对应分析和去趋势分析在有蹄类取食模式研究中的应用

本研究将2009年1月和2010年1月小兴安岭大沾河湿地自然保护区二可河林场内驼鹿冬季食性作为原始数据,分别以对应分析（CA）、去趋势分析（DCA）,并将数据以样本为单位进行标准化后,再进行去趋势分析（DCA_std）3种排序方法,对驼鹿冬季取食模式进行了研究,后通过普鲁克分析,比较了不同排序方法对大型有蹄类取食模式研究的效果。结果表明,3种排序法的1轴和2轴均能涵盖绝大多数信息量,CA涵盖79.27%,DCA涵盖66.65%,DCA_std涵盖68.22%;3种方法均能够在1轴上区分针叶树和落叶乔木类食物,在2轴上,3种方法主要能够达到针叶树种与除落叶乔木外的其他植物类别的区分。虽三者均能够展现有蹄类取食模式,但在图形可视化后,仅DCA_std无明显的弓形效应。普鲁克分析结果表明,DCA_std样本位移平方和与CA和DCA均有很大差异,即将数据先进行标准化再进行DCA分析能够有效去除弓形效应。因此,在由多度组成的食性数据在进行标准DCA分析前,应对数据进行前期处理会得到更好的效果。同时,以样本为单位的标准化将使排序分析结果生态学意义更明确。     

大花杓兰亲环素基因的克隆及生物信息学分析

亲环素是一个多基因家族,在植物生命活动中发挥着重要的作用。该研究以大花杓兰(Cypripedium macranthum)为材料,采用RT-PCR技术克隆到1个亲环素基因(CyP),并对其进行生物信息学分析。结果表明:大花杓兰CyP基因的开放阅读框序列为525 bp,命名为CmCyP(GenBank登录号为MH411125),编码174个氨基酸。预测CmCyP蛋白是一个位于细胞质、相对分子量约为18 kD、理论pI为8.73、无信号肽、跨膜结构域的亲水性蛋白质。磷酸化和糖基化位点预测分析发现,CmCyP蛋白存在18个潜在的磷酸化位点和2个潜在的糖基化位点。蛋白保守结构域预测分析发现,CmCyP蛋白包含一个高度保守的肽脯氨酰顺反异构酶结构域,属于单结构域亲环素。对二级结构进行预测分析发现,CmCyP蛋白中存在无规卷曲70个、延伸链56个、α-螺旋23个、β-折叠25个,这4种结构元件在三级结构中也有体现。系统进化树结果显示,大花杓兰CmCyP蛋白与铁皮石斛(Dendrobium catenatum)和万带兰(Vanda hybrid cultivar)的CyP蛋白的亲缘关系较近。该研究首次克隆了大花杓兰亲环素基因(CmCyP),为进一步探讨CmCyP基因的生物学功能奠定了基础。     

直刺变豆菜叶绿体全基因组及其特征

直刺变豆菜(Sanicula orthacantha)是中国广泛分布的多年生草本植物, 也是一味著名的民族药。本文通过二代高通量测序平台Illumina HiSeq PE150对直刺变豆菜叶绿体全基因组进行测序, 并通过生物信息学方法对其结构特征进行分析。结果表明: 直刺变豆菜叶绿体全基因组大小为157,163 bp, 包括大单拷贝区(large single copy, LSC)、小单拷贝区(small single copy, SSC)和2个反向重复序列(inverted repeat sequence, IRa和IRb), 长度分别为87,547 bp、17,122 bp和26,247 bp, 具有典型被子植物叶绿体基因组环状四分体结构; 共注释得到129个基因, 包括8个核糖体RNA (rRNA)基因、37个转运RNA (tRNA)基因和84个蛋白质编码基因。直刺变豆菜在叶绿体基因组结构、基因种类、排列顺序上与其他伞形科植物基本一致。直刺变豆菜叶绿体全基因组测序的成功为变豆菜属植物完整叶绿体基因组组装及其特征分析提供了新的方法。     

基于Nextflow构建的宏条形码自动化分析流程EPPS

基于宏条形码技术的物种快速检测有助于生物多样性的评估、预测和保护。本文介绍了常用宏条形码分析的步骤和参数设定方法。我们利用Nextflow搭建了一款宏条形码分析流程EPPS, 可以自动化地运行从原始数据的质量控制到环境多样性的比较。Nextflow软件还拥有流程监控的功能, 可视化输出每个进程所消耗的时间与内存。本文还使用测试数据和已发表数据证明该平台能够有效地分析宏条形码数据并可靠地分析环境生物多样性的相似性。     

益生菌制剂治疗2型糖尿病 临床疗效的Meta分析

目的系统评价益生菌制剂对2型糖尿病(T2DM)患者空腹血糖、脂质代谢以及应激反应的影响。方法计算机检索PubMed、Embase、The Cochrane Library、中国知网、维普期刊数据库和万方数据库。筛选关于糖尿病患者添加益生菌制剂相关性研究的中英文随机对照试验(RCT),进行纳入文献的资料提取和质量评价,采用RevMan 5.3软件进行Meta分析。对比益生菌组与对照组患者空腹血糖(FPG)、糖化血红蛋白(HbA1c)、甘油三酯(TG)、胆固醇(TC)和C反应蛋白(CRP)指标。结果共纳入17项符合标准的RCTs,Meta分析结果显示:与对照组患者相比,益生菌制剂可显著降低T2DM患者FPG (SMD=-0.43,95%CI:-0.57～-0.28,P0.00001)、HbA1c (SMD=-0.47,95%CI:-0.82～-0.12,P=0.009)和TG (SMD=-0.31,95%CI:-0.51～-0.11,P=0.002)水平;TC (SMD=-0.63,95%CI:-1.46～0.20,P=0.13)、CRP (SMD=-0.59,95%CI:-1.41～0.22,P=0.15)在两组患者之间差异无统计学意义。结论益生菌制剂可改善T2DM患者血糖、血脂状况。     

益生菌对结直肠癌术后 患者炎症因子影响的Meta分析

目的系统评价益生菌对结直肠癌术后患者炎症因子的影响。方法通过计算机检索PubMed、Embase、Cochrane、中国学术期刊全文数据库(CNKI)、万方数据库和维普数据库,评价纳入的临床随机对照研究,应用ReMan 5.3软件进行Meta分析。结果最终纳入8个临床随机对照试验,共597例患者。Meta分析结果显示:与对照组相比,使用益生菌进行术前肠道准备,可以降低结直肠癌术后患者血清IL-6[SMD=-1.67,95%CI(-2.65,-0.68),P0.001]、TNF-α[SMD=-1.39,95%CI(-2.05,-0.73),P0.001]及CRP水平[SMD=-2.12,95%CI(-2.67,-1.56),P0.001]。结论使用益生菌进行术前肠道准备,可减轻结直肠癌术后患者炎症反应,但受纳入研究质量的限制,上述结论有待更多高质量研究验证。     

《中国药典》中标准菌种质控新方法的研究

目的 研究《中华人民共和国药典》(简称《中国药典》)纳入的标准菌种质控新方法,并评价不同批号标准菌种的质量稳定性。方法 对脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行比较研究,同时整合16SrRNA基因序列分析、多位点序列分型和基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱等质控新方法,进行标准菌种质控新方法的建立,并对标准菌种的质量进行评价。结果 形成了适用于《中国药典》中标准菌种的方法,并通过整合的质控新方法对不同批号的标准菌种进行评价,结果显示,菌种质量稳定,遗传信息无改变。同时,建立了标准菌种16SrRNA基因标准序列、PFGE标准指纹图谱和标准基因型。结论 标准菌种质控新方法的研究,为更加全面、深入地评价标准菌种的质量提供了依据;建立的标准菌种质量控制体系及标准菌种质控鉴定信息,为标准菌种持续的质量控制奠定了重要的参比信息基础。     

罗伊氏乳杆菌辅助治疗种植体周围炎的临床和微生物学疗效

目的探究罗伊氏乳杆菌辅助治疗种植体周围炎(PIS)的临床疗效,并分析治疗后种植体周围的微生物环境。方法 86例2016年12月-2018年12月于我院就诊的PIS患者,按照随机数字表法将所有患者分为常规组(n=43)和联合组(n=43)。所有患者均给予一次牙周基础治疗及种植体清洗治疗,而联合组在此基础上增加口服拜奥益生菌滴剂(主要成分为罗伊氏乳杆菌),共计治疗90 d。而后于治疗前后分别对比两组患者出血指数(BI)、菌斑指数(PLI)、种植体临床冠高度、种植体探诊深度以及以上4组数据于两个时间点间的差值。同时,取患者种植体周围口袋中分泌物,并分析其治疗前后龈沟液中细胞因子间的差异;根据以往经验,采用real-time PCR技术分析标本中常见致病菌的负荷量。结果联合组治疗后BI显著低于常规组(P0.05),两组患者治疗前后BI、PLI及种植体周围探诊深度等指标比较差异具有统计学意义(均P0.05);联合组治疗后龈沟液中IL-1β、IL-6、TNF-α和MMP-8均显著低于常规组(均P0.05);联合组治疗前后福赛斯拟杆菌及牙龈卟啉单胞菌负荷量差异具有统计学意义(均P0.05)。结论罗伊氏乳杆菌辅助治疗PIS能更有效缓解患者症状,同时调节种植体周围细胞因子及微生物环境,对PIS有较好的治疗作用。     

野生矮牡丹高通量转录组测序分析

为探究野生稷山矮牡丹(Paeonia jishanensis)花青素等抗氧化活性物质生物合成的遗传基础,本文采用高通量测序技术Illumina NextSeqTM500对其幼嫩叶片、嫩茎和花芽混合池样本进行转录组测序分析。共获得39450个unigene,其中3563个unigene中有4106个SSR位点。在Swiss Prot数据库中注释到29420个unigene,其中11个与花青素生物合成过程相关,22个与类黄酮生物合成过程相关,15个与异黄酮生物合成过程相关;NR数据库中注释高达100%,有12个与类黄酮生物合成相关,7个与花青素生物合成相关;GO数据库中注释到24291个unigene,分为生物学过程、细胞组分及分子功能等三大类53个功能组,有21个unigene与黄酮、黄酮醇及异黄酮生物合成有关,4个unigene与花青素合成有关;eggNOG数据库中注释到38238个unigene,涉及植物生长发育过程绝大多数生命活动过程;KEGG数据库注释到5709个unigene,分别定位到6大类别42个代谢途径,其中25个unigene与花青素生物合成相关。研究表明,在稷山矮牡丹转录组序列中,共鉴定和发掘出多个涉及类黄酮化合物生物合成、花青素生物合成过程的相关基因序列及SSR位点,为下一步开展相关代谢合成途径研究奠定了基础。     

莲虾共作池塘夏季浮游植物群落及其与环境因子关系

为研究莲虾共作生态系统夏季浮游植物的群落结构特征,于2018年6月至8月对洪湖莲虾共作池塘的浮游植物和水质进行了定量调查监测,并探讨了浮游植物群落结构变化与环境因子之间的关系。结果显示,共鉴定有浮游植物7门71种属,其中绿藻门种类最多,蓝藻门和硅藻门种类次之,三者共占浮游植物总种类数的83.1%。浮游植物优势种有8种,以蓝藻门和绿藻门为主。莲虾共作池塘夏季浮游植物密度和生物量分别变化在2.50×10⁶~6.20×10⁷ cells/L和0.93~24.36 mg/L之间,浮游植物密度总体表现为逐渐升高的趋势,而浮游植物生物量为先升高后降低的趋势,且浮游植物各门的密度、生物量月份间差异不显著(P>0.05)。浮游植物Shannon-Wiener指数和Pielou均匀度指数均以7月最高出现峰值,不具有明显的月份差异(P>0.05);夏季各月的浮游植物多样性指数均较好,表明莲虾共作池塘浮游植物群落结构处于较稳定的状态。冗余分析（RDA）显示养殖期间的浮游植物物种密度受水温（WT）、总氮（TN）、氨氮（NH₄ ⁺—N）、高锰酸钾指数（COD_Mn）等多种环境因子的影响,而影响莲虾共作池塘各月浮游植物分布的关键环境因子是WT、NH₄ ⁺—N、TN。