基于SNP 互作识别潜在冠心病致病基因

目的:基于全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy,GWAS)数据与生物信息学方法,识别冠心病潜在致病基因。方法:利用生物信息学方法和GWAS数据,对单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)进行疾病风险打分,依据特定距离阈值内的SNP-SNP互作关系,筛选出疾病相关SNP显著风险模块,识别潜在致病基因。结果:设定阈值20kb,经筛选获得279个SNP显著风险模块,映射到79个基因,文献验证率为71.01%。结论:基于SNP互作识别的潜在致病基因,能更加准确的分析冠心病的发生发展过程。     

M16添加硫氧还蛋白过氧化物酶Ⅱ无法克服昆明小鼠早胚体外发育2-细胞阻滞

目的观察硫氧还蛋白过氧化物酶Ⅱ(Peroxiredoxin Ⅱ,PrxII)是否可以克服昆明(Kunming)小鼠早胚体外发育2-细胞阻滞。方法取昆明小鼠1-细胞胚置于含PrxII蛋白的M16培养液中培养,观察PrxII对昆明小鼠早胚发育潜能和2-细胞胚内活性氧自由基(reactive oxygen species,ROS)水平的影响;同时比较昆明和B6C3F1小鼠1-细胞胚在M16中各自的发育情况;激光扫描共聚焦显微镜分别检测比较昆明与B6C3F1小鼠体外培养2-细胞胚内ROS水平以及昆明小鼠体外培养与体内发育2-细胞胚内ROS水平。结果M16培养液中添加PrxII蛋白(1nmol/L和100nMol/L)可以明显降低昆明小鼠体外培养2-细胞胚内ROS水平(P<0.05),但不能克服昆明小鼠体外发育2-细胞阻滞;昆明小鼠1-细胞胚在M16中培养存在2-细胞阻滞现象,而B6C3F1小鼠无2-细胞阻滞现象;昆明小鼠体外培养2-细胞胚内ROS水平显著低于体内发育2-细胞胚(P<0.05),亦略低于B6C3F1小鼠体外培养2-细胞胚内ROS水平(P>0.05)。结论M16培养液中添加PrxII可以明显降低2-细胞胚...     

一种新的非翻译区剪接位点识别方法

为提高非翻译区剪接位点识别的精度,提出一种统计概率与支持向量机相结合的识别方法 .该方法主要分为两个阶段,第一阶段应用统计学方法对非翻译区(UTR)序列进行描述,将序列中各碱基之间的相关性、位置特异性、保守性等特征用概率形式描述,以概率参数作为第二阶段支持向量机的输入向量,第二阶段应用带有多项式核函数的支持向量机(SVM)对剪接位点进行识别.通过对人类5′UTR剪接位点数据集进行测试,结果表明:该方法对非翻译区剪接位点的识别取得了很好的效果.     

可变剪接与疾病的生物信息学研究概况

可变剪接是真核基因转录后期的重要调控机制,它使得同一条蛋白质编码基因能够产生多种转录体,极大的扩展了遗传信息的应用.研究发现,可变剪接与人类疾病有着密切的联系.错误的剪接会导致疾病,增加疾病的易感性与病变程度,甚至直接导致癌变.现对可变剪接调控机制与疾病的生物信息学研究进展进行综述.