NIPSNAP3A短发夹RNA腺病毒载体的构建及病毒包装

目的:构建靶向NIPSNAP3A的短发夹RNA(shRNA)腺病毒载体,干扰HEK293A细胞中NIPSNAP3A的表达。方法:设计靶向NIPSNAP3A的shRNA,插入穿梭质粒pENTRY,通过Gateway法获得腺病毒颗粒pAd-NIPSNAP3A-shRNA,转染HEK293A细胞,在细胞内包装获得腺病毒。结果:重组腺病毒载体经酶切鉴定正确,制备的病毒感染效率高,能显著抑制NIPSNP3A蛋白的表达。结论:干扰HEK293A细胞NIPSNAP3A表达的shRNA重组腺病毒载体构建成功。     

蛋白酶活化受体1在凝血酶介导的肺癌细胞功能中的作用

目的:探讨蛋白酶活化受体1(PAR1)在凝血酶促进肺癌细胞迁移、黏附、克隆形成及胶原收缩中的作用。方法:将本实验室已构建的重组干扰载体pSilence-shPAR1和过表达载体pIRES-EGFP-PAR1分别转入人肺癌细胞PLA-801D和PLA-801C中,采用反转录PCR和实时荧光定量PCR方法检测细胞中PAR1的表达量,Transwell实验检测细胞的迁移能力,细胞黏附实验检测细胞对细胞外基质的黏附能力,克隆形成实验检测细胞的增殖能力,胶原收缩实验评价细胞对细胞外基质的重塑能力。结果:PAR1高表达(PLA-801C-pIRES-EGFP-PAR1)可明显增强PLA-801C细胞的迁移、黏附和胶原收缩能力(P<0.05,P<0.001),而PAR1被有效干扰后(PLA-801D-pSi lence-shPAR1),PLA-801D细胞的迁移、黏附和胶原收缩能力显著减弱(P<0.05,P<0.001),而且PAR1的表达量直接与PLA-801D和PLA-801C细胞的克隆形成能力呈正相关。结论:PAR1在凝血酶促进肺癌细胞的黏附、迁移增殖和细胞外基质重塑等功能中发挥着重要作用,为以PAR1为靶的抗肿瘤治疗提供了理论基础。     

携带人肝细胞生长因子重组质粒pUDK-HGF对大鼠肾纤维化的防治作用

目的:研究肝细胞生长因子(HGF)基因转导对庆大霉素诱导的大鼠肾纤维化损伤的防治效果。方法:以雄性Wistar大鼠腹腔注射硫酸庆大霉素注射液制备肾纤维化模型;实验分为正常对照组、肾纤维化模型组、HGF治疗组;造模后第30 d,HGF治疗组于左侧肾脏直接注射重组质粒pUDK-HGF注射液,模型组注射质粒pUDK,正常对照组只进行假手术;于造模后第60 d处死大鼠,评价HGF对血尿素氮、血肌酐、24 h尿蛋白、肾系数等肾功能指标的改善作用,并对肾纤维化进行组织学评价。结果:与正常对照组相比,模型组肾功能下降,肾系数(8.8±0.95 g/kg)、血尿素氮(9.4±2.61 mmol/L)、血肌酐(42±10.33μmol/L,P<0.05)及24 h尿蛋白定量(25.78±8.66 mg,P<0.05)升高;HGF治疗组对肾功能有所改善,可缓解肾纤维化的进展。此外,本实验表明,对已纤维化肾脏直接注射HGF基因,可促进肾间质血管再生,并进一步降低肾小管间质损伤积分。结论:将HGF基因靶向导入大鼠体内可有效防治肾纤维化。     

基因芯片技术在检测肠道致病菌方面的应用

基因芯片技术具有高通量、自动化、快速检测等特点,因此被广泛地应用于各种研究领域,如细菌分子流行病学、细菌基因鉴定、致病分子机理、基因突变及多态性分析、表达谱分析、DNA测序和药物筛选等。现介绍基因芯片检测肠道致病菌方面的国外研究进展,基因芯片应用于检测肠道致病菌的3个方面:结合多重PCR对致病菌的毒力因子或者特异性基因进行鉴定;直接检测细菌的DNA或者RNA;以致病细菌核糖体RNA作为检测的靶基因同时检测多种肠道致病菌。由于其检测的高效率,该技术要优于其他分子生物学检测方法。基因芯片技术在肠道致病菌检测中有着巨大的应用价值,具有广阔的应用前景。     

类泛素化修饰Neddylation的功能和调控机制研究进展

NEDD8 (neural precursor cell-expressed developmentally downregulated 8) 分子是一类结构上与泛素相似的分子,参与蛋白质翻译后修饰,这一过程被称为Neddylation．Neddylation的发生机制与泛素化相似,需要E1、E2、E3介导的一系列酶促反应．Neddylation修饰在Cullin-Roc类泛素连接酶的活性调控中具有至关重要的作用,与泛素化研究相比,在真核细胞内仅发现了很少的能被Neddylation修饰的底物,Neddylation的生理功能也有待深入研究．     

鸟枪法蛋白质鉴定质量控制方法研究进展

鸟枪法串联质谱蛋白质鉴定策略由于其高可靠和高效率而被广泛应用于蛋白质组学研究中,这种方法直接对蛋白质混合物进行酶切,以肽段为鉴定单元,继而推导真实的样品蛋白质．由于利用质谱图推导肽段存在一定的假阳性率,而且直接对蛋白质混合物的酶切也导致了肽段和蛋白质之间关联信息的丢失,所鉴定的蛋白质难免存在部分不可靠结果．因此,蛋白质鉴定的质量控制在蛋白质组学研究中极为重要．蛋白质鉴定的质量控制包含两大类主要方法,其一为利用肽段进行蛋白质组装,当前最常用也被证明最有效的方法是使用简约原则,即用最少的蛋白质解释所有鉴定肽段,现有的方法可以分为布尔型和概率型,其二为鉴定蛋白质的可靠性评估,包括单个蛋白质鉴定置信度和蛋白质鉴定整体水平的假阳性率计算．综合各种可辅助蛋白质鉴定的先验信息,构建普适的概率统计模型,是目前蛋白质鉴定质量控制方法的发展趋势．     

无细胞系统原位制备蛋白质芯片片及其应用

主要介绍了目前在生物芯片表面进行蛋白质无细胞表达与定向制备蛋白质芯片的研究进展,包括各种基因植入芯片的方法、蛋白质体外不同表达的途径、蛋白质固定的策略以及可能的应用发展前景等.蛋白质芯片以其高通量、高灵敏和检测迅速等优点正成为蛋白质组学研究中的重要工具之一.蛋白质的高效表达与纯化、蛋白质在芯片表面的有效固定与蛋白质活性的保持等内容是蛋白质芯片技术发展的关键.采用纳米生物技术与无细胞表达系统,已经可以在生物芯片表面通过植入基因的方式制备相关的蛋白质芯片,从而为蛋白质芯片的原位制备开辟了新的方向.     

PNmerger: 一个整合生物学通路和蛋白质相互作用网络的Cytoscape插件

Cytoscape是一个广泛应用于分子相互作用网络可视化的软件．发展了一个基于java的Cytoscape插件PNmerger．对于一个蛋白质相互作用网络,PNmerger能够使用KEGG数据库中的通路信息自动注释网络中的蛋白质．并通过网络和通路的比较发现网络中已知的通路元件,预测可能的通路元件及通路交联元件．该软件可以可视化网络中存在的通路模块,并将连接不同通路间的潜在交联元件显示出来．PNmerger软件能够有效地帮助实验人员发现网络中重要的功能线索,帮助实验人员进行实验设计．用户可以通过网站http://www.hupo.org.cn/PNmerger下载PNmerger插件．     

规模化蛋白质相互作用的研究技术

蛋白质相互作用既是蛋白质执行功能的主要方式,也是细胞功能调控网络的结构基础。蛋白质间异常的相互作用及其连锁网络的紊乱是引起许多病理改变的原因。作为功能基因组和蛋白质组研究的重要内容,规模化蛋白质相互作用研究已成为近年国际上研究的热点之一。文章综述了当前规模化蛋白质相互作用研究中的常用技术和常用蛋白质相互作用数据库,研究者可根据研究需要和技术特点利用这些资源。     

循环microRNA与肿瘤诊断

miRNA是一类小分子调控RNA,在肿瘤的发生与控制方面发挥着重要的作用.已经发现在肿瘤患者的循环核酸中存在源自肿瘤的miRNA分子,这一现象提示循环miRNA分子可能成为无创诊断癌症的一个有效的方法.本文综述了循环miRNA作为循环生物标志物在肿瘤诊断中的应用,以及该领域的最新研究进展.