一株雀纹天蛾核型多角体病毒的鉴定及其基因组序列分析

从自然死亡的雀纹天蛾幼虫分离到一株雀纹天蛾核型多角体病毒。通过扫描及切片透射电镜发现,该病毒为单粒包埋型核型多角体病毒,命名为ThjaSNPV(Theretra japonica single nucleopolyhedrovirus)。病毒全基因组重测序后拼接显示,该病毒基因组全长134 899 bp,GC含量37.28%,与豆天蛾单粒包埋型核型多角体病毒株DZ1基因组序列相似性高达96.24%。ThjaSNPV含有131个开放阅读框（ORF）其中55个为正链基因,76个为负链基因,与宿主同为天蛾科的豆天蛾单粒包埋型核型多角体基因组相比,雀纹天蛾单粒包埋型核型多角体病毒新注释到7个基因：chitin-binding protein(ORF9),ODV-E18(ORF11),lef-11(ORF27),hypothetical protein(ORF41),lef-10(ORF42),pif-6(ORF66),P6.9(ORF88)。ThjaSNPV的DNA光裂酶基因（DNA photolyase,ORF53）中不具有豆天蛾NPV中的1bp碱基的缺失,只编码一个大的完整DNA裂合酶。3...     

中国人HIV辅助受体CXCR4基因的克隆及序列测定

为了获得HIV辅助受体CXCR4基因,进一步探索艾滋病(AIDS)的诊断、防治方法,采用逆转录巢式聚合酶链式反应(RT-nPCR)从中国人外周血淋巴细胞中克隆了CXCR4 cDNA基因,得到了预期的1 100bp左右的片段.将PCR产物与T载体连接,并进行了酶切反应鉴定,获得与T载体正向连接的克隆.测序结果表明克隆的片段含有一个开放性阅读框架,编码352个氨基酸残基.搜索GenBank,目标片段与M99293、XM051223、XM051224、XM051225有很高的同源性,比较结果显示克隆的片段包括完整的编码序列,含两个碱基的差异.     

一株H5N1亚型禽流感病毒的分离与鉴定

2004年1月湖北宜昌某鸡场暴发疫病,从该鸡场濒死鸡肺组织中分离到了一株病毒,电镜切片观察到典型的禽流感病毒粒子;采用ELISA检测禽流感抗原为阳性;RT-PCR扩增HA、NA基因并测序,经BLAST分析,HA基因与A／Goose／Guangdong／1／96(H5N1)HA基因同源性为97％;NA基因与A／Goose／Guangdong／1／96(H5N1)NA基因同源性为96％,确定该分离株为禽流感病毒H5N1亚型(A／Chicken／Yichang／Lung-1／04(H5N1))。     

一株H5N1亚型禽流感病毒的分离与鉴定

2004年1月湖北宜昌某鸡场暴发疫病,从该鸡场濒死鸡肺组织中分离到了一株病毒,电镜切片观察到典型的禽流感病毒粒子;采用ELISA检测禽流感抗原为阳性;RT-PCR扩增HA、NA基因并测序,经BLAST分析,HA基因与A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)HA基因同源性为97%;NA基因与A/Goose/Guangdong/1/96(H5N1)NA基因同源性为96%,确定该分离株为禽流感病毒H5N1亚型(A/Chicken/Yichang/Lung-1/04(H5N1)).     

鸭细小病毒04Nb株的分离鉴定与rep基因测序与分析

采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒。雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%。电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子。免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒(duckparvovirusDPV)标准株阳性血清有明显沉淀线。经SDS-PAGE呈现3条结构蛋白带,与DPV标准株一致;参照GenBankDPV非结构蛋白基因序列设计引物,PCR扩增反应获得目的条带,克隆测序后,与DPV代表株序列同源性达98%。根据上述实验结果,确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV。为进一步研究该分离株rep基因的序列特征,对其rep基因克隆测序,与GenBank中两株DPV、两株鹅细小病毒(GPV)进行序列比对,结果显示rep基因核苷酸序列与DPV参考毒株同源性为98%以上,与GPV同源性为80%左右。     

IBDVvp2基因高变区序列测定与进化分析

本实验采用来源于江苏地区的六株不同鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)毒株,应用RT-PCR法对vp2基因高变区进行了扩增,构建重组质粒pMD18T-vp2,测序.与有代表性的IBDV毒株VP2基因高变区序列进行比较分析,以ClustalX软件进行序列比对,得到基因序列及氨基酸序列同源性,IBDVY3、P2G、P8G、SZ、Y5和W04(6株)IBDV与D6984(荷兰)的同源性达到99.0%以上,与其它一些超强毒株(very virulentIBDV,vvIBDV)的同源性也达到了97.8%以上,并在关键氨基酸位点符合vvIBDV特征,采用Phylip3.5软件分析作出进化树,其结果从分子水平说明六个毒株均为vvIBDV,与欧洲和日本的超强毒株有较近的亲缘关系,而与美洲株的较远,从而为IBDV分子流行病学研究和疫苗的研制提供了科学依据.     

鸭细小病毒04Nb株的分离鉴定与rep基因测序与分析

采集浙江宁波地区以腹泻、呼吸困难为主要症状的病鸭肝组织,接种正常鸭胚尿囊腔增殖病毒.雏鸭感染试验显示发病症状及病理变化明显,死亡率为75%.电镜下可见纯化病毒直径约20nm左右的球形病毒粒子.免疫琼脂扩散实验结果显示与鸭细小病毒(duckparvovirus DPV)标准株阳性血清有明显沉淀线.经SDS-PAGE呈现3条结构蛋白带,与DPV标准株一致;参照GenBankDPV非结构蛋白基因序列设计引物,PCR扩增反应获得目的条带,克隆测序后,与DPV代表株序列同源性达98%.根据上述实验结果,确定引起本次鸭场疫病的病原为DPV.为进一步研究该分离株rep基因的序列特征,对其rep基因克隆测序,与GenBank中两株DPV、两株鹅细小病毒(GPV)进行序列比对,结果显示rep基因核苷酸序列与DPV参考毒株同源性为98%以上,与GPV同源性为80%左右.     

IBDVvp2基因高变区序列测定与进化分析

本实验采用来源于江苏地区的六株不同鸡传染性法氏囊病病毒(Infectious bursal disease virus,IBDV)毒株,应用RT-PCR法对vp2基因高变区进行了扩增,构建重组质粒pMD18T-vp2,测序。与有代表性的IBDV毒株VP2基因高变区序列进行比较分析,以ClustalX软件进行序列比对,得到基因序列及氨基酸序列同源性,IBDV Y3、P2G、P8G、SZ、Y5和W04(6株)IBDV与D6984(荷兰)的同源性达到99．0％以上,与其它一些超强毒株(very virulent IBDV,vvIBDV)的同源性也达到了97．8％以上,并在关键氨基酸位点符合vvIBDV特征,采用Phylip3．5软件分析作出进化树,其结果从分子水平说明六个毒株均为vvIBDV,与欧洲和日本的超强毒株有较近的亲缘关系,而与美洲株的较远,从而为IBDV分子流行病学研究和疫苗的研制提供了科学依据。     

我国一株鹦鹉幼雏病病毒全序列测定与初步分析

采用鸡胚成纤维细胞(CEF)培养增殖首次从湖北省云梦县分离的鹦鹉幼雏病病毒(Budgerigar fledgling dis ease virus,BFDV)分离株(BFDV HBYM02),经 PCR分段扩增法获得全基因组并完成序列测定。HBYM02 株全序列测定结果与GenBank中仅有的六株BFDV全序列进行同源性与进化分析。经BLAST分析,HBYM02株与其他六株BFDV同源性为98%~99%,为同一个基因型。运用Phylip3.5软件构建进化树,分析显示,来源于不同宿主的BFDV与宿主关系紧密,与地理分布没有明显的相关性。     

草原毛虫核型多角体病毒新分离株的基因组测序与分析

草原毛虫(Gynaephora ruergensis Chou et yin)是我国高原牧草中的一种有害害虫。草原毛虫核型多角体病毒新分离株(EupsNPV-Gr)具有典型的杆状病毒特征,呈单粒包埋型病毒粒子,ODV颗粒呈不规则的多边形,直径为1.0μm~1.35μm。EupsNPV-Gr能有效杀灭草原毛虫幼虫,它对草原毛虫的半致死浓度LC₅₀为4×10⁴PIB/mL,是一种理想的生物防治剂。本研究对第一个EupsNPV-Gr基因组进行了测序和鉴定。EupsNPV-Gr基因组全长140684bp,包含134个开放阅读框。它与茶毛虫核型多角体病毒(EupsNPV)关系最为密切,序列同源性高达99%。系统进化分析表明,EupsNPV-Gr属于杆状病毒科alpha杆状病毒属,根据公认的种属划分标准,EupsNPV-Gr是EupsNPV的一个株系。新报道的基因组为研究该物种毒力的分子机制提供了基础。