复杂基因组测序技术研究进展

复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术平台、组装算法与策略3个方面进行深入研究。本文详细介绍了复杂基因组测序组装相关的现有技术与方法,并结合复杂基因组经典实例介绍了复杂基因组测序的技术解决途径和发展历程,可为制订合适的复杂基因组测序策略提供参考。     

植物DREPP基因家族研究进展

发育调节质膜多肽(DREPP)蛋白是一类与质膜相关的植物特异性蛋白, 具有结合磷脂酰肌醇磷酸(PtdInsP_s)、Ca ²⁺/钙调蛋白(CaM)复合物、微管和微丝等多种功能, 在植物生长发育与逆境(低温和干旱等)应答过程中发挥重要作用。该文综述了植物DREPP家族成员的组成、蛋白质序列特征及其在发育与逆境应答过程中的生物学功能, 以期为深入认识DREPP参与的信号调控网络提供帮助。     

大花百子莲的开花物候与生殖特性

连续2年对引种植物大花百子莲在中国上海市人工种群的开花物候、结实情况进行观测记录,从不同水平分析了大花百子莲的开花物候对其生殖的影响。结果显示:（1）大花百子莲在引种地的开花时间为6月初至7月末;种群花期历时40 d左右,单株花期在14～31 d波动,单花寿命主要为2～3 d;2年的开花振幅平均在6朵·株^-1·d^-1左右,花朵开放百分率值在3.69%~4.87%左右,平均开花式样为11~17朵。（2）大花百子莲种群内2007年比2008年的各项开花物候指标均提前6～9 d;种群开花进程为渐进式的双峰曲线;种群花期重叠时间较长,2年的平均开花同步指数分别为0.663、0.695;植株个体相对开花强度主要分布频度为50%～70%。（3）开花物候指数与座果率的相关分析表明,始花时间与开花数目、座果数、花期长度呈显著负相关关系,开花数目与座果数、花期长度以及花期长度与座果数均呈显著正相关关系,同一花序内单花所发育成果实的数量与单花开放时间呈极显著负相关关系。研究表明,大花百子莲始花时间早的植株比始花时间晚的植株花期更长,开花数目多的植株比开花数目少的植株花期更长,花期长的植株比花期短的植株座果率更高;而且在同一花序上,越早开放的单花其结实的可能性越大。作为引种植物,大花百子莲开花物候年度间具有相似性,说明其在引种地可以适应环境压力,形成稳定的开花时间与开花模式;较长的花期重叠和大量的开花数目可以吸引较多的传粉者访问,为其生殖成功奠定了良好基础。     

辽宁省2014‒2016年副溶血性弧菌毒力基因及 血清型、耐药性

摘要：目的 研究辽宁省近三年副溶血性弧菌毒力基因携带、血清型分布及抗生素的耐药情况,为副溶血性弧菌疾病防治提供科学依据。方法 运用多重荧光定量PCR对2014?2016年共计317株食品中和临床分离出的副溶血性弧菌进行毒力基因tdh、trh和tlh检测,同时进行血清分型,并用肉汤稀释法测定对15种抗生素的耐药性。结果 317株分离菌中均携带tlh基因,其中有50.5％的菌株携带tdh基因。167株临床分离株中158株携带tdh基因,检出率为94.6％。317株副溶血性弧菌中85株不能进行K分型,其他菌株共分为29个血清型,167株临床分离株中71.3%为血清型为O3:K6。150株食品分离株中8%为血清型O2:K28,6%为血清型O2:K3。317株副溶血性弧菌对头孢唑啉耐药率达36.9%。结论 辽宁省副溶血性弧菌临床分离株多携带tdh毒力基因,食品分离株毒力基因tdh、trh携带率低。临床分离株中O3:K6血清型菌株均携带tdh基因,且更易产生耐药。辽宁省副溶血性弧菌食源性疾病菌株以携带tdh基因的O3:K6型菌株为主。食品分离株血清型分布比较分散,O2血清群为主要流行血清型。辽宁省地区副溶血性弧菌主要对β-内酰胺类和大环内酯类抗生素产生耐药性。     

2016‒2017年辽宁省沙门菌耐药菌谱与分子分型

摘要：目的 分析2016?2017年辽宁省沙门菌分离株的耐药特性与脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型特征,为沙门菌引起的食源性疾病暴发、防控及抗生素使用提供参考数据。方法 对分离的54株沙门菌进行血清分型和药物敏感试验。根据PulseNet沙门菌标准PFGE分型技术,选取全部菌株进行PFGE分子分型分析,应用BioNumerics软件对菌株条带进行分析,确定菌株间的特征及相关性。结果 54株沙门菌血清型居首位的是肠炎沙门菌,占46.30％;其次是鼠伤寒沙门菌,占24.07％;共分为10个血清型。对13种抗生素的耐药分析显示多重耐药菌株为36株,占66.7％,其中耐3～5种的13株（24.1%）,耐6～8种的13株（24.1%）,耐9～11种的10株（18.5%）。54株沙门菌经聚类分析获得36种带型,相似度区间为49.7%～100.0％。结论 辽宁省沙门菌分离株多重耐药状况比较严重,相同血清型其PFGE带型相似度相对较高,同时具有较显著的优势带型特点;而且发现同一PFGE型菌株的耐药谱相对比较接近。     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析

已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮＰＶ)基因组全序列测定。ＳｐｌｔＭＮＰＶ基因组全长 1 39341ｂｐ ,碱基组成中Ｇ Ｃ含量为 42 .7% ,与已发表的Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｅｘｉｇｕａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＳｅＭＮＰＶ) (44 % )和Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＢｍＮＰＶ) (40 % )相似 ,而与Ｌｙｍａｎｔｒｉａｄｉｓｐａｒｍｕｌｔｉ ｃａｐｓｉ…     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组的hr序列分析

对斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮ ＰＶ)基因组进行全序列分析 ,发现共存在 1 6个非编码的同源性 (ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｒｅｇｉｏｎｓ,简称ｈｒ) ,长度介于 1 5 6～ 1 347ｂｐ之间 ,Ｇ Ｃ含量平均为 33.0 %。在这 1 6个ｈｒ中 ,存在两类的不完全回文重复 (ｉｍｐｅｒｆｅｃｔｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃｒｅｐｅａｔ) ,即Ｐ Ｉ和Ｐ ＩＩ。Ｐ Ｉ是一个 41ｂｐ的回文序列 ,无明显的保守侧翼区 (ｆｌａｎｋｉｎｇｒｅｇｉｏｎ)。除ｈｒ3…     

《农业昆虫学》

<正> 该书由丁锦华教授主编,南京农业大学、江苏农学院、华中农业大学、上海农学院共21位从事《农业昆虫学》教学、具有丰富实践经验的教授、专家共同撰写编纂的,于1991年5月由江苏科学技术出版社出版。全书共436页,68万4千字,16开本,塑料压膜封皮。     

电针对狗胃电的影响

在狗胃壁埋植慢性电极,观察了电针对胃电的影响,实验结果显示,在清醒空腹情况下,胃电节律为每分钟5次左右,每一周期中以慢波为主,在有的情况下出现快波。进食时此节律减慢或紊乱,进食后快波成分增加,电针足三里穴,对慢波的影响很小,但能明显的增加快波振幅与摆动频率;这种变化在电针停止后仍能持续40-60分钟。吗啡能引起胃电节律的反复紊乱,对胃电快波的影响,表现为先增强后抑制的双相性变化。     

苏云金杆菌187菌的发酵特性

79—W—187是一株对伊蚊、库蚊和按蚊具有高毒效的优良菌株。在摇瓶培养条件下,我们对其生长繁殖规律进行了研究,现将初步结果报道如下。