cells expressing EDRF1 antisense gene. DNA binding activity of NF-E2 was at the same level as control experiment. Therefore EDRF1 may play a role in erythroid proliferation and differentiation by affecting the interaction between GATA-1 and its cis-elements.     

Antisense EDRF1 gene inhibited GATA-1 transcription factor DNA-binding activity in K562 cells

Our previous studies showed that EDRF1 influenced expression of a-globin mRNA and synthesis of hemoglobin in K562 cells and modulated self-renewal of K562 cells. To illuminate the function of EDRF1 in K562 cells, sense and antisense EDRF1 constructs were prepared and transfected into K562 cells. By using microarray and dot blot assay, 60 cytokine receptors and some oncogenes sharing important functions in cell proliferation and differentiation were investigated. The results of this study demonstrated that IL-6 receptor, GM-CSF receptor, c-Jun/c-Fos, c-Myc and c-kit genes were regulated by antisense EDRF1 expression. The regulation was confirmed by RNA blot assay. GATA-1 mRNA expression was modulated by EDRF1 gene transfection. Electrophoretic mobility shift assay suggested that the DNA-binding activity of GATA-1 was remarkably inhibited in K562 cells expressing EDRF1 antisense gene. DNA binding activity of NF-E2 was at the same level as control experiment. Therefore EDRF1 may play a role in erythroid pro     

肺癌相关基因芯片的制作

探讨肺癌相关基因芯片的制作过程及其在基因表达谱方面的应用,同时对一些传统的技术环节进行了改进。首先有目的搜集了60个肺癌相关基因,用修饰后的引物将其分别克隆,经纯化、变性后,用Cartesian PinSys5500 cDNA Microarray点样仪以微阵列的形式将其点布于醛基化的玻璃片上;然后将人支气管上皮恶性转化细胞模型BEP2D细胞的原代、20代、35代的总RNA逆转录后再经LD PCR标记成荧光探讨与基因芯片进行杂交。ScanArray 3000荧光扫描仪扫描后显示,图象背景均匀、信号清晰,证实该芯片制作成功,并能取得良好的杂交效果。