华根霉固态与液态培养产胞外蛋白的比较蛋白质组学分析

【目的】考察固态和液态两种培养方式对丝状真菌华根霉(Rhizopus chinensis)CCTCC M201021产胞外蛋白的影响,以加深对微生物固、液态培养特异性产酶的认识。【方法】利用成分相同的培养基对华根霉分别进行平板固态培养和液态培养,提取华根霉所产胞外蛋白,采用二维凝胶电泳(2-DE)结合质谱分析,分离鉴定差异蛋白。【结果】固态培养下华根霉所产胞外蛋白的蛋白酶活性是液态培养的9.2倍。胞外蛋白质组数据分析表明,华根霉固态和液态培养所产胞外蛋白存在显著差异,其中约70%是固态和液态培养下各自产生的特有蛋白。质谱鉴定进一步表明,固、液态培养对华根霉产胞外蛋白的种类和表达量都有显著影响,其中水解酶类所占比例较大,主要是与蛋白质降解相关的蛋白。【结论】固态和液态不同培养方式影响了华根霉产胞外蛋白的组成,有些基因只在特定培养方式下表达。固态培养下华根霉产胞外蛋白酶种类相对更多以及大部分蛋白酶的上调表达,可能是固态培养下胞外蛋白酶活性很高的原因。研究结果提示需要注意固液态不同培养方式下丝状真菌胞外酶的筛选和生产可能存在的不一致性。     

NAG7基因转染HNE1细胞后下调蛋白质的鉴定及其意义(英文)

NAG7基因是我室克隆的与鼻咽癌相关的肿瘤抑制候选基因 .将NAG7编码框的cDNA片段克隆至pGEM3.1(+ )的表达载体 ,经脂质体转染入HNE1细胞 ,经G4 18筛选 ,并运用PCR技术证实 .建立含NAG7基因稳定转染的细胞系 ,抽提细胞总蛋白质 ,双向凝胶电泳分离蛋白质 ,对表达下调的蛋白质点进行质谱分析 ,获得的肽质指纹经SWISS PROT数据库分析以鉴定蛋白质点 .鉴定出的 7个下调蛋白质包括纤溶酶原、收缩蛋白、Ras 相关蛋白Rab 36及ARF 相关蛋白等 .通过对蛋白质性质和功能的分析 ,发现这些蛋白质参与了细胞信号的转导、蛋白质的转运及细胞代谢等众多事件 .因此 ,NAG7基因很可能是通过介导这些蛋白质的表达下调而发挥其功能     

基于蛋白表达分析的干酪乳杆菌ATCC393交互胁迫保护机制

为考察干酪乳杆菌典型株ATCC393在交互胁迫环境下的生理应答机制,应用二维电泳和iTRAQ技术在蛋白水平上比较了交互胁迫前后干酪乳杆菌蛋白质组的变化情况。在对不同处理条件下细胞全蛋白的二维电泳分析中发现,干酪乳杆菌的主要蛋白分布在等电点pI4～7的范围,经酸预适应处理后细胞的蛋白表达产生了较大的变化。通过iTRAQ技术对细胞在酸适应前后以及相应致死条件下蛋白表达的定性及相对定量分析得知,酸诱导所产生的热胁迫应激蛋白（dnaK,dnaJ等）、氧胁迫应激蛋白（mutS,YeaO）以及与代谢相关的酶类上调可能是提高细胞对交互胁迫耐受能力的主要原因,而酸适应后GTP环化水解酶I和GMP合成酶的高表达可能与这一过程的诱导有关。上述研究结果为提高工业生产菌株在发酵生产及加工过程中对外界不利环境的抵御能力,进而通过调控与微生物生理应答机制密切相关的功能元器件实现生产菌株的性能强化提供了重要的生物信息和可借鉴的研究思路。     

棉花纤维蛋白质3种提取及二维电泳方法的比较

高质量的蛋白样品制备是进行二维电泳的先决条件.棉花纤维中含有纤维素、多酚、多糖等严重干扰二维电泳的物质, 增加了蛋白提取和二维电泳的难度.分别采用3种提取植物组织蛋白的方法(水法、酚法和尿素法), 提取棉纤维总蛋白, 进而进行了二维电泳分析.在蛋白产量、蛋白纯度和电泳图谱等方面对3种方法进行了比较, 结果采用酚法提取的样品取得了较好的电泳图谱, 有望成为从棉纤维样品中提取总蛋白的可选方法.     

蛋白质组学技术及其在生物医学上的应用

蛋白质组学部分承用了创立于二十多年前的二维电泳技术。基于其高分辩能力 ,二维电泳主要用于分离和检测复杂混合物中的蛋白质。虽然没有获得更多的改进 ,但是二维电泳结合了通过质谱测定蛋白质的最新进展而成为蛋白质组学中的一项重要技术。随着人类基因组计划项目的完成及由此而产生的大量基因数据库和使用这些数据的生物信息技术 ,科学家们的下一个目标是解析生物体的完整蛋白质组 ,把蛋白质组学数据与基因组学数据关联起来并有机地结合而成为一项有力的工具以阐明病理学中的蛋白质功能、衰老的过程及发现新药目标蛋白质和疾病标识物等。文章综述了蛋白质组学技术的最新知识及其在生物医学研究中的潜在应用     

左侧大肠癌和右侧大肠癌蛋白质差异表达谱的建立及质谱分析

目的:初步探索左侧大肠癌和右侧大肠癌中蛋白质表达的差异,为左右侧大肠癌生物学特性上的差别提供功能基因组学上的依据。方法:以左右侧大肠癌组织为研究对象,提取组织总蛋白,依次进行二维凝胶电泳,凝胶图象分析,质谱及生物信息学分析。结果:成功建立了左侧大肠癌和右侧大肠癌的二维电泳图谱,进行质谱和生物信息学分析比较得到左侧大肠癌与右侧大肠癌的差异表达蛋白共有16个,其中左侧大肠癌中表达增加的蛋白有10个包括蛋白质二硫化异构酶A1,78 kDa葡萄糖调节蛋白,抑制素,热休克蛋白60,含硫氧还蛋白域的蛋白5,T-复合蛋白1ε亚单位,应急蛋白70,异柠檬酸脱氢酶,蛋白质二硫化异构酶A3,巨噬细胞加帽蛋白;左侧大肠癌表达降低的蛋白6个包括ATP合成酶β亚单位,延伸因子1-delta,热休克蛋白β1,载脂蛋白A-Ⅰ,转甲状腺素蛋白,热休克蛋白β6。结论:左侧大肠癌和右侧大肠癌中存在差异表达蛋白,这些差异表达蛋白可能是左右侧大肠癌生物学性质差异的分子遗传学基础。     

蛋白质组信息学

生物信息学已经成为当代生物学和医药学的组成部分,用于巨量生物信息资源的收集、存储、处理、搜索、利用、共享、服务、研究和开发。它常由数据库、计算机网络和应用软件三大部分组成。在基因组计划中它已经发挥了不可取代的作用,而在蛋白质组计划中也日益成为强力的支...     

大鼠睾丸镉毒性相关蛋白质组学研究

镉是对动物与人的生殖系统均具有毒性的环境污染物。为深入系统地探讨镉毒性机制,应用二维电泳与质谱联用技术对镉暴露大鼠睾丸组织蛋白表达谱进行了差异分析。实验结果表明,碳酸酐酶Ⅰ和Ⅱ、肉碱棕榈酰转移酶Ⅱ、电压依赖阴离子通道2、二氢硫辛酰胺脱氢酶、3-磷酸甘油酸脱氢酶、丝氨酸蛋白酶抑制剂3、类似CREM转录调控元件激活因子等蛋白质与镉毒性相关,其中与能量代谢有关的蛋白质被镉诱导后显示表达下调。维生素C对镉毒性有明显的缓解作用。     

川,鄂两地钉螺足肌蛋白质二维电泳图谱的比较研究

本文比较分析了川、鄂两地钉螺足肌蛋白质多肽图谱。结果:(川)光壳钉螺和(鄂)肋壳钉螺分别显示多肽点92和106个,其大部份为64KD以下的酸性蛋白。除了共有多肽外,两者差异点分别为12和21个,其中主要为对方未查见的特有多肽;此外,在光亮钉螺5号和9号多肽点位置,肋壳钉螺分别出现3个和2个多肽点,以上为质的差异。光壳钉螺3号和肋壳钉螺6号多肽均较对方相应位置的多肽明显增大,存在量的差别。两地钉螺平均差异为16.7％。     

利用碱性磷酸酶初步判定二维电泳中蛋白质磷酸化修饰

磷酸化是蛋白质最重要的翻译后修饰形式之一.以二维电泳为基础的蛋白质组学是发现蛋白磷酸化状态改变的有效途径. 本文介绍了在用于二维电泳的蛋白样品制备过程中,利用小牛肠碱性磷酸酶成功去除蛋白质上磷酸基团的过程. 该技术将去磷酸化作用和蛋白质组学手段联系在一起,为蛋白质磷酸化修饰的初步判定提供了简便、经济、切实可行的方法.