基于高通量测序技术对山羊盲肠细菌多样性的分析

【背景】由于反刍动物特殊的生理结构,以往研究者主要集中对其瘤胃微生物的结构与组成进行了大量研究,严重忽略了盲肠微生物在营养物质消化和肠道健康方面发挥的重要作用。【目的】采用高通量测序技术分析山羊盲肠细菌的多样性及菌群结构。【方法】选用12只10月龄健康母羊,其平均体重为20.70±1.60kg,饲喂20d后,采集每只山羊的盲肠内容物,提取微生物总DNA,用细菌通用引物对细菌16S rRNA基因的高可变区进行PCR扩增,利用Illumina MiSeq平台对扩增子进行高通量测序,并用QIIME等软件对测序序列进行生物信息学分析。【结果】山羊盲肠微生物测序共获得813 496条有效序列与6 883个OTU,并且稀释曲线和Coverage指数反映此次测序结果比较全面的覆盖了山羊盲肠微生物群落。α多样性和β多样性分析表明,山羊个体之间盲肠微生物的多样性存在差异。在门水平,各样品的优势菌门均为厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes);属水平,核心菌群由梭菌属(Clostridium)、瘤胃球菌属(Ruminococcus)和6个未分类的细菌组成。PICRUSt基因预测表明,山羊盲肠微生物以代谢功能为主,主要包括:碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢和脂质代谢等。【结论】山羊盲肠与瘤胃细菌的多样性存在显著差异,与粪便微生物组成相似;与单胃动物相比,两者盲肠微生物的组成既有共性,也存在差异。     

中国傣族、景颇族人群中与艾滋病相关的CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3′A等位基因多态性分布

为了调查HIV-1感染相关的等位基因CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3′A在我国云南省德宏州傣族景颇族人群中的频率和多态性分布,此课题以101例傣族和113例景颇族人群为研究对象,应用PCR、PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)分析方法进行检测,计算突变基因频率;并对其群体分布、性别分布进行统计学分析。结果表明,中国傣族景颇族人群中未发现CCR5△32等位基因突变;傣族CCR2b-64I、SDF1-3′A基因突变频率分别为0.2130和0.2030,景颇族CCR2b-64I和SDF1-3′A基因突变频率分别为0.1637和0.1770;与中国汉族人群相比较,傣族和景颇族中SDF1-3′A突变频率较低（P值分别为0.0322和0.0021）;两个民族的CCR2b-64I和SDF1-3′A等位基因群体分布符合Hardy-Weinberg平衡,在性别之间分布无显著差异。中国傣族景颇族人群的CCR2b-64I等位基因的突变频率与汉族人相似,SDF1-3′A等位基因的突变频率比汉族人低,此两种突变基因在艾滋病发病过程中的影响值得进一步研究。由于未发现CCR5△32基因突变,中国傣族景颇族人群对HIV-1感染可能有较大的遗传易感性。 Abstract:The purpose of the work is to investigate the frequencies and polymorphisms of HIV-1 resistant CCR5delta32,CCR2b-64I,SDF1-3′A alleles in Chinese Dai and Chingpaw populations.Whole blood samples from 101 Dai subjects and 113 Chingpaw were collected randomly and their genomic DNA were extracted with QIAgen Blood Kits.Allelic frequencies were identified by PCR-RFLP analysis.Allelic polymorphisms in Dai population or Chingpaw population and both sexes in the samples were analyzed by χ2 test.The frequencies of CCR5delta32,CCR2b-64I,SDF1-3′A alleles in Dai population were 0.0000,0.2130,0.2030,respectively;The frequencies of CCR5delta32,CCR2b-64I,SDF1-3′A alleles in Chingpaw population were 0.000,0.1637,0.1770,respectively.Distributions of the CCR2b-64I,SDF1-3′A alleles among the both populations were in accordance with Hardy-Weinberg equilibrium.No statistical difference was found in the allelic frequencies of both CCR2b-64I and SDF1-3′A between male and female individuals.The frequencies of CCR5delta32,CCR2b-64I alleles in Chinese Dai and Chingpaw populations are similar to that in Chinese Han population,while the frequency of SDF1-3′A allele in Chinese Dai and Chingpaw populations are lower in contrast to that in Chinese Han population.The genotyping and polymorphism of CCR5delta32,CCR2b-64I,SDF1-3′A alleles in Chinese Dai and Chingpaw populations of Yunnan Province are the first time studied in China.The significance of the three mutant alleles conferring genetic resistance to HIV-1 and AIDS progression remains to be clarified.     

中国傣族、景颇族人群中与艾滋病相关的CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A等位基因多态性分布

为了调查HIV-1感染相关的等位基因CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A在我国云南省德宏州傣族景颇族人群中的频率和多态性分布,此课题以101例傣族和113例景颇族人群为研究对象,应用PCR、PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)分析方法进行检测,计算突变基因频率;并对其群体分布、性别分布进行统计学分析.结果表明,中国傣族景颇族人群中未发现CCR5△32等位基因突变;傣族CCR2b-64I、SDF1-3'A基因突变频率分别为0.2130和0.2030,景颇族CCR2b-64I和SDF1-3'A基因突变频率分别为0.1637和0.1770;与中国汉族人群相比较,傣族和景颇族中SDF1-3'A突变频率较低(P值分别为0.0322和0.0021);两个民族的CCR2b-64I和SDF1-3'A等位基因群体分布符合Hardy-Weinberg平衡,在性别之间分布无显著差异.中国傣族景颇族人群的CCR2b-64I等位基因的突变频率与汉族人相似,SDF1-3'A等位基因的突变频率比汉族人低,此两种突变基因在艾滋病发病过程中的影响值得进一步研究.由于未发现CCR5△32基因突变,中国傣族景颇族人群对HIV-1感染可能有较大的遗传易感性.     

互花米草纤维与造纸污泥混合制作污泥纤维板

利用长纤维与造纸污泥混合制作纤维板,以互花米草秸秆、纺织长纤维和废纸浆与造纸污泥混合制浆,经抄纸板机复合热压成型得到工业污泥纤维板材,并分析不同纤维板材的性能差异。结果表明:基于"生物钢筋+水泥"模型,互花米草秸秆纤维与造纸污泥复合成的纤维板材在硬挺度、耐破度、密度和吸水性能上均具有明显优势。此工艺为综合利用造纸污泥等工业废弃污泥提供了可借鉴的工艺技术,并为综合利用秸秆纤维提供了相关参考。     

中国近海细鳞鯻线粒体控制区的遗传多样性

通过线粒体控制区序列的分析,研究采自中国南海及东海5个群体102尾细鳞鯻的遗传多样性。发现在962 bp序列中有205个变异位点,其中135个为简约信息位点,共定义102个单倍型。中国近海细鳞鯻总体呈现出较高的遗传多样性特征(Hd=1.000,Pi=0.022),其中博鳌最高(Hd=1.000,Pi=0.028),平潭最低(Hd=1.000,Pi=0.014)。不同地理群体间无明显分化,基因交流频繁(Fst=-0.014—0.041,P0.05);中性检验均为显著负值,推测在16.9万年—5.06万年前,即中-晚更新世出现种群扩张。系统邻接树和单倍型网络图均出现3个显著分化的谱系(谱系间Fst=0.508—0.698,P0.001;净遗传距离Da=0.024—0.031),且各谱系中均有不同地理来源的群体。3个谱系间分歧时间大约在1.07百万年—0.24百万年前,推测可能是更新世冰期边缘海的出现导致群体隔离而产生分化。谱系A(Lineage A)包含85.3%的个体,其总体遗传多样性较高(Hd=1.000,Pi=0.012),其中平潭最高(Hd=1.000,Pi=0.014),合浦最低(Hd=1.000,Pi=0.010);群体间Fst在-0.021—0.068之间,P0.005;AMOVA分析显示只有1.97%的变异来自于种群间,表明群体间也无明显分化;中性检验均为显著负值,推测在25.4万年—7.6万年前出现种群扩张。中国近海细鳞鯻主要受到中-晚更新世海侵和海退的影响而出现种群扩张使得谱系间发生二次接触,最终形成具有显著谱系结构但无地理分化的情况。     

新型小片段基因表达载体构建方法

介绍一种新型快速构建小片段基因表达载体的方法。该方法省去了目的基因酶切和酶切后纯化步骤,并省去了载体酶切后胶回收纯化步骤,具有简单快速,节省试剂费用,连接效率高等特点。应用该方法已经完成了4个小片段基因(67bp)表达载体的构建。     

针对HBV前S2基因三靶位串状核酶的实验研究

我们设计合成了针对HBVaywDNA前S2区第110、122和132位碱基的三靶位串状核酶,观察了核酶对靶基因转录产物的体外切割作用,并将核酶重组到逆转录病毒载体上,转染包装细胞PA317,获取了较高滴度的重组病毒,为进一步研究核酶在细胞内及体内的作用奠定了基础。 核酶基因和靶基因的获取:核酶基因分两个片段进行人工合成,片段间部分互补,通过Klenow酶填补连接成105 bp的全片段,再经     

PRGR基因研究进展

视网膜色素变性（ｒｅｔｉｎｉｔｉｓ ｐｉｇｍ ｅｎｔｏｓａ,ＲＰ）是一组与多个基因相关而任一单基因突变可致病的视网膜退化疾病,是造成失明的常见病因之一。患者多初起夜盲,随之发现周边视野逐渐缩小,成为管状视野,最终至完全失明。它以视网膜进行性感光细胞和色素上皮功能丧失为共同表现。临床上以眼底色素沉着和视网膜电图异常或无波为特征。不同基因所致的ＲＰ病在临床上无特征性差异。全球约有４００ 万人患有此病,我国的发病率约是１／３５００。该病的遗传方式有：常染色体隐性（Ａｕｔｏｓｏｍ ａｌＲｅｃｅｓｓｉｖｅ,ＡＲ）;常染色体显性（Ａｕｔｏｓｏｍ ａｌＤｏｍ ｉｎａｎｔ,ＡＤ）;Ｘ连锁隐性（Ｘ－ｌｉｎｋｅｄＲｅｃｅｓｓｉｖｅ,ＸＲ）和Ｘ连锁显性（Ｘ－ｌｉｎｋｅｄ Ｄｏｍ ｉｎａｎｔ,ＸＤ）;Ｙ连锁ＲＰ家系也有报道。Ｘ连锁ＲＰ发病率较低,在我国约为７．７％ （美国为６％ ）,但它发病早,进展快,病情严重,３０－ ４５ 岁就有严重视力损伤甚至失明。临床上大部为隐性,散发病例可以认为属于隐性遗传,因为无先辈病史的患者可以认为是新突变,无后代患者的不会是显性遗传,而隐性纯合体患者的配偶若不携带同一突变基因,则后代无患者,本人于是表现为散发。未成年无家史患者则难以判断。照此计算,这部分约占患者总数的８１．３％ （美国为８４％ ）;其次为常染色体显性遗传,约占１１％ （美国为１０％ ）［１,２］。已发现的ＲＰ相关基因有２７个。位于Ｘ染色体上的ＲＰ基因有５ 个。ＲＰ３ 位于Ｘ染色体短臂Ｘｐ２１．１,是一种隐性遗传ＲＰ病。ＲＰＧＲ（ｒｅｔｉｎｉｔｉｓ ｐｉｇｍ ｅｎｔｏｓａ ＧＴＰａｓｅ ｒｅｇｕｌａｔｏｒ,视网膜色素变性ＧＴＰ酶调节物）基因是ＲＰ３的致病基因,已于１９９６ 年被克隆 。     

肝星状细胞中表皮形态发生素表达调控机制及其作用研究

肝星状细胞是肝脏中重要的间质细胞,是肝细胞外基质的主要来源.表皮形态发生素(epimorphin、EPM、syntaxin2)在肝脏发育、再生及癌变过程中发挥了重要的作用,目前其表达变化的调控机制及对肝星状细胞的作用还未有报道.通过对肝组织标本进行检测,发现肝纤维化过程中肝星状细胞表达EPM上调.从表观遗传学的角度对EPM表达变化调控机制进行研究,发现DNA去甲基化促进了EPM的表达.为了研究EPM对肝星状细胞的可能的调节作用,将EPM表达质粒转染肝星状细胞,之后检测了EPM对肝星状细胞增殖及迁移能力的变化.结果证明EPM能够促进肝星状细胞的增殖与迁移.本研究发现,激活的肝星状细胞高表达EPM可能是由于DNA去甲基化引起的,同时,高表达的EPM能够促进肝星状细胞的增殖与迁移,进而促进肝纤维化进展.