大肠杆菌外膜蛋白ompW基因敲除菌的构建及其对两种抗生素的敏感性

探讨大肠杆菌ompW基因敲除后,硫酸新霉素和氨苄青霉素对敲除菌最低抑菌浓度(MIC)和生存率的影响,进而分析OmpW的功能.[方法]运用Red重组技术将大肠杆菌K12染色体上基因ompW敲除,构建缺陷株△ompW.然后分别测定硫酸新霉素和氨苄青霉素对正常菌和△ompW菌的最小抑菌浓度(MIC)及次抑菌浓度(1/2 MIC)下K12和△ompW菌的生存率.[结果]经PCR鉴定和通过提取膜蛋白进行western blot 分析表明,成功获得ompW敲除菌.抗生素分析表明,K12菌对硫酸新霉素的MIC为8.0 μg/mL,生存率为98.0％;△ompW菌对新霉素的MIC为1.7 μg/mL,而其生存率仅为39.0％.而k12对氨苄新霉素的MIC为16.0 μg/mL,△ompW为3.3 μg/mL;1/2 MIC下K12生存率为70.4％,而△ompW为30.3％.[结论]ompW基因缺陷株对两抗生素的敏感性大大增强,表明ompW在细菌抗性方面起着关键作用.     

不同打靶位点影响人诱导多能干细胞MYO7A杂合突变位点的基因校正中CRISPR/Cas9介导的同源重组效率

应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞（human induced pluripotent stem cells, hiPSCs）进行基因编辑,为疾病模型的建立、致病机制研究、药物筛选及基因校正治疗疾病提供了更广阔的平台。相对于CRISPR-Cas9介导的基因敲除,应用该系统介导的同源重组实现基因点突变或突变校正效率要低、且难度偏大。为了实现对MYO7A杂合点突变（c.4118C>T）的人iPSCs的点突变校正,本文构建了表达maxGFP的pX330质粒。针对需校正的突变位点,设计5组识别序列并连接到maxGFP-pX330中构建靶向质粒。将5组打靶质粒分别转染HEK 293FT细胞48 h,细胞表达GFP;测序结果显示,MYO7A基因相应位点出现杂峰,表明打靶质粒具有打断活性。将同源模版单链寡核苷酸链（single-stranded DNA oligonucleotides, ssODN）与打靶质粒共同电转入人iPSCs后48 h,经流式分选出(5.8±2.2)%的细胞表达GFP。分选后细胞行单克隆扩增并测序。结果显示,打靶质粒1和ssODN组合对点突变校正未成功;打靶质粒2、3、4、5与ssODN组合均获得了校正后的细胞株。本研究表明,打断位点是影响同源重组校正效率的关键因素。当应用CRISPR/Cas9（或其它核酸酶）介导的同源重组进行基因编辑操作时,可以同时选择多个打靶位点造成基因组不同位置上的双链打断（double-stranded break, DSB）位点,以获得目的单克隆细胞株。本研究为应用CRISPR-Cas9系统对人诱导多能干细胞进行基因编辑提供了有力参考。     

重要食药同源植物余甘子转录组微卫星特征分析

为全面了解余甘子转录组SSR位点的分布特征和变异规律,本研究利用Illumina Hiseq 4000平台对余甘子叶片转录组进行测序,通过MISA软件对获得的Unigenes进行SSR位点搜索和统计分析。结果发现9 538条包含SSR位点的Unigenes,共检测到9 991个SSR位点,平均每5.49 kB出现1个SSR。单碱基和二碱基为余甘子转录组SSR主要重复类型,分别占SSR总数的42.3%和30.79%。位于基因编码区的SSR位点共有1 731个,出现频率为0.039 SSRs/kB,优势重复类型为三碱基重复。余甘子转录组SSR中共有169种重复基元,其中所占比例最高的是A/T（42.10%）,其次是AG/CT（22.91%）和AAG/CTT（5.02%）。SSR各基元的重复次数波动于4~75次,且多数集中于4~20次。重复片段长度≥ 20 bp的SSR占21.20%,且SSR发生频率与片段长度呈显著负相关（P<0.01）,相关系数为-0.561。本研究获得的余甘子转录组SSR位点出现频率较高、分布密度较大、低级重复基元较多,重复次数较高、长片段较多,大多数SSR位点的多态性潜能较高,用于余甘子遗传多样性分析的潜力较大,为下一步余甘子转录组SSR标记的大规模开发和群体遗传学研究提供了重要的数据信息,进而为余甘子野生资源的保护和合理开发利用提供了参考依据。     

南宁市HIV-1/AIDS人群治疗前pol区遗传特性及蛋白结构分析

为探讨南宁市某县艾滋病病毒1型(HIV-1)感染人群中治疗前pol区遗传特性及蛋白结构变化情况,本研究通过RT-PCR扩增pol区部分序列并进行测序,将序列同源比对构建系统进化树;分型确定毒株亚型和斯坦福大学HIV耐药性数据库比对,分析耐药相关位点;SWISS-MODEL蛋白质同源数据库进行建模分析氨基酸的突变对蛋白质结构和功能的影响。本研究在90份HIV-1标本中获得46个pol区有效序列,共发现4种亚型,其中CRF01_AE占76.08%(35/46)、CRF08_BC占15.22%(7/46)、CRF07_BC占(3/46)6.52%、CRF59_01B1占2.17%(1/46);46个序列中有4例(8.69%)出现耐药突变位点,没有针对核苷酸反转录酶抑制剂(NRTI)的耐药突变;针对蛋白酶类抑制剂(PIs)1例,PR蛋白酶的柔性部位I47V位点发生突变,β折叠结构的I84V位点发生突变,都是异亮氨酸突变为缬氨酸;针对非核苷酸反转录酶抑制剂(NNRTI)有3例,2例位于活性中心的Y181C位点由酪氨酸突变为半胱氨酸,1例位于转角处的E138G位点由谷氨酸突变为甘氨酸。研究表明,南宁市某县HIV-1病毒CRF01_AE重组亚型比例最大,未经抗病毒治疗HIV1感染者中已经出现pol区耐药突变株,突变位点主要位于活性中心及柔性部位,传播水平已经处于中等流行状态。深入分析蛋白质与抑制剂相互作用机制,有助于为艾滋病抗病毒及耐药性监测方案提供科学依据。     

云杉雌球花与枝条同源的直观材料

在中学高中生物学教学中,因学生的“植物学”知识欠缺,理解雌球花与枝条同源等概念非常困难。笔者在指导学生研究性学习的备课过程中,发现了罕见的云杉雌球花发育逆转和大孢子叶的多态现象,遂采集了标本,用数码相机拍了照片,并作了进一步的探究,深感是直观教学的良好资料,愿与同行分享。1我校学生对校园云杉的认识云杉(Picea asperata)属裸子植物(Gymnospermae)、球果纲(Coniferopsida)、松科(Pinaceae)、云杉属(Picea),是我校校园绿化的优势树种,所以也是历届学生植物学研究性学习的必选“材料”。根据以往学生的调查记录:我校园内云杉4月中下旬开花,雌球花呈穗状,紫红色,多生于树冠中上部主、侧枝端,较雄球花迟1周     

烟草ovate同源基因的全长cDNA克隆与序列分析

根据番茄中控制果实形状的主效数量性状基因ovate的序列,用生物信息学方法从茄科植物烟草中获得直系同源ovate基因(NTovate)的特异片段,经鉴定,此基因在烟草中至少有2个拷贝。在此基础上用cDNA末端快速扩增(RACE)方法,获得其中1个拷贝的1059bpNTovate全长cDNA序列。序列分析表明,NTovate cDNA序列编码352个氨基酸,其蛋白序列与番茄ovate蛋白序列和拟南芥ovate蛋白家族AtOFP7蛋白分别为70%和36%的序列一致率,而与此家族中其他蛋白以及水稻ovate蛋白仅在保守的ovate结构域有较低的同源性。此基因已在GenBank中登录(EU043369)。     

结直肠癌组织RABEX-5、LASS2、HOXB7蛋白的表达及临床意义

摘要 目的：探讨结直肠癌组织Rab鸟嘌呤核苷酸交换因子-5（RABEX-5）、人源长寿保障基因2（LASS2）、同源异型盒基因B7（HOXB7）表达与临床病理特征及预后的关系。方法：选择2013年10月至2015年4月期间在我院接受治疗的105例结直肠癌患者作为研究对象。检测其结直肠癌组织以及癌旁组织中RABEX-5、LASS2、HOXB7表达,分析RABEX-5、LASS2、HOXB7表达与临床病理特征的关系,采用Kaplan-Meier生存曲线分析不同RABEX-5、LASS2、HOXB7表达患者总生存率的差异,Cox比例风险回归分析结直肠癌患者预后的影响因素。结果：与癌旁组织相比,结直肠癌组织中RABEX-5、HOXB7表达阳性率上调,而LASS2阳性率下降（P<0.05）。LASS2表达与TNM分期、浸润深度和淋巴结转移有关（P<0.05）,而RABEX-5、HOXB7表达与TNM分期和淋巴结转移有关（P<0.05）。RABEX-5、HOXB7表达阳性患者的生存率分别低于RABEX-5、HOXB7表达阴性患者,而LASS2表达阳性患者的生存率高于LASS2表达阴性患者（P<0.05）。结直肠癌患者预后的影响因素包括TNM分期Ⅲ期、有淋巴结转移、RABEX-5阳性表达、LASS2阴性表达和HOXB7阳性表达（P<0.05）。结论：在结直肠癌组织中RABEX-5、HOXB7阳性率升高,而LASS2阳性率下降,且与TNM分期以及淋巴结转移密切相关。RABEX-5、LASS2、HOXB7表达与结直肠癌患者的生存和预后联系密切。     

大肠杆菌menA敲除对CoQ积累的影响研究北大核心CSCD

通过同源重组敲除大肠杆菌的men A基因,增加菌体Co Q合成量,用于构建Co Q高产菌株。以p KD4质粒为模板,PCR扩增kanr片段;在p KD46的辅助下,kanr片段转化大肠杆菌,利用抗生素筛选和PCR验证重组子;以紫外诱变菌为对照,发酵men A基因敲除菌株,分析Co Q种类和产量变化。成功获得men A基因敲除菌株,Co Q种类不变,产量增加约为38%。首次敲除men A基因,改良株Co Q产量得到提高,达到预期目标。     

基于菌群调控下的天然植物活性成分与全食态健康效用评价

肠道菌群与人体共同协作,菌群在帮助宿主对食物中的营养成分进行深入消化与利用的同时,也一同分享宿主为其提供的生存空间与营养物质,这是微生物与宿主之间形成的一种互利共生的特殊共存方式。这样的精妙结合,不仅使得微生物在人体中形成了固有的菌群结构,得到赖以生存的生物基位,也通过自身的功能代谢以及群体信号,为宿主在免疫、营养等方面提供所必需的调节与支撑。围绕药食同源天然植物的健康作用研究,目前大多着眼于对其功能组分的分离提取与活性评价。如植物多糖、多酚与黄酮等活性功能成分。然而在传统中医药中,植物多以全食态进行复配应用。目前在菌群水平研究中发现,对于影响人体健康水平的菌群模式并非固定且依赖于某一单菌种变化,微生物之间的生态竞争与代谢调控均以群体的方式与宿主持续进行共进化。药食同源天然植物,对菌群的调节作用主要还是依靠其全食态,这也从菌群这个微观生态环境的角度为传统中医学理论中对于中药食材即天然植物全食状态下的药效提供了重要佐证。因此,对于药食同源天然植物的开发与利用,应当结合菌群整体的调控进行分析,并对其全食状态与活性功能组分有充分的认识与评价。     

中国14个特殊旁系族群的头面部特征比较

头面部特征是人类学各人种进行分类的重要依据,在人类学的研究中被用作亲缘关系的证据。2006-2016年在四川、云南、西藏、贵州、海南、新疆、内蒙古共调查14个族群成人2989人（男性1434人,女性1555人）的16项头面部指标,比较这些族群头面部特征差异。研究结果如下：1）在男性族群中木雅人、尔苏人、临高人、白马人的面宽、头宽均较大。图瓦人、布里亚特人、摩梭人的面宽、头宽、形态面高、鼻高值均较大。僜人、革家人、莽人的面宽、头宽较小,而形态面高、鼻高值较大。空格人的面宽、头宽、形态面高、鼻高值均较小。2）在女性族群中图瓦人、布里亚特人的头宽、面宽、鼻高、耳上头高均较大。革家人、空格人的头宽、面宽、鼻高、耳上头高均较小。木雅人、尔苏人、八甲人、白马人、夏尔巴人的头宽、面宽较大,鼻高、耳上头高较小。僜人、克木人、莽人的头宽、面宽较小,而鼻高、耳上头高较大。3）头宽、容貌耳长跟纬度、年平均气温、年降雨量等环境因子相关性较高。4）通过聚类分析和主成分分析木雅人、尔苏人、白马人与羌族头面部特征比较接近。克木人与佤族头面部特征最为接近。革家人、僜人、莽人头面部特征比较接近。图瓦人、布里亚特人头面部特征与蒙古族比较接近。