链霉菌质粒的复制与进化

近年来, 随着大质粒提取和检测技术的发展, 尤其是高通量DNA测序技术的应用, 使得链霉菌大的环型质粒和线型质粒的研究取得了较快的进展。相比于研究透彻的细菌Theta型复制的质粒, 链霉菌Theta型质粒在复制区的结构、复制蛋白和调控蛋白作用的分子机理等方面具有多样性和新颖性。新鉴定的许多线型质粒的中心复制区表明中心复制的起始可以靠近端粒, 一个质粒也可以有2个以上的复制区。新分离的端粒序列显示端粒“折返”不是必需的, 而形成二级结构对于端粒复制是重要的。链霉菌环型和线型质粒的测序分析显示它们之间存在亲缘关系。环型质粒可以与噬菌体共整合, 实验证明它们在一定条件下可以相互转换。这些研究结果表明, 链霉菌环型、线型质粒和噬菌体从结构到功能到进化具有多样性、新颖性和亲缘关系。     

应用基因敲除快速构建大肠杆菌突变体改造脂肪酸代谢途径

【目的】基因敲除技术是研究基因功能的重要手段。我们试图建立一种快速、高效的大肠杆菌基因敲除方法。【方法】利用大肠杆菌(Escherichia coli)BW25113单基因缺失体Keio文库,将经典的Red同源重组技术与P1噬菌体转导技术相结合,对E.coli MG1655脂肪酸代谢基因进行快速敲除。【结果】获得了大肠杆菌β-氧化途径的缺失菌株△fadD、△fadE和△fadD-△fadE;脂肪酸合成途径缺失菌株△fabH、△fabF和△fabH-△fabF。敲除fadD和fadE对生长情况没有影响;敲除fabH后,生长速度明显减慢;敲除fabF对生长几乎没有影响。FadD、FadE及双敲缺失体的脂肪酸含量18.2 mg/L、20.0mg/L和19.2 mg/L,略高于野生型17.5 mg/L;FabH、FabF及双敲缺失体的含量分别为12.6 mg/L、15.2 mg/L和11.2 mg/L,明显低于野生型。【结论】在单基因突变体文库基础上,利用P1噬菌体转导、Red同源重组和抗性基因消除进行基因敲除,简化了构建大肠杆菌单基因和多重突变体的方法。     

噬菌体浓缩方法的比较

目的：对不同噬菌体浓缩方法进行比较。方法：采用PEG沉淀、PEG反透析、阴阳离子结合树脂、超滤等5种方法对T4、T7、N4等3类噬菌体进行浓缩对比试验;在此基础上,用浓缩效果较好的方法对土壤和河道污水样本中的噬菌体进行浓缩,观察浓缩效果。结果：上述5种方法对3类噬菌体均有浓缩效果;超滤的浓缩效果最好,其次是PEG反透析,PEG沉淀没有很好的浓缩效果;河水样本中噬菌体的回收率比土壤样本高。结论：可通过PEG反透析、超滤或两者相结合的方法,得到高浓度的有活性的噬菌体。     

噬菌体与宿主菌间的角逐

噬菌体和它们的宿主菌组成了地球上教目最庞大的微生物种群,噬菌体靠寄生宿主菌来扩增繁衍。但在漫长的进化中,噬菌体与宿主菌间不单是捕食关系,它们间还形成了复杂的相互对抗机制,其中抵抗防御机制的抗防御机制也会促使抗．抗防御机制的产生。从生态学角度来看,噬菌体和宿主菌间的共进化保持着动态平衡。本文综述近年来这一领域的研究,为更清楚地了解噬菌体与宿主菌间的关系和应用提供了参考。     

鲍曼不动杆菌噬菌体生物学特性的研究

从污水中分离鉴定鲍曼不动杆菌噬菌体,并对其生物学特性进行分析,为开发针对细菌感染的噬茵体生物制剂提供前期工作.采用双层琼脂法分离可裂解鲍曼不动杆菌的噬菌体,通过负染法电镜观察噬茵体的大小和形态,将噬菌体和宿主菌以不同比例混合,测定噬菌体的最佳感染复数并观察一步生长曲线,提取噬菌体核酸进行酶切电泳分析,通过SDS-PAGE分析噬菌体的结构蛋白和非结构蛋白.成功分离3株可裂解鲍曼不动杆菌的噬菌体(分别命名为ΦAb-1、ΦAb-2和ΦAb-3),电镜显示噬菌体的头部呈二十面体,直径约50nm,有一短尾.噬菌体ΦAb-1的最佳感染复数为10-2,一步生长曲线表明噬菌体在裂解宿主菌时,潜伏期为20 min,爆发期为30 min,裂解量为190 PFU/cell.限制性酶切电泳显示噬菌体ΦAb-1的基因组大小约40 kb左右,为双股环状DNA.SDS-PAGE的噬菌体蛋白电泳包括7种蛋白,分子量在29 ～ 116 ku.噬菌体ΦAb-1、ΦAb-2和ΦAb-3对鲍曼不动杆菌具有很强的裂解毒性.根据其形态、结构和噬菌体分类法,鲍曼不动杆菌噬菌体属于有尾病毒目,足尾病毒科.     

粘质沙雷菌裂解性噬菌体ФSM9-3Y的分离和鉴定

目的从医院污水中分离粘质沙雷菌噬菌体,并分析其生物学特性,为进一步研究针对耐药性粘质沙雷菌的噬菌体制剂提供依据。方法采用双层琼脂平板法分离纯化针对粘质沙雷菌的裂解性噬菌体,观察噬菌体对宿主菌的裂解特异性,通过负染法电镜观察噬菌体的形态结构,提取噬菌体核酸进行酶切电泳,测定噬菌体的最佳感染复数和一步生长曲线,SDS-PAGE电泳初步分析噬菌体的结构蛋白和非结构蛋白。结果从医院污水分离出7株可裂解粘质沙雷菌的噬菌体,对其中一株噬菌体(命名为ФSM9-3Y)的生物学特征进行了初步研究。电镜显示噬菌体呈蝌蚪状,头部为20面体立体对称、直径约70 nm;尾部长约50 nm。ФSM9-3Y的最佳感染复数为1。一步生长曲线表明;ФSM9-3Y的潜伏期约30 min,暴发时间70 min,暴发量为629 PFU/cell。凝胶电泳显示噬菌体基因组为双链DNA、大小约54 kb。SDS-PAGE呈现至少包括13种蛋白,相对分子质量范围在25～130 kD,其中主要蛋白的相对分子质量约为48 kD。结论此次分离的噬菌体ФSM9-3Y为裂解性噬菌体,根据形态和结构特征,粘质沙雷菌噬菌体ФSM9-3Y属于有尾病毒目,肌尾噬菌体科。     

应用改进的多聚组氨酸标签T7表达载体构建肺癌cDNA文库

应用噬菌体C端展示系统构建的cDNA文库缺乏开放阅读框筛选机制,文库中多数噬菌体克隆展示框外非天然短肽,给后期蛋白质的筛选带来了不便. 为实现噬菌体的ORF筛选功能,利用PCR技术对已有载体T7Select10-3b进行改造,在MCS处外源cDNA插入位点的3′端引入6聚组氨酸筛选标签,经包装后挑取成功表达的单克隆构建肺癌cDNA文库. 经镍柱亲和层析后,收集文库中表达组氨酸的克隆,利用化学发光免疫试验进行筛选效果鉴定. 结果显示,改造的新型载体可成功表达组氨酸标签,以此构建的肺癌cDNA文库经筛选后,含ORF插入的克隆由筛前的6 %提高至70 %,本研究为提高cDNA文库的质量提供了一种简便可行的方法.     

霍乱弧菌分型噬菌体VP3蛋白的双向电泳分析

目的:噬菌体-生物分型方案具有区分霍乱弧菌潜在致病力的作用,VP3是5个霍乱弧菌分型噬菌体之一。对VP3成熟颗粒的蛋白组成进行测定和分析,以补充基因组注释信息。方法:在全基因组测序及生物信息学分析的基础上,利用双向电泳技术及质谱鉴定,对纯化的成熟VP3噬菌体的结构蛋白进行分离及鉴定。结果:双向电泳分离得到近20个蛋白点,质谱鉴定出了其中的10个,对应于4个VP3蛋白和4个霍乱弧菌蛋白。结论:VP3结构蛋白的组成和T7具有很高的相似性。与噬菌体颗粒一起被纯化分离的宿主蛋白可能在VP3的转染过程中起作用。     

肠道噬菌体组生物信息学分析方法的研究进展

噬菌体是感染细菌的病毒,广泛存在于各类环境中。由于传统实验研究的局限性及噬菌体基因的特异性,导致对肠道噬菌体的研究很少。随着宏基因组测序技术的发展和各种生物信息分析软件的开发,可以通过噬菌体组学,加深对肠道噬菌体的认识。噬菌体组分析流程主要包括原始数据质量控制和预处理,病毒基因组序列的拼接组装,类病毒颗粒的筛选和系统分类注释以及进化分析和预测相应宿主细菌。本文对噬菌体组分析流程和其中所需要的常用生物信息分析工具和数据库进行详细的介绍,可以为肠道噬菌体研究以及相关的研究人员提供参考。     

一种基于配体肽的CRP荧光检测探针的研制

C反应蛋白（C-reaction protein,CRP）是反映机体炎症的有效标志物,早期检测是判断炎症相关疾病的关键,因此,研制CRP新型检测制剂具有重要意义。利用噬菌体表面展示技术对CRP特异性亲和配体进行了筛选,采用固相肽合成技术对目标配体进行了合成,并经生物标记、高效液相色谱法（high performance liquid chromatography,HPLC）分析及质谱（mass spectrometry,MS）鉴定,成功制得检测CRP的荧光探针。经3轮筛选、ELISA检测、重组噬菌体测序及序列比对后得到1个目标配体肽：S-P-H-N-R-S-N-L-V-Q-E-L;经肽合成及生物标记获得1种CRP荧光探针：FITC-（Acp）-S-P-H-N-R-S-N-L-V-Q-E-L。研究结果为CRP的有效检测提供了一种新型制剂。