气候变化对我国红松要地理分布影响的研究

在红松林地理分布规律研究的基础上,应用地理信息系统ＩＤＲＩＳＩ和专门计算机软件－生态信息系统ＧＲＥＥＮ,找出适宜红松林分布的地理气候参数区间,并以此确定了红松式适宜分布区,在此基础上,根据全球气候预测模型ＧＣＭ。预测的２０３０年的气候变化结果,就气候变化对我国红松林地理分布的影响进行了预测。结果表明：到２０３０年的气候变化结果,就气候变化对我国红松林地理分布的可能影响进行了预测。结果表明：到２０３     

近视眼预测保健系统的研制

近视眼在我国是常见眼病,在青少年中患病率较高,其发病机制尚未完全明了,通过近视眼预测保健系统的研制应用,有助于降低近视眼的发病率、揭示近视眼的发病规律。     

枫香叶片变色期全长转录组测序及分析

枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得41.04 Gb的高质量数据,从中鉴定出全长非嵌合序列563 180条,通过聚类和去冗余,获得27 269条高质量全长转录本。在27 269条全长转录本中预测到2 035条长链非编码RNA(lncRNA),并检测出14 892个简单重复序列(SSR)位点和1 856个转录因子。(2)基因注释结果表明,NR、GO、COG、KEGG 等8个数据库共注释了24 857条转录本,KEGG数据库共获得了124个条代谢途径,主要有核糖体、碳代谢、氨基酸生物合成等,在类黄酮和叶绿素代谢途径中分别有49和71个转录本参与。上述结果初步揭示了枫香叶片变色期转录组信息以及功能特性,为后续研究枫香叶片变色分子机制、色素代谢合成途径和调控、相关功能基因克隆以及叶色改良提供基础数据。     

植物肉桂酰辅酶A还原酶基因克隆研究进展

木质素单体合成的过程中涉及了许多酶的参与,而肉桂酰辅酶A还原酶(cinnamoyl-CoA reductase,CCR)是该过程中的一个关键酶。综述了CCR基因在植物体内的克隆、基因功能及在植物组织中的表达情况,并介绍了该基因在植物的抗病虫害和抗逆性研究、饲草和能源上的应用潜力,为进一步研究CCR基因生物学功能和利用奠定了基础。     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。     

PCT和NT-proBNP在脓毒血症患者生存状况预测中的应用与评价

目的:探究患者降钙素原(PCT)和N端前体脑利钠肽(NT-proBNP)水平在评价脓毒血症患者生存状况的预测价值。方法:本研究于2013年6月~2015年6月期间,选择在我院治疗的脓毒血症患者81例为研究对象,根据患者纳入研究后1个月的生存状况,将所有研究对象分为存活组(55例)和死亡组(26例)。分别测定患者PCT和NT-proBNP水平,并记录患者急性生理与慢性健康状况(APACHEII)评分,通过ROC曲线探究PCT、NT-proBNP对患者生存预后评估的价值。结果:死亡组患者PCT水平及APACHEII评分均显著高于存活组,NT-pro BNP水平显著低于存活组患者(P0.05);PCT与APACHEII评分存在正相关关系(r=0.311;P0.05);NT-pro BNP水平与APACHEII评分存在负相关关系(r=-0.289;P0.05);ROC曲线显示PCT、NT-proBNP水平预测患者生存状况的敏感性(86.23%、82.01%)及特异性(80.89%、87.39%)均较高。结论:脓毒血症患者血清PCT与NT-proBNP水平在预测患者病情严重程度及生存状况方面具有重要价值。     

乳腺癌新辅助化疗的研究进展

乳腺癌是一种女性最常见的恶性肿瘤,近年来我国乳腺癌的发病率呈逐年上升趋势。研究证实,新辅助化疗不仅可使不能手术的晚期乳腺癌患者获得手术机会,而且也增加了部分患者的保乳概率,但是约20%的乳腺癌患者不能从新辅助化疗中获益,并影响后续治疗效果。因此,制定合理的、个体化的新辅助化疗方案对于提高乳腺癌患者的生存质量和改善其预后尤为重要。目前,研究已发现的NCT相关的预测因子主要包块肿瘤类型、分子分型、ER、PR、Ki67等,而HER2、TOP2A、P53、PRAP单独作为预测因子的还存在争议。本文主要对乳腺癌新辅助化疗的现状、各种预测因子的作用及其不足之处进行了综述。     

解淀粉芽孢杆菌TF28抗菌蛋白TasA基因序列分析及蛋白质结构预测

本研究以解淀粉芽孢杆菌TF28为材料,采用PCR方法从基因组DNA中扩增出抗菌蛋白Tas A基因,利用生物信息学方法对Tas A基因序列及其编码的蛋白质结构进行分析和预测。结果表明Tas A基因全长786 bp,含有一个完整的开放阅读框和一个终止密码子,编码261个氨基酸,经Blast比对,该基因与其它解淀粉芽孢杆菌Tas A基因同源性为95%~99%,与B.amyloliquefaciens FZB42(CP 000560.1)Tas A基因序列同源性最高为99%,与B.amyloliquefaciens DSM7(FN597644.1)的同源性最低为95%。预测该基因编码蛋白质分子量为28 k D,等电点为6.35,是含有信号肽和跨膜结构的亲水蛋白,蛋白结构中含有糖基化和磷酸化位点,二级结构中以琢螺旋、茁折叠和无规则卷曲为主。     

microRNA靶基因预测算法研究概况及发展趋势

microRNA（miRNA）是一类约22个核苷酸（nt）长的非编码小分子RNA,广泛存在于动植物细胞中,通过和靶基因的不精确互补配对而裂解mRNA或抑制翻译的起始。准确地预测miRNA靶基因和正确地认识miRNA及其靶基因的作用机理已成为当前研究的热点。作者试图对目前常用的10余个高等生物miRNA靶基因预测软件的实现原理、适用对象及各算法的创新之处等加以综述,以便为进行靶基因预测算法设计人员提供参考,对生物学实验验证提供更好的理论指导。     

面向蛋白质功能位点识别的机器学习平台构建

有关蛋白质功能的研究是解析生命奥秘的基础,机器学习技术在该领域已有广泛应用。利用支持向量机(support vectormachine,SVM)方法,构建一个预测蛋白质功能位点的通用平台。该平台先提取非同源蛋白质序列,再对这些序列进行特征编码(包括序列的基本信息、物化特征、结构信息及序列保守性特征等),以编码好的样本作为训练数据,利用SVM进行训练,得到敏感性、特异性、Matthew相关系数、准确率及ROC曲线等评价指标,反复测试,得到评价指标最优的SVM模型后,便可以用来预测蛋白质序列上的功能位点。该平台除了应用在预测蛋白质功能位点之外,还可以应用于疾病相关单核苷酸多态性(SNP)预测分析、预测蛋白质结构域分析、生物分子间的相互作用等。