生物信息学对番茄LeNHX1基因的研究

应用生物信息学的方法和工具对番茄LeNHX1蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域、功能分类和同源性进行分析.结果表明此蛋白为疏水性稳定蛋白,包含一个保守的氨氯吡嗪咪结合位点LFFIYVLPPI区域,相对分子量为59.0 kD,等电点为6.60,存在10个跨膜区域,蛋白质二级结构中的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,功能分类和蛋白质同源性分析表明番茄LeNHX1属于液泡膜Na+/H+反向转运蛋白.     

番茄LeABI3基因的生物信息学分析

对所克隆到的番茄LeABI3基因测序结果进行序列分析,发现得到LeABI3基因的2种转录本.应用生物信息学的方法和工具对LeABI3蛋白质的理化性质、跨膜区域、疏水性/亲水性、二级结构、结构功能域和同源树进行分析,结果表明此蛋白是包含一个保守B3结构功能域的亲水性不稳定蛋白,相对分子量为65.4 kD,等电点为6.54,可能存在2个跨膜区域.蛋白质二级结构中的主要构成元件是α-螺旋和不规则卷曲,蛋白质同源分析发现番茄LeABI3和马铃薯vp1-ABI3类蛋白相似度最高,同源性为89%.     

DNMT在幽门螺杆菌感染与非感染胃粘膜组织的差异表达

DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, DNMT）是表观遗传学研究热点. 本文分析DNMT1、DNMT2、DNMT3A、DNMT3B、 DNMT3L在成人胃粘膜的表达,并初步研究DNMT抑制剂对胃粘膜细胞的影响. 免疫组织化学法对60例成人胃粘膜组织分析发现 ,5种DNMT均在组织中表达,以DNMT2、DNMT3B表达率较高,DNMT3L、DNMT3A次之,DNMT1较低.进一步分析发现,幽门螺杆菌 感染与非感染的胃粘膜组织有DNMT表达差异,以感染组中DNMT1、DNMT2、DNMT3B表达增强较显著. 免疫荧光法及Western免 疫印迹法对胃粘膜细胞株GES 1分析发现,5种DNMT亦在细胞中表达;且DNMT1为胞核胞浆共表达,DNMT2为胞核表达, DNMT3A、DNMT3B、DNMT3L为胞浆表达. 噻唑蓝比色法研究GES-1发现,DNMT抑制剂5-氮杂-2′-脱氧胞苷可抑制GES 1增 殖,并呈时间剂量依赖. 研究提示,DNMT在成人胃粘膜表达并发挥作用,幽门螺旋杆菌感染可能与DNMT表达异常相关.     

黑龙江省次生林主要组成树种光合能力与叶片含氮量研究

以黑龙江省次生林主要组成树种蒙古栎、白桦、水曲柳、山杨、胡桃楸、黄波罗为研究对象,测定自然状态下这6个树种的光合能力,并分析光合能力与叶片含氮量之间的关系.研究结果表明,树种的光合能力存在明显的季节变化,不同树种间的光合能力、光合潜力存在差异.生长季中,胡桃楸具有最高的光合能力最大值,白桦具有最高的年平均光合能力,蒙古栎具有最大的光合潜力.蒙古栎叶片含氮量与光合能力线性正相关(r=0.97),白桦、水曲柳叶片含氮量与光合能力呈二次曲线相关(r=0.61,r=0.51).     

几株解纤维素生防芽孢杆菌的分子鉴定及其抗逆促生特性分析

【目的】探究青藏高原解纤维素生防芽孢杆菌资源。【方法】采用BOX-PCR指纹图谱分析、gyr B基因及16S r RNA基因序列分析,对分离自青海互助北山桦树根围的5株芽孢杆菌进行分子鉴定;通过CMC法检测菌株降解纤维素活性;平板对峙法检测菌株拮抗病原真菌及病原细菌活性;检测菌株的耐盐性、低温适生性;测定菌株促种子萌发及幼苗生长特性。【结果】5株菌均鉴定为解淀粉芽孢杆菌Bacillus amyloliquefaciens;具有显著降解纤维素的特性,在CMC平板上形成纤维素降解透明圈直径≥20 mm;对油菜菌核病菌(Sclerotinia sclerotiorum)、瓜类枯萎病菌(Fusarium oxysporum)、水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae)及植物梨火疫病菌(Erwinia amylovora)均有显著拮抗活性;菌株可在含Na Cl浓度为11%的LB平板上正常生长,在10°C低温条件下生长良好;菌株BS11、BS12菌悬液(细胞浓度106 CFU/m L)可促进水稻种子萌发及幼苗生长。【结论】5株B.amyloliquefaciens菌株为抗逆性强的、具有降解纤维素活性的生防芽孢杆菌,在青藏高原生态农业及畜牧产业中具有应用潜力。     

STRs-PCR分型技术在法医学上的应用

短串联重复序列 (STRs)是广泛存在于人类基因组的一类具有长度多态性的DNA序列 ,属高信息基因座。概述了STRs PCR的法医学应用特点以及它们在亲子鉴定、个体识别等领域的法医学应用及其理论基础、现状和前景。     

D3S1358、D21S11和FGA复合扩增系统的研究

目的：研究D3S1358、D21S11和FGA3个STR基因座复合扩增的最佳体系。方法：设计正交实验优化复合扩增最佳反应条件,然后采用聚丙烯酰胺凝胶电泳分离显带技术检测扩增片段。结果：获得复合扩增条件各反应因素较为满意的参数。     

一种经济、简便和准确鉴定重组质粒的方法

目的：提高重组质粒的筛选效率,探讨一种经济、快速并准确的重组质粒鉴定方法。方法：取200μl菌液于Eppendorf管中高速离心1min,倒出上清,沉淀中加入20μl裂解缓冲液以裂解细胞并释放出内部质粒,10000r/min离心10min后取5～10μl上清液进行琼脂糖凝胶电泳,并比较其迁移位置来以判断重组质粒。结果：该方法鉴定结果和PCR鉴定结果完全一致。结论：该方法具有成本低廉、简便快速的特点,在对大量样品进行鉴定时具明显优势,适合在常规实验室推广。     

番茄LeNHX1基因植物过量表达载体的构建及表达分析

从番茄幼苗中提取RNA,根据NCBI中番茄LeNHX1基因序列设计引物,通过RT-PCR获得了番茄LeNHX1基因的cDNA序列,包含一个1 605 bp的开放阅读框,编码534个氨基酸。将cDNA序列连接到植物过量表达载体PBI121上,对所获得的重组质粒进行双酶切鉴定,结果表明,植物过量表达载体PBI121-LeNHX1已构建成功。半定量RT-PCR结果表明LeNHX1基因在根、茎和叶中均表达,盐、低温和脱落酸的诱导能提高LeNHX1基因的表达量,推测番茄LeNHX1基因在逆境应答中可能起着重要作用。     

广西巴马小型猪小RNA启动子U6和7SK的克隆及功能验证

为了探讨巴马小型猪启动子U6和7SK的功能以及为生产GGTA1基因沉默的广西巴马小型猪奠定基础,文章克隆并分析了siRNA启动子U6和7SK,并分别连接pMD18-shEGFP载体,分别与PEGFP-N1共转猪肾细胞,进行RNAi实验。以pMD18-hU6-shEGFP为阳性对照,无启动子的pMD18-shEGFP载体为阴性对照,单独转染PEGFP-N1为第一组空白对照,以ddH2O替代质粒为第二组空白对照组,验证这两种启动子在猪细胞中的功能。结果表明:广西巴马小型猪RNA聚合酶III型siRNA启动子U6和7SK的序列全长分别为553 bp和437bp。成功构建了pMD18-pU6-shEGFP和pMD18-p7SK-shEGFP干扰载体,转染猪源PK-15细胞,证明U6以及7SK两个启动子具有较高的siRNA表达活性,可以用于α-1,3半乳糖转移酶等猪源基因的沉默实验。