基因组数据库简介

本文以北京大学生物信息中心安装的3个国际著名基因组数据库GDB、GenoList和Ensembl为基础,介绍目前常用的基因组数据库,包括这些数据数据库的内容、数据格式、使用方法,以及用于构建上述数据库的数据库管理系统。 Abstract:A brief introduction to the genome databases GDB,GenoList and Ensembl is given.These databases,mirrored and maintained at the Centre of Bioinformatics,Peking University,provide useful information for genome research.     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

虎纹捕鸟蛛凝集素-I(SHL-I)的核磁共振氢谱谱峰的完全归属

描述了从虎纹捕鸟蛛毒液分离的凝集素ＳＨＬ－Ｉ的核磁共振氢谱谱峰的完全归属。通过分析二维ＤＱＦ－ＣＯＳＹ,ＣＯＳＹ,ＴＯＣＳＹ和ＮＯＥＳＹ谱,鉴别出全部３２个氨基酸残基自旋体系。然后由ＣＯＳＹ,ＮＯＥＳＹ谱指纹区的ｄαＮ连系推测出序列专一归属,并得到了ＴＯＣＳＹ和ＮＯＥＳＹ谱中ｄαＮ,ｄＮＮ的验证。从而明确分辨了除Ｃｙｓ２外所有主链质子和大于９６％的侧链质子。这一结果为最终确定ＳＨＬ－Ｉ的溶液构象奠定了基础。     

斑头雁(Auser Indicus)氧合血红蛋白的结晶和X射线的初步分析

本文报道了以聚乙二醇溶液为沉淀剂培养斑头雁氧合血红蛋白晶体.经X射线旋进照相法分析确定,晶体属四方晶系,空间群为P4_22_12,晶胞参数a=b=81.5(?),c=106.4(?),α=β=γ=90V=706735.4(?)~3.每个不对称单位内包含半个四聚体分子.     

青年生物科学家陈章良

陈章良是北京大学生物学系最年轻的教授,现在担任北京大学蛋白质工程及植物基因工程国家重点实验室副主任、学术委员会副主任。陈章良教授于1961年2月3日出生于福建省福清县(现已改为市)。1978年8月至1982年7月在海南岛华南热带作物学院热带作物专业学习,得学士学位。1983年8月至1987年1月在美国华盛顿大学生物及生物医学部学习,获博士学位,其间,1985年9月至1986年7月任     

胰岛素晶体结构研究40年回眸

<正>"Standards There as High as Achieved Elsewhere":《中国科学》传递给世界的信息40年前,在中国处于一个十分特殊和艰难社会环境的历史时期中,     

虎纹捕鸟蛛毒素-Ⅰ-(HWTX-Ⅰ)28肽类似物的化学合成与活性鉴定

虎纹捕鸟蛛毒素-(huwentoxin-,HWTX-)是从我国虎纹捕鸟蛛毒素中分离纯化得到的一种多肽类神经毒素.该多肽分子由33个氨基酸残基组成,含三对二硫键.其一级结构和三级结构均已测定.弄清该毒素的活性部位,是研究其结构功能关系的基础.用固相Fmoc化学合成的方法,合成了虎纹捕鸟蛛-的28肽类似物.该突变体去掉了天然毒素分子N端的Alal和C端的Lys30-Trp31-Lys32-Leu33共5个残基.用氧化还原型谷胱甘肽法完成二硫键配对,并用HPLC进行纯化,所得突变体与天然HWTX-的紫外光谱相似.质谱鉴定确认合成产物正确,分子量为3124,浓度为1×10-5g/ml的突变体能可逆阻断小白鼠膈神经-膈肌的接头传递,阻断时间为60～70min.与天然毒素比较,活性有所下降.结果说明HWTX-的N端、C端残基对其生物活性有一定影响,但不是位于活性中心的重要残基.由结果推测,虎纹捕鸟蛛毒素-的活性中心位于该分子中连接β-折叠的回环区     

斑头雁(Anser indicus)高铁血红蛋白的晶体生长和初步的X-射线衍射研究

本文报导了斑头雁(Auser indicus)高铁血红蛋白的晶体生长和初步的晶体学研究.晶体的衍射分辨率为2.5A或更好,四方晶系.空间群为P4:2_12,晶胞参数为:a=b=80.8A,e=107.3A,V=700523A~3.每个晶胞中含4个四聚体分子,每个不对称单位中含半个四聚体分子.     

次黄嘌呤-鸟嘌呤磷酸核糖转移酶突变体的基因构建、表达和性质

通过对我国嗜热菌Thermoanaerobactertengcongensis中次黄嘌呤 鸟嘌呤磷酸核糖转移酶 (HGPRT)三维结构进行同源模建 ,设计出HGPRT的突变体K1 33A、K1 33S和K1 33T。用抗性筛选法 ,对HGPRT的基因进行了定点突变 ,并实现了在大肠杆菌中的高效表达。野生型HGPRT及其突变体K1 33A、K1 33S和K1 33T的催化动力学研究表明 ,HG PRT突变体改变并扩大了底物专一性 ,具有催化嘌呤类似物的活性。     

水稻矮缩病毒基因组数据库的构建

二级数据库的构建是生物信息学新的重要领域。目前部分生物的基因组序列测定完成后,正在进行广泛而深入的结构和功能研究,使二级数据库的重要性显得日益突出。水稻矮缩病毒是一种在日本、中国和东南亚感染水稻的病原微生物,给农业生产造成很大损失。根据国际和国内对水稻矮缩病毒基因组的研究,利用已有的基因序列和结构、功能等方面的数据,以计算机网络为载体,参考国际通用数据库的格式,尝试建立一个简洁的、友好的通用性好而且专用性强的二级数据库：水稻矮缩病毒基因组数据库。希望能够为研究普通水稻矮缩病毒的粒子结构、基因表达调控、致病机理和防治方法提供一个良好的工具,为从事水稻矮缩病理论和应用研究的工作者提供方便和帮助,并为探索二级数据库的构建积累经验。