SARS冠状病毒M蛋白的生物信息学研究

针对GenBank上发布的来自不同国家地区的39条SARSCoV推测M蛋白,采用生物信息学软件分析其核酸和氨基酸序列,获得其分子生物学特征,确定突变位点,预测功能结构区、Motif及抗原决定簇,比较基因突变对这些功能结构的影响.结果表明:在39个病毒株M蛋白的666 bp中,共有18个病毒株在7个位点上发生了25次变异.在M蛋白序列上预测获得3个跨膜螺旋序列和一个可能的信号肽序列.氨基酸序列的变异主要发生在其跨膜和胞外区域,胞内区域相对较少.预测发现12个Motif和7个抗原决定簇.提示突变对M蛋白的结构功能区的影响不大,也未造成M蛋白的Motif的数量和构成发生改变.对抗原决定簇的影响也主要体现在序列成分构成的改变上,在设计疫苗时,应考虑由其导致的抗原特性改变.     

人肝癌中的抑癌基因

杂合性丢失分析资料显示,在肝癌的发生发生和演讲过程中涉及多种抑癌基因失活。国内外研究表明,肝癌中存在抑癌基因ＴＰ５３突变失活,ＴＰ５３基因突变表现特异性的和病因相关性。作者通过检查１５个高度多态的微卫星标记,进行染色体缺失精神定位,将 染色体１３ｑ缺失的最小叠区域限定于１３ｑ１４,强烈提示ＲＢ１基因为染色体缺失的靶基因;进一步应用ＰＣＲ－ＳＳＣＰ分析和ＤＮＡ测序发现２例发生染色体１３ｑ臂内缺失的肝     

Wnt途径—调控细胞增殖和癌变的关键途径

Wnt/Wingless途径是调控细胞生长增殖的关键途径,在胚胎发育和肿瘤发生中起着重要作用。由于肿瘤抑制基因APC失活突变或原癌基因β－catenin激活突变等因素引起的该途径的异常激活可以启动下游靶基因c-myc和cyclin D1,致使细胞恶性转化,发生肿瘤,尤其是结肠癌。本文对Wnt-APC-β-catenin-TCF/LEF-c-myc/cyclin D1信号途径的最新研究进展作一综述。     

CDK2蛋白质分子结构与其入核转运过程关系的初步分析

应用重组技术构建野生型及缺失型CDK2基因的真核表达载体,分别使野生型及缺失型(2DK2蛋白与增强型绿色荧光蛋白(Enhanced-green Fluorescent Protein,EGFP)形成融合蛋白。通过脂质体介导的方法将载体转染人宫颈癌细胞系HeLa和中华仓鼠卵巢细胞系CHO,经过细胞周期同步化处理后于荧光显微镜下观察EGFP的亚细胞定位以示踪野生型及缺失型CDK2基因的表达。结果表明,野生型CDK2基因的表达产物定位于细胞核．而两种缺失型CDK2基因分别编码的CDK2蛋白N-端1～201及98～298多肽均主要定位于细胞质。以上结果提示,CDK2蛋白序列中不含有与核定位直接相关的信号,其入核过程可能是由其N-端1～97及202～298多肽范围内的部分氨基酸共同形成高级结构,并依赖此高级结构与其他含有入核信号的蛋白形成复合物,从而被带动进入细胞核的     

人牛精浆蛋白相关新基因的cDNA克隆、定位和表达

为了研究牛精浆 (bovineseminalplasma ,BSP)蛋白及其相关蛋白在受精及受精卵发育中的重要作用 ,寻找BSP蛋白相关新基因 .采用cDNA末端快速扩增 (RACE)技术 ,克隆了一个BSP蛋白相关基因的cDNA序列 .应用辐射杂种细胞系 (RH)技术进行了基因染色体定位 .通过RT PCR检测了该基因在人体各组织中的表达情况 .并将该基因编码的蛋白进行了原核表达 .新基因的cDNA长度为 10 5 2bp ,其开放阅读框架 (ORF)编码了一个含 2 2 3个氨基酸残基的蛋白质 ,氨基酸序列中含有 4个纤连蛋白Ⅱ结构域 ,与BSP蛋白在结构上具有一定的相似性 ,称其为人BSP相关蛋白 (humanBSP relatedproteins ,HBRP) .该基因定位于染色体 19q13,在大肠杆菌中表达为 5 2kD的融合蛋白 .研究结果提示 ,应用RACE方法克隆了一种新的人类与BSP蛋白相关的基因 ,推测其编码蛋白是与BSP蛋白功能相关的结合蛋白 ,通过基因重组技术大量获得表达蛋白 ,对进一步研究新蛋白的生物学功能具有重要的意义 .     

人细胞周期蛋白G2基因真核表达载体构建及其功能研究

构建人cyclin G2基因真核表达载体,进一步研究cyclin G2对体外培养细胞增殖的调节作用及可能的调节机制。以人口腔癌前上皮细胞系POE4总RNA的反转录产物为模板,应用RT-PCR方法克隆cyclin G2基因cDNA,成功构建真核表达载体pIRES -G2;应用脂质体介导的基因转染技术,以体外培养的肿瘤细胞系HeLa细胞和正常细胞系CV-1细胞作为受体细胞,进行转基因表达研究,发现cyclin G2高表达对体外培养细胞的增殖起明显抑制作用;应用p16INK4a、p21WAF1、p27KIP1三种周期蛋白依赖性激酶抑制因子的单克隆抗体对转基因的HeLa细胞进行免疫细胞化学研究,发现转染pIRES-G2的实验组细胞中,p21 WAF1蛋白染色阳性细胞数明显多于转染空载体的对照组,平均光密度值高于对照组,两组间均有显著性差异（p<0.01）,提示cyclin G2抑制细胞增殖作用可能是通过诱导p21WAF1的表达而实现。     

三维细胞培养与肿瘤细胞恶性表型研究

了解肿瘤细胞与微环境的相互作用,对研究肿瘤的发生、发展及抗癌药物的筛选具有重要意义。三维细胞培养技术近年被用于研究肿瘤细胞恶性表型,与传统二维细胞培养相比．它可以模拟体内细胞生长的微环境,是研究肿瘤细胞恶性表型、细胞与细胞外基质信号传递的有力工具。     

PARP酶抑制剂未引起整合的外源LacZ基因的丢失

使用聚ADP核糖聚合酶（PARP）NAD位点抑制剂苯甲酞胺（BA）研究了降低PARP酶活性对外源LacZ基因整合稳定性的影响．利用DNA体外重组技术将LacZ基因全序列插入到真核表达载体pSV2neo的HindⅢ位点,构建了一个具有真核细胞neo基因筛选标记和LacZ基因的真核表达重组体pSV2neo-beta-gal．将该重组体导入HeLa细胞,经G418筛选获得了能稳定表达β-半乳糖苷酶的HeLa转化细胞系HeLa-beta-gal．使用PARP酶抑制剂苯甲酸胺处理细胞5周,随后进行细胞基因组Southern杂交分析与细胞内容物β-半乳苷酶的活性检测．结果表明,经BA处理的HeLa-beta-gal细胞β-半乳糖苷酶的活性及杂交带密度与未经BA处理的HeLa-beta-gal细胞相比未有明显区别．结合以前的结果可以认为,PARP酶抑制剂BA并不能导致所有外源基因的丢失,且使用PARP酶抑制剂BA引起外源基因的丢失具有选择性．     

胃癌与癌旁组织miRNA差异表达谱的研究

目的研究胃癌中表达失调的miRNA及其生物学功能,从而进一步阐明miRNA在胃癌发生中的分子机制。方法将总RNA加ploy（A）尾后进行反转录PCR扩增特异miRNA,使用QuantityOne软件进行定量分析,计算每对样本胃癌与癌旁组织比值（T／NRatio）,使用SAM软件进行统计分析。MTT法检测miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞系生长的影响。结果在8对胃癌及癌旁组织样本中对237个miRNA进行了表达谱分析。对于检测到表达的161个miRNA,使用SAM软件进行统计分析,确认22个在胃癌中表达上调,2个在胃癌中表达下调（FDR=0．0963）。进一步通过生长抑制试验证实在胃癌组织中表达异常增高的miR-21和miR-17-5p对胃癌细胞的生长有明显的促进作用。结论这些在胃癌中异常表达的miRNAs具有成为新一代胃癌标记物的潜力,能够为胃癌的精确诊断分型提供依据,同时针对这些靶点可以开发新的核酸治疗技术,通过抑制或增强其功能来达到治疗胃癌的目的。     

SARS-CoV推测N蛋白功能结构的生物信息学研究

目的:利用生物信息学方法理论分析不同地区来源的SARS冠状病毒(SARSCoV)推断N蛋白的基因组与氨基酸序列的差异及分子生物学特征以及基因突变对蛋白结构功能的影响。方法:针对GenBank上发布的来自不同国家地区的15条SARSCoV基因组序列,采用生物信息学软件分析其推测N蛋白的CDS和氨基酸序列,分别找出突变位点并预测其等电点及功能结构域。结果:SARSCoV推测N蛋白基因组序列存在5个变异位点导致蛋白序列有4个位点发生突变。在该蛋白上发现四个有意义的低成分复杂性区域;未发现卷曲螺旋、跨膜螺旋和信号肽序列。基因突变造成4条序列在功能位点数量上减少,但未影响抗原决定簇。预测发现两个保守的Domain和一个丝氨酸富集区。结论:不同地区来源的15条推测N蛋白序列的变异很少。基因突变导致部分序列功能位点数量发生改变,但未影响抗原决定簇的数量。