甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析

AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene Cluster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。     

生物信息学及其在蛋白质组学中的应用

随着基因组学和蛋白质组学的发展,生物信息学在数据处理中的应用已经越来越广泛。作为数据处理中越来越重要的分析手段,蛋白质组学数据库是蛋白质组学的主要内容之一。本文分别从生物信息学的蛋白质双向电泳数据库和基于蛋白质质谱结果的数据库两个方面,概述了发展中的蛋白质数据库的最新动态和有关信息,同时对主要的热门蛋白质组学数据库站点和资源进行了评价和分析。     

预测和鉴定蛋白质翻译后修饰的生物信息方法

蛋白质翻译后修饰对蛋白质成熟、结构和功能多样性有决定性的作用。但蛋白质翻译后修饰的多样性、普遍性、动态性,使传统的生物化学方法在全局水平上理解翻译后修饰非常有限,对它们的研究、特别是大规模的研究长期发展缓慢。现在,在实验研究基础上,借助多方面的生物信息学方法,可以快速高通量的预测和鉴定蛋白质翻译后修饰。一方面,可以从序列角度出发,基于酶识别底物的特异性,用位点权重矩阵、支持向量机等算法,从底物蛋白质序列提取修饰相关的保守序列,并用于预测翻译后修饰位点。这种方法相对成熟,能够取得较理想的预测准确性,但不能反映不同时间不同细胞的翻译后修饰状态。另一方面,可从质谱数据分析出发,有望捕获细胞内翻译后修饰的动态特性。质谱分析的高灵敏度、高准确度和高通量的能力已使建立在质谱基础上的蛋白质组学成为研究翻译后修饰的重要工具,生物信息学方法和质谱蛋白质组学的结合则更可以加速研究翻译后修饰的进程。本文从序列和质谱分析两个角度总结评价了各种翻译后修饰相关生物信息学方法的研究近况,重点讨论利用质谱数据鉴定翻译后修饰的新思路。     

PRRSV—PCV2重组病毒的构建及PRRSV转录调控机制研究

目的 本研究旨在探讨猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)感染性cDNA克隆作为猪圆环病毒(PCV2)的主要免疫原开放阅读框架2(ORF2)表达载体的可行性,以及利用重组病毒对PRRSV复制转录过程进行解剖.方法 以北美株PRRSV感染性克隆pAPRRS为平台进行反向遗传操作,分别在pAPRRS的ORF1和ORF2间,ORF5和ORF6间,ORF6和ORF7间插入PCV2 ORF2,且对拯救病毒vPCV进行了病毒学及分子生物学鉴定.结果 vPCV的sgmRNA2.1利用了PRRSV mRNA2的转录调控序列(TRS),形成由PRRSV GP2和PCV2衣壳蛋白组成的sgmRNA2.1.外源基因的插入同时也导致重组病毒启用新的TRS 而产生3条新亚基因组,其中sgmRNA2.2和sgmRNA2.3采用PCV2上的序列来取代PRRSV RNA2本身的TRS;另一条sgmRNA2.4则为非经典型亚基因组,其TRS在PRRSV相应的AUG下游.结论 2株PRRSV-PCV2重组病毒可以稳定传代,为进一步研发PRRSV遗传标疫苗奠定了基础;插入片段上一些类似TRS序列的引入及插入片段(718bp)过长导致PRRSV ORF2 TRS 本身和其两翼序列的RNA结构变化是引起重组病毒遗传不稳定性的最主要原因;PRRSV可以利用TRS样外源序列作为转录启动子,这为进一步解剖PRRSV复制转录过程奠定了基础.     

快速老化小鼠额叶皮质的蛋白组学研究

目的:探讨快速老化过程中差异蛋白质及其与学习记忆的关系.方法:以13月龄和8月龄快速老化小鼠模型的快速老化亚系SAMP8和抗快速老化亚系SAMR1的额叶为研究对象,经双向电泳技术和考马斯亮兰G250染色,分别获取13月龄和8月龄SAMP8和同龄SAMR1额叶的2-DE考染图谱,用PDQuest 7.40图像分析软件,建立不同月龄蛋白质组的匹配差异图谱,分析图谱中SAMP8与SAMR1蛋白质的表达变化.结果:8月龄SAMP8额叶检测到579个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到612个蛋白点;13月龄SAMP8额叶检测到705个蛋白点,同龄SAMR1额叶检测到621个蛋白点.PDQuest7.40软件匹配差异分析显示,8月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMP8表达缺失33个蛋白,两者共有显著差异表达蛋白35个.13月龄SAMP8与同龄SAMR1比较,SAMR1中表达缺失84个蛋白,两者均有但表达有显著变化的蛋白质36个.13月龄和8月龄的SAMP8互相比较,13月龄组新增蛋白126个,二者共有差异表达蛋白58个.13月龄和8月龄的SAMR1比较,13月龄组新增9个蛋白,二者共有差异表达蛋白33个.结论:两组不同月龄小鼠额叶SAMP8和SAMR1存在差异表达蛋白质,进一步研究有助于了解衰老的发生机制,并为研发调节学习记忆蛋白的新药提供依据.     

胺碘酮诱发甲状腺功能亢进症32例临床分析

目的:探讨胺碘酮诱发的甲状腺功能亢进症(AIT)的临床进程和预后因素.方法:回顾性分析我院32例有完整资料的胺碘酮诱发的甲状腺功能亢进症患者,对其,临床特征、实验室参数、治疗方法和随访过程中的事件发生率进行评估,以和AIT相关的并发症如:死亡、心衰住院、中风、心律失常等作为观察终点.结果:32例病人中有1l例接受强的松治疗,但血清游离甲状腺素恢复正常的时间和非强的松治疗组比较没有差异,长期随访结果显示强的松治疗组具有较高的事件发生率.结论:胺碘酮诱发甲状腺亢进症具有较高的事件发生率,强的松治疗不能缩短血清甲状腺素恢复正常时间,反而增加不良事件发生率.     

vWF与IL-6预测肾性高血压大鼠经历人工寒潮发生卒中的研究

目的:观察易卒中型肾血管性高血压大鼠(RHRSP)在经历人工寒潮中风前血液中vWF与IL-6含量变化从而预测中风的发生.方法:双肾双夹法制作RHRSP模型,经历人工寒潮并于寒潮前取血,酶联免疫吸附测定(ELISA)法检测vWF与IL-6含量.结果:脑梗塞组寒潮前vWF的表达明显高于非卒中组,脑梗死组和脑出血组寒潮前的IL-6含量明显高于非卒中组.结论:高血压患者血液中IL-6和vWF的含量可能预测经历寒潮时发生脑卒中的情况.     

柴苓汤治疗自身免疫相关复发性流产的分子机理初探

目的:研究柴苓汤对外周血单个核细胞(PBMCs)Th1/Th2特异性转录因子T-bet/GATA-3 mRNA转录的影响,从基因水平探讨其治疗自身免疫性复发性流产的机理。方法:体外分离提取外周血单核细胞,在含有不同浓度柴苓汤的培养基中培养24 h,采用实时定量PCR技术检测T-bet和GATA-3 mRNA的表达。结果:柴苓汤浓度为10 g/ml时,PBMCs的T-bet mRNA表达水平(2.89±0.84)较对照组(1.66±0.14)增高,差异有显著性(P<0.05)。用1、10、100 g/ml浓度柴苓汤分别处理,GATA-3 mRNA的表达水平与对照组比较均无明显差异。结论:柴苓汤可上调转录因子T-bet mRNA的表达,进而可能通过增强Th1细胞因子产生、纠正自身免疫性复发性流产中Th2反应异常增强的Th1/Th2失衡状态,对其发挥治疗效应。     

血浆蛋白质组学的研究进展

血浆蛋白质组学是研究血浆蛋白质的功能和变化的一门科学。血浆中蕴藏着生命机体的所有信息,因此只有彻底了解血浆中存在哪些蛋白质,才能知道如何利用血浆来预测人体对疾病的易感性并监控疾病的进程,以期达到对疾病进行早诊断早治疗。由于血浆蛋白质组动态范围大,给研究带来了很大的困难。尤其是高丰度蛋白质的存在影响了低丰度蛋白质的检测率。而低丰度蛋白质都是有意义的具有临床诊断价值的蛋白质。因此去除高丰度蛋白质的干扰成了血浆蛋白质组学研究的关键。近年来,血浆蛋白质组学相关研究技术也得到了长足进展,为深入研究血浆蛋白质做出了重要贡献。血浆蛋白质组学作为一种无创性的研究方法,值得我们去探讨。本文就血浆蛋白质组学研究进展情况做一简要综述。     

组蛋白甲基化与乙酰化的研究进展

组蛋白甲基化与乙酰化作为共价修饰的两种不同方式,参与许多生物学过程,并在基因表达调控中有重要作用.探讨组蛋白甲基化、乙酰化以及二者之间的关系,对认识疾病相关基因功能有重要意义,并可进一步了解基因转录的表观遗传学调控机制.