超级增强子研究进展

超级增强子是具有转录活性增强子的一个大簇,驱动控制细胞身份基因的表达,在发育和肿瘤等疾病发生过程中起到重要作用。和普通增强子相比,许多肿瘤细胞关键致癌基因是由超级增强子驱动,常见疾病如阿尔茨海默病等相关的变异显著富集于超级增强子。超级增强子在关键致癌基因的鉴定、疾病关联变异位点的发现等领域显示了巨大的应用潜力。本文首先概述了如何在全基因组水平进行增强子的鉴定,随后引入超级增强子的概念和鉴定方法,最后阐述了超级增强子的主要结构和功能特征,并对其在研究中的应用做了展望。     

小鼠大脑纹状体诱发多巴胺信号分析——Monte Carlo模拟

突触前释放的多巴胺以容积式释放（volume transmission）来传递多巴胺信号,而碳纤电极（carbon fiber electrode,CFE）所记录的胞外电化学信号是大量多巴胺分子氧化电流的平均统计结果。这些特征为使用Monte Carlo方法来直观而细致地描述多巴胺在胞外“自由行走”的行为提供了可能。作者尝试使用Monte Carlo建模的方法来研究动作电位（AP）刺激的频率对纹状体内多巴胺浓度（[DA]）变化的影响。结果显示,与实验记录多巴胺信号相比,在生理强度（低频≤20 Hz,或≤12个 APs高频 80 Hz）刺激模式下,基于单一囊泡库的突触模型可以较好地模拟实验结果。此外,作者还分析了大脑神经网络结构等对实验数据的影响。研究说明,Monte Carlo模拟为研究大脑内多巴胺信号的产生机制提供了一种有效的辅助研究方法。     

2012年上海地区副溶血性弧菌血清分型和毒力基因携带状况研究

为了解2012年上海地区副溶血性弧菌人源株和食源株的优势血清型及其毒力基因携带状况,本研究收集了2012年从上海市15个区(县)腹泻患者和食品监测中分离的副溶血性弧菌株,进行血清分型,并采用聚合酶链反应(PCR)检测tdh和trh基因。结果显示,854株副溶血性弧菌中,88.1%为血清可分型,89.8%为产毒株。O3∶K6、O4∶K8、O1∶K25、O4∶K68、O4∶K9、O1∶K36、O3∶K29为上海地区可分型人源株的优势血清型(93.8%),其中O3∶K6最多,达56.2%。副溶血性弧菌全部分离株的月份分布显示出聚集趋势,7~8月为高峰期。O4∶K9和O1∶K36血清型菌株的月份分布与其他优势血清型菌株不同,未表现出明显聚集趋势。食源株无明显优势血清型,且与人源株分布不同。人源株产毒株构成(95.6%)高于食源株(5.5%)。人源株优势血清型产毒株构成(99.9%)高于非优势血清型(71.1%)。血清可分型人源株的tdh携带率(97.5%)高于不可分型人源株(67.6%),血清可分型人源株的trh携带率(0.8%)低于不可分型人源株(42.6%)。结果提示,副溶血性弧菌血清型分布与历史数据相比变化较大,血清型与毒力基因携带呈一定程度关联,且人源株与食源株在血清型和毒力基因携带上具有分离现象。因此,在副溶血性弧菌的监测与检测中应充分考虑血清分型和毒力基因的重要性。     

一株2011年出现的季节性甲型H1N1流行性感冒病毒血凝素基因特性的研究

本文通过比较2011年分离培养的1株季节性甲型H1N1流行性感冒(简称流感)病毒(A/Shanghai/1167/2011(H1N1))与历年季节性甲型H1N1流感病毒的血凝素(HA)基因,追溯该病毒的基因变异与来源,探讨该毒株的出现对流感防控工作的意义.采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法扩增病毒的HA和神经氨酸酶(NA)片段,并进行测序;应用分子生物学软件对获得的序列进行分析,绘制基因进化树;同时,通过血凝抑制试验检测2011年下半年健康人群中该流感病毒的抗体水平.结果显示,A/Shanghai/1167/2011(H1N1)的HA基因序列与世界卫生组织(WHO)2007～2008年季节性甲型H1N1流感病毒疫苗株A/Brisbane/59/2007(H1N1)最接近,同源性达99.2%,与新型甲型H1N1流感病毒A/California/07/2009疫苗株同源性仅为72.4%.其HA基因裂解位点为PSIQSR↓GLF,尚未出现高致病性的分子特征.HA片段共编码557个氨基酸,有9个潜在的糖基化位点,序列与2009年前WHO疫苗株A/NewCaledonia/20/1999(H1N1)、A/SolomonIslands/3/2006(H1N1)和/Brisbane/59/2007(H1N1)相比,分别有15、12和4处不同,这些差异分布在Sa、Sb、Ca1、Ca2、Cb 5个抗原决定簇的氨基酸差异分别有5、5和2处.该毒株在健康人群血清的抗体阳性率为34.33%,几何平均效价(GMT)为10.38.A/Shanghai/1167/2011(H1N1)是2011年出现在上海地区的一个季节性甲型H1N1流感病毒毒株,其抗原变异与既往季节性甲型H1N1流感病毒相比不大,但在以A(H1N1)pdm09为主要流行株的年份检测到散在发生的既往季节性甲型H1N1流感病毒毒株应当引起重视,其在人群中的抗体水平较低,易引起流行,需要提高对类流感人群中此种毒株的持续监测.     

凉水保护区土壤产类漆酶-多铜氧化酶细菌群落结构

在凉水国家级自然保护区3种主要林型红松(Pinus koraiensis)、白桦(Betula platyphylla)及云杉(Picea dietrich)林采集林下土壤样品,以铜离子作为筛选剂处理后,结合平板分离法与基于16S rDNA V3区片段的变性梯度凝胶电泳(DenaturingGradient Gel Electrophoresis,DGGE)技术,调查了土壤样品中产类漆酶-多铜氧化酶(laccase-like multicopper oxidase,LMCO)细菌的群落结构。这是研究产类漆酶-多铜氧化酶细菌在环境中存在的种、属及分布的新尝试。平板分离获得10株细菌均为芽孢杆菌属(Bacillus sp.),其中梭状芽孢杆菌(Bacillus fusiformis)未见相关报道。通过DGGE图谱分析可知,产类漆酶-多铜氧化酶细菌在研究地不同林型土壤中的群落结构无明显差异,在红松林土壤中多样性最为丰富。DGGE条带测序结果表明,取样地土壤中产类漆酶细菌主要为罗尔斯顿菌属(Ralstonia sp.)、肠杆菌属(Enterobacter sp.)、芽孢杆菌属和一些未培养细菌。     

氨氮胁迫下不同食性鱼类仔鱼抗氧化和非特异性免疫的差异响应

为探究氨氮胁迫对不同食性鱼类的影响, 研究选取不同食性的4种鱼类(鲢Hypophthalmichthys molitrix、草鱼Ctenopharyngodon idella、团头鲂Megalobrama amblycephala和黄颡鱼Pelteobagrus fulvidraco)仔鱼为研究对象, 探讨不同浓度氨氮(0、1、2和3 mg/L)短期胁迫(96h)对其生长、抗氧化和非特异性免疫响应的影响及其分子机制。结果显示: (1)氨氮胁迫导致4种仔鱼的体长生长速度呈现剂量依赖性减缓; (2)不同浓度氨氮导致4种仔鱼体内T-AOC、CAT和GPx含量显著降低(P<0.05), 2和3 mg/L氨氮暴露显著降低了草鱼、团头鲂和黄颡鱼仔鱼体内SOD活力(P<0.05), 仅检测到黄颡鱼gpx及鲢sod转录水平出现显著性下调(P<0.05); (3)在不同浓度氨氮胁迫下, 4种仔鱼相关免疫基因转录水平均呈现一定的上调, 仅鲢il1β转录水平显著下降(P<0.05), 相对地草鱼仔鱼LYZ含量显著性下降, 黄颡鱼仔鱼LYZ含量在2 mg/L氨氮组显著性上升(P<0.05)。双因素方差分析显示, 氨氮对所有抗氧化酶、免疫指标及免疫相关基因有显著影响, 不同种仔鱼之间T-AOC、CAT、GPx和C3及基因cuznsod、gpx、il1β和c3之间差异显著(P<0.05), 但鱼种和氨氮互作效应仅对C3和基因gpx、tnfα、il1β、c3影响显著(P<0.05)。研究表明, 高浓度氨氮急性胁迫引起仔鱼生长迟缓和氧化应激, 降低了其抗氧化性能, 削弱了其非特异免疫防御机能。相比较而言, 肉食性的黄颡鱼仔鱼对氨氮的耐受性较其他几种仔鱼弱, 草食性的团头鲂和草鱼仔鱼居中, 而鲢仔鱼对氨氮的耐受性较强。     

鲤幼鱼标准代谢率的个体差异与运动性能和摄食代谢的关系

为考察鲤科鱼类种内个体标准代谢率的差异及其与运动性能和摄食性能的内在关联,本研究以我国广泛分布的鲤(Cyprinids cardio)幼鱼[体重(4.79±0.08)g,n=36]为实验对象,在(25.0±1.0)℃下分别测量实验鱼的标准代谢率(SMR),随后测定单尾鱼的特殊动力作用(SDA)、自发运动、临界游泳速度以及活跃代谢率(MO2active)。实验鱼标准代谢率(SMR)的变幅为76.7~317.6 mg/(kg·h),其变异系数(CV)达24.4%;实验鱼在10 min内的尾鳍摆动次数(P0.05)和摄食代谢峰值(P0.05)均与标准代谢率(SMR)呈正相关;活跃代谢率(MO2active)(P0.05)与摄食代谢峰值以及活跃代谢范围与摄食代谢范围(P0.05)均呈正相关。然而,鲤幼鱼的标准代谢率(SMR)与相对临界游泳速度、活跃代谢率(MO2active)、特殊动力作用(SDA)时间和特殊动力作用(SDA)总量均不相关(所有P0.05)。研究表明,较高标准代谢率(SMR)的鲤幼鱼个体表现较高的活跃性和较强的摄食代谢能力,可能有助于其更易发现食物、逃避天敌以及加快食物处理。     

表观遗传学修饰在血液肿瘤中的研究进展

血液肿瘤作为一类常见恶性肿瘤疾病主要包括各类白血病、多发性骨髓瘤以及恶性淋巴瘤.随着现代社会高速发展,人群发病率呈逐年升高趋势,且发病年龄逐渐低龄化,发病原因与环境因素以及遗传因素密不可分.近年来研究发现,表观遗传学修饰在血液肿瘤发生发展的过程中扮演了重要角色,一些相关修饰基因作为血液肿瘤的治疗靶点在临床应用上取得了重要进展.针对近年来表观遗传学修饰在血液肿瘤中的研究新进展,本文将系统综述DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA及RNA修饰等在血液肿瘤发病机制方面的研究进展.     

白桦BpbHLH112基因克隆及其启动子表达特性分析

克隆白桦BpbHLH112基因的编码序列，并进行生物信息学分析。通过实时荧光定量PCR技术分析该基因在不同胁迫处理下的表达模式，进一步克隆了BpbHLH112基因上游1 446 bp的启动子区域，序列分析表明，该区域含有多个逆境响应、激素响应以及信号转导等相关元件，通过构建BpbHLH112启动子片段融合GUS报告基因的表达载体并进行烟草瞬时转化，分析在不同胁迫处理条件下BpbHLH112启动子驱动GUS基因表达的活性，结果表明BpbHLH112启动子的表达能够被一些逆境胁迫因子诱导，本研究结果为深入研究BpbHLH112调控白桦应对非生物胁迫作用的分子机理提供了理论依据。