枫香叶片变色期全长转录组测序及分析 |
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引用本文: | 刘雄盛,尹国平,肖玉菲,蒋燚,王仁杰,黄荣林,姜 英,王 勇.枫香叶片变色期全长转录组测序及分析[J].广西植物,2023,43(9):1710-1720. |
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作者姓名: | 刘雄盛 尹国平 肖玉菲 蒋燚 王仁杰 黄荣林 姜 英 王 勇 |
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作者单位: | 广西壮族自治区林业科学研究院, 广西优良用材林资源培育重点实验室, 南宁 530002 |
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基金项目: | 广西优良用材林资源培育重点实验室自主课题(2019-A-03-02); 广西林业科技推广示范项目(桂林科研 [2021]26号)。 |
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摘 要: | 枫香因其树形优美,入秋后叶色红艳或橙黄,极具观赏价值,是优良的景观生态树种。为了解枫香叶片变色及其次级代谢过程的遗传基础,该文以枫香5个叶片变色期叶片混合样品为材料,利用单分子实时测序技术(PacBio平台)对其进行全长转录组测序。结果表明:(1)全长转录组测序共获得41.04 Gb的高质量数据,从中鉴定出全长非嵌合序列563 180条,通过聚类和去冗余,获得27 269条高质量全长转录本。在27 269条全长转录本中预测到2 035条长链非编码RNA(lncRNA),并检测出14 892个简单重复序列(SSR)位点和1 856个转录因子。(2)基因注释结果表明,NR、GO、COG、KEGG 等8个数据库共注释了24 857条转录本,KEGG数据库共获得了124个条代谢途径,主要有核糖体、碳代谢、氨基酸生物合成等,在类黄酮和叶绿素代谢途径中分别有49和71个转录本参与。上述结果初步揭示了枫香叶片变色期转录组信息以及功能特性,为后续研究枫香叶片变色分子机制、色素代谢合成途径和调控、相关功能基因克隆以及叶色改良提供基础数据。
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关 键 词: | 枫香 叶片变色期 单分子实时测序技术 全长转录组 基因功能注释 |
收稿时间: | 2022/6/4 0:00:00 |
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