基于mtDNA D-loop部分序列的软刺裸裂尻鱼遗传多样性分析

软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体（隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游）共72尾的mtDNA D-loop的部分序列（610 bp）,分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121～0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5～0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软...     

郏县红牛ZAG基因多态性与生长性状的相关性

摘要: ZAG基因的功能主要是促进脂肪分解, 减少脂肪含量。文章利用PCR-SSCP和DNA测序技术研究了145头郏县红牛ZAG基因编码区4个位点(Z1、Z2、Z3、Z4)的多态性, 发现Z1、Z3、Z4 位点存在SSCP多态。对不同SSCP带型的对应片段进行了测序分析, 共发现6个新的SNP多态位点(C115T、A3257G、A4013G、T4027C、C4032T、T4120C)。Z3位点处于Hardy-Weinberg平衡状态, Z1、Z4 位点处于非平衡状态。不同基因型与生长发育性状的相关性分析显示, Z4位点上, AC基因型个体的体斜长、胸围、管围、体重指标显著(P<0.05)或极显著(P<0.01), 大于AA、AB基因型个体, 暗示该位点有可能作为郏县红牛生长性状标记辅助选择的标记之一。     

滩羊微卫星标记多态性及与体尺性状关联分析

滩羊是我国特有的蒙古羊品种,肉质鲜美但生长缓慢。通过筛选的29个高多态性微卫星标记,对宁夏盐池滩羊种羊场基础母羊群体用随机抽样法检测了96个成年个体,测量了体重和体尺数据,分析了其微卫星标记遗传多样性、群体遗传结构及分子标记与表型的相关关系。结果显示,微卫星标记平均等位基因数9.5,平均有效等位基因数4.5,平均期望杂合度0.72,平均观测杂合度0.64,平均多态信息含量0.69;滩羊基础母羊群体保持了丰富的遗传多样性;关联分析结果显示MAF33与滩羊的体高、胸深显著相关,BMS1788与荐高、胸围显著相关,而BL41、BMS835、BOVILS56、MAF33和BMS500与管围极显著关联。这些标记对未来滩羊的分子辅助育种有所帮助。     

高通量测序分析小头裸裂尻鱼皮肤和肠道的微生物多样性

【目的】解析小头裸裂尻鱼不同部位的微生物群落结构、物种组成、多样性特征以及菌群功能差异。【方法】通过Illumina MiSeq扩增子高通量测序,分析小头裸裂尻鱼皮肤黏膜、肠道黏膜和肠道内容物3个部位微生物菌群组成差异,并通过Tax4Fun预测菌群潜在功能。【结果】皮肤黏膜微生物α多样性最高,其Shannon指数显著高于肠道黏膜(P<0.05)和肠道内容物(P<0.001)。主坐标分析表明,皮肤黏膜微生物显著区别于其他2个部位。在门水平小头裸裂尻鱼3个部位相对丰度前五的微生物类群均为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和蓝藻门(Cyanobacteria),其中肠道内容物中放线菌门相对丰度(46.53%)显著高于肠道黏膜(29.23%,P<0.05)和皮肤黏膜(25.83%,P<0.01);肠道黏膜中变形菌门的相对丰度(40.33%)显著高于肠道内容物(26.10%,P<0.05)。对各部位相对丰度前10的菌群进行分析发现,小头裸裂尻鱼皮肤黏...     

花斑裸鲤红细胞发育相关基因KLF17启动子区域互作蛋白筛选

为了进一步解析鱼类在高原低氧环境下的适应性进化机制,确定相关基因KLF17是否在红细胞发育过程中发挥功能。将高原裂腹鱼亚科鱼类的代表物种——花斑裸鲤(Gymnocypris eckloni)作为实验对象,以实验室前期花斑裸鲤全基因组测序数据为基础,鉴定出红细胞发育相关基因KLF17启动子序列,以其启动子DNA为诱饵,对花斑裸鲤肾脏组织蛋白进行筛选,采用LC-MS/MS技术对候选结合蛋白进行鉴定分析,并进行生物信息学分析。结果表明,在花斑裸鲤肾脏组织中共筛选到576个与KLF17启动子区域特异性结合的蛋白,去除未能鉴定到的蛋白,共有306个候选结合蛋白,其中包括真核翻译起始因子2、细胞色素P450酶、转铁蛋白、含Ⅰ型血小板结合蛋白基序的解聚蛋白样金属蛋白酶、丙酮酸脱氢酶、红细胞膜蛋白带4.1蛋白等与红细胞或造血相关的蛋白。GO功能富集分析表明,这些候选结合蛋白涉及多种生物学功能,包括参与细胞生长、细胞周期、免疫反应、信号传导、核酸与转录因子结合等过程。KEGG通路分析表明,以上蛋白参与多条信号通路,包括氨基酸代谢通路、细胞凋亡信号通路、PPAR信号通路、Hippo信号通路、细胞色素P45...     

锌指核酸酶在基因组定向修饰中的应用

同源重组和逆转录病毒介导转基因法是目前基因组修饰中常用的两种主要方法.由于这些传统方法效率低,特异性差等缺点,制约了其在研究中的应用.锌指核酸酶(zinc finger nuclease,ZFN）是一种人工合成酶,含有锌指蛋白DNA结合域和非特异性核酸酶FokI结构域. ZFN在对基因组的靶向修饰时,表现出高度特异性和高效性. 最新研究结果显示,锌指核酸酶在哺乳动物细胞和斑马鱼基因组靶向敲除的效率高达20%.这一技术的出现,将给基因组靶向修饰的研究和应用领域带来革命,特别是在基因治疗人类疾病方面有巨大的潜力和广阔的前景.     

不同生境下青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)两亚种鳃形态差异及其功能适应

该研究比较观察青海湖裸鲤(Gymnocypris przewalskii)两亚种(青海湖裸鲤指名亚种(Gymnocypris przewalskii przewalskii)和青海湖裸鲤甘子河亚种(Gymnocypris przewalskii ganzihonensis))鳃的形态及显微结构。结果显示,指名亚种的第一鳃弓鳃耙数多、密集且较长,而甘子河亚种则耙数少、稀疏且短;两者的鳃丝间距及鳃小片间距无明显差异,指名亚种的鳃丝较长;指名亚种扁平上皮细胞形态以不规则椭圆形为主,鳃丝表面有黏液细胞,其上分布的氯细胞数量多于甘子河亚种,而甘子河亚种扁平上皮细胞的形态以六边形为主,鳃丝表皮未观察到黏液细胞。由此推测,青海湖裸鲤两亚种鳃形态的差异与其食性和栖息环境相适应。     

POU1F1基因的遗传变异对南阳牛生长发育性状的影响

利用PCR-RFLP技术首次研究了南阳牛群体100个个体POU1F1基因多态性及其与体重、体尺等生长性状指标之间的相关性。结果表明,南阳牛群体POU1F1基因座的451bp的PCR产物被限制性酶Hinf Ⅰ消化后表现多态性,它们的等位基因A／B频率为：0．465／0．535,且处于Hardy-Weinberg平衡状态。同时,南阳牛群体POU1F1-Hinf Ⅰ基因座不同基因型与体重、体尺等生长性状指标相关分析的结果表明：南阳牛群体内BB与AB基因型个体在初生重、断奶前平均日增重、六月龄体重、体斜长和胸围以及十二月龄的体重、体高、体斜长和胸围指标上有显著差异,且BB〉AB（P〈0．05）;群体内BB型个体在十二月龄体重指标上显著高于群体的AA型个体,即BB〉AA（P〈0.05）,在其他各年龄段的各项体重和体尺指标上同样呈现出B等位基因高于A等位基因的一种趋势。初步认为BB基因型为优势基因型,相应地B为优势等位基因,对选择有正向效应,提示POU1F1基因的占等位基因可能与高生长发育性状有关。     

黄牛Ghrelin基因的克隆、表达及生物学活性检测

本研究通过RT-PCR方法从秦川牛皱胃胃底腺mRNA扩增获得Ghrelin基因的cDNA序列, 克隆至pGM-T载体获得重组质粒pGh-T1, 并进行序列测定。将测序正确的cDNA序列定向克隆到pET32a(+), 构建表达载体pGh-32, 并转化BL21(DE3)大肠杆菌。IPTG诱导后SDS-PAGE分析表明秦川牛Ghrelin基因在大肠杆菌中获得高效表达, 可溶性分析表明Ghrelin融合蛋白以可溶性和包涵体2种形式表达。Western blotting初步证实了所获的融合蛋白是特异的。镍柱亲和层析法分离纯化融合蛋白并皮下注射家兔后获得了融合蛋白的抗体血清, ELISA检测血清的稀释效价在1:12 800。将获得的血清与黄牛下丘脑弓状核进行免疫组化试验, 进一步印证了重组蛋白表达产物是有活性的, 为进一步研究黄牛Ghrelin的功能及其对黄牛生长发育和脂肪沉积奠定了基础。     

高原裸裂尻鱼头部轮廓形状及其变异的几何形态测量分析

为了明确描述高原裸裂尻鱼的表型多样性,运用现代几何形态测量法,基于高原裸裂尻鱼头部轮廓的形态坐标数据,对其5个地理种群的样本做了定量分析。结果主要如下:①主成分分析（PCA）和典型变量分析（CVA）显示,5个地理种群的样本的变异主要位于口型特征、下吻部形状、下颌骨形状、下颌锐利角质程度和头部形状等性状。②基于主成分分析、典型变量分析和聚类分析,高原裸裂尻鱼三个亚种（班公湖亚种、玛法木湖亚种和指名亚种）相互分开,在PC1轴上从负值到正值依次排列,从而确定了高原裸裂尻鱼亚种划分的有效性。③通过形态差异的显著性检验,基于马氏距离和普氏距离分析了高原裸裂尻鱼各地理种群之间的形态变异距离,根据差异显著性将该5个地理种群的高原裸裂尻鱼分为湖泊型亚种和河流型亚种,随后的聚类分析同样支持该结果。总之,通过几何形态测量法,准确描述了高原裸裂尻鱼头部轮廓的形态多样性,按照外形的差异,将5个地理种群分为两种生态型,并推测该差异主要是由于所生活的水体环境和食物差异所造成。对高原裸裂尻鱼形态差异的识别和研究,能为其生态学研究和物种多样性保护提供相应指导,丰富微进化理论。