不同培养基对SELDI-TO FMS细菌蛋白指纹图谱的影响

目的检测不同培养基对细菌蛋白SELDI-TOF MS指纹图谱的影响。方法 3株参考菌株分别接种在不同培养基中,利用SELDI-TOF MS检测蛋白指纹图谱,分析其异同。结果在所有培养基中参考菌株ATCC 12600、ATCC 25922和ATCC 27853蛋白质谱图恒定表达的蛋白峰个数为11、11、9个,同时菌株在不同培养基中也表达少量其独特的蛋白峰。结论比较不同培养基上生长的同株菌蛋白指纹图谱,显示在不同培养基其细菌特征蛋白恒定表达。     

抗人胎盘酸性铁蛋白单链抗体的构建、表达与鉴定

目的:制备人胎盘酸性铁蛋白(PAF),构建、表达并鉴定抗人PAF单链可变区抗体片段(scFv)。方法:设计以SfiⅠ、NotⅠ为酶切位点、以(Gly4Ser)3为linker的2对引物,从抗人PAF单克隆抗体可变区基因的克隆载体中扩增VH和VL基因,用重叠延伸PCR在VH和VL基因间引入连接短肽,构建VH-linker-VL的scFv基因。经SfiⅠ、NotⅠ酶切后克隆到原核分泌型表达载体pUC19/119上,转化大肠杆菌TG1和筛选后测序验证,IPTG诱导表达,SDS-PAGE鉴定其相对分子质量(Mr)。以人PAF为抗原,scFv为一抗,抗His单克隆抗体为二抗,间接ELISA鉴定其抗体活性。结果:重叠延伸PCR扩增产物经凝胶电泳可见约700bp的条带,DNA序列分析证明2株抗体具有完整的scFv序列,并含有c-myc和His。IPTG诱导阳性菌表达产物经SDS-PAGE鉴定有Mr约27000的显示条带,符合scFv与表达标签融合蛋白的理论值;间接ELISA证明表达产物可与PAF结合。结论:成功构建并表达了抗人PAF单链抗体,为进一步建立检测PAF的间接ELISA奠定了基础。     

临床常见革兰氏阳性球菌蛋白指纹库的构建

为建立临床常见革兰氏阳性球菌的蛋白指纹库,为快速鉴定这些细菌奠定基础,收集了从临床中分离获得的185株革兰氏阳性球菌,包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血性葡萄球菌、粪肠球菌和屎肠球菌。将这些菌株分成建模组和验证组,利用表面增强激光解析电离飞行时间质谱检测细菌蛋白,用ProteinChip和Biomarker Wizard软件对建模组细菌数据进行分析,筛选出每种细菌各自稳定表达的蛋白峰,并将数据导入自建的Fingerwave软件建立了临床常见革兰氏阳性球菌的蛋白指纹库。随后,将验证组细菌的蛋白峰数据与蛋白指纹库中蛋白峰数据进行相似度分析,以评价其鉴定符合率。建立了包含5种临床常见革兰氏阳性球菌的蛋白指纹库,利用其对验证组菌株进行鉴定,与应用传统微生物学鉴定及分子生物学方法获得的鉴定结果的符合率为100%。结果表明,进一步扩大并完善革兰氏阳性球菌的蛋白指纹库,将为临床病原菌的快速鉴定提供可能。     

临床常见葡萄球菌蛋白指纹图谱的建立

目的 建立临床常见三种葡萄球菌的蛋白指纹图谱,为其快速诊断奠定基础.方法 收集临床常见葡萄球菌包括金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌及溶血性葡萄球菌,利用16S rDNA测序技术对其进行鉴定;表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF MS)技术检测其蛋白表达,采用Ciphergen Protein chip软件自动采集数据.评价该检测方法的重复性及细菌蛋白表达的稳定性.结果 在分子量3000 ～20000 Da范围内,3种葡萄球菌有各自特异的蛋白指纹图谱;SELDI-TOF MS检测细菌蛋白的孔间重复性和芯片间重复性好,同一株细菌4次重复的蛋白指纹图谱相似;同种细菌不同株之间蛋白指纹图谱表达稳定,共有蛋白峰分子量变异系数≤0.5％.结论 在分子量3000 ～20000 Da范围内,各细菌蛋白指纹图谱差异明显,为细菌的快速鉴定提供了新方法.     

分枝杆菌特征性蛋白的筛选

目的研究分枝杆菌蛋白表达,筛选分枝杆菌特征性蛋白,为分枝杆菌的快速鉴定奠定基础。方法选取分枝杆菌标准菌株,提取细菌蛋白,干化学法测蛋白浓度,应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术（SELDI-TOF-Ms）检测分枝杆菌蛋白表达,和非分枝杆菌蛋白指纹图谱比较,筛选分枝杆菌特征性蛋白。重复测定20次分枝杆菌蛋白标本,评价SELDI检测分枝杆菌蛋白分子量的重复性。结果耻垢分枝杆菌ATCC 14468有约20个蛋白峰,结核分枝杆菌ATCC 25177、土地分枝杆菌ATCC 15755、胞内分枝杆菌ATCC 13950、耻垢分枝杆菌ATCC 607有近40个蛋白峰。与非分枝杆菌蛋白指纹图谱相比,4个蛋白峰为分枝杆菌所特有。SELDI重复检测20次分枝杆菌蛋白标本显示同一蛋白峰的分子量变异系数≤0．05％。结论分枝杆菌有其特征性蛋白峰,可能有助于分枝杆菌的快速鉴定。     

一种鉴别临床常见致病性葡萄球菌方法的建立与初步评价

目的建立一种鉴别临床常见致病性葡萄球菌的聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCRRFLP）方法。方法采用经全自动微生物鉴定系统和分子生物学方法准确鉴定的金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌、溶血葡萄球菌各3株,提取细菌DNA,PCR扩增tuf基因,扩增产物Alu I、Hinf I双酶切后进行琼脂糖凝胶电泳,分析不同葡萄球菌酶切后带型的差异。收集临床分离葡萄球菌142株,采用建立的PCRRFLP对其进行分类鉴别,随机选择分类鉴别的葡萄球菌各20株,PCR扩增16S r DNA,扩增产物测序,将结果与Gen Bank数据库进行比对,初步评价该方法的准确性。结果金黄色葡萄球菌,表皮葡萄球菌,溶血葡萄球菌均能扩增出长668 bp DNA片段。扩增产物经Alu I、Hinf I双酶切后电泳条带不同,金黄色葡萄球菌出现三条带（108 bp/192 bp/217 bp）,表皮葡萄球菌出现两条带（192 bp/304 bp）,溶血葡萄球菌出现两条带（192 bp/217 bp）。PCR-RFLP结果显示,142株葡萄球菌中金黄色葡葡球菌、表皮葡葡球菌和溶血葡葡球菌分别为67、29和46株。随机挑选的20株不同种葡萄球菌16S r DNA测序结果与Gen Bank数据库对应序列的相似性均〉99%,说明建立的PCR-RFLP方法能准确区分三种常见葡萄球菌。结论 PCRRFLP能准确鉴别临床常见的致病性葡萄球菌,为葡萄球菌病的分子诊断奠定了基础。     

大肠埃希菌蛋白指纹图谱的建立

目的建立大肠埃希菌（Escherichia coli,E．coli）蛋白指纹图谱,为Ecoli感染快速诊断奠定基础。方法收集临床分离E.coli88株,提取细菌DNA,PCR检测Ecoli 16S rRNA。蛋白提取液提取细菌蛋白,干化学法测蛋白浓度,应用表面增强激光解析电离飞行时间质谱技术（SELDI-TOF-MS）检测Ecoli蛋白,采用Ciphergen Pro-teinchip软件自动采集数据。重复测定20次Ecoli混合标本,评价SELDI检测Ecoli蛋白分子量的重复性。结果E．coil标准菌株ATCC 25922和临床分离株均可检出16S rRNA。AU芯片能捕获近30个E．coli蛋白峰,其中19个蛋白峰构成E．coli特征性蛋白指纹图谱,各蛋白峰在临床分离E．coli间分子量变异系数≤0．2％。SELDI重复检测20次E．coli混合标本显示同一蛋白峰的分子量变异系数≤0．05％。结论E．coli在分子量3～20kD范围内具有特征性蛋白指纹图谱,为快速诊断E.coli感染提供了新思路。