基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

miRNA-27a靶向SPRY2对退变椎间盘血管长入生成作用的影响

摘要 目的：探讨miRNA-27a靶向调控 Sprouty 同源物2（Sprouty Homolog 2, SPRY2）对人髓核细胞系（nucleus pulposus cells, NPCs）诱导人微血管内皮细胞（Human microvascular vascular endothelial cells, HMEC-1）血管生成作用的影响。方法：收集脊柱侧弯和椎间盘退变（Intervertebral disc degeneration, IDD）患者的椎间盘组织分别作为对照组和IDD组,通过miRNA芯片筛选差异表达的miRNA。RT-qPCR和荧光原位杂交实验验证组织中miR-27a的表达水平。慢病毒转染细胞,细胞分为Control组（未转染）;NC组（转染慢病毒空载）;sh-miR-27a组（转染 miR-27a抑制慢病毒）;miR-27a组（转染 miR-27a过表达慢病毒）;SPRY2组（转染 SPRY2 过表达慢病毒）及miR-27a +SPRY2组（转染miR-27a和SPRY2 过表达慢病毒）。RT-qPCR检测髓核细胞中miR-27a和SPRY2的表达。双荧光素酶报告基因实验验证miR-27a和SPRY2的靶向关系。将经过不同处理的髓核细胞条件培养基与完全培养基混合培养HMEC-1细胞,Transwell和管腔形成实验检测HMEC-1细胞的侵袭和血管生成能力。免疫荧光和ELISA检测髓核细胞和混合培养基中转化生长因子-β1(Transforming growth factor-β1, TGF-β1)含量。结果：与对照组椎间盘组织相比,IDD组miR-27a表达明显增加。与NC组相比,SPRY2在sh-miR-27a组中表达升高（P<0.05）,miR-27a组中表达降低（P<0.05）。与NC组相比,miR-27a组HMEC-1细胞侵袭和血管生成能力增强（P<0.05）,TGF-β1表达上升（P<0.05）;SPRY2组HMEC-1细胞侵袭数减少（P<0.05）,管腔样结构未形成。与miR-27a组相比,miR-27a+SPRY2组HMEC-1细胞侵袭和血管生成能力下降（P<0.05）,TGF-β1表达下降（P<0.05）。结论：miRNA-27a通过靶向抑制SPRY2的表达促进髓核细胞诱导HMEC-1细胞成血管能力。