| 大花杓兰亲环素基因的克隆及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 付亚娟,张 剑,刘 欢,侯晓强.大花杓兰亲环素基因的克隆及生物信息学分析[J].广西植物,2019,39(5):633-640. |
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| 作者姓名： | 付亚娟 张 剑 刘 欢 侯晓强 |
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| 作者单位： | 1. 廊坊师范学院 生命科学学院, 河北 廊坊 065000; 2. 河北省高校食药用菌应用技术研发中心,
河北 廊坊 065000; 3. 廊坊职业技术学院, 河北 廊坊 065000 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金(31100314); 河北省教育厅青年拔尖人才项目(BJ2016045); 廊坊师范学院博士基金(LSLB201405)[Supported by the National Natural Science Foundation of China(31100314); Talented Youth Program of Hebei Education Department(BJ2016045); Doctoral Foundation of Langfang Normal University(LSLB201405)]。 |
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| 摘 要： | 亲环素是一个多基因家族,在植物生命活动中发挥着重要的作用。该研究以大花杓兰(Cypripedium macranthum)为材料,采用RT-PCR技术克隆到1个亲环素基因(CyP),并对其进行生物信息学分析。结果表明:大花杓兰CyP基因的开放阅读框序列为525 bp,命名为CmCyP(GenBank登录号为MH411125),编码174个氨基酸。预测CmCyP蛋白是一个位于细胞质、相对分子量约为18 kD、理论pI为8.73、无信号肽、跨膜结构域的亲水性蛋白质。磷酸化和糖基化位点预测分析发现,CmCyP蛋白存在18个潜在的磷酸化位点和2个潜在的糖基化位点。蛋白保守结构域预测分析发现,CmCyP蛋白包含一个高度保守的肽脯氨酰顺反异构酶结构域,属于单结构域亲环素。对二级结构进行预测分析发现,CmCyP蛋白中存在无规卷曲70个、延伸链56个、α-螺旋23个、β-折叠25个,这4种结构元件在三级结构中也有体现。系统进化树结果显示,大花杓兰CmCyP蛋白与铁皮石斛(Dendrobium catenatum)和万带兰(Vanda hybrid cultivar)的CyP蛋白的亲缘关系较近。该研究首次克隆了大花杓兰亲环素基因(CmCyP),为进一步探讨CmCyP基因的生物学功能奠定了基础。
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| 关 键 词： | 大花杓兰 RT-PCR 基因克隆 系统发育树 序列分析 |
| 收稿时间： | 2018/6/19 0:00:00 |
Cloning and bioinformatics analysis of cyclophilin gene
(CmCyP)from Cypripedium macranthum |
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| FU Yajuan,ZHANG Jian,LIU Huan,HOU Xiaoqiang.Cloning and bioinformatics analysis of cyclophilin gene
(CmCyP)from Cypripedium macranthum[J].Guihaia,2019,39(5):633-640. |
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| Authors: | FU Yajuan ZHANG Jian LIU Huan HOU Xiaoqiang |
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| Institution: | 1. College of Life Sciences, Langfang Normal University, Langfang 065000, Hebei, China; 2. Edible and Medicinal
Fungi Research and Development Center of Hebei Universities, Langfang 065000, Hebei, China;
3. Langfang Polytechnic Institute, Langfang 065000, Hebei, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Cypripedium macranthum RT-PCR gene cloning phylogenetic tree sequence analysis |
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