基于高通量测序的达氏鲟微卫星标记筛选

达氏鲟(Acipenser dabryanus)是我国特有的珍稀鱼类,主要分布在长江上游干支流。由于人类活动的影响,其种群数量急剧下降,被列为国家Ⅰ级重点保护动物、IUCN红色名录极危(CR)物种。本研究针对当前达氏鲟群体的濒危现状,应用微卫星标记开展达氏鲟保护遗传学研究。通过高通量测序成功筛选出25个微卫星位点,采用18尾野生个体和30尾人工繁殖个体对其多样性进行了检验,结果表明,25个位点共检测出181个等位基因,每个位点的等位基因数(A)为4~11(平均值7.2),观测杂合度(HO)为0.160~1.000(平均值0.744),期望杂合度(HE)为0.346~0.875(平均值0.727)。所有位点均不偏离"Hardy-Weinberg"平衡(P0.05),各位点间也无连锁不平衡现象。除了其中一个位点以外,所有位点的多态信息含量(PIC)均大于0.5,其多态性较好。本次筛选的微卫星位点将有助于达氏鲟资源保护和群体遗传研究。     

肠呼吸抑制胁迫对大鳞副泥鳅呼吸代谢和抗氧化能力的影响

为研究肠呼吸抑制胁迫对气呼吸鱼类大鳞副泥鳅(Paramisgurnus dabryanus)的鳃和肠道呼吸代谢及抗氧化能力的影响,初步探究其生理反馈调节机制,本文选取大鳞副泥鳅成熟个体(n=60)进行肠呼吸抑制胁迫实验。分别对实验组(肠呼吸抑制,n=30)与空白对照组(n=30)的大鳞副泥鳅饲养驯化2周,测定其整体静止代谢率、呼吸频率、鳃和肠道各段的乳酸脱氢酶(LDH)、琥珀酸脱氢酶(SDH)、Na+/K+ATP酶(NKA)、过氧化氢酶(CAT)以及超氧化物歧化酶(SOD)活性。肠呼吸抑制胁迫下,实验组与对照组大鳞副泥鳅整体静止代谢率无显著差异(P0.05),而实验组大鳞副泥鳅鳃部呼吸频率显著加快(P0.05)。与对照组相比,实验组大鳞副泥鳅鳃部的琥珀酸脱氢酶活性显著升高(P0.05),而后肠琥珀酸脱氢酶和Na+/K+ATP酶显著降低(P0.05)。同时实验组大鳞副泥鳅后肠的乳酸脱氢酶活性显著升高(P0.05)。实验组和对照组之间,大鳞副泥鳅鳃和前中肠的过氧化氢酶以及超氧化物歧化酶酶活性无显著差异(P0.05),后肠则有显著性升高(P0.05)。当大鳞副泥鳅肠呼吸受到抑制时,会加强其鳃部有氧呼吸代谢,弥补肠呼吸缺失部分,满足机体生理需求,而气呼吸的后肠会有一定氧化应激反应。     

两种泥鳅不同群体遗传变异的RAPD分析

应用RAPD技术,分析了采自于我国黄河、长江和珠江三大水系中游的大鳞副泥鳅和泥鳅不同群体间的遗传变异。结果表明：种内不同群体间带纹相似度在0．730－0．938之间;遗传距离为0．089－0．245;种间不同群体间的带纹相似度为0．392－0．505,遗传距离为0．620－0．800。两种泥鳞采自武汉的群体,其不同个体间的相似度较之其它群体为低,表明其群体内遗传变异程度较高。     

泥鳅和大鳞副泥鳅卵雌核的紫外辐射灭活条件筛选

采用紫外线对泥鳅和大鳞副泥鳅卵雌性原核进行干法灭活以及在合成卵巢液、TC-199溶液、Ringer氏溶液和Holtfreter氏溶液中灭活,结果表明:当辐射剂量为90-180mJ/cm~2时,卵子在四种溶液中的单倍体诱导率均较高。合成卵巢液组的最佳辐射剂量为120-180mJ/cm~2;TC-199和Ringer氏溶液组的最佳辐射剂量为120mJ/cm~2;原液使用Holtfreter氏溶液效果欠佳,干法灭活效果最差。在上述各辐射剂量下,畸形苗经染色体组鉴定92％为雄核发育单倍体。综合评价,灭活效果依次是:人工合成卵巢液>TC-199溶液>Ringer氏溶液>Holtfreter氏溶液>干法。     

大鳞副泥鳅鳞片表面结构的扫描电镜观察

对大鳞副泥鳅的鳞片作了扫描电镜观察。结果表明,大鳞副泥鳅具圆鳞;基区、侧区和顶区均具有辐射沟及环沟,二者交织成网状,将鳞片分割成块状,可增加鳞片的柔软度;次级辐射沟发出部位可作为确定年轮的主要依据。     

具有内含子的大鳞副泥鳅Sox8基因(英文)

鱼类在脊椎动物系统进化过程中起着承先启后的作用,其性别决定具有原始性、多样性和可塑性。深入研究鱼类的性别决定和分化具有重大的理论意义。Ｓｏｘ基因家族是九十年代发现的一个新的基因家族,其中的许多成员都与性别决定和分化具有直接的关系。大鳞副泥鳅是一种常见的小型鱼类,属于鲤形目鳅科,是少数具有异形性染色体中的一种。本文根据已发表的Ｓｏｘ蛋白质的序列资料,选择在不同物种中保守程度最高的区段设计兼并引物。该组引物可以特异扩增 Ｓｏｘ基因的 ＨＭＧ盒区。以大鳞副泥鳅基因组 ＤＮＡ为模板,在扩增产物中有三条主带,其大小分别为２２０ｂｐ,５５０ｂｐ和１５００ｂｐ,另有一条相当弱的带,大小为７００ｂｐ（Ｆｉｇ．１）。雌雄个体中扩增结果一致。经克隆和ＤＮＡ序列分析,从５５０ｂｐ扩增带中得到一新的基因片段,长５００ｂｐ,编码５３个氨基酸;其余部分长３４０ｂｐ,可能为一内含子,且符合“ＧＴ…ＡＧ”规律（Ｆｉｇ．２）。其可能编码的蛋白质氨基酸序列与小鼠的 Ｓｏｘ８, ９, １０,ＳＲＹ基因的相似性分别为 ９６％, ９４％, ９０％和 ４７％;与人类 Ｓｏｘ ８, ９, １０, ＳＲＹ基因的相似性分别为６４％, ９４％, ５８％和４０％（Ｆｉｇ．３）。     

慢性氨氮胁迫对台湾泥鳅幼鱼生长、免疫及组织结构的影响

以平均体质量为(2.00±0.56) g的台湾泥鳅(Paramisgurnus dabryanus ssp. Taiwan)幼鱼为研究对象, 探究氨氮胁迫浓度为0、3.5、6.0、10.4和18.0 mg/L时台湾泥鳅幼鱼生长性能、免疫酶活性及组织结构的变化。经过56d的氨氮胁迫试验结果显示: 台湾泥鳅终末体质量(W_F)、增重率(WGR)和特定生长率(SGR)随氨氮浓度的升高而逐渐降低, 各组之间存活率无显著差异。10.4和18.0 mg/L处理组肝脏超氧化物歧化酶(SOD)、碱性磷酸酶(ALP)和鳃Na+K+-ATP酶活性均显著低于对照组(P<0.05); 18.0 mg/L处理组肝脏溶菌酶(LZM)活性显著低于对照组(P<0.05), 而丙二醛(MDA)含量显著高于对照组(P<0.05)。组织切片结果显示, 氨氮处理组幼鱼均存在不同程度的鳃组织损伤, 表现为鳃小片短小、上皮细胞水肿、细胞空泡化、上皮细胞坏死和脱落; 肝组织则表现为肝血窦扩张、细胞轮廓模糊、细胞水样变性、细胞核偏移和细胞核溶解; 且两种组织中其病变区域随着氨氮浓度升高而增大。上述结果表明, 氨氮胁迫对台湾泥鳅幼鱼的生长和免疫酶活性具有显著的抑制作用, 并对其鳃和肝组织造成损伤。     

两种泥鳅中PdSox8和PdSox9的RFLP分析

以α-32P-dCTP标记的大鳞副泥鳅的PdSox8和PdSox9基因片段为探针,研究了二者在泥鳅和大鳞副泥鳅中的限制性片段长度多态性。结果表明两种探针在6尾大鳞副泥鳅（3♀3 ♂）和6尾泥鳅（3♀3 ♂）的经EcoRI和HindIII完全酶切的基因组DNA中检测到了较丰富的阳性杂交带,并讨论了其产生的可能原因。未发现性特异杂交带。 Abstract：With the α-32 P-dCTP-labeled PdSox8 and PdSox9 fragments of Paramisgurnus dabryanus as probes, the Restricted Fragment Length Polymorphism(RFLP) were analyzed in two species of loaches P. dabryanus and Misgurnus anguillicaudatus. The results showed that the plentiful positive bands were observed in the genomic DNA of 6 individuals(3♀3♂) of P. dabryanus and 6 individuals(3♀3♂) M.anguillicaudatus, which were digested thoroughly by EcoRI and HindIII. The possible reasons were discussed. No sex-specific band was observed.     

两种泥鳅中Sox基因的检出(英文)

性别决定基因ＳＲＹ都具有一个高度保守的基因序列──ＨＭＧ－ｂｏｘ,编码Ｓｏｘ蛋白,在胚胎发育过程中起重要作用。本文利用两种引物检测了泥鳅和大鳞副泥鳅的Ｓｏｘ基因。第一对引物特异扩增人类ＳＲＹ基因的保守区。在扩增泥鳅的基因组ＤＮＡ时可见长度分别为２００、５５０、９４０和１０００ｂｐ的四条扩增带。在大鳞副泥鳅中可以扩增出２００、５５０、９００ｂｐ三条带（Ｆｉｇ．１）。Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交表明２００和５５０ｂｐ两条带可以和ＳＲＹ基因探针杂交（Ｆｉｇ．２）。第二对引物是兼并引物,可以特异扩增Ｓｏｘ基因的ＨＭＧ－ｂｏｘ区域。以基因组ＤＮＡ为模板可以在大鳞副泥鳅中扩增出２２０、５５０、７００和１５００ｂｐ四条带（Ｆｉｇ．３）;而在泥鳅中则为２２０、５３０、５７０和１５００ｂｐ四条带（Ｆｉｇ．４）。ＰＣＲ产物的长度差异被认为是由于部分Ｓｏｘ基因的ＨＭＧ－ｂｏｘ区域中存在着内含子。没有发现性别特异扩增带。以上结果说明哺乳动物与性决定有关的组分在脊椎动物中是广泛存在的。但这些组分在鱼类中是否与性决定有关,或仅是哺乳动物性决定因子的进化前体尚不得而知。无论如何广泛深入研究鱼类的Ｓｏｘ基因对于揭示性决定系统和因子的进化方式是十分     

Bioinformatic analysis of antivirus‐related TRIM genes in Dabry’s sturgeon Acipenser dabryanus

TRIM proteins are a group of highly conserved proteins that participate in a variety of biological processes in innate immunity. However, the roles of the Acipenseridae trim genes in the anti‐bacterial immune response remained uncertain. In the present study, the Dabry’s sturgeon (Acipenser dabryanus) TRIM2, TRIM8, and TRIM59 protein sequences were found to be similar to Chicken (Gallus gallus), with identities 92.8%, 89.1%, and 79.4%, respectively. Meanwhile, the TRIM23, TRIM37, and TRIM82 proteins shared 95.8%, 81.7%, and 78.1% similarity with Zebrafish (Danio rerio) homologs, respectively. Sequence alignment indicated that these six adTRIMs contained incomplete domains at their N‐termini, including a RING‐finger domain and one or two B‐boxes domains. The six adtrim genes were constitutively expressed in immune related tissues, such as the head kidney, and were also expressed in non‐immune related tissues, like the blood, brain, muscle, and liver. After challenge with Aeromonas hydrophila, the expression levels of adtrims changed during the early stage of infection. Stimulation by A. hydrophila upregulated the expression levels of adtrim8 and adtrim59 in the spleen and caudal kidney, while the expression of adtrim82 in the spleen and caudal kidney was inhibited at 12 hr post‐infection. A. hydrophila challenge led to significant upregulation of adtrim2 and downregulation of adtrim23 in the spleen. In addition, adtrim37 was only weakly affected by A. hydrophila stimulation. These results suggested that adtrims were related to the immune response to bacterial infection, which provides the fundamental basis for protecting Dabry’s sturgeon against pathogen attack.