基因本体论的蟾蜍bHLH转录因子功能富集分布

基因本体论是国际上标准的基因和蛋白质功能知识词汇.利用基因本体论的功能富集分布比较和分析了两种蟾蜍bHLH基因分子功能分布特点.结果发现,两种蟾蜍的bHLH基因均有显著富集分布的GO注释语句,其中转录调控活性( GO:0030528)、转录调控(GO:0045449)、DNA结合(GO:0003677)、RNA代谢过程调控(G0:0051252)、DNA依赖的转录调控(GO:0006355)、转录(G0:0006350)和转录因子活性(GO:0003700)等频率很高,表明这些GO注释是蟾蜍bHLH基因常见的功能;此外,蟾蜍bHLH基因在肌肉器官发育、神经管和眼发育等一些重要的发育或生理过程的基因表达调控中发挥着重要的作用.     

BDCGrid:基于Globus的生物信息高性能计算网格系统

随着分子生物信息数据量高速增长,生物信息学面临着大规模、高通量、密集型计算的巨大挑战。为有效利用计算机资源,缩短高通量生物信息计算程序执行时间,我们基于Globus Toolkit网格中间件,实现了一个支持高通量生物数据计算的网格系统(Biological Data Computing Grid,简称BDCGrid)。BDCGrid计算网格系统模型可以有效整合中小型生物信息学实验室计算机资源,大大缩短高通量生物信息计算程序执行时间,为相关研究人员利用现有计算机资源处理大规模、高通量生物信息计算任务提供一种新的途径。     

miRNAs芯片数据的聚类分析与羽扇豆醇抗癌途径预测

羽扇豆醇是一种植物天然提取物,具有高效低毒的抗癌活性,对于药物开发领域有很高价值。目前对其抗癌机制还不是十分明确。使用TaqMan MicroRNA Assay芯片技术,从羽扇豆醇处理的hela细胞中miRNA的差异表达入手,探索扇豆醇抗癌分子途径。运用聚类分析等统计学方法和targetscan,RNAfold等序列分析工具进行信号组分的预测筛选,再结合对NC-BI,Gene Ontology等大型生物信息数据库的检索,最终在生物信息学层面上,分析得到hela细胞中羽扇豆醇抗癌的分子调控途径,即以受体酪氨酸激酶ERBB4介导的,hsa-miR-23b,hsa-miR-200b等几种miRNA参与的分子通路。     

环指蛋白RING1与A型核纤层蛋白的细胞内相互作用

环指蛋白RING1能结合DNA并抑制基因的转录.采用酵母双杂交方法从人骨骼肌文库中筛选出了与A型核纤层蛋白(lamin A)结合的RING1蛋白,回复杂交酵母能在缺陷培养基上生长.RING1与绿色荧光蛋白融合载体转染HEK293细胞,激光共聚焦显微观察发现RING1能与带红色荧光蛋白的lamin A蛋白在细胞核周围共定位.免疫共沉淀结果证明RING1与lamin A能够相互作用.结果证明了一个新的lamin A结合蛋白,为揭示lamin A影响基因表达乃至细胞衰老提供了依据.     

万寿菊属不同品种初花期抗旱特性分析

以万寿菊属(Tagetes)9个品种为试验材料,研究了自然持续干旱胁迫对它们初花期的花最大直径、叶色、旱害指数等形态指标以及叶绿素含量(Chl a+b,Ch a/b)、叶片相对含水量(RWC)、叶片保水力(WHC)、叶片和花的脯氨酸、可溶性糖和可溶性蛋白含量等生理指标的影响,以揭示其抗旱特性及其生理机制.结果显示:(1)持续6d干旱胁迫条件下,万寿菊9个品种花的最大直径显著降低,叶绿素含量和相对含水量均呈明显下降趋势.(2)万寿菊叶片的脯氨酸、可溶性蛋白和可溶性糖含量均呈上升趋势;而花的脯氨酸含量持续上升,可溶性蛋白含量呈下降趋势,但可溶性糖含量变化趋势复杂.(3)万寿菊旱害指数与其叶片相对含水量、叶绿素总含量、叶片和花的脯氨酸含量、叶片可溶性蛋白含量呈极显著相关.研究表明,抗旱性强的品种可以通过调节自身的渗透调节物质含量减轻干旱伤害;9个品种初花期抗旱性强弱依次为:珍妮>金门>鸿运>拳王>巨人>发现>小英雄>大英雄>迪阿哥.     

转基因红花中角质细胞生长因子KGF-1的表达

通过构建重组表达质粒载体p139035S-KGF1和根癌农杆菌介导在红花(Carthamus tinctorius)中表达角质细胞生长因子(KGF-1)。从侵染到诱导生根共需要14周, 转化率达0.1%。红花子叶在潮霉素筛选培养基上培养4–5周后便可获得丛生芽, 再生芽移入含潮霉素的伸长生根培养基, 培养4–8周可诱导生根。通过PCR、Southern blot、RT-PCR及Western blot检测证明目的基因KGF-1已经整合到红花细胞的染色体中, 实现了KGF-1外源蛋白在红花中的成功表达, 为开发KGF-1蛋白新的生产途径奠定了基础。     

喀斯特地区丛枝菌根真菌遗传多样性

为探明喀斯特地区丛枝菌根真菌( AMF)的遗传多样性特征,利用巢式PCR和DGGE相结合的分子生物学方法对茂兰喀斯特多个植被类型下的AMF遗传多样性进行了研究.结果表明,喀斯特地区AMF遗传多样性指数和物种丰富度分别平均为3.50和41,远高于非喀斯特对照样地的2.68和17,分析表明,喀斯特地区较高的AMF多样性与此地区丰富的植物多样性以及特殊的生态环境有关,是与喀斯特生态系统长期相互选择的结果.不同植被类型下的AMF多样性差异显著,相似性指数最高为0.34,喀斯特地区AMF的群落结构随着植被类型的改变发生显著变化;基因测序显示,喀斯特地区AMF的优势菌属是生态适应性很强的球囊霉属,在喀斯特石漠化生态恢复中具有较强的利用潜力.     

微核糖核酸在肿瘤血管生成中的调节作用

微核糖核酸(microRNAs,miRNAs)是广泛存在于真核生物中的一类短小的、不编码蛋白质的RNA家族,由18-25个核苷酸组成的单链RNA。研究表明microRNAs对肿瘤的发生发展具有重要的调节作用。肿瘤血管生成是实体瘤侵袭转移的关键步骤,抗肿瘤血管生成的治疗已成为当前研究的焦点,已有研究表明,microRNAs参与肿瘤血管生成的调节作用,通过对肿瘤血管生成相关因子的调控,影响肿瘤生成。     

荷叶黄酮对乳酸杆菌和双歧杆菌抗氧化能力的协同作用研究北大核心CSCD

为研究荷叶黄酮对乳酸杆菌和双歧杆菌抗氧化能力的影响,0.25 mg/m L的荷叶黄酮添加至培养基培养保加利亚乳杆菌(Lactobacillus bulgaricus A105)、动物双歧杆菌(Bifidobacterium animalis B211),并提取细胞裂解液,依次从自由基清除能力、抗脂质过氧化能力及抗氧化物质活性三方面评估其抗氧化能力。结果显示,0.25mg/m L的荷叶黄酮提高了动物双歧杆菌(54.9%)及保加利亚乳杆菌(14.8%)对O-·2清除能力;其对保加利亚乳杆菌清除DPPH自由基能力稍有提升,对动物双歧杆菌清除DPPH自由基能力稍有抑制;其对保加利亚乳杆菌抗脂质过氧化能力提升率达658%,具有显著的协同增效作用。同时发现:经添加0.25 mg/m L的荷叶黄酮至培养基后,动物双歧杆菌和保加利亚乳杆菌胞内超氧化物歧化酶(SOD)酶活及谷胱甘肽(GSH)活力得到显著的提高。结果表明,荷叶黄酮的添加对保加利亚乳酸杆菌和动物双歧杆菌的抗氧化活性具有促进作用,且对保加利亚乳酸杆菌抗脂质过氧化能力具有明显的协同促进作用,可能与其胞内SOD酶活及GSH活力得到的显著的提升有关,具有潜在的应用价值。     

羧甲基壳聚糖锌亚急性毒性研究北大核心CSCD

为评价羧甲基壳聚糖锌的亚急性毒性,30只雌雄各半的昆明种小鼠随机分为实验组1、实验组2和对照组,以两种不同锌离子络合量的羧甲基壳聚糖锌为材料,制取生理盐水浸提液,对实验组1和实验组2小鼠腹腔注射浸提液28 d,测定体重、相关血液生化指标、相关脏器指数,并进行各器官病理学检查。结果表明实验过程中各组小鼠基本生理状况均表现正常,实验结束后实验组1雄性小鼠血清ALP和UA含量均低于对照组,呈显著性差异(P<0.05),实验组2雄性小鼠血清UA含量低于对照组,呈显著性差异(P<0.05),其它血清生化指标与对照组比较无显著性差异。实验组2雌性小鼠肾脏指数高于对照组,差异显著(P<0.05),两实验组小鼠其它脏器指数均正常,与对照组比较无显著性差异。各组雌雄小鼠心、肝、脾、肺、肾以及胸腺外观观察与病理切片观察均未见明显病变,表明两种羧甲基壳聚糖锌对小鼠未表现明显的毒副作用。