甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析 |
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引用本文: | 庄静,周熙荣,孙超才,管帮超,彭日荷,乔玉山,章镇,高峰,蔡斌,熊爱生,姚泉洪.甘蓝型油菜中一类AP2/ERF转录因子的克隆和生物信息学分析[J].中国生物工程杂志,2008,28(5):29-40. |
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作者姓名: | 庄静 周熙荣 孙超才 管帮超 彭日荷 乔玉山 章镇 高峰 蔡斌 熊爱生 姚泉洪 |
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作者单位: | 上海市农业科学院生物所 上海市农业科学院作物育种栽培研究所 上海市农业科学院作物育种栽培研究所 上海市崇明县农业技术推广中心 上海市农业科学院生物技术研究所 南京农业大学园艺学院 南京农业大学园艺学院 上海市农业科学院生物技术研究所 上海市农业科学院生物技术研究所 上海市农业科学院生物技术研究所 上海市农业科学院生物技术研究所 |
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基金项目: | 国家高技术研究发展计划(863计划)
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上海市青年科技启明星和优秀学科带头人计划 |
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摘 要: | AP2/ERF转录因子家族是植物中广泛存在的一类转录因子,AP2/ERF这类转录因子主要参与植物的细胞周期、生长发育以及生物和非生物胁迫相关基因的表达调控。由于拟南芥和油菜同属于芸薹属,具有相似的基因信息,利用油菜UniGene数据库,以拟南芥ERF转录因子保守序列为探针,通过电子克隆从一个UniGene Cluster中分离得到三个同类的AP2/ERF转录因子,从cDNA序列、氨基酸序列的相似性、组成成分、理化性质、疏水性/亲水性分析、序列比对、进化树、功能域、二级结构、三级结构、无序化特性进行了预测和较为全面的分析。结果显示油菜来源的BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3属于AP2/ERF转录因子的B-2亚族,是亲水性蛋白,在蛋白质的三级结构上与AtERF1相似。蛋白质无序化分析发现,油菜BnaERF1、BnaERF2和BnaERF3无序化程度小于拟南芥AtERF1。设计引物通过PCR和RT-PCR方法分别从甘蓝型双低油菜沪油15幼苗的DNA和cDNA中扩增了上述基因,初步分析BnaERF2没有内含子,BnaERF1和BnaERF3有内含子。另外,通过EST丰度分析显示,该类转录因子的表达最高峰在种子中,其次为花,在芽、茎和分生组织中没有检测出表达的存在。
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关 键 词: | AP2/ERF 转录因子 电子克隆 生物信息学 甘蓝型油菜 |
收稿时间: | 2007-12-13 |
修稿时间: | 2007年12月13 |
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