基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件

完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序（RNA-seq）数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件（其中新识别的可变剪接事件3922个）,包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.     

黄芪多糖对齐口裂腹鱼生长、体组成和免疫指标的影响

试验研究黄芪多糖对齐口裂腹鱼生长性能、体组成及免疫指标的影响。以450尾健康的齐口裂腹鱼[体重(6.98±0.43)g;体长(9.11±0.25)cm]为试验对象,随机分为5组(C1、C2、C3、C4、C5),每组3个重复,每重复30尾试验鱼。C1、C2、C3、C4、C5组分别投喂在等氮等能(蛋白质含量38.29%,能量15.73 mJ/kg)的基础料中分别添加0、0.02、0.04、0.06、0.08%的黄芪多糖制成5种试验饲料,养殖齐口裂腹鱼50d。结果表明:饲料中未添加黄芪多糖组的增重率(WGR)、特定生长率(SGR)、饲料蛋白效率(PER)均显著低于黄芪多糖添加组(P<0.05),而饵料系数(FCR)则显著高于黄芪多糖添加组(P<0.05)。当黄芪多糖添加水平为0.04%时,试验鱼的WGR、SGR、PER均达到最大(分别为110.31%、1.86%/d和182.07%),FCR最低(1.44),与其他各组差异显著(P<0.05);以WGR、SGR、PER、FCR为指标,利用直线和抛物线回归分析表明,齐口裂腹鱼生长性能最佳时黄芪多糖添加水平为0.045%—0.074%;对齐口裂腹鱼机体组成分析表明,黄芪多糖对鱼体粗灰分和水分影响不显著(P>0.05),黄芪多糖添加水平为0.06%时机体粗蛋白最高,但与黄芪多糖添加水平为0.04%时无明显差异(P>0.05);粗脂肪含量在黄芪多糖添加水平为0.04%时最高,与其他各组差异显著(P<0.05);未添加黄芪多糖组血清免疫酶活性显著低于黄芪多糖添加组,齐口裂腹鱼血清免疫酶活性在一定范围内随黄芪多糖的增加而增强。黄芪多糖添加水平为0.04%时,碱性磷酸酶(ALP)活性最高;酸性磷酸酶(ACP)活性在黄芪多糖添加水平0.06%时最大;黄芪多糖添加水平应在0.06%—0.08%时,溶菌酶(LSZ)、超氧化歧化酶(SOD活性趋于稳定。这说明黄芪多对齐口裂腹鱼的生长和免疫力有明显的促进作用。综合考虑齐口裂腹鱼生长性能和免疫能力最佳时黄芪多糖添加水平为0.04%—0.074%。     

不同地理种群赤拟谷盗肠道细菌群落多样性分析

【目的】了解储粮害虫赤拟谷盗Tribolium castaneum (Herbst)成虫肠道细菌群落组成及多样性。【方法】利用Illumina MiSeq高通量测序技术对3个地理种群的赤拟谷盗雄虫肠道细菌16S rDNA的V3-V4变异区进行测序分析。【结果】从赤拟谷盗肠道样本中共测得465 293条reads,聚类为113个OTU,共注释到8门、15纲、33目、52科和79属的细菌。其中,优势菌门包括变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和放线菌门(Actinobacteria)等,优势菌属包括假单胞菌属(Pseudomonas)、肠杆菌科未鉴定属(Unclassified-f-Enterobacteriaceae)、不动杆菌属(Acinetobacter)、肠球菌属(Enterococcus)和根瘤菌属(Rhizobium)等。3个地理种群的赤拟谷盗肠道细菌的Shannon指数、Simpson指数、Ace指数和Chao指数分别为1.5-1.7、0.3、79.7-133.2和76.4-85.2。【结论】不同地理种群的赤拟谷盗成虫的肠道细菌群落组成存在显著差异。     

不同规格拉萨裂腹鱼温度耐受性研究

实验旨在探讨三种规格拉萨裂腹鱼(Schizothorax waltoni)的温度耐受能力。通过每4h升高或者降低1℃, 其中升温或者降温1h, 平衡3h, 直到试验鱼全部死亡或水温降至0。结果表明: 大规格[(100.93±13.12) g、(19.71±1.04) cm]、中规格[(15.11±5.03) g、(10.05±1.19) cm]和小规格[(1.37±0.32) g、(4.51±0.35) cm]极限最高温度分别是30℃、30℃和33℃; 极限最低温度均为0, 均能在冰水混合的水中生存; 温度耐受幅分别是30℃、30℃和33℃; 在不同温度条件下拉萨裂腹鱼呼吸频率不同, 且不同规格拉萨裂腹鱼间呼吸频率存在着显著差异(P<0.05)。因此, 在高海拔和温度变化幅度较大的区域均适合拉萨裂腹鱼规模化养殖培育, 但在冬季人工养殖过程中, 由于小规格拉萨裂腹鱼耐受能力差, 应移入温室大棚中养殖, 从而保证较高成活率和正常生长。     

饲料蛋白质水平对异齿裂腹鱼生长、消化酶活性、非特异性免疫及蛋白质代谢反应的影响

为研究饲料中不同蛋白质水平对异齿裂腹鱼(Schizothorax)生长、消化酶活性、非特异性免疫及蛋白质代谢反应的影响, 配制蛋白质水平为20.01%、25.00%、30.19%、35.24%、40.12%和45.10%的6种等脂等能的饲料。选取初始体重为(115.46±16.20) g的异齿裂腹鱼540尾, 随机分成6组, 每组3个重复, 每个重复30尾, 进行为期94d的饲养试验。结果表明: 随着饲料蛋白水平升高, 异齿裂腹鱼末重(FW)、增重率(WGR)、特定生长率(SGR)均先升高后降低, 且在蛋白水平为40.12%时最大, 与30.19%组差异不显著(P>0.05); 蛋白质效率(PER)、成活率(SR)均呈先升高后下降趋势, 在蛋白水平为25.00%时最大, 与30.19%组差异不显著(P>0.05); 摄食率(FR)先降低后趋于稳定, 在蛋白水平为20.01%时最高, 显著高于其余试验组(P<0.05); 饲料系数(FCR)和肝体比(HSI)均呈先降低后升高的变化趋势, 在蛋白质水平为40.12%时最低, 与35.24%组差异不显著(P>0.05); 全鱼粗蛋白质显著升高(P<0.05); 胰蛋白酶(TPS)、脂肪酶(LPS)、淀粉酶(AMS)活性变化趋势基本与SGR、WGR和PER相一致, 且TPS>LPS>AMS; 肝脏中超氧化物歧化酶(SOD)活性逐渐升高, 在45.10%组最高, 与30.19%—40.12%组差异不显著(P>0.05), 谷丙转氨酶(ALT)、酸性磷酸酶(ACP)和碱性磷酸酶(AKP)活性先升高后降低, ALT和ACP活性在35.24%组高、AKP活性在30.19%组最高, 但各试验组差异不显著(P>0.05); 血清中的尿素氮显著上升(P<0.05); 血清中的血氨在45.10%组最大, 显著高于25.00%组(P<0.05)。异齿裂腹鱼WGR、SGR、FCR、PER与不同蛋白质水平分别进行二次回归分析得, 在试验条件下, 异齿裂腹鱼饲料中最佳蛋白质水平为31.20%—34.02%。     

棘腹蛙生物学特性及资源保护研究进展

棘腹蛙(Quasipaaboulengeri)是无尾目(Anura)叉舌蛙科(Dicroglossidae)棘胸蛙属的两栖动物。因其以农业和森林害虫为食且对生存环境要求高的特点,故有保护和监测环境的生态功能。但由于生态环境恶化和过度捕捉等原因,造成野生棘腹蛙数量急剧下降,被《中国脊椎动物红色名录》列为易危种。本文从棘腹蛙的习性、生存环境特征、系统进化、人工养殖和资源保护等方面进行了综述,为进一步研究棘腹蛙提供基础资料和理论依据。     

来源于麦氏喙枝孢霉的玉米赤霉烯酮水解酶在毕赤酵母中的高效表达及活性分析

【背景】玉米赤霉烯酮(zearalenone,ZEN)及其衍生物是一群具有雌激素活性的霉菌毒素,广泛存在于被霉菌污染的谷物中,造成食品业和畜牧业的巨大损失。利用专一性高的水解酶进行生物转化可有效去除玉米赤霉烯酮。【目的】构建高效表达玉米赤霉烯酮水解酶的酵母系统,以促进玉米赤霉烯酮水解酶的研究和工业应用。【方法】将来源于麦氏喙枝孢霉(RhinocladiellamackenzieiCBS650.93)的Rmzhd基因转入毕赤酵母中,筛选获得高效表达菌株,通过高效液相色谱分析发酵液中重组酶的性质。【结果】发酵液中Rm ZHD对ZEN的酶活力为16.67 U/m L,对α-ZOL的酶活力为9.85 U/m L。SDS-PAGE检测表达产物的分子量,与理论值30.7k D符合,且发酵上清液蛋白纯度高。Rm ZHD的最适p H值为9.6,最适温度为45°C,并具有较好的耐热性。【结论】研究结果为玉米赤霉烯酮水解酶的异源表达及其潜在的工业应用提供了一定的指导。     

不同温度条件下果蝇染色体结构的变化

将黑腹果蝇Drosophila melanogaster置于不同温度环境下培养,应用改良苯酚品红染色法制片.发现其唾腺染色体在不同的温度培养条件下,分布于染色体上的膨松区域有明显变化,在15℃和27℃下染色体的变化区域明显较19℃和23℃下的多,这些区域都与机体调控和表达的基因相关.这可能是机体对不适生存条件采取的保护措施所引起更多的染色体或基因发生变化的结果.对不同温度条件下部分染色体膨松区域的特殊基因作了简单讨论.     

邻苯二甲酸二丁酯对多刺裸腹溞的毒性

应用急性毒性实验和生命表实验等方法,研究了邻苯二甲酸二丁酯（dibutyl phthalate, DBP）对淡水枝角类多刺裸腹溞的急性毒性和生命表统计学参数的影响。结果表明,DBP对多刺裸腹溞48 h LC₅₀为9.68 mg·L^-1;0.05～5000 μg·L^-1的DBP对多刺裸腹溞的生命期望、总生殖率和净生殖率均无显著影响,但对世代时间和种群内禀增长率有显著影响（P<0.05）;与对照组相比,5000 μg·L^-1的DBP显著缩短了多刺裸腹溞的世代时间,提高了种群内禀增长率。     

工业污水对多刺裸腹溞心率、体长和抗氧化酶系的影响

通过工业污水的急性毒性试验,统计多刺裸腹溞（Moina macrocopa）的死亡个数,用概率单位法得出污水对多刺裸腹溞24 h、48 h的半致死剂量（LC₅₀）分别为17.68%和14.56%,污水属于极毒性。通过半致死剂量设定对照组和5个浓度组（1%、2%、4%、8%、16%）,测定污水对多刺裸腹溞的心率、体长、超氧化物歧化酶（SOD）、过氧化氢酶（CAT）和谷胱甘肽-S-转移酶（GST）的影响。结果表明：随污水浓度的增加和时间的延长心率和体长均先升高后降低,SOD、CAT和GST 3种酶活性总体呈现“低促高抑”的变化趋势,当污水浓度为1%时,SOD活性的变化大于CAT和GST,故SOD酶是机体抵制外界不良环境中重要的酶,为水质监测提供更为敏感的生物指标。