细胞色素P450超家族蛋白质基于结构知识的序列联配

应用计算机程序对细胞色素Ｐ４５０蛋白２０个家族的代表序列进行初步多序列联配后,利用结构知识对匹配结果加以调整,调整的依据是Ｐ４５０蛋白二级结构特征和某些超二级结构特征的保守性,三维结构空间配置的保守性,在结构与功能重要残基的保守性,亲水和疏水片段的保守性。大量定点突变实验、选择性化学修饰实验、抗多肽抗体结合实验等能很好地确证该联配结果的正确性。联配结果对真核Ｐ４５０蛋白膜结合方式、活性位点残基分布、与氧化还原偶联蛋白有相互作用的残基的分布等作出了合理的推断。细胞色素Ｐ４５０超家族蛋白基于结构知识的序列联配的尝试对Ｐ４５０蛋白结构与功能关系研究提供了参考     

白色念珠菌羊毛甾醇14α—去甲基化酶三维结构分子？…

基于四种原核细胞色素Ｐ４５０晶体蛋白Ｐ４５０ＢＭ３、Ｐ４５０ｃａｍ、Ｐ４５０ｔｅｒｐ、４５０ｅｒｙＦ模建白色念珠菌羊毛甾醇１４α－去甲基化酶三维结构。序列匹配采用四种晶体结构比较结果基础之上提出的细胞色素Ｐ４５０超家族蛋白基于结构知识的序列匹配方法。以Ｐ４５０ＢＭ３晶体结构坐标模建目标蛋白结构保守区主链结构,结构保守区侧链构象来源于四种晶体蛋白与模建蛋白对应残基同源性得分最高残基构象。建模结果用分     

真核DNA拓扑异构酶Ⅰ蛋白超家族的进化踪迹分析与全新抗肿瘤药物结合位点的识别

拓扑异构酶Ⅰ(Topoisomerase Ⅰ, Topo Ⅰ) 抑制剂已成为新型抗肿瘤药物研究的热点. 识别靶酶上全新的药物结合位点对于设计、优化Topo Ⅰ抑制剂具有重要意义, 据此设计的化合物不仅可以创新结构类型, 克服现有的喜树碱类药物的毒性, 而且有望很好地解决与现有的喜树碱类药物的交叉耐药性问题. 通过对真核DNA拓扑异构酶Ⅰ蛋白超家族多元序列联配研究, 构建了蛋白质系统进化树, 并在此基础上采用进化踪迹分析识别得到了人拓扑异构酶Ⅰ上重要功能残基. 研究发现, 喜树碱分子7, 9位周围存在亚家族特异性的疏水性残基Ala351, Met428, Pro431, 表明在喜树碱分子对应区域引入疏水性基团取代, 会提高抗肿瘤活性. 尤其值得注意的是, 超家族保守的蛋白残基Lys436, 有望成为新型喜树碱类药物改造的重要靶点, 据此设计的新型化合物将有望解决喜树碱类药物水溶性差的问题. 此外, 突变将导致喜树碱耐药性的蛋白残基Asn352, Arg364为真核Topo Ⅰ蛋白超家族保守残基, 由于对接研究已表明它们均不与喜树碱直接相互作用, 因此它们将是发现新型非喜树碱类Topo Ⅰ抑制剂的重要药物结合位点.     

A method of active conformation search based on active and inactive analogues and its application to allylamine antimycotics

A new program ACSBAIA (Active Conformation Search Based on Active and Inactive Analogues) for determination of the active conformations was developed based on the rationales that specific functional groups of active analogues could reach and interact with the active site of target receptor by means of the change of conformations, but that of inactive analogues could not interact with the active site owing to conformational restriction. The program consisted of 4 sub-programs: conformation sampling system, active conformation constraint system, inactive conformation exclusion system, and activity prediction system. Pharmacophoric conformation of allylamine antimycotics was studied by this method. Activities of 2 analogues were predicted and tested. The results suggested that the method was scientific and practical. The application of this method was not restricted by the three-dimensional structural knowledge of target receptor. In the absence of structural information about the receptor, the method was     

游离脂肪酸(FFA)和急性心肌梗塞

本文综述了近年来关于急性心肌缺血后高 FFA 血症的发生、有害作用以及抗高 FFA 血症的措施等主要进展情况。急性心肌缺血后,血中 FFA 迅速升高,而高 FFA 血症可加重心肌缺血程度、扩大梗塞范围、减弱心肌收缩功能,并且还可能引起严重心律失常。其作用机制一般认为是:FFA 可导致酸中毒,并和心肌细胞内阳性离子结合形成皂盐,破坏生物膜,降低细胞内 Ca~(++)、Mg~(++)离子的浓度;此外,继发性脂酰 CoA 在细胞内堆聚可抑制各种有关代谢酶。近来证明:通过改善 FFA 代谢、抑制 FFA 升高,对减轻心肌缺血损害,改善心肌收缩功能以及降低心律失常发生率均取得较好效果,从而为防治急性心肌梗塞及其并发症方面开辟了一个新途径。     

白色念珠菌羊毛甾醇14α-去甲基化酶三维结构分子模型研究

基于四种原核细胞色素Ｐ４５０晶体蛋白Ｐ４５０ＢＭ３、Ｐ４５０ｃａｍ、Ｐ４５０ｔｅｒｐ、Ｐ４５０ｅｒｙＦ模建白色念珠菌羊毛甾醇１４α－去甲基化酶三维结构。序列匹配采用四种晶体结构比较结果基础之上提出的细胞色素Ｐ４５０超家族蛋白基于结构知识的序列匹配方法。以Ｐ４５０ＢＭ３晶体结构坐标模建目标蛋白结构保守区主链结构,结构保守区侧链构象来源于四种晶体蛋白与模建蛋白对应残基同源性得分最高残基构象。模建结果用分子力学和分子动力学进行结构优化,模建结果蛋白采用Ｐｒｏｆｉｌｅ－３Ｄ图、Ｒａｍａｃｈａｎｄｒａｎ图和疏水图分析确证结构的合理性。并根据模型推测与血红素辅基相互作用的残基、与氧化还原偶联蛋白作用和参与电子传递的残基、底物进出通道和活性位点的残基。这些研究结果为定点突变研究、抗多肽抗体结合实验等提供理论依据,为高效低毒抗真菌药物合理设计提供靶标。     

酵母菌Y12667 ERG11基因删除及验证研究

采用同源重组的方法删除酵母茵Y12667内源ERG11基因.并用PCR、Western、细胞计数和GC-MS的方法分别在基因水平、蛋白水平、细胞水平和功能代谢水平进行验证.结果表明,本研究成功删除了酵母茵Y12667内源ERG11基因,该基因删除茵能稳定表达外源性白念珠茵ERG11基因的同源蛋白.因此,该基因删除茵可作为下一步靶酶蛋白功能研究的基因工程表达操作茵.     

米邦塔仙人掌化学成分研究

从米邦塔仙人掌正丁醇部分分离到10个化合物。应用色谱和光谱分析方法分别鉴定为对羟基苯甲酸(1)、β-羟基-3-甲氧基-4-羟基苯乙酮(2)、2,3,4-三羟基戊酸(3)、4-甲氧基桂皮酸(4)、3-羟基-4-甲氧基肉桂酸(5)、5-羟基阿魏酸(6)、4-羟基肉桂酸(7)、原儿茶酸(8)、n-butyl eucomate(9)和eucomic acid(10)。化合物2～10为首次从该植物分离得到。     

ACSBAIA方法及其在烯丙胺类抗真菌药物设计中的应用

根据活性类似物活性基团在能量补偿许可范围内能够到达受体活性部位与各作用位点结合 ,而无 (低 )活性类似物的活性基团由于构象限制因素等不能与之结合的原理 ,建立一种新的搜寻药物分子的活性构象程序ACSBAIA .该程序包括 4个子系统 :构象抽样、活性构象限定、无活性构象排除、活性预测 .用此方法搜寻了烯丙胺类抗真菌药物的活性构象 ,并对 2个高活性和无活性的类似物进行了预测和检验 ,证明该方法较科学实用 .该方法的应用不受受体三维结构知识多少的限制 ,对目前绝大多数受体三维结构未知的情况尤其适用