子宫微生物研究及其对IVF-ET助孕患者妊娠结局的影响

目的 分析体外受精-胚胎移植(IVF-ET)患者的子宫微生物对妊娠结局的影响,并探讨影响子宫微生物群分布的因素.方法 选取2019年10月—12月在北部战区总医院生殖医学中心行IVF-ET治疗的139例患者为研究对象.入组患者均于移植手术前做阴道微生态检查.术后从移植导管尖端及外鞘配对获取患者的子宫内膜液和宫颈粘液进行...     

海生杆菌属的基因组测序数据分析

海生杆菌属首次于1997年鉴定,迄今包括18个物种,其中10个已完成全基因组序列测定。文中总结了海生杆菌属的菌种特征,并从碳源利用、聚羟基脂肪酸酯代谢和芳香族化合物降解三个方面对基因组测序数据进行了分析。研究发现,海生杆菌属具有完整的糖酵解途径和三羧酸循环,缺乏木糖利用基因。所有海生杆菌属菌种均含有Ⅰ型和Ⅲ型聚羟基脂肪酸酯合成酶的编码基因,表明该菌属可能具有普遍的聚羟基脂肪酸酯合成能力。海生杆菌属含有芳香族化合物的降解途径,苯、苯酚和苯甲酸可由不同的酶催化生成邻苯二酚,再由邻位断裂途径降解为3-酮己二酸,邻苯二酚也可由间位断裂途径降解为丙酮酸和乙酰辅酶A。基因组测序数据分析加深了对海生杆菌属代谢特征的认识,提示该菌属在聚羟基脂肪酸酯合成和海洋芳香族污染物治理方面有一定的应用前景。     

B-GOS对阿尔茨海默病转基因小鼠认知行为和抑郁情绪的影响*

目的: 观察新型低聚半乳糖(B-GOS)对APP/PS1/tau阿尔茨海默病转基因小鼠认知行为和抑郁情绪的影响。方法: 选用5月龄雄性APP/PS1/tau AD转基因小鼠和C57BL/6J对照小鼠,分为C57+Vehicle组、C57+B-GOS组、APP/PS1/tau+Vehicle组和APP/PS1/tau+B-GOS组,每组10只。B-GOS连续给予5个月后,依次采用旷场实验、新物体识别实验、Y迷宫实验、Morris水迷宫实验、悬尾实验、强迫游泳实验和条件恐惧实验,检测各组小鼠的认知行为表现和抑郁情绪变化。结果: ① 旷场实验:APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠在旷场中央区域的活动时间百分比显著低于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后显著升高(P＜0.05)。② 新物体识别实验:APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠的新物体识别指数(NOI)显著低于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01), 经过B-GOS干预后显著升高(P＜0.05)。③ Y迷宫实验:APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠的自发交替正确率显著低于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后显著升高(P＜0.01)。④ 经典水迷宫实验:APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠在第4日和第5日的逃避潜伏期显著长于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后均显著缩短(P＜0.05);在空间探索阶段,APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠的目标象限游泳时间百分比和穿越平台次数均显著低于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后均显著增加(P＜0.01)。⑤ 悬尾试验和强迫游泳实验:APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠的不动时间百分比均显著高于C57+Vehicle组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后均显著降低(P＜0.01)。⑥ 条件恐惧实验:在条件刺激(CS)作用前,各组小鼠的僵直比率无统计学差异(P＞0.05)。CS作用后,APP/PS1/tau+Vehicle组小鼠的僵直比率显著低于C57+Vehicle 组小鼠(P＜0.01),经过B-GOS干预后均显著上升(P＜0.01)。结论: B-GOS能够较大程度地逆转APP/PS1/tau小鼠的认知行为损伤,并减轻其抑郁情绪。     

利用形态学及mtDNA基因分子鉴定长须鲸和大村鲸

大型鲸类死亡个体,往往因腐烂程度较高或外部形态损坏,很难鉴定物种。2018年11月和2019年1月在江苏南通和浙江宁波各发现一头死亡须鲸。本文仔细辩别了两头须鲸的形态学特征,又应用分子生物学技术,分别得到903 bp和972 bp mtDNA控制区序列,以及467 bp和438 bp Cyt b序列。经GeneBank 序列比对,南通样本与长须鲸相似度最高,达99%~100%;宁波样本与大村鲸相似度最高,达97%~99%。通过MEGA 7.0软件的最大似然法（ML）构建的系统发育树与Blast结果一致。综上,南通死亡须鲸鉴定为长须鲸,宁波死亡须鲸鉴定为大村鲸。同时,由于这两个物种在中国的分布信息比较缺乏,本研究证实了长须鲸在江苏省南通市及大村鲸在浙江省宁波市象山县的新分布。     

一株PET降解菌株的筛选鉴定及降解特性

本研究进行了聚对苯二甲酸乙二醇酯(polyethyleneterephthalate,PET)降解菌株的分离、筛选和鉴定,以及降解机制的探究.用"分级筛选"策略,先利用塑料类似物对苯二酸二甲酯(diethyl terephthalate,DET)进行富集培养,在以PET颗粒为唯一营养源的无机盐固体培养基上进行涂布,从垃圾填埋场PET塑料样品中筛选获得具有降解PET颗粒能力的菌株JWG-G2.通过菌株形态观察、生理生化特性及16S rRNA序列分析,鉴定该菌株属于微杆菌属(Microbacterium sp.).菌株JWG-G2在pH 7.0、30℃时生长状态最佳.经菌株JWG-G2处理后,PET颗粒表面酯键特征官能团明显减少;PET颗粒失重率达到1％.菌株JWG-G2能够显著降解PET中间体对苯二酸单羟乙酯钠盐(monohydroxyethyl terephthalate,MHET)和对苯二甲酸双羟乙酯(bishydro-xyethyl terephthalate,BHET)多聚体,其降解率分别为4.5％和11.2％.菌株JWG-G2具有较好的PET颗粒及其中间体降解作用,为降解机制的深入研究提供一定理论基础.     

利用Batch-ANIm快速分析无色杆菌属菌株间的亲缘关系

基因组平均核苷酸相似度(average nucleotide identity,ANI)已成为鉴定细菌种内关系的黄金方法,开发可用于快速分析大量基因组之间ANI值的生物信息学工具具有重要意义.本研究以广泛应用的ANI分析软件JSpecies为基础,采用Perl集成编写了能够根据设置的线程数、自动生成多个JSpecies配置文件以完成基因组序列载入与成对选择,快速完成大量基因组ANI计算与分析的工具Batch-ANIm(下载地址:http://www.microbialgenomic.com/Batch-ANIm.html).采用该工具对已测序的 109株无色杆菌属(Achromobacter)菌株进行ANIm(基于MUMmer算法)计算,共获得5 886个ANIm值.整体上,基于"100-ANIm"进化距离获得的聚类分析结果与核心基因组进化树比较一致,表明ANIm聚类分析可用于快速展示无色杆菌属菌株之间亲缘关系.很多无色杆菌属种内菌株之间的ANIm值小于95％,但种间ANIm值却大于95％,这表明从基因组水平上部分无色杆菌属菌株的分类学命名存在错误,特别是无色杆菌属的代表种A.xylosoxidans,命名为A.xylosoxidans的50个菌株,只有40个菌株真正属于A.xylosoxidans.同时,基于全基因组序列的ANI值比较可以将部分种名不确定的菌株分类学命名精确到种水平.     

双歧杆菌属特异性定量引物的设计及验证

【目的】旨在设计一对双歧杆菌属特异性引物以检测不同样品中低丰度双歧杆菌的含量。【方法】在NCBI中下载57株双歧杆菌全基因组序列,以其共有单拷贝核心基因为目的片段设计双歧杆菌属特异性引物;并对引物进行PCR初筛和特异性复筛;之后借助ddPCR(Droplet Digital PCR,微滴式数字PCR)依次对筛选出的引物进行特异性、灵敏度和实用性验证。【结果】引物Bif-D-9特异性最好,可扩增出4株双歧杆菌而不能扩增20株非双歧杆菌中的任何一株菌;同时通过ddPCR仪定量稀释后的DNA,其扩增结果呈线性下降趋势,证明其灵敏度较好;另外,Bif-D-9结合ddPCR定量出婴儿粪便中双歧杆菌的拷贝数为71 copies/μL,母亲粪便中双歧杆菌的拷贝数为2.7 copies/μL,证明了该方法的实用性。【结论】引物Bif-D-9具有双歧杆菌属特异性,且灵敏度较高、实用性较好,适用于复杂样品中双歧杆菌属定量。     

地霉属真菌和棒状杆菌属菌株协同发酵生产γ-癸内酯

使用有油脂水解活性的地霉属菌株PL-4与有内酯合成能力的棒状杆菌属菌株RS105进行协同发酵转化蓖麻油生产γ-癸内酯,发酵产物用GC/MS（气质联用）方法进行检测,结果显示使用具有油脂降解能力的地震属真菌PL-4协同发酵较单独使用RS105发酵时内酯的产率有明显提高。     

异味物质β-环柠檬醛降解菌的分离和鉴定

β-环柠檬醛(β-cyclocitral)是由微囊藻产生的主要藻源性异味污染物之一。利用稀释涂平板法,从采集到的微囊藻水华水样中分离得到两株降解β-环柠檬醛的菌株DH16和DH18,16S rRNA序列比对和系统进化树分析表明它们分别属于食酸菌属(Acidovorax)和不动杆菌属(Acinetobacter)。实验室保藏的微囊藻毒素降解菌Novosphingobium sp.THN1对β-环柠檬醛也有降解效果,该菌属于新鞘氨醇杆菌属(Novosphingobium)。对三株菌进行以β-环柠檬醛为唯一碳源的培养实验,气相色谱检测分析表明DH18和THN1两株菌具有高效降解β-环柠檬醛的能力,可以作为研究β-环柠檬醛生物降解机理的理想材料。     

用mtDNA序列鉴定一头小布氏鲸标本

测定了采自浙江省瑞安市的一头须鲸类标本的线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,cyt b)基因369bp和控制区（control region)933bp的序列,通过与已发表的须鲸类同源序列比对,发现与西太平洋和日本水域的布氏鲸的cyt b基因和控制区分别有6.78%-7.05%和13.30%－14．40％的序列差异,而与来自所罗门群岛的布氏鲸之间cyt b基因的序列完全相同,控制区的序列也仅相差一个碱基（0.28%)。提示与邻近的西太平洋和日本海的普通布氏鲸在遗传上有显著区别,而可能与所罗门群岛的布氏鲸为同一种,即小布氏鲸（Balaenoptera edeni)。同时表明,应用分子生物学手段为进行鲸肉及其制品的种类鉴定是可行和有效的。