13种竹类植物的果实形态特征

对9属13种竹类植物的果实形态特征进行了观察和描述,并对果实形态指标(包括带稃长、带稃宽、带稃长宽比、去稃长、去稃宽、去稃长宽比以及千粒质量)进行了方差分析和变异系数( CV)分析。结果表明：13种竹类植物果实均为基本型颖果,外带内、外稃,果皮质薄不开裂;外稃顶端多数不具芒;果实多具明显的腹部纵沟槽;稃片颜色多呈灰褐色、黄褐色、棕色、灰色或灰绿色;成熟果实颜色多为棕色、棕黑色、棕红色、黄棕色、灰色、灰褐色、黄褐色、黑褐色或褐色;果实形状基本为椭圆形类、卵圆形类和长圆柱形类。供试13种竹类植物间的果实带稃长、带稃宽、带稃长宽比、去稃长、去稃宽、去稃长宽比以及千粒质量均有极显著差异,并且这7个指标的种间CV值分别为34.60%、28.19%、54.63%、21.22%、27.96%、38.19%和57.38%,但各指标的种内CV值明显小于其种间CV值。综合分析结果显示：果实竹类植物果实外稃顶端是否具芒、稃片颜色、稃片对果实的包裹程度、稃片长度与果实长度的关系、去稃果实形状、成熟果实颜色、腹部纵沟槽是否明显和花柱是否宿存等特征可作为竹类植物属和种分类的参考依据;其中,果实千粒质量、带稃长宽比和去稃长宽比较果实长和宽更适合作为竹类植物种的分类依据。此外,13种竹类植物中,刚竹属( Phyllostachys Sieb. et Zucc.)刚竹组( Sect. Phyllostachys)的毛竹﹝Phyllostachys edulis ( Carr.) J. Houz.﹞、淡竹( P. glauca McClure)和乌哺鸡竹( P. vivax McClure)的果实形态极其相似,均具有较长的宿存花柱,明显异于其他竹类植物的果实,可将此特征作为刚竹属种类的识别特征之一。     

基于深度最大输出网络的抗体种型特异性B细胞表位预测

B细胞表位研究有助于肽段疫苗研制,抗体研制以及疾病诊断和治疗研究.不同的B细胞表位诱导免疫系统产生不同的抗体种型,探索研究能够诱导特异性抗体产生的B细胞表位具有重要意义.基于二肽组成特征,利用深度最大输出网络算法训练构建三个二类分类器,分别对应诱导三种不同特异性抗体的B细胞表位,即IgA表位,IgE表位以及IgG表位.通过五折交叉验证训练和测试这三个分类器,获得AUC的值分别为0.78,0.93以及0.78.IgA表位和IgE表位分类器的预测能力优于其它IgA表位和IgE表位分类器,IgG表位分类器和其它IgG表位分类器的预测能力相当.     

迟到的爱——我与昭通剑齿象

正与大象化石结缘40年前,我刚进入中科院古脊椎动物与古人类研究所,被分配到技术室,跟张宏师傅学习组装黄河古象的化石模型,那是我第一次尝试化石骨架整体装架。巨大的古象化石使我振奋,觉得能参加该项工作意义重大,有多少观众会通过这件大型的展品,了解到古化石的进化和发展。后来经《化石》杂志编辑部同意,将我撰写的一篇《怎样再现古象雄姿》工作总结的文章,刊登在《化石》杂志上。使我这个刚刚进入古脊椎动物     

基于三类特征融合的O-糖基化位点预测

糖基化是蛋白质翻译后的主要修饰,O-糖基化的固定模式未知,高精度识别O-糖基化位点是机器学习面临的挑战性问题.以迄今最大的人O-糖基化位点Steentoft数据集为基础,本文首次提出了基于位置的卡方差表特征χ~2-pos,融合伪氨基酸序列进化信息Pse PSSM以及无方向的k间隔氨基酸对组分Undirected-CKSAAP表征序列,构建5个正负样本均衡的支持向量机分类器,经加权投票,独立测试准确率、Matthew相关系数及ROC曲线下面积,分别达到了89.62%、0.79、0.96,明显优于文献报道结果.χ~2-pos、Pse PSSM与Undirected-CKSAAP三种特征的融合在蛋白质糖基化、磷酸化等位点预测中有广泛应用前景.     

我国综合医院门诊与出院医药费动态比较及相关分析

目的 探讨我国综合医院门诊和出院药费、检查治疗费动态规律,进行建模拟合预测,比值、相对增率计算和相关性分析研究。方法 以2004—2011年门诊次均、出院人均医药费为资料,计算相对增率、分析比值变化,建模拟合、预测2012年情况,作多层面相关分析。结果 原始数据均作回归预测;随医院级别降低,药费与检查治疗费比值为门诊次均小而出院人均大,比值时序变化无关;计算相对增率从同指标不同医院间、同医院门诊与出院间、同医院门诊或出院的药费与检查治疗费间等多层面检验相关显著性。结论 全面提取医药费动态信息,经原值建模拟合预测、相对增率和比值计算和相关分析等综合研究途径有决策参考意义。

     

蛋白质二级结构在线服务器预测评估

蛋白质二级结构的预测,对于研究蛋白质的功能和人类生命科学意义非凡。1951年开始提出预测蛋白质二级结构,1983年对于二级结构的预测只有50%的准确率。经过多年的发展,预测方式不断的改进和完善,到如今准确率已经超过80%。但目前预测在线服务器繁多,连续自动模型评估(CAMEO)也只给出服务器三级结构的预测评估,二级结构评估还未实现。针对上述问题,选取了以下6个服务器:PSRSM、MUFOLD、SPIDER、RAPTORX、JPRED和PSIPRED,对其预测的二级结构进行评估。并且为保证测试集不在训练集内,实验数据选取蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,PDB)最新发布的蛋白质。在基于蛋白质同源性30%、50%和70%的实验中,PSRSM取得Q3的准确率分别为91.44%、88.12%和90.17%,比其他预测服务器中最高的MUFOLD分别高出3.19%、1.33%和2.19%,证明在同一类同源性数据中PSRSM比其他服务器有更好的预测效果。除此之外实验也得到其预测的Sov准确度也比其他服务器要高。比较各类服务器的方法与结果,得出今后蛋白质二级结构预测应当重点从大数据、模板和深度学习的角度进行研究。     

甘南高山林线岷江冷杉—杜鹃种群结构与动态

高山林线是一种典型的生态交错带,是对气候反映最敏感的地区之一。甘肃南部高山林线区域主要以原始岷江冷杉种群和杜鹃种群为优势种,通过对岷江冷杉和杜鹃种群建立静态生命表,绘制存活曲线描述其结构特征,利用种群数量动态预测时间序列分析定量研究未来的发展趋势。结果显示:(1)岷江冷杉种群幼苗比较丰富,能很好的维持种群个体的自疏死亡,存活曲线呈Deevey-Ⅲ型;杜鹃种群幼苗缺乏,存活曲线趋向于Deevey-Ⅰ型;死亡曲线和危险率曲线都随着龄级的增加而增加,杜鹃种群的死亡率在各个龄级一直大于岷江冷杉种群,危险率在Ⅱ龄级以后杜鹃种群也始终大于岷江冷杉种群。(2)岷江冷杉种群结构动态变化指数Vpi大于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且大于0,而杜鹃种群结构动态变化指数Vpi小于修正后的种群结构动态变化指数V′pi且小于0,则岷江冷杉种群属于增长型,杜鹃种群属于衰退型,岷江冷杉、杜鹃随机干扰极大值分别为0.027、0.011,说明二者对外界干扰均比较敏感。(3)杜鹃种群时间序列预测为前期幼苗比较缺乏,中期稳定,后期衰退的动态特征,而岷江冷杉种群表现出各龄级时间变化较小,幼苗个体数较多,种群为稳定增长型,岷江冷杉更能适应甘肃南部高山林线区域当前环境。     

血清孕酮诱导阻断因子对早产的预测价值研究

通过分析母体血清中孕酮诱导阻断因子(PIBF)的浓度,对采样和早产之间的时间间隔进行预测。对37名有先兆早产孕妇和41名健康孕妇在孕第24～28周期间进行了一项前瞻性的研究工作。在37名患有征兆子痫的患者中有11名患者早产。研究中将所有孕妇分为3组:早产孕妇、先兆早产孕妇和健康孕妇。在分娩前5天内采集的样本的PIBF浓度(22.17±6.19) ng/mL明显低于之前采集的样本浓度(31.33±6.78) ng/mL,并且明显低于健康孕妇采集的样本浓度(69.65±12.38) ng/mL;采样和分娩之间的平均时间间隔为(4.1±1.8)d。多元回归分析每个观测值对早产起到的作用,结果表明PIBF的缺乏对早产有显著影响(p=0.002)。采用受试者工作特征(ROC)分析来评估PIBF的诊断准确性。ROC曲线的面积(AUC)为0.956 (95%CI=0.884～0.989;p0.000 1),因此PIBF在预测早产上具有优异的诊断价值。在分娩前5天内,可以通过低于正常妊娠的PIBF值来预测妊娠终止,因而有助于有助于早产的诊断。     

沙蒿AQP基因结构预测及干旱胁迫下的时空表达模式研究

为探究水通道蛋白(AQP)在沙蒿响应干旱胁迫中的作用机制,该研究以青海省柴达木盆地沙蒿为试验材料,采用RACE技术对其AQP基因进行扩增,获得沙蒿AQP全长克隆并对AQP蛋白进行结构预测和分析;采用qRT-PCR对沙蒿AQP基因在不同程度干旱胁迫以及不同组织部位的表达模式进行分析。结果表明:(1)成功克隆获得沙蒿AQP基因长746 bp的片段1和长534 bp的片段2,经拼接后得到全长cDNA序列,沙蒿AQP基因总长为864 bp。(2)亚细胞定位表明沙蒿AQP基因定位于细胞膜上;同源比对显示沙蒿与向日葵、莴苣、橡胶树等植物的AQP基因具有较高的相似性;结构预测表明AQP蛋白含6个跨膜螺旋结构且亲水性较弱,α螺旋和无规则卷曲为AQP蛋白二级结构的主要构成元件。(3)qRT-PCR分析表明,沙蒿AQP基因随着干旱胁迫的加重呈现有规律的变化,根、茎、叶中表达均上调,且叶中AQP基因表达量上调幅度最大。研究表明沙蒿AQP基因结构特征及其表达模式都是沙蒿对干旱胁迫的一种适应。     

基于分组重量编码的蛋白质功能预测

从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。