上海2009甲型H1N1流行性感冒病毒全基因组分析

2009年全球暴发2009甲型H1N1流行性感冒(简称流感)疫情,上海于2009年5月出现第1例输入型病例。为了解上海地区输入型2009甲型H1N1流感病毒的生物学特征,以上海较早发现的2例输入型甲型H1N1流感患者作为研究对象,分离出A/Shanghai/37T/2009和A/Shanghai/71T/2009病毒,利用实时定量荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)鉴定病毒,通过扫描透射电子显微镜观察、免疫荧光检测、全基因组测序和生物信息软件分析,对这2株流感病毒形态、结构、耐药性、基因特点和病毒型别等进行研究。结果显示,病毒呈现正黏病毒颗粒形态特征;犬肾(MDCK)细胞内的病毒能与患者恢复期血清反应。此2株病毒的全基因核酸序列和氨基酸序列与美国参考株A/California/04/2009(H1N1)有较高同源性,其中第31位氨基酸残基发生改变。对金刚烷胺耐药,而对奥司他韦敏感。基于全基因组的系统发育分析,确认此2株病毒属2009甲型H1N1流感病毒。     

2009年中国流行的甲型流感病毒（H1N1）血凝素特征分析

目的研究甲型流感病毒（H1N1）暴发流行以来中国各地甲型流感病毒血凝素（HA）的特征。方法搜索甲型流感病毒（H1N1）暴发流行以来中国各地报道的血凝素（HA）的氨基酸序列,比较当年不同时期血凝素（HA）的氨基酸序列的变化,并比较2009年报道的血凝素（HA）的氨基酸序列和2008年、2007年报道的血凝素（HA）的氨基酸序列作比较,以分析和前2年血凝素（HA）氨基酸序列相比所发生的变化。结果2009年中国各地甲型流感病毒（H1N1）的血凝素（HA）的氨基酸序列（人源）的同源性为99%-100%,但和2008年以及2007年的同源性非常低,分别为70%-77%和71%-90%。结论2009年暴发流行的甲型流感病毒（H1N1）的血凝素氨基酸序列较往年发生了很大程度的变异,这可能是今年甲型流感病毒（H1N1）暴发流行的主要原因。     

2009−2015年中国甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

【目的】为了解中国地区2009?2015年甲型H1N1流感病毒流行态势,分析血凝素(Hemagglutinin,HA)基因的变异情况及其遗传进化特征。【方法】汇集国家流感中心2009?2015年流感周报的流感流行数据,分析甲型H1N1流感的流行病学特征;从全球共享禽流感数据倡议组织数据库及美国国家生物技术中心数据库下载甲型H1N1流感病毒HA基因序列,采用生物学软件进行系统进化和遗传特性的分析。【结果】2009?2015年全国共发生4次甲型H1N1流感的流行高峰。2009?2015年毒株与参考毒株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因同源性逐年降低。遗传进化分析显示同一年份的毒株在系统进化树上基本呈现集中分布,2011年的毒株独立形成2个分支。分子特征表现为HA基因的4个抗原决定簇氨基酸位点均有变异,其中Ca区的203位、Sa区的163位和Sb区的185位氨基酸位点逐渐替换为新的氨基酸。除2010年与2012年,其他年份的毒株通过不同模型均得到正向压力选择HA氨基酸位点240。【结论】甲型H1N1流感在中国地区成为主要流行的亚型之一。HA基因与其编码的氨基酸逐年变异,未来进一步的流感监测能力还需加强。     

上海市首例输入性甲型H1N1流行性感冒报道

甲型H1N1流行性感冒(简称流感)是由一种新型流感病毒引起的急性呼吸道传染性疾病。临床主要表现为流感样症状,包括发热、流涕、咽痛、咳嗽、头痛、腹泻等。奥司他韦和扎那米韦治疗甲型H1N1流感有效。本文报道上海市首例输入性甲型H1N1流感病例,以提高临床医生对这种新发流感的认识。     

H5N1禽流感病毒血凝素基因密码子的变异

应用固定效应似然模型研究了作用于H5N1禽流感病毒血凝素基因的选择压力．研究发现,除2000年以外,1997—2007年,H5N1病毒的血凝素基因都受到正选择压力的作用．东南亚、中国香港和中国大陆的血凝素序列氨基酸多态性最复杂,并且具有相似的非同义突变模式．大部分地区的H5N1病毒血凝素基因的一些位点受到正选择压力的影响,并且其中一些位点在不同地区的病毒中具有不同的氨基酸模式．另外,正选择压力对分离自欧洲、非洲和俄罗斯以及不同宿主类型的H5N1病毒产生了不同的影响．一个位点只在取自人类的病毒中被发现受到正选择压力的影响．尽管一些受到正选择压力的位点的功能尚不清楚,但是本文的分析提供了H5N1禽流感病毒适应不同时间、地点和寄主的遗传证据．     

云南省2009～2014年甲型H1N1流感病毒HA及NA基因特征分析

了解云南省2009~2014年甲型H1N1流感病毒的流行趋势,研究HA和NA基因进化特征。对云南省近6年来上报的流感监测病例数据进行病原谱总结,挑选出23株甲型H1N1流感毒株进行HA及NA基因分析。利用MEGA 5.0软件对测序结果构建进化树分析基因同源性。2009~2014年云南省共监测到4次甲型H1N1流感流行高峰,核酸检测结果中甲型H1N1流感占检出总量的28.8%。测序结果显示,HA与NA基因均分为3个类群,检测到一株具有H275Y突变位点的毒株。甲型H1N1流感是导致本省流感流行的重要亚型之一,2009~2014年间分离的毒株主要有Goup1、Gourp7和Gourp6三个支系,绝大部分甲型H1N1流感毒株仍对神经氨酸酶抑制剂敏感。     

江苏首例甲型H1N1(2009)流感病毒分离及其血凝素分子遗传特征分析

2009年6月12日,江苏确诊首例甲型H1N1(2009)病例。通过细胞和鸡胚分离系统,我们分离到一株具有较高血凝活性的病毒,命名为A/Jiangsu/1/2009。为了跟踪病毒的变异情况,我们开展了病毒的全基因组测序工作,在此基础上对其血凝素基因(Haemagglutinin,HA)的遗传特性进行了详细研究。分离株HA蛋白不具有多碱基HA裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与参考株A/California/04/2009相比,分离株A/Jiangsu/1/2009HA蛋白的有4个氨基酸发生了突变,但都不在已知的抗原位点上。分离株有5个潜在糖基化位点,这与近年来古典猪H1N1和北美三源重配猪H1病毒完全一致,保留了古典猪H1的特点。与禽流感H1病毒相比,分离株HA蛋白受体结合位点上的E190D和G225D发生突变,这可能成为新甲型H1N1(2009)在人际间传播的一个重要分子基础。此外,其它受体结合位点上相关氨基酸同时具有人和猪流感病毒的特点。本研究首次对早期流行的甲型H1N1(2009)流感病毒的HA蛋白的分子遗传特征进行了详细研究,对进一步监测病原变异具有重要指导意义。     

1981～2005年中国H1N1甲型流感病毒血凝素基因的HA1演变特征

为了解1981~2005年我国H1N1甲型流感病毒血凝素基因的HA1演变特征,选取H1N1甲型流感病毒370株,提取病毒RNA,经逆转录和聚合酶链反应扩增HA1并测序,测定的序列用生物信息软件分析,与GenBank中相关序列比较,并对推导的编码氨基酸序列进行基因特性分析。结果表明:HA1氨基酸的变异表现为抗原决定簇4个区均有变异,Sb区和Ca区变化较大;HA1受体结合位点(RBS)的前壁130环的第134位赖氨酸从1991年起在部分毒株HA1序列上开始缺失,以后缺失株逐步增多,自2000年起测定的所有毒株上该氨基酸全部缺失,同时这些缺失株的第137位氨基酸也全部由苏氨酸替换为丝氨酸;糖基化位点从增多到减少,最后稳定在7个;1981~2004年我国H1N1甲型流感病毒血凝素HA1编码的氨基酸在种系发育树上同年代基本呈现集中分布,与时间和地域无关,2005年毒株分成两个分支在时间上有明显差异。     

猪流感病毒H1N1血凝素基因和神经氨酸酶基因在大肠杆菌中的表达

克隆、表达和鉴定猪流感病毒H1N1 HA,NA基因序列,为制备抗体和基因工程疫苗打下基础。在成功克隆猪流感病毒H1N1全长HA、NA基因并测序的基础上,将部分基因序列克隆到表达载体pET32a(+)上,全基因序列克隆到表达载体pGEX4T-1上,构建了重组表达质粒pET32a(+)/HA(截短),pET32a(+)/NA(截短),pGEX4T-1/NA,转化大肠杆菌BL21/Rosetta,IPTG诱导表达,利用Ni2+亲和层析柱和GSTrap 4B亲和层析柱对重组蛋白进行纯化,并用Western Blotting和ELISA方法检测其抗原性。结果显示,重组蛋白在大肠杆菌中可以高效表达,SDS-PAGE显示其相对分子质量与预计大小一致。ELISA和Western blotting试验证实,重组蛋白具有良好的抗原性。本研究成功克隆和表达了猪流感病毒H1N1 HA、NA基因序列,为猪流感病毒H1N1诊断试剂和疫苗的开发等进一步的研究奠定了基础。     

一株达菲耐药的甲型H1N1流感病毒全基因特征分析

目的 分析1株甲型H1N1流感达菲耐药病毒株的全基因特征,为指导流感临床治疗与防控提供依据。方法 采用鸡胚进行病毒分离,提取病毒RNA,通过RT-PCR扩增其全基因组8个基因片段,测定核苷酸序列,利用生物信息软件拼接全基因组序列,绘制基因进化树并分析重要基因位点变异情况。结果 A/Fuzhou/SWL11609/2013(H1N1)流感毒株的8个节段基因均处于2013-2014年度进化簇中,且与A/California/07/2009(H1N1)疫苗株高度同源,8个基因同源性均在97.4%以上;其HA和NA基因与A/Hubei|Wuchang/SWL1322/2013(H1N1)达菲耐药株同源性最高,分别为100.0%和99.6%;初步判断该毒株未发生重配现象,其重要致病性基因位点未发生变异;NA基因中具有H275Y典型达菲耐药位点特征,缺失一个糖基化位点（N386K）,降低了基因结构的稳定性,同时在V241I和N369K的作用下降低了病毒的适应性。结论 本次研究的甲型H1N1流感达菲耐药病毒株表现为低致病性流感病毒特征,但具备较好的人传人能力,需进一步加强监测,谨防耐药株的广泛流行。     

A/swine/H1N1流感病毒中国分离株血凝素进化分析

2009年3月以来,甲型H1N1病毒已在全球包括中国造成了巨大的危害,所以利用生物信息技术对其进行研究显得十分必要。从NCBI数据库下载中国大陆境内A/swine/H1N1病毒HA基因核酸序列及其编码蛋白序列,利用MEGA4.0软件对核苷酸编码序列构建系统进化树,利用BioEdit软件对蛋白序列进行比对,分析重要抗原位点变异情况,结果显示2010年在广东流行的病毒,从其他地方传播到广东的,而非早期广东流行的的病毒变异而来。2008年福建,山东,北京等地区的病毒传播比较迅速.这些分析结果阐明了中国大陆境内A/swine/H1N1病毒血凝素(HA)基因的进化关系和变异趋向,对于研究A/swine/H1N1病毒具有重要的参考价值。     

引发2009年流感暴发的H1N1新型流感病毒的研究进展

引起流感世界性大流行的主要原因与流感病毒表面抗原血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)频发的变异有很大关系,抗原的变异使得流感病毒可以逃逸机体的免疫防御,而且使许多应用中的疫苗失去防御效果。综述2009年世界暴发的H1N1新型流感病毒的结构在进化过程中发生的变异,有助于增加人们对流感病毒的了解,从而有效的治疗和预防流感大流行。     

H5N1亚型禽流感病毒进化的研究进展

由H5N1流感病毒引起的高致病性禽流感,在禽类之间广泛传播。当人类接触这些禽类时,可能会被感染并产生严重的呼吸道症状,且死亡率高达60%。血凝素(hemagglutinin,HA)是H5N1病毒中和抗体的主要抗原,为了便于对病毒的HA突变进行研究,根据HA遗传基因的差异远近,所有的H5病毒株都被划分在20个分支内。对于H5N1病毒进化的研究在禽流感疫苗的研制、禽流感大流行的预防等方面均具有重要意义。现对禽流感、H5N1病毒特征、血凝素的结构功能、H5N1病毒的分支以及病毒进化的研究进行概述。     

Diagnosis of influenza viruses with special reference to novel H1N1 2009 influenza virus

On 15 April and 17 April 2009, novel swineorigin influenza A (H1N1) virus was identifi ed in specimens obtained from two epidemiologically unlinked patients in the United States. The ongoing outbreak of novel H1N1 2009 influenza (swine influenza) has caused more than 3,99,232 laboratory confi rmed cases of pandemic influenza H1N1 and over 4735 deaths globally. This novel 2009 influenza virus designated as H1N1 A/swine/California/04/2009 virus is not zoonotic swine flu and is transmitted from person to person and has higher transmissibility then that of seasonal influenza viruses. In India the novel H1N1 virus infection has been reported from all over the country. A total of 68,919 samples from clinically suspected persons have been tested for influenza A H1N1 across the country and 13,330 (18.9%) of them have been found positive with 427 deaths. At the All India Institute of Medical Sciences, New Delhi India, we tested 1096 clinical samples for the presence of novel H1N1 influenza virus and seasonal influenza viruses. Of these 1096 samples, 194 samples (17.7%) were positive for novel H1N1 influenza virus and 197 samples (18%) were positive for seasonal influenza viruses. During outbreaks of emerging infectious diseases accurate and rapid diagnosis is critical for minimizing further spread through timely implementation of appropriate vaccines and antiviral treatment. Since the symptoms of novel H1N1 influenza infection are not specifi c, laboratory confi rmation of suspected cases is of prime importance.     

Pandemic swine influenza virus (H1N1): A threatening evolution

“Survival of the fittest” is an old axiom laid down by the great evolutionist Charles Darwin and microorganisms seem to have exploited this statement to a great extent. The ability of viruses to adapt themselves to the changing environment has made it possible to inhabit itself in this vast world for the past millions of years. Experts are well versed with the fact that influenza viruses have the capability to trade genetic components from one to the other within animal and human population. In mid April 2009, the Centers for Disease Control and Prevention and the World Health Organization had recognized a dramatic increase in number of influenza cases. These current 2009 infections were found to be caused by a new strain of influenza type A H1N1 virus which is a re-assortment of several strains of influenza viruses commonly infecting human, avian, and swine population. This evolution is quite dependent on swine population which acts as a main reservoir for the reassortment event in virus. With the current rate of progress and the efforts of heath authorities worldwide, we have still not lost the race against fighting this virus. This article gives an insight to the probable source of origin and the evolutionary progress it has gone through that makes it a potential threat in the future, the current scenario and the possible measures that may be explored to further strengthen the war against pandemic.     

猪源性甲型H1N1流感病毒研究概况

2009年3月在美国和墨西哥流感样患者的呼吸道标本中鉴定出新的猪源性甲型H1N1流感病毒。该病毒可人-人传播,已蔓延到112个国家和地区。为了遏制不断重组或重配的流感病毒,各国学者对甲型H1N1流感病毒的分子生物学特征、复制周期及实验室诊断做了细致的研究,以研发相应的药物或疫苗,这些成就为世界各国防控今年新鉴定的猪源性甲型H1N1流感病毒感染发挥了重要作用。现就猪源性甲型H1N1流感病毒的鉴定、基因组结构特征做一综述。     

Functional association between influenza A (H1N1) virus and human

Influenza A (H1N1) virus is a severe threat worldwide. It is important to gain a better understanding of the mechanism of the infection. In the paper, we established a computational framework to investigate the crosstalk between the virus and the host, by finding out the proteins that the virus is attacking. The targeted proteins were predicted by taking human proteins laid on the same GO functions or processes as the virus proteins. One hundred and one core proteins were identified. The results provide some knowledge of the possible biological processes and molecular interactions caused by the viral infection, including the host responses.     

甲型H1N1流感病毒佐剂疫苗小鼠免疫效果

为了探讨甲型H1N1流感病毒氢氧化铝佐剂疫苗对小鼠的免疫作用及对小鼠繁殖性能的影响,以不同剂量、不同免疫程序免疫小鼠后定期采血;用血凝抑制(HI)方法检测血清H1N1流感病毒HI抗体滴度,观察H1N1流感病毒佐剂疫苗对小鼠受孕、产仔、哺乳的影响;比较孕鼠及非孕鼠的抗体滴度,免疫后孕鼠所产仔鼠的体重及H1N1胎传抗体水平。结果显示,以0.5μg组开始的不同剂量、不同免疫程序均可使小鼠产生90倍以上水平的H1N1流感病毒抗体;免疫后的小鼠不影响受孕、产仔及哺乳;仔鼠保护性抗体可持续1个月以上。H1N1流感病毒佐剂疫苗是一种高免疫原性的制剂,用低剂量免疫,即可产生90倍以上持续时间较长的保护性抗体。这种佐剂疫苗对小鼠的繁殖性能无明显影响,免疫产生的抗体经胎盘可垂直传递给仔鼠。     

季节性流感疫苗对小鼠感染 H7N9 禽流感病毒的保护效力简

目的 评价季节性流感裂解疫苗对流感病毒H7N9的免疫保护效力.方法 用我国2012～2013年度季节性流感裂解疫苗,以腹腔注射方式免疫BALB/c小鼠,并设PBS免疫模型组,末次免疫14 d后以5 LD50 A/Anhui/1（H7N9）进行攻试验.感染后观察记录小鼠临床表现,体重变化,并分别于第2天和第4天每组处死3只小鼠,取肺组织和鼻甲骨测病毒滴度和载量.结果 感染后疫苗与模型组小鼠体重下降明显,疫苗组存活率为10%,模型组全部死亡.感染后第4天疫苗组鼻甲骨滴度显著低于模型组.血凝抑制试验及中和实验表明免疫小鼠血清无中和H7N9病毒抗体.结论 季节性流感疫苗在小鼠中对于H7N9流感病毒感染无明显保护作用.